Name: chromatin immunoprecipitation from human embryonic stem cells
Uploaded: 2008-07-22T00:31:00
Duration: 10 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells at JoVE.com

העבודה הציגה נתמך על ידי מענק (RS1-00477-1) מהמכון לרפואה בקליפורניה הרגנרציה (CIRM) ל FS

<ol>
	<li>Evans, M. J., Kaufman, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Establishment+in+culture+of+pluripotential+cells+from+mouse+embryos.">Establishment in culture of pluripotential cells from mouse embryos.</a> Nature. 292, 154-156 (1981).</li><li>Boyer, L. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Polycomb+complexes+repress+developmental+regulators+in+murine+embryonic+stem+cells.">Polycomb complexes repress developmental regulators in murine embryonic stem cells.</a> Nature. 441, 349-353 (2006).</li><li>Lee, T. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Control+of+developmental+regulators+by+Polycomb+in+human+embryonic+stem+cells.">Control of developmental regulators by Polycomb in human embryonic stem cells.</a> Cell. 125, 301-313 (2006).</li><li>Kornberg, R. D., Lorch, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Twenty-five+years+of+the+nucleosome,+fundamental+particle+of+the+eukaryotic+chromosome.">Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukaryotic chromosome.</a> Cell. 98, 285-294 (1999).</li><li>Guenther, M. G., Jenner, R. G., Chevalier, B., Nakamura, T., Croce, C. M., Canaani, E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+and+Hox-specific+roles+for+the+MLL1+methyltransferase.">Global and Hox-specific roles for the MLL1 methyltransferase.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.. 102, 8603-8608 (2005).</li><li>Lee, T. I., Johnstone, S. E., Young, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation+and+microarray-based+analysis+of+protein+location.">Chromatin immunoprecipitation and microarray-based analysis of protein location.</a> Nat. Protoc. 1, 729-748 (2006).</li><li>Sanchez-Elsner, T., Gou, D., Kremmer, E., Sauer, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Noncoding+RNAs+of+trithorax+response+elements+recruit+Drosophila+Ash1+to+Ultrabithorax.">Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ash1 to Ultrabithorax.</a> Science. 311, 1118-1123 (2006).</li></ol>

הכרומטין immunoprecipitation (שבב) מציעה טכניקה ערך לנתיחה של הכרומטין תהליכים מבוססי במהלך התמיינות התאים. תנאים מוקדמים להצלחת שיטה זו הם נוגדנים טוב ואת הזמינות של הכרומטין מתאי שליטה או רקמות, כי היעדר אנטיגן של עניין. על ידי שילוב של שבב עם ה-DNA microarray הטכנולוגיה, כמויות עצומות של מידע ניתן להשיג. אימות של תוצאות CHIP תלוי בזמינות של מערכות הבדיקה מתאים שיכול לקשר את הקשר הדינאמי של חלבונים, חלבון שינויים ו / או RNA עם ביצוע של תהליכים ביולוגיים במהלך התפתחות התא.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Poteinase-K</td>
<td>Reagent</td>
<td>Roche</td>
<td>#EO0491</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNase-A</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fermentas</td>
<td>#EN0531</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>formaldehyde 37%</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>FX040-13</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Chloroform</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>3150</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ethanol </td>
<td>Reagent</td>
<td>Goldshield</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>phenol:chloroform:isoamyl alcohol</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15593-031</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>SA, fraction V</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>2930</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Dubecco's Phosphate Buffered Saline</td>
<td>Reagent</td>
<td>Gibco</td>
<td>14190</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>HEPES</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>5330</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium Chloride</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>S271-10</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>EDTA</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>4050</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Triton X-100 </td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>9410</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sodium Dodecyl Sulfate</td>
<td>Reagent</td>
<td>J.T Baker</td>
<td>4095-02</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Lithium chloride</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>5910</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tris-HCl</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>9230</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>NP-40</td>
<td>Reagent</td>
<td>Calbiochem</td>
<td>492015</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Deoxycholic acid, sodium salt</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>BP349-100</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Ammonium acetate</td>
<td>Reagent</td>
<td>Applichem</td>
<td>631-61-8</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycine</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>4840</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glycine</td>
<td>Reagent</td>
<td>EMD</td>
<td>4840</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dynalbeads, protein A</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>100.02D</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>dynalbeads, protein G</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>100.04D</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>1.5ml Low Retention Microtubes, Xtreme</td>
<td>Other</td>
<td>Phenix Research Products</td>
<td>MAX-815S</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Phase Lock Gel Light, 2.0 ml</td>
<td>Reagent</td>
<td>Eppendorf</td>
<td>955154037</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

