Name: technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization
Uploaded: 2008-08-05T18:06:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization at JoVE.com

Nous tenons à remercier les membres de l&#39;équipe de Wan Lam Lab tableau BAC particulier Miwa Suzuki et Bryan Chi pour la préparation de cet article. Ce travail a été soutenu par des fonds des Instituts canadiens de recherche en santé, Génome Canada / Génome Colombie-Britannique, et le NIH / NIDCR octroi RO1 DE15965-01.

SONDE D&#39;ETIQUETAGE Remarque: limiter l&#39;exposition des Colorants Cye à la lumière, à tout moment (cela peut être réalisé en travaillant dans une zone obscurcie ou en protégeant les tubes avec une couverture comme le papier d&#39;aluminium) <ol><li> Combiner: (Configuration 1 tube de réaction pour référence et 1 tube de réaction pour l&#39;échantillon) <ul><li> L&#39;ADN (25-400 ng) </li><li> 5 pi de tampon 5X amorces aléatoires (concentration fin...

<ol>
	<li>Lockwood, W. W., Chari, R., Chi, B., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+array+comparative+genomic+hybridization+technologies+and+their+applications+in+human+genetics.">Recent advances in array comparative genomic hybridization technologies and their applications in human genetics.</a> European Journal of Human Genetics. 14, 139-1x`48 (2006).</li><li>Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Watson, S. K., deLeeuw, R. J., Chi, B., Coe, B. P., Snijders, A., Albertson, D. G., Pinkel, D., Marra, M. A., Ling, V., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tiling+resolution+DNA+microarray+with+complete+coverage+of+the+human+genome.">A tiling resolution DNA microarray with complete coverage of the human genome.</a> Nature Genetics. 36, 299-303 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+high+throughput+validation+of+amplified+fragment+pools+of+BAC+DNA+for+constructing+high+resolution+CGH+arrays.">Methods for high throughput validation of amplified fragment pools of BAC DNA for constructing high resolution CGH arrays.</a> BMC Genomics. 5, 6 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Horsman, D. E., Squire, J. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytogenetically+balanced+translocations+are+associated+with+focal+copy+number+alterations.">Cytogenetically balanced translocations are associated with focal copy number alterations.</a> Human Genetics. 120, 795-805 (2007).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SeeGH+--+a+software+tool+for+visualization+of+whole+genome+array+comparative+genomic+hybridization+data.">SeeGH -- a software tool for visualization of whole genome array comparative genomic hybridization data.</a> BMC Bioinformatics. 5, 13 (2004).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., Ng, R. T., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MD-SeeGH:+a+platform+for+integrative+analysis+of+multi-dimensional+genomic+data.">MD-SeeGH: a platform for integrative analysis of multi-dimensional genomic data.</a> BMC Bioinformatics. 9, 243 (2008).</li><li>Coe, B. P., Ylstra, B., Carvalho, B., Meijer, G. A., Macaulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+the+resolution+of+array+CGH.">Resolving the resolution of array CGH.</a> Genomics. 89, 647-653 (2007).</li><li>Garnis, C., Coe, B. P., Lam, S. L., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+array+CGH+increases+heterogeneity+tolerance+in+the+analysis+of+clinical+samples.">High-resolution array CGH increases heterogeneity tolerance in the analysis of clinical samples.</a> Genomics. 85, 790-793 (2005).</li></ol>

La mauvaise qualité de l&#39;ADN ne fournira pas un profil d&#39;hybridation bien. Il est essentiel de s&#39;assurer que l&#39;échantillon d&#39;ADN de référence et sont exempts de contaminants tels que le phénol, l&#39;ARN, le sel, etc qui peuvent interférer avec l&#39;étape de marquage Premier aléatoire avant de commencer une expérience d&#39;hybridation. Par exemple, la remise en suspension de l&#39;ADN dans Tris - EDTA (TE) au lieu de l&#39;eau n&#39;est pas recommandée car la concentration en sel élevée peut inhiber la réa...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>5X Klenow Buffer</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Random Octamers </td>
<td>Reagent</td>
<td>Alpha DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10X dNTP mix</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2mM dATP, dGTP, dTTP, 1.2mM dCTP</td>
</tr>
<tr>
<td>Cy-3 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cy-5 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Human Genomic DNA Reference</td>
<td>Reagent</td>
<td>Novagen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Example of a possible reference</td>
</tr>
<tr>
<td>Klenow</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>YM-30 Column</td>
<td>Reagent</td>
<td>Millipore</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cot-1 DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DIG Easy</td>
<td>Reagent</td>
<td>Roche</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sheared Herring Sperm DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Coverslip</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>22mm x 60mm</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Cassette</td>
<td>Tool</td>
<td>Telechem</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization

