Organismos que estão bem adaptados ao seu ambiente são mais propensos a sobreviver e se reproduzirem. No entanto, a seleção natural não leva a organismos perfeitamente adaptados. Vários fatores restringem a seleção natural.

Em primeiro lugar, a seleção natural só pode atuar sobre a variação genética existente. Hipoteticamente, presas vermelhas podem aumentar a sobrevivência dos elefantes, dissuadindo caçadores furtivos à procura de marfim. No entanto, se não houver variantes genéticas—ou alelos—para presas vermelhas, a seleção natural não pode aumentar a prevalência de presas vermelhas. O alelo deve primeiro existir ou surgir através de mutação.

Os compromissos também limitam a seleção natural. Embora um alelo para presas vermelhas possa proteger contra a caça furtiva, ele também pode tornar as presas frágeis e menos úteis para lutar e foragear.

Compromissos a nível genómico existem porque a seleção natural age sobre indivíduos em vez de alelos. Genes vizinhos no mesmo cromossoma são frequentemente ligados e herdados juntos. Se um alelo para presas vermelhas é passado com um alelo que causa infertilidade, as presas vermelhas podem desaparecer porque a combinação herdada faz mais mal do que bem. 

Características intermediárias também podem restringir a seleção natural. Imagine uma população de elefantes com três variantes de presas: presas tradicionais, presas vermelhas, e presas rosa intermediárias. As presas rosa podem ser cobiçadas por caçadores furtivos, como as presas tradicionais, e serem quebradiças, como presas vermelhas. A nocividade do fenótipo intermediário poderia restringir a transição de presas tradicionais para presas vermelhas em populações de elefantes.

Enquanto que a seleção natural geralmente aumenta a capacidade de uma população de sobreviver e se reproduzir, outros mecanismos evolutivos podem ter o efeito oposto. Alelos nocivos podem ser introduzidos e alelos úteis eliminados pela migração (ou seja, fluxo genético) ou eventos aleatórios (ou seja, deriva genética), como desastres naturais. A evolução não é um movimento em direção à perfeição, mas uma consequência de pressões combinadas sobre as populações.