Onkogenamplifiering är en viktig drivkraft för cancer. Cytogenetisk karakterisering på FFPE-prover är ett kostnadseffektivt sätt att studera onkogenamplifiering. Vi presenterar robusta och omfattande instruktioner för att undersöka fokal genamplifiering och FFPE-prover.
Genom att undersöka FISH-signalmönstret blir det entydigt tydligt om och hur ett genlokus är amplifierat. Onkogener amplifierade som extra kromosomalt DNA har visat sig vara vanliga i cancer hos människor, såsom lung-, bröst- och hjärncancer. Helgenomsekvensering och FISH är de mest använda metoderna för att detektera extrakromosomalt DNA.
Att applicera FISH på FFPE-vävnader är utmanande eftersom tvärbindningsartefakter och bakgrundsautofluorescens ofta undergräver datakvaliteten. Vårt protokoll inkluderar optimerade procedurer, inklusive proteinextraktion och matsmältning, värmedenaturering och autofluorescenssläckningstekniker för att förbättra datakvaliteten under FISH på FFPE-prover, vilket kommer att ge värdefull insikt i cancerprogression hos patienter. Vi kommer att studera de molekylära funktionerna hos extrakromosomalt DNA, och hur cancerceller upprätthåller extrakromosomalt DNA.
I slutändan strävar vi efter att eliminera dem för att behandla cancer.
