Vi er interesserede i at forstå de fysiologiske processer, der forekommer på tværs af cellen, især ved membrangrænsefladen. Vi bruger Cryo-EM som hovedteknik og arbejder med forskellige interessante og udfordrende biologiske problemer, der studerer flere makromolekylære komplekser. At bestemme strukturerne af membranproteiner og andre labile komplekser var udfordrende for et par årtier siden.
Tekniske fremskridt inden for Cryo-EM, et nyt vaskemiddel og lipidmimetisk middel og med begavelser, banede imidlertid vejen for hurtig strukturbestemmelse af disse komplekser. Disse strukturer kan nu opnås i høj opløsning og potentielt bruges til lægemiddelopdagelse. I enkeltpartikel-Cryo-EM omfatter udfordringerne at erhverve en stabil og homogen prøve, indlejre prøven i tilfældig orientering i tynd is, behandle et stort antal billeder med lavt signal/støj-forhold og nøjagtigt bestemme vinkelorienteringen og klassificeringen under 3D-rekonstruktion.
Identifikation og modellering af små molekyler i cryo-EM-kort af ligandproteinkomplekser er udfordrende på grund af iboende støj i dataene og isotrop og lav kortopløsning, prøveheterogenitet og ligandfleksibilitet. Denne protokol er en trin-for-trin guide til identifikation og modellering af ligander og opløsningsmiddelmolekyler i Cryo-EM med lav til medium opløsning.
