بسبب أخطاء في نسخ وصل آر إن أيه والترجمة،بعض البروتينات لا تنطوى بشكل صحيح و يلزم أن يتم تحللها في حقيقيات النوى،المسار الأكبر لتحليل البروتين الإنتقائي هو مسار يوبكويتين بروتيوسوم يمكن لليوبكويتين لايجاز التمييز بين بروتين عادي وبروتين المستهدف من خلال التعرف على بعض إشارات التفكك على سطحها. ثم بعدها يحفز تحول عدة جزيئات يوبكويتين لحمض أمينى محدد على البروتين المستهدف لتميزهم لغرض تفكيكهم هذه البروتينات متعددة اليوبكويتين تكون مفككة بواسطة مركب البروتيز المعتمد على أيه تى بى ويسمى بروتوسوم. يتكون كل بروتيسوم من أسطوانة جوفاء مركزية،أو لُب،و مُركبات بروتين على شكل حلقة تُسمى القبعات عند واحد أو كلا طرفي اللُب.

اللب يتكون بواسطة وحدات بروتين فرعية عديدة التي تتجمع فى شكل حزمة من الحلقات. المواقع النشطةالبروتينية فى اللب تقع في حجرته الداخلية المجوفة. القبعات في نهاية لُب البروتيسوم تعمل كحماة،ويسمح فقط للبروتينات التي تميزها اليوبكويتين بالدخول الى اللب.

تحتوي القبعات على إنزيم الديبيكويتيناز الذى يشق يوبكويتين من بروتين الركيزة حتى يتسنى يوبكويتين المتحرر ان يتم إعادة تدويره. الغطاء بعد ذلك يستخدم الطاقة الناتجة من التحلل المائي لل أيه تى بى لفرد البروتين المستهدف،ويبدأ إدخال البروتين في اللُب. بجولات متتالية من التحلل المائي لل إيه تى بي البروتينات الغير المطوية تصل إلى لُب البروتيوسوم حيث يتم هضمها بواسطة البروتياز التى تبطن الحجرة الداخلية.

البروتياز يحول البروتين بأكمله إلى سلسلة بيبتيد قصيرة حيث بعدها تنطلق إالى السائل الخلوي. هذه البيبتيدات تتفكك أكثر من ذلك بواسطة بيبتيداز الموجود فى السائل الخلوية إالى الأحماض الأمينية المكونة لها،والتى يمكن لها في نهاية المطاف أن يعاد استخدامها بواسطة الخلية.