We wilden een eenvoudige, goedkope manier ontwerpen om methaanoxiderende bacteriën in het lab te laten groeien die meer lijkt op de natuurlijke omgeving. We wilden dit doen om bacteriële fenotypes bloot te leggen die ontbreken in standaard laboratoriumkweekomstandigheden, en uiteindelijk deze fenotypes te koppelen aan hun genetische determinanten. De gradiëntspuit is de vereenvoudigde versie van eerder beschreven methoden om methanotrofen te kweken in een methaan-zuurstof-tegengradiënt.
Deze methode vereist geen continue stromen van gassubstraten, waardoor meerdere replicaten parallel kunnen worden uitgevoerd. We kunnen ook biochemische tests uitvoeren op de bacteriën die in de agarose zijn gekweekt. Onderzoekers hebben vrijwel onbeperkte toegang tot bacteriële genoomsequenties, maar het is nog steeds moeilijk om al deze informatie in context te plaatsen.
Onze bevindingen tonen aan dat het van cruciaal belang is om de omgeving waarin een bacterie is geëvolueerd in overweging te nemen, om de rol van individuele genen beter te begrijpen. We zijn van plan om technieken zoals vergelijkende metabolomics en proteomics te gebruiken om meer te weten te komen over hoe methanotrofen reageren op hun positie binnen de methaan-zuurstof-tegengradiënt. We hebben ook plannen om meerdere stammen in dezelfde gradiëntspuit te kweken om te zien hoe ze op elkaar inwerken in een ruimtelijk opgeloste context.
