1. عينة بروتين التحضير <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في أنبوب 500 microfuge ميكرولتر ، والجمع بين ما يلي : </li></ol><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> الكاشف </td><td> حجم لإضافة : </td></tr><tr><td> * عينة بروتين (حتى 1 ملغ) </td><td> ما يصل الى 112 ميكرولتر </td></tr><tr><td> الاحتياطي العينة (5X) المنصوص عليها في عدة خرطوشة </td><td> 30 ميكرولتر </td></tr><tr><td> DTT 1M </td><td> 8μL </td></tr><tr><td> 18 Ω H 2 O </td><td> س ميكرولتر إلى مجموع حجم عينة من 150μL ** </td></tr></tbody></table><ol start="2" style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تفسد العينات في درجة حرارة 95 درجة مئوية لمدة 5 دقائق. تبرد لدرجة حرارة الغرفة. </li></ol> * سيكون إجمالي من البروتين لفصل تعتمد على التعقيد في العينة. لعينات أكثر تعقيدا ، مثل جناسة الأنسجة ، وينصح 150-200 ميكروغرام لكل قناة. ** وإذا كان حجم العينة أقل من 112 ميكرولتر ، إضافة Ω 18 H 2 O لجعل الحجم النهائي إلى 150 ميكرولتر. 2. تحميل خرطوشة GELFREE <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة GELFREE 8100 خرطوشة من احباط الحقيبة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة وتجاهل السداده لوحة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة العازلة التخزين من المقصورات خرطوشة باستخدام ماصة. إذا كان سيتم استخدام كافة الغرف 8 من خرطوشة ، يمكن مقلوب خرطوشة لاستنزاف العازلة التخزين من المقصورات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تعد خرطوشة لتحميل بإضافة GELFREE الاحتياطي لتشغيل كل غرفة خرطوشة على النحو التالي : </li></ol><table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> GELFREE غرفة خرطوشة </td><td> حجم الاحتياطي GELFREE الجري لإضافة </td></tr><tr><td> الأنود العازلة الخزان </td><td> 8 مل </td></tr><tr><td> الكاثود الخزان العازلة </td><td> 6 مل </td></tr><tr><td> جمع الغرف </td><td> 100 ميكرولتر كل </td></tr></tbody></table><ol start="5" style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة وتجاهل أي العازلة من العينة حجرة التحميل. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل عينات من 150 ميكرولتر في غرف التحميل باستخدام pipettor 8 قنوات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان خرطوشة تحميلها في محطة تقطير GELFREE 8100. انخفاض صفائف الكهربائي وإغلاق الغطاء. </li></ol> 3. تشغيل خرطوشة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> باستخدام أداة ليالي شاشة تعمل باللمس ، اضغط على زر طريقة لعرض قائمة مبرمجة مسبقا الأساليب. كل من الأساليب مبرمجة مسبقا يتكون من مجموعة الفولتية ويتوقف الوقت التي ترمي إلى حل البروتينات داخل نطاق معين من الأوزان الجزيئية. سوف نتوقف GELFREE 8100 تلقائيا لجمع جزء في الفترات المحددة في الأسلوب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مرة واحدة وقد تم التعرف على الأسلوب المناسب ، اضغط على زر استرداد ، وأدخل عدد من الأسلوب مبرمجة مسبقا المطلوب باستخدام لوحة المفاتيح التي تظهر على الشاشة. اضغط موافق ، ثم اضغط على زر تطبيق. والأسلوب الذي تم تطبيقه تظهر في الجزء السفلي من الشاشة الرئيسية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتحديد قنوات (عدد العينات) التي سيتم استخدامها في تشغيل ، اضغط على زر القناة على الشاشة الرئيسية. لتحديد كافة ثماني قنوات ، اضغط على اختيار جميع. ثم ، اضغط على القيام به للعودة الى الشاشة الرئيسية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ضمان أن يتم إغلاق الغطاء السلامة والتي على ضوء المؤشر الأخضر في أسفل الشاشة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لبدء فصل البروتين ، اضغط على بدء. محطة تقطير وقفة تلقائيا عندما يحين الوقت لجمع الكسور ملاحظة : على الرغم من أن النظام يعمل ، والدوائر هو مبين في المربع الموجود على الجانب الأيسر من الشاشة تصوير حالة كل قناة. دائرة خضراء يشير إلى أن قناة نشطة ، دائرة صفراء تشير إلى أن الصك قد توقفت ، ودائرة حمراء تشير إلى أن القناة قد فشلت. يتم عرض الفولتية المطبقة والتيارات على يمين الدوائر حالة القناة. يجب فقط عندما تتم إزالة أجزاء الدوائر تحولت حالة الصفراء وتنبيه يظهر النص على الشاشة وثيقة ق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لإزالة الكسور ، وفتح غطاء الجهاز واستخدام ماصة 8 قنوات لسحب 150 ميكرولتر من كل دائرة من الدوائر المجموعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بمجرد أن تمت إزالة الكسور ، وغسل الغرفة جمع مرتين مع GELFREE الاحتياطي قيد التشغيل من خلال إضافة 100 ميكرولتر لكل قناة وpipetting صعودا وهبوطا مرتين. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد الغسيل ، إضافة 100uL GELFREE من تشغيل المخزن المؤقت بالعودة الى غرف جمع وإغلاق الغطاء ، واضغط على الزر استئناف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> سوف تستمر حتى 8100 GELFREE الفاصل في المرة القادمة. يتم عرض إجمالي الوقت المتبقي في التجربة على الجانب الأيمن من الشاشة. للتبديل بين الوقت المتبقي والوقت المنقضي والوقت للتوقف ، اضغط على زر أعلى مربع عرض الوقت. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وقد شارك مرة واحدة كل من الكسورllected ، ويمكن استخدامها على الفور لإعداد المزيد من المتلقين ، مثل التركيز أو كهرساوي الكهربائي للهلام ، أو لتحليل السائل باستخدام الطيف اللوني أو immunoaffinity الشامل. </li></ol> 4. ممثل النتائج تم تقسيم A ميكروغرام 200 من جناسة الكبد البقري إلى 12 أجزاء لكل منها ، باستخدام نظام التقطير GELFREE. تم تشغيل 6 ميكرولتر من كل جزء على هلام 1D القياسية SDS PAGE الملون والفضة. كانت عينة البروتين كما هو مبين في الشكل 1 ، مجزأة إلى 12 كسور مختلفة ، تغطي مجموعة من الوزن الجزيئي ل3.5kDa 150kDa. وتبين أيضا معيار الوزن الجزيئي (ColorBurst ، سيغما) في الممرات 1 و 14. الجل هو موضح هنا يبرز ارتفاع معدل استرداد يتحقق باستخدام GELFREE 8100 نظام لتجزئة البروتين. الجل هو موضح هنا يمثل 4 ٪ من البروتين تعافى من 200 ميكروغرام. <img src="/files/ftp_upload/1842/1842fig1tmb.jpg" alt="الشكل 1" border="0" /> الشكل 1. جناسة فصل البروتينات من الكبد البقري باستخدام نظام التقطير GELFREE. تم تحميل 6 ميكرولتر من كل جزء 150 ميكرولتر وتعمل على جل SDS PAGE 1D الملون والفضة. تم تحميلها أيضا الوزن الجزيئي (MW) القياسية كما هو محدد. الرجاء <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/1842/1842fig1.jpg">انقر هنا</a> لرؤية نسخة أكبر من الرقم 1.

