I vårt labb är vi intresserade av att förstå vilka lipider och proteinmaskiner som är involverade i ATG9A-vesikeltrafiken. ATG9A är avgörande i autofagivägen för fagoforbildning och mognad. Vi har dock nyligen studerat effekten av ATG9A i organellers homeostas.
Den största utmaningen är att avslöja de molekylära detaljerna i hur proteiner och proteinmaskiner fungerar. Teknologier som proteinteknik, baserad på AlphaFold och högupplöst in-situ cryo-EM ger för närvarande de största framstegen. Mitt labbs arbete har gett en grundläggande insikt i hur autofagosomer bildas.
Dessa insikter har fått stöd av avancerade molekylära cellbiologiska tekniker som den som beskrivs här. Vi beskriver några nackdelar med att använda vissa proteintaggar och hur ATG9A:s beteende kan förändras beroende på var taggen är lokaliserad. Alltså antingen N eller C-terminal.
Vi föreslår också sätt att upptäcka dessa nackdelar och hur man undviker dem. Utöver detta tillhandahåller vi också ett arbetsflöde för att kvantifiera ATG9A-spridning på ett reproducerbart sätt. Här tillhandahåller vi ett arbetsflöde från immunofluorescens och live-avbildning till bildinsamling och analys för analys av spridningen av ATG9 mellan olika cellulära fack.
Och vi tror att standardisering av pipelines för bildanalys är en prioritet för cellbiologer för att kunna öka tillförlitligheten och reproducerbarheten av våra resultat.