I vårt laboratorium er vi interessert i å forstå hvilke lipider og proteinmaskiner som er involvert i ATG9A-vesikeltrafikk. ATG9A er avgjørende i autofagibanen for fagofordannelse og modning. Imidlertid har vi nylig studert virkningen av ATG9A i organeller homeostase.
Den største utfordringen er å avdekke molekylære detaljer om hvordan proteiner og proteinmaskinerier fungerer. Teknologier som proteinteknikk, basert på AlphaFold og høyoppløselig in-situ cryo-EM, gir for tiden de fleste fremskritt. Laboratoriets arbeid har etablert grunnleggende innsikt i hvordan autofagosomer dannes.
Denne innsikten har blitt støttet av avanserte molekylærcellebiologiske teknikker som den som er beskrevet her. Vi beskriver noen ulemper ved å bruke visse proteinkoder og hvordan ATG9As oppførsel kan endres avhengig av lokaliseringen av taggen. Så, enten N eller C-terminal.
Vi foreslår også måter å oppdage disse ulempene på og hvordan du kan unngå dem. I tillegg til dette tilbyr vi også en arbeidsflyt for å kvantifisere ATG9A-spredning på en reproduserbar måte. Her gir vi en arbeidsflyt fra immunfluorescens og levende bildebehandling til bildeinnsamling og analyse for analyse av spredning av ATG9 mellom forskjellige cellulære rom.
Og vi tror at standardisering av rørledninger for bildeanalyse er en prioritet for cellebiologer for å kunne øke påliteligheten og reproduserbarheten av resultatene våre.