In het Simons Electron Microscopy Center streven we ernaar om uitstekende elektronenmicroscopiediensten, expertise en training te bieden aan lokale en nationale onderzoekers, en om innovatieve methoden te ontwikkelen om workflows te optimaliseren. Ons werkterrein omvat service, ontwikkeling, machine learning en biomedisch onderzoek. We proberen een antwoord te geven: hoe kunnen we onze diensten beter optimaliseren?
Machine learning verandert het vakgebied van de elektronenmicroscopie. Het verzamelen van gegevens wordt steeds meer geautomatiseerd. Data-analysetools worden snel efficiënter.
Dit omvat het verwijderen van ruisonderdrukking, het verzamelen van deeltjes, 3G-flexibiliteitsanalyse en het bouwen van modellen. We werken de software regelmatig bij om rekening te houden met verschillende situaties, zoals verschillende roostergaten, gekantelde verzameling of bugs die zijn geïdentificeerd via bètatestsoftware in onze productieomgeving. We integreren ook feedback van onze gebruikers, zodat we voortdurend functies bieden die nuttig voor hen zijn.
Smart Leginon pakt de arbeidsintensieve en tijdrovende taken aan van het screenen van een of meer roosters op een cryoTEM. Het stelt operators en onderzoekers in staat om roosters sneller te screenen en te analyseren, terwijl er tijd vrijkomt om de net- en monstercondities parallel te optimaliseren. Dit vermindert ook de tijd en kosten van de microscoop.
Smart Leginon autoscreen biedt volledig onbemande multigrid-screening, die ongeveer 10 minuten duurt om screening voor 12 grids in te stellen. In vergelijking met handmatige screening bespaart ons protocol enkele uren per dag. Sinds de introductie van Smart Leginon is er andere gratis en commerciële software ontwikkeld voor vergelijkbare automatisering.
