Name: technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization
Uploaded: 2008-08-05T18:06:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization at JoVE.com

Мы хотели бы поблагодарить членов Ван Лам Лаборатории BAC массива команда особенно Мива Suzuki и Брайан Чи для подготовки этой статьи. Работа выполнена при поддержке за счет средств канадского института исследований в области здравоохранения, Геном Канада / Геном Британской Колумбии, и NIH / NIDCR грант RO1 DE15965-01.

PROBE МАРКИРОВКА Примечание: воздействия в Cye Красители на свет в любое время (это может быть достигнуто за счет работы в затемненной области или экранирование труб с крышкой, таких как алюминиевая фольга) <ol><li> Комбинат: (Setup 1 реакционную трубку для сведения и ...

<ol>
	<li>Lockwood, W. W., Chari, R., Chi, B., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+advances+in+array+comparative+genomic+hybridization+technologies+and+their+applications+in+human+genetics.">Recent advances in array comparative genomic hybridization technologies and their applications in human genetics.</a> European Journal of Human Genetics. 14, 139-1x`48 (2006).</li><li>Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Watson, S. K., deLeeuw, R. J., Chi, B., Coe, B. P., Snijders, A., Albertson, D. G., Pinkel, D., Marra, M. A., Ling, V., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+tiling+resolution+DNA+microarray+with+complete+coverage+of+the+human+genome.">A tiling resolution DNA microarray with complete coverage of the human genome.</a> Nature Genetics. 36, 299-303 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Ishkanian, A. S., Malloff, C. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methods+for+high+throughput+validation+of+amplified+fragment+pools+of+BAC+DNA+for+constructing+high+resolution+CGH+arrays.">Methods for high throughput validation of amplified fragment pools of BAC DNA for constructing high resolution CGH arrays.</a> BMC Genomics. 5, 6 (2004).</li><li>Watson, S. K., DeLeeuw, R. J., Horsman, D. E., Squire, J. A., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cytogenetically+balanced+translocations+are+associated+with+focal+copy+number+alterations.">Cytogenetically balanced translocations are associated with focal copy number alterations.</a> Human Genetics. 120, 795-805 (2007).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SeeGH+--+a+software+tool+for+visualization+of+whole+genome+array+comparative+genomic+hybridization+data.">SeeGH -- a software tool for visualization of whole genome array comparative genomic hybridization data.</a> BMC Bioinformatics. 5, 13 (2004).</li><li>Chi, B., DeLeeuw, R. J., Coe, B. P., Ng, R. T., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MD-SeeGH:+a+platform+for+integrative+analysis+of+multi-dimensional+genomic+data.">MD-SeeGH: a platform for integrative analysis of multi-dimensional genomic data.</a> BMC Bioinformatics. 9, 243 (2008).</li><li>Coe, B. P., Ylstra, B., Carvalho, B., Meijer, G. A., Macaulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Resolving+the+resolution+of+array+CGH.">Resolving the resolution of array CGH.</a> Genomics. 89, 647-653 (2007).</li><li>Garnis, C., Coe, B. P., Lam, S. L., MacAulay, C., Lam, W. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+array+CGH+increases+heterogeneity+tolerance+in+the+analysis+of+clinical+samples.">High-resolution array CGH increases heterogeneity tolerance in the analysis of clinical samples.</a> Genomics. 85, 790-793 (2005).</li></ol>

Низкое качество ДНК не будет обеспечивать хороший профиль гибридизации. Важно, чтобы образцов и эталонов ДНК свободными от загрязняющих веществ, таких как фенол, РНК, соль и т.д., которые могут помешать случайные премьер шаг маркировки до начала гибридизации эксперимента. Например ресуспендирова?...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>5X Klenow Buffer</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Random Octamers </td>
<td>Reagent</td>
<td>Alpha DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>10X dNTP mix</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>2mM dATP, dGTP, dTTP, 1.2mM dCTP</td>
</tr>
<tr>
<td>Cy-3 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cy-5 labeled dCTP</td>
<td>Reagent</td>
<td>GE Healthcare</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Human Genomic DNA Reference</td>
<td>Reagent</td>
<td>Novagen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Example of a possible reference</td>
</tr>
<tr>
<td>Klenow</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>YM-30 Column</td>
<td>Reagent</td>
<td>Millipore</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cot-1 DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>DIG Easy</td>
<td>Reagent</td>
<td>Roche</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Sheared Herring Sperm DNA</td>
<td>Reagent</td>
<td>Promega</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Coverslip</td>
<td>Reagent</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>22mm x 60mm</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Cassette</td>
<td>Tool</td>
<td>Telechem</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