<ol>
	<li>Tran, J. C., Doucette, A. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multiplexed+Size+Separation+of+Intact+Proteins+in+Solution+Phase+for+Mass+Spectrometry.">Multiplexed Size Separation of Intact Proteins in Solution Phase for Mass Spectrometry.</a> Anal Chem.. , (2009).</li></ol>

ويعمل واضعو هذه المقالة عن طريق اكتشاف البروتين الذي ينتج الكواشف والأدوات المستخدمة في هذه المقالة.

نظام التقطير GELFREE 8100 يوفر وسيلة سريعة وطريقة بسيطة وقابلة للتكرار لتقسيم عينات البروتين المعقدة الى الوزن الجزيئي منفصلة على أساس الكسور. هذا الأسلوب من رواية تجزئة يلغي الحاجة لقطع الفرقة أو البقعة ، مما يجعل من الممكن لعزل البروتينات على نطاق واسع شامل في 90 دقيقة. القدرة على تحميل كميات كبيرة نسبيا من العينة واسترداد كسور في المرحلة السائلة مفيدة بشكل خاص في عزلة وتحليل البروتينات منخفضة وفرة ، والتي عادة ما تكون أكثر صعوبة في الكشف عنها. ويمكن بعد ذلك الكسور الناتجة يمكن استخدامها في مجموعة واسعة من التطبيقات ، مثل LC - MS ، TOF MALDI ، وimmunoblotting.

using the gelfree 8100 fractionation system for molecular weight-based fractionation with liquid phase recovery

نظام التقطير GELFREE 8100 هو تجزيء البروتين الرواية نظام مصمم لتحقيق أقصى قدر من الانتعاش خلال تجزئة البروتين أساس الوزن الجزيئي. ويتألف النظام من استخدام واحدة ، وخراطيش قدرة 8 عينة وآلات التقطير GELFREE الفوق. خلال الفصل ، يتم تطبيق الجهد المستمر بين الأنود والكاثود الخزانات ، وتحركها electrophoretically كل خليط من البروتين حجرة التحميل الى هلام هلام العمود المصممة خصيصا. وتتركز البروتينات في الفرقة ضيق في هلام التراص ، وفصلت على أساس هذه التنقلات الكهربي منها في جل حل. كما البروتينات أزل من العمود ، انهم محاصرون وتتركز في المرحلة السائلة في الغرفة جمع وخالية من هلام. بشكل مؤقت ثم صك على فترات زمنية محددة ، ويتم جمع الكسور باستخدام ماصة. وتتكرر هذه العملية حتى الانتهاء من جمع كل الكسور المطلوب. إذا تم تشغيل عدد أقل من 8 عينات على خرطوشة ، ويمكن استخدام أي الغرف غير المستخدمة في فصل لاحق. هذه التقنية الجديدة تسهل فصل سريعة وبسيطة لتصل إلى 8 خلائط البروتين المعقدة في وقت واحد ، ويقدم العديد من المزايا بالمقارنة مع الطرق المتاحة سابقا تجزيء. هذا النظام قادر على تجزئة يصل إلى 1mg من البروتين الكلي لكل قناة ، أي ما مجموعه 8mg في خرطوشة. يتم فصل البروتينات سليمة على نطاق واسع شامل على أساس الوزن الجزيئي ، والإبقاء على الخصائص الفيزيائية الهامة لتحليلها. في المرحلة انحباس السوائل يوفر لاسترداد عالية بينما يلغي الحاجة لقطع الفرقة أو البقعة ، مما يجعل عملية التجزيء استنساخه للغاية 1.

