Name: technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization
Uploaded: 2008-08-05T18:06:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization at JoVE.com

نود أن نشكر أعضاء فريق وان مختبر لام صفيف BAC خاصة ميوا سوزوكي وتشي بريان لإعداد هذا المقال. وأيد هذا العمل من جانب صناديق من المعاهد الكندية لأبحاث الصحة ، كندا الجينوم / الجينوم كولومبيا البريطانية ، والمعاهد الوطنية للصحة / NIDCR منح RO1 DE15965 - 01.

دقق وصفها ملاحظة : الحد من التعرض للضوء ملونات Cye في جميع الأوقات (ويمكن تحقيق ذلك من خلال العمل في منطقة مظلمة أو عن طريق الأنابيب التدريع بغطاء مثل رقائق الألومنيوم) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> الج?...

<ol>
	<li>Lockwood, W. W., Chari, R., Chi, B., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+array+comparative+genomic+hybridization+technologies+and+their+applications+in+human+genetics.">Recent advances in array comparative genomic hybridization technologies and their applications in human genetics.</a> European Journal of Human Genetics. 14, 139-1x`48 (2006).</li><li>Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Watson, S. K., deLeeuw, R. J., Chi, B., Coe, B. P., Snijders, A., Albertson, D. G., Pinkel, D., Marra, M. A., Ling, V., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tiling+resolution+DNA+microarray+with+complete+coverage+of+the+human+genome.">A tiling resolution DNA microarray with complete coverage of the human genome.</a> Nature Genetics. 36, 299-303 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+high+throughput+validation+of+amplified+fragment+pools+of+BAC+DNA+for+constructing+high+resolution+CGH+arrays.">Methods for high throughput validation of amplified fragment pools of BAC DNA for constructing high resolution CGH arrays.</a> BMC Genomics. 5, 6 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Horsman, D. E., Squire, J. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytogenetically+balanced+translocations+are+associated+with+focal+copy+number+alterations.">Cytogenetically balanced translocations are associated with focal copy number alterations.</a> Human Genetics. 120, 795-805 (2007).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SeeGH+--+a+software+tool+for+visualization+of+whole+genome+array+comparative+genomic+hybridization+data.">SeeGH -- a software tool for visualization of whole genome array comparative genomic hybridization data.</a> BMC Bioinformatics. 5, 13 (2004).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., Ng, R. T., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MD-SeeGH:+a+platform+for+integrative+analysis+of+multi-dimensional+genomic+data.">MD-SeeGH: a platform for integrative analysis of multi-dimensional genomic data.</a> BMC Bioinformatics. 9, 243 (2008).</li><li>Coe, B. P., Ylstra, B., Carvalho, B., Meijer, G. A., Macaulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+the+resolution+of+array+CGH.">Resolving the resolution of array CGH.</a> Genomics. 89, 647-653 (2007).</li><li>Garnis, C., Coe, B. P., Lam, S. L., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+array+CGH+increases+heterogeneity+tolerance+in+the+analysis+of+clinical+samples.">High-resolution array CGH increases heterogeneity tolerance in the analysis of clinical samples.</a> Genomics. 85, 790-793 (2005).</li></ol>

والفقراء لا توفر نوعية الحمض النووي لمحة تهجين جيدة. فمن الضروري التأكد من أن عينة الحمض النووي ، ومرجعية تكون خالية من الملوثات ، مثل الحمض النووي الريبي ، والفينول ، والملح ، وغيرها التي قد تتداخل مع الخطوة العلامات رئيس عشوائي قبل البدء في تجربة التهجين. على سبيل المثال ، إعا?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>5X Klenow Buffer</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Random Octamers </td>
<td>Reagent</td>
<td>Alpha DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10X dNTP mix</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2mM dATP, dGTP, dTTP, 1.2mM dCTP</td>
</tr>
<tr>
<td>Cy-3 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cy-5 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Human Genomic DNA Reference</td>
<td>Reagent</td>
<td>Novagen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Example of a possible reference</td>
</tr>
<tr>
<td>Klenow</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>YM-30 Column</td>
<td>Reagent</td>
<td>Millipore</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cot-1 DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DIG Easy</td>
<td>Reagent</td>
<td>Roche</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sheared Herring Sperm DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Coverslip</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>22mm x 60mm</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Cassette</td>
<td>Tool</td>
<td>Telechem</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization

مجموعة التهجين الجينومي المقارن (CGH الصفيف) هو وسيلة للكشف عن المكاسب والخسائر في قطاعات الحمض النووي أو الجينات الدواء في الجينوم 1. وقد مكنت التطورات الحديثة في هذه التكنولوجيا العالية مقارنة الجينوم حل كامل لتحديد تغيرات جينية في حالات السرطان والأمراض الوراثية الأخرى 2. اللجنة الفرعية Megabase قرار تعيين مجموعة التبليط ، (أو SMRT) وتتألف مجموعة من مجموعة من حوالي 30000 تداخل الصبغي الاصطناعي البكتيري (BAC) التي تمتد استنساخ الجينوم البشري في ~ الزوج kilobase 100 (كيلوبايت) شرائح 2. وقد تم تجميع هذه الأهداف بشكل فردي ورصدت في BAC مكررة على شريحة زجاجية واحدة 2-4. وتستند مجموعة CGH على مبدأ التهجين تنافسية. وصفت وتفاضليا عينة الحمض النووي مع الإشارة 3 Cyanine والأصباغ الفلورية Cyanine - 5 ، وشاركت في المهجنة إلى الصفيف. بعد فترة حضانة المرض هي غسل العينات غير منضم من الشريحة والتقط الصفيف. يتم استخدام حزمة البرامج المتاحة بحرية مخصصة دعا SeeGH (www.flintbox.ca) لمعالجة حجم كبير من البيانات التي تم جمعها -- تجربة واحدة يولد 53892 نقاط البيانات. SeeGH يتصور قوة إشارة نسبة log2 بين عينات 2 في كل هدف BAC التي تتماشى مع موقف عموديا الكروموسومات 5،6. يمكن الكشف عن مجموعة SMRT تعديلات صغيرة مثل 50 كيلو بايت في حجم 7. لا يمكن للمجموعة SMRT كشف مجموعة متنوعة من الأحداث إعادة ترتيب الحمض النووي DNA بما في ذلك الأرباح والخسائر والتكبير والحذف متماثل. وهناك ميزة فريدة من الصفيف SMRT هو أن واحدة يمكن استخدام الحمض النووي المعزولة من عينات الفورمالين البارافين الثابتة المدمجة. عند دمجها مع متطلبات مدخلات منخفضة من الحمض النووي unamplified (25 100ng) يسمح هذا التنميط من العينات الثمينة مثل تلك التي تنتجها microdissection 7،8. ويعزى ذلك إلى حجم كبير من كل هدف التهجين BAC التي تسمح للربط ما يكفي لانتاج عينات المسمى إشارات للكشف. ميزة أخرى لهذا المنبر هو التسامح مع عدم تجانس الأنسجة ، وتقليل الحاجة إلى microdissection الأنسجة مملة 8. هذا البروتوكول الفيديو هو برنامج تعليمي خطوة بخطوة من وضع العلامات على الحمض النووي عن طريق إدخال إشارة إلى اقتناء لتبليط الجينوم SMRT مجموعة المسار.

Watch this Scientific Journal Video about Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization at JoVE.com

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

هذا الفيديو هو تظاهرة فنية للبروتوكول لتهجين كامل الجينوم تبليط الطريق CGH الصفيف ، الذي مسح الجينوم البشري بأكمله فقط باستخدام 25-100 نانوغرام من الحمض النووي يمكن أن يكون معزولا عن مجموعة متنوعة من المصادر ، بما في ذلك المواد الأرشيفية الثابتة الفورمالين.

تظاهرة فنية من الجامعة التهجين الجينومي المقارن صفيف الجينوم

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

Research

JoVE Journal

Biology

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

الجامعة جبل مزدوجة في الموقع التهجين لافراخ الدجاج في وقت مبكر

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

الزرد الجامع جبل الرفيع قرار مزدوج نيون في الموقع التهجين

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

جبل به الجامعة في الموقع تهجين ارتباط البيولوجيا الجزيئية والعضوي

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

ميكروأرس] DNA : نموذج مراقبة الجودة ، وتهجين صفيف والمسح الضوئي

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

جبل كله<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من E8.5 لأجنة الفئران E11.5

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

الجينوم شاشات التنافسية للمكتبات الخميرة Barcoded

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER

الكشف عن المتغيرات الجينية النادرة من تسلسل المجمعة عن طريق سبلينتر

As DNA sequencing technology has markedly advanced in recent years2, it has become increasingly evident that the amount of genetic variation between any ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

كله جبل RNA نيون<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من<em&gt; ذبابة الفاكهة</em&gt; الأجنة

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

مجموعة المقارن الجينوم التهجين (صفيف [ك]) عن الكشف عن الجينوم نسخ عدد المتغيرات

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...

Genome-wide Purification of Extrachromosomal Circular DNA from Eukaryotic Cells

تنقية الجينوم على نطاق خارج الصبغي التعميم الحمض النووي من خلايا حقيقية النواة

Extrachromosomal circular DNAs (eccDNAs) are common genetic elements in Saccharomyces cerevisiae and are reported in other eukaryotes as well. EccDNAs ...