technical demonstration of whole genome array comparative genomic hybridization

Массив сравнительной геномной гибридизации (CGH массив) является методом для выявления выгод и потерь от сегменты ДНК или дозы генов в геноме 1. Последние достижения в этой технологии позволили высокое разрешение сравнения целых геномов для идентификации генетических изменений у онкологических и других генетических заболеваний 2. Суб-Megabase Резолюция Черепица набора массива (или SMRT) массив состоит из набора около 30 тысяч перекрытия бактериальные искусственные хромосомы (BAC) клонов, которые охватывают генома человека в ~ 100 пар kilobase (кб) сегментов 2. Эти BAC цели индивидуально синтезированы и с пятнами в двух экземплярах, на одном предметном стекле 2-4. Массив CGH основан на принципе конкурентного гибридизации. Выборка и ссылки ДНК дифференциально помечены цианиновых-3 и цианиновых-5 флуоресцентные красители, и со-гибридизации с массивом. После инкубационного периода, несвязанные образцы отмывали от слайдов и массив образ. В свободном доступе пользовательский пакет программного обеспечения под названием SeeGH (www.flintbox.ca) используется для обработки больших объемов данных, собранных - одного эксперимента генерирует 53 892 точек данных. SeeGH визуализирует интенсивности сигнала log2 соотношение между 2 пробы в каждой целевой концентрации алкоголя в крови которого вертикально с хромосомными позиции 5,6. Массив SMRT может обнаружить изменения как малые, как 50 КБ 7. Массив SMRT может обнаружить различные ДНК перестановки событий, включая ДНК, прибыли, убытки, усилений и гомозиготных делеций. Уникальное преимущество массива SMRT является то, что можно использовать ДНК, выделенной из фиксированных формалином и залитые парафином образцов. В сочетании с низкими требованиями к входу неусиленных ДНК (25-100ng) это позволяет профилирования драгоценных образцов, таких как, производимые микродиссекции 7,8. Это объясняется большой размер каждой целевой BAC гибридизации, который позволяет связывание меченых образцов достаточное для получения сигналов для обнаружения. Еще одним преимуществом этой платформы является толерантность тканей неоднородности, уменьшая необходимость в утомительной микродиссекции ткани 8. Это видео протокол шаг за шагом учебник от маркировки входных ДНК до получения сигнала для целого ряда плитки генома SMRT пути.

Watch this Scientific Journal Video about Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization at JoVE.com

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

Это видео является техническая демонстрация гибридизации протокол для целого генома плитки путь массив CGH, который сканирует весь геном человека, используя только 25-100 нг ДНК, которые могут быть выделены из различных источников, в том числе архивных фиксированных формалином материал.

Техническая демонстрация полного генома массива Сравнительный геномной гибридизации

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

Research

JoVE Journal

Biology

Double Whole Mount in situ Hybridization of Early Chick Embryos

Дважды Всего горе на месте гибридизация раннего куриных эмбрионов

The chick embryo is a valuable tool in the study of early embryonic development. Its transparency, accessibility and ease of manipulation, make it an ...

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Данио рерио Всего горе высокого разрешения двумя люминесцентными В Ситу Гибридизация

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Using Whole Mount in situ Hybridization to Link Molecular and Organismal Biology

Использование Всего горе На месте Гибридизация в ссылку молекулярной биологии и организменном

Whole mount in situ hybridization (WISH) is a common technique in molecular biology laboratories used to study gene expression through the localization of ...

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

ДНК-микрочипов: Контроль качества образцов, Array Гибридизация и сканирования

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Всего горы<em&gt; На месте</em&gt; Гибридизация E8.5 в E11.5 эмбрионов мыши

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

Конкурентные Геномная Экраны Barcoded Библиотеки дрожжей

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER

Выявление редких геномных вариантов с помощью секвенирования Объединенные SPLINTER

As DNA sequencing technology has markedly advanced in recent years2, it has become increasingly evident that the amount of genetic variation between any ...

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Whole Mount RNA Fluorescent in situ Hybridization of Drosophila Embryos

Всего горы РНК Флуоресцентные<em&gt; На месте</em&gt; Гибридизация<em&gt; Drosophila</em&gt; Эмбрионы

Assessing  the expression pattern of a gene, as well as the subcellular localization  properties of its transcribed RNA, are key features for ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

Массив сравнительная геномная гибридизация (Array CGH) для обнаружения геномной количество копий Варианты

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...

Genome-wide Purification of Extrachromosomal Circular DNA from Eukaryotic Cells

Генома Очистка экстрахромосомального кольцевой ДНК из эукариотических клеток

Extrachromosomal circular DNAs (eccDNAs) are common genetic elements in Saccharomyces cerevisiae and are reported in other eukaryotes as well. EccDNAs ...