الكائنات الحية التي تتكيف جيداً مع بيئتها هي أكثر عرضة للبقاء والتكاثر. ومع ذلك ، فإن الانتقاء الطبيعي لا يؤدي إلى كائنات حية متكيفة تماماً. هناك عدة عوامل تقيد الانتقاء الطبيعي.

أولاً ، لا يمكن أن يعمل الانتقاء الطبيعي إلا على التنوع الجيني الحالي. من الناحية الافتراضية ، قد تعزز الأنياب الحمراء بقاء الأفيال عن طريق ردع الصيادين الباحثين عن العاج. ومع ذلك ، إذا لم تكن هناك متغيرات جينية _ أو أليلات _ للأنياب الحمراء ، فإن الانتقاء الطبيعي لا يمكن أن يزيد من انتشار الأنياب الحمراء. يجب أن يتواجد الأليل أولاً أو ينشأ من خلال الطفرة.

تحد المقايضات أيضاً من الانتقاء الطبيعي. بينما قد يحمي أليل الأنياب الحمراء من الصيد الجائر ، إلا أنه قد يجعل الأنياب هشة وأقل فائدة في القتال والبحث عن الطعام.

توجد المفاضلات على المستوى الجينومي لأن الانتقاء الطبيعي يعمل على الأفراد بدلاً من الأليلات. غالباً ما ترتبط الجينات المتجاورة على نفس الكروموسوم ببعضها البعض ويتم توريثها معاً. إذا تم تمرير أليل للأنياب الحمراء مع أليل يسبب العقم ، فقد تختفي الأنياب الحمراء لأن التركيبة الموروثة تضر أكثر مما تنفع.

يمكن للسمات الوسيطة أيضاً أن تقيد الانتقاء الطبيعي. تخيل مجموعة من الأفيال بها ثلاثة أنواع من الأنياب: الأنياب التقليدية و ذات اللون الأحمر و ذات اللون الوردي المتوسط. قد تكون الأنياب الوردية مرغوبة من قبل الصيادين ، مثل الأنياب التقليدية ، وهشة ، مثل الأنياب الحمراء. يمكن أن يؤدي ضرر النمط الظاهري الوسيط إلى تقييد الانتقال من الأنياب التقليدية إلى الأنياب الحمراء في تجمعات الأفيال.

بينما يزيد الانتقاء الطبيعي عموماً من قدرة السكان على البقاء والتكاثر ، قد يكون للآليات التطورية الأخرى تأثير معاكس. يمكن إدخال الأليلات الضارة ومحو الأليلات المفيدة عن طريق الهجرة (أي تدفق الجينات) أو أحداث الصدفة (أي الانحراف الجيني) ، مثل الكوارث الطبيعية. التطور ليس حركة نحو الكمال ، ولكنه نتيجة للضغوط المشتركة على السكان.