chromatin immunoprecipitation from human embryonic stem cells

המורכבות המבנית תפקודית של מספר עצום של תאים ואורגניזמים מטזואניים נובע ממספר קטן של בתאי גזע. בתאי גזע מתאפיינים שתי תכונות יסודיות: התחדשות עצמית multipotency המאפשר לתאי גזע להתמיין כמעט כל סוג תא 1. גזע ההתקדמות לתא הבדיל מאופיין אובדן multipotency שינויים, מבניים מורפולוגיים הפעילות היררכי של גורמי שעתוק מולקולות איתות, שפעילותם להקים ולקיים את התא סוג מסוים דפוסי ביטוי גנים. ברמה המולקולרית, התמיינות תאים כרוכה שינויים דינמיים של מבנה והרכב הכרומטין זיהוי שינויים דינמיים אלה יכול לספק תובנות רבות ערך התכונות פונקציונלי בתאי גזע ואת תהליך התמיינות תאים 2,3. הכרומטין הוא נדחס מאוד חלבון דנ&quot;א מורכבות צורות כאשר חבילת ה-DNA בתאים כרומוזומליות עם חלבונים, בעיקר ההיסטונים 4. Stemcellness ו התמיינות תאים כבר בקורלציה עם נוכחות של מערכים ספציפיים של חלבונים רגולטוריים כגון גורמים epigenetic, וריאנטים היסטון, ואת גורמי תעתוק 2,3,5. הכרומטין immunoprecipitation (שבב) מספק שיטה ערך לפקח על נוכחות של רנ&quot;א, חלבונים, שינויים חלבון הכרומטין 6,7. ההשוואה של הכרומטין של סוגי תאים שונים ניתן להסביר שינויים דינמיים חלבון הכרומטין עמותות המתרחשים במהלך התמיינות תאים. הכרומטין immunoprecipitation כרוך טיהור של הכרומטין צולבים vivo. הכרומטין מבודד מצטמצם שברים קטנים יותר על ידי עיכול אנזימטי או כוח מכני. שברי הכרומטין הם זירז באמצעות נוגדנים ספציפיים היעד חלבונים או חלבונים ו-DNA שינויים. ה-DNA או RNA הוא זירז מטוהרים המשמשים כתבנית PCR או DNA microarray מבחני מבוסס. תנאים מוקדמים עבור שבב מוצלח הם נוגדנים איכותיים אנטיגן הרצוי ואת הזמינות של הכרומטין מתאי השליטה כי אינם מבטאים את המולקולה היעד. השבב ניתן לתאם את נוכחותם של חלבונים, חלבון שינויים RNA, DNA ו-RNA עם יעד ספציפי, בהתאם לבחירת כלי outread, מזהה את הקשר של מולקולות מטרה בכל גני מטרה ספציפית או בהקשר של גנום שלם. השוואה של התפלגות של חלבונים הכרומטין של תאים המבדילים יכול להבהיר את הדינמיקה של השינויים בהרכב הכרומטין כי בקנה אחד עם התקדמות של תאים לאורך השושלת תא.

Watch this Scientific Journal Video about Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells at JoVE.com

Chromatin Immunoprecipitation from Human Embryonic Stem Cells

ההבחנה בין ESC עולה בקנה אחד עם תא מסוג שינויים ספציפיים במבנה ובהרכב של הכרומטין. זיהוי של שינויים אלה מספק תובנות רבות ערך את המנגנונים שמגדירים stemcellness והתמיינות תאים. הכרומטין immunoprecipitation (שבב) מייצגת שיטת ערך לנתח את המנגנונים המולקולריים שבבסיס תא גזע בידול.

הכרומטין immunoprecipitation מן בתאי גזע עובריים אנושיים

The functional and structural complexity of the myriad of cells in metazoan organisms arises from a small number of stem cells. Stem cells are ...

Research

JoVE Journal

Biology

Propagation of Human Embryonic Stem (ES) Cells

Propagation of Human Embryonic Stem ES Cells

רביה של האדם גזע עובריים (ES) תאים

Derivation of Hematopoietic Stem Cells from Murine Embryonic Stem Cells

גזירת בתאי גזע hematopoietic מ Murine בתאי גזע עובריים

A stem cell is defined as a cell with the capacity to both self-renew and generate multiple differentiated progeny.  Embryonic stem cells (ESC) are ...

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery

גזירת בתאי גזע עובריים אנושיים על ידי Immunosurgery

The ability of human embryonic stem cells to self-renew and differentiate into all cell types of 
the body suggests that they hold great promise for both ...

Culture and Maintenance of Human Embryonic Stem Cells  

תרבות ותחזוקה של בתאי גזע עובריים אנושיים

Human embryonic stem (hES) cells must be monitored and cared for in order to maintain healthy, undifferentiated cultures. At minimum, the cultures must be ...

Freezing and Thawing Human Embryonic Stem Cells

מקפיא הפשרה בתאי גזע עובריים אנושיים

Since James Thomson et al developed a technique in 1998 to isolate and grow hES in culture, freezing cells for later use and thawing and expanding cells ...

Differentiation of Embryonic Stem Cells into Oligodendrocyte Precursors

התמיינות של תאים עובריים לתוך מבשרי Oligodendrocyte

Oligodendrocytes are the myelinating cells of the central nervous system. For regenerative cell therapy in demyelinating diseases, there is significant ...

Fate Mapping of Human Embryonic Stem Cells by Teratoma Formation

הגורל מיפוי בתאי גזע עובריים אנושיים על ידי גיבוש תפלצת

Human embryonic stem cells (hESCs) have an unlimited capacity for self-renewal, and the ability to differentiate into cells derived from all three ...

Chromatin Immunoprecipitation (ChIP) to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

Chromatin Immunoprecipitation ChIP to Assay Dynamic Histone Modification in Activated Gene Expression in Human Cells

הכרומטין immunoprecipitation (שבב) לשינוי Assay דינמי היסטון בביטוי הגנים המופעלת בתא האדם

In response to a variety of extracellular ligands, the STAT (signal transducer and activator of transcription) transcription factors are rapidly recruited ...

Photobleaching Assays (FRAP &amp; FLIP) to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

Photobleaching Assays FRAP & FLIP to Measure Chromatin Protein Dynamics in Living Embryonic Stem Cells

מבחני photobleaching (FRAP &amp; FLIP) כדי למדוד Dynamics חלבון הכרומטין בתוך החיים בתאי גזע עובריים

Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) and Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP) enable the study of protein dynamics in living cells with ...

Robust Generation of Hepatocyte-like Cells from Human Embryonic Stem Cell Populations

הדור יציבה של hepatocyte דמויי תאים של אדם אוכלוסיות תאים גזע עובריים

Despite progress in modelling human drug toxicity, many compounds fail during clinical trials due to unpredicted side effects. The cost of clinical ...