Hybridation génomique comparative (CGH array) est une méthode pour détecter les gains et pertes de segments d&#39;ADN ou le dosage des gènes dans le génome 1. Les avancées récentes dans cette technologie ont permis de comparaison haute résolution des génomes entiers pour l&#39;identification d&#39;altérations génétiques dans le cancer et autres maladies génétiques 2. Le Sous-Megabase Résolution Carrelage-set tableau (ou SMRT) tableau est composé d&#39;un ensemble d&#39;environ trente mille bactéries qui se chevauchent chromosomes artificiels (BAC) des clones qui couvrent le génome humain en ~ 100 paires kilobases (kb) des segments 2. Ces cibles d&#39;alcoolémie sont individuellement synthétisés et repéré en double sur une lame de verre simple 2-4. CGH array est basé sur le principe de l&#39;hybridation compétitive. Des échantillons et l&#39;ADN de référence sont étiquetés avec différentiel Cyanine-3 et colorants de cyanine-5 fluorescentes, et co-hybride à la matrice. Après une période d&#39;incubation de l&#39;échantillon non liés sont lavés de la diapositive et le tableau est imagé. Un logiciel librement disponible personnalisé appelé SeeGH (www.flintbox.ca) est utilisé pour traiter l&#39;important volume de données recueillies - une expérience unique génère 53 892 points de données. SeeGH visualise le ratio d&#39;intensité de signal entre le log2 2 échantillons à chaque cible d&#39;alcoolémie qui est aligné verticalement avec la position chromosomique 5,6. Le tableau SMRT peut détecter des altérations aussi petite que 50 kb 7. Le tableau SMRT peut détecter une variété d&#39;événements réarrangement d&#39;ADN y compris les gains d&#39;ADN, des pertes, des amplifications et délétions homozygotes. Un avantage unique de la matrice de SMRT est que l&#39;on peut utiliser l&#39;ADN isolé à partir d&#39;échantillons de paraffine fixés au formol embarqués. Lorsqu&#39;il est combiné avec les exigences d&#39;entrée faible de l&#39;ADN non amplifié (25-100 ng) ce qui permet le profilage des échantillons précieux tels que ceux produits par microdissection 7,8. Ceci est attribué à la grande taille de chacune des cibles hybridation BAC, qui permet la liaison de suffisamment d&#39;échantillons étiquetés pour produire des signaux pour la détection. Un autre avantage de cette plateforme est la tolérance de l&#39;hétérogénéité des tissus, en diminuant le besoin de microdissection tissulaire fastidieuse 8. Ce protocole est un tutoriel vidéo étape par étape, de marquage de l&#39;ADN d&#39;entrée grâce à l&#39;acquisition du signal pour le tableau du génome de carrelage SMRT toute voie.

Watch this Scientific Journal Video about Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization at JoVE.com

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

Cette vidéo est une démonstration technique du protocole d&#39;hybridation pour l&#39;ensemble du génome de carrelage CGH array chemin, qui scanne l&#39;ensemble du génome humain en utilisant seulement 25 à 100 ng d&#39;ADN qui peuvent être isolées à partir de diverses sources, y compris les archives du matériel fixé au formol.

Démonstration technique de l&#39;hybridation tableau Whole Genome génomique comparative

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

Research

JoVE Journal

Biology

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

Double Mont entier hybridation in situ d&#39;embryons de poulet début

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Recherche

Biologie

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish entier Mont haute résolution double fluorescent In Situ Hybridation

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Utilisation Mont entier<em&gt; In situ</emHybridation&gt; Lien vers biologie moléculaire et Organismal

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

Cellules souches: le contrôle qualité des échantillons, hybridation Array et balayage

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole mont In Situ</emHybridation> de E8.5 à E11.5 embryons de souris

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

Écrans concurrentiel des bibliothèques génomiques de levure Barcoded

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER

Détection de rares variantes génomiques à partir de séquençage regroupés à l&#39;aide SPLINTER

As DNA sequencing technology has markedly advanced in recent years2, it has become increasingly evident that the amount of genetic variation between any ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Toute Mont ARN fluorescent<em&gt; In situ</emHybridation&gt; d&#39;<em&gt; Drosophila</em&gt; Embryons

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

Tableau hybridation génomique comparative (CGH array) pour la détection des variantes génomiques du nombre de copies

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...

Genome-wide Purification of Extrachromosomal Circular DNA from Eukaryotic Cells

Purification de l&#39;ensemble du génome de l&#39;ADN extrachromosomique circulaire à partir de cellules eucaryotes

Extrachromosomal circular DNAs (eccDNAs) are common genetic elements in Saccharomyces cerevisiae and are reported in other eukaryotes as well. EccDNAs ...