Vi ville designa ett enkelt och billigt sätt att odla metanoxiderande bakterier i labbet som mer liknar den naturliga miljön. Vi ville göra detta för att avslöja bakteriella fenotyper som saknas i standardlaboratorieodlingsförhållanden, och i slutändan koppla dessa fenotyper till deras genetiska determinanter. Gradientsprutan är den förenklade versionen av tidigare beskrivna metoder för att odla metanotrofer i en metan-syre motgradient.
Denna metod kräver inte kontinuerliga flöden av gassubstrat, vilket gör att flera replikat kan köras parallellt. Vi kan också utföra biokemiska analyser direkt på bakterierna som odlas i agarosen. Forskare har i princip obegränsad tillgång till bakteriella genomsekvenser, men det är ändå svårt att sätta all denna information i ett sammanhang.
Våra resultat visar att det är viktigt att ta hänsyn till den miljö där en bakterie utvecklades, för att bättre förstå vilken roll enskilda gener spelar. Vi planerar att använda tekniker som jämförande metabolomik och proteomik för att lära oss mer om hur metanotrofer svarar på sin position inom metan-syre-motgradienten. Vi har också planer på att odla flera stammar i samma gradientspruta för att se hur de interagerar i en rumsligt upplöst kontext.
