البروتينات تشكل مركبات مع جزيئات أخرى صغيرة وكبيرة،متضمنة الأحماض النووية, الكربوهيدرات والدهون هذه تسمى البروتينات المرافقة بمعني أن مركباتهم تتكون من كلا الأحماض الأمينية والمكونات غير البروتينية البروتينات النووية تتكون من كلا البروتينين والأحماض النووية. بروتينات المرافقة للحمض نووى الريبوزى منزوع الأكسجين, أو دى إن بيز, تحتوي على دى إن إيه و موجود عادة فى النواة. في الخلايا حقيقات النوى الحمض النووي دى ان ايه ملفوف بإحكام حول بروتينات الهيستون،ليكون النيوكليوسومات،وهي جزء بالغ الأهمية فى بنية الكروموسوم ريبونيكلوبروتينات أو آر إنبيز تحتوى على آر إن إيه ويمكن أن يقع في النواة, و أيضا فى السيتوبلازم السبلايسيسوم هو مركب كبير بخمس آرإن ايه يبيز نووية أو إس إن آر إن بيز تحتوى كلا آر إن أيه والبروتين, مع عوامل إضافية يقوم هذا االسبليسيسوم بإزالة النيوكليوتيدات غير المرغوب فيها من نسخة الجين الناشئة البروتينات الجليكينية والبروتيوجليسين هي مركبات البروتين التي تحتوي على الكربوهيدرات بأحجام مختلفة الأجسام المضادة هي البروتينات الجليكينية بسلاسل كربوهيدرات قصيرة مهمة جدًا لكى تعمل المناعة بصورة طبيعية وعلى النقيض من ذلك،تتكون البروتينات الجليكينية من وحدات طويلة, متكررة من السكر.

في كثير من الأحيان تكون سكريات معدلة تحتوي على مجموعات وظيفية أخرى بدلاًمن مجموعة هيدروكسيل البروتينات الجليكينية هى مكون اساسى للنسيج الغشائى الخلوى الخارجى فى غضروف العظام الطويلة, لضمان حركة سلسة فى المفاصل. تتحد الدهون أيضًا بالبروتينات لأداء مجموعة متنوعة من الوظائف البروتينات الدهنية هي مركبات قابلة للذوبان فى الماء بها لب دهنى كاره للماء و سطح بروتين محب للماء و سطح بروتين محب للماء الكولسترول الغير القابل للذوبان لا يمكنه المرور بحرية عبر الدم لذا فهو يرتبط بلب البروتينات الدهنية التي تساعد في نقلها. وعلى العكس،الدهون البروتينية هي مركبات غير قابلة للذوبان في الماء بها أجزاء حمض أمينى كاره للماء متصل بجزيئات دهون الدهون موجوده بوفرة في أنسجة الدماغ،حيث يمكن أن تشكل طبقة خارجية عازلة تحافظ على القيام بالوظائف الحركية بصورة طبيعية بالإضافة إلى ذلك،البروتينات تكون مركبات مع العديد من أنواع الجزيئات الأخرى.

خلايا الدم الحمراء تشتق ألوانها من الهيم،وهو مكون غير بروتينى للهيموجلوبين تحتوي الهيم على ذرة حديدية مركزية والتى تربط وتنقل الأكسجين عبر مجرى الدم