Watch this Scientific Journal Video about Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery at JoVE.com

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

الفيديو المرافقة توضح استخدام نظام التقطير GELFREE 8100 ، الذي أقسام عينات بروتين معقد على أساس الوزن الجزيئي وشفاء الكسور في المرحلة السائلة. فيديو يصف كيف تعمل هذه التكنولوجيا ، وكيف يتم استخدامها ، وتوفر البيانات الناتجة ، مع هلام بولي أكريلاميد التحليل الكهربائي للمجزأة جناسة الكبد البقري.

باستخدام نظام التقطير GELFREE 8100 لتقطير الوزن الجزيئي وبناء مع مرحلة الانتعاش السائل

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

using-gelfree-8100-fractionation-system-for-molecular-weight-based

Research

JoVE Journal

Biology

16.3K Views.  Protein Discovery, Inc.. الفيديو المرافقة توضح استخدام نظام التقطير GELFREE 8100 ، الذي أقسام عينات بروتين معقد على أساس الوزن الجزيئي وشفاء الكسور في المرحلة السائلة. فيديو يصف كيف تعمل هذه التكنولوجيا ، وكيف يتم استخدامها ، وتوفر البيانات الناتجة ، مع هلام بولي أكريلاميد التحليل الكهربائ?...

Video: Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Preparation and Fractionation of Xenopus laevis Egg Extracts

Crude and fractionated Xenopus egg extracts can be used to provide ingredients for reconstituting cellular processes for morphological and biochemical analysis. Egg lysis and differential centrifugation are used to prepare the crude extract which in turn in used to prepare fractionated extracts and light membrane preparations.

Crude and fractionated Xenopus egg extracts can be used to provide ingredients for reconstituting cellular processes for morphological and biochemical analysis. Egg lysis and differential centrifugation are used to prepare the crude extract which in turn in used to prepare fractionated extracts and light membrane preparations.

إعداد والتقطير من البيض مقتطفات القيطم المورق

Crude and fractionated Xenopus egg extracts can be used to provide ingredients for reconstituting cellular processes for morphological and biochemical ...

In situ Subcellular Fractionation of Adherent and Non-adherent Mammalian Cells

Protein function is intimately coupled to protein localization. Although some proteins are restricted to a specific location or subcellular compartment, many proteins are present as a freely diffusing population in free exchange with a sub-population that is tightly associated with a particular subcellular domain or structure. In situ subcellular fractionation allows the visualization of protein compartmentalization and can also reveal protein sub-populations that localize to specific structures. For example, removal of soluble cytoplasmic proteins and loosely held nuclear proteins can reveal the stable association of some transcription factors with chromatin. Subsequent digestion of DNA can in some cases reveal association with the network of proteins and RNAs that is collectively termed the nuclear scaffold or nuclear matrix. 
Here we describe the steps required during the in situ fractionation of adherent and non-adherent mammalian cells on microscope coverslips. Protein visualization can be achieved using specific antibodies or fluorescent fusion proteins and fluorescence microscopy. Antibodies and/or fluorescent dyes that act as markers for specific compartments or structures allow protein localization to be mapped in detail. In situ fractionation can also be combined with western blotting to compare the amounts of protein present in each fraction. This simple biochemical approach can reveal associations that would otherwise remain undetected.

In situ Subcellular Fractionation of Adherent and Non-adherent Mammalian Cells

In situ subcellular fractionation of mammalian cells on microscope coverslips allows the visualisation of protein localisation.

في تقطير التحت خلوية الموقع من خلايا الثدييات وغير ملتصقة منتسب -

Protein function is intimately coupled to protein localization. Although some proteins are restricted to a specific location or subcellular compartment, ...

Visualization of Caenorhabditis elegans Cuticular Structures Using the Lipophilic Vital Dye DiI

The cuticle of C. elegans is a highly resistant structure that surrounds the exterior of the animal1-4. The cuticle not only protects the animal from the environment, but also determines body shape and plays a role in motility4-6. Several layers secreted by epidermal cells comprise the cuticle, including an outermost lipid layer7.
Circumferential ridges in the cuticle called annuli pattern the length of the animal and are present during all stages of development8. Alae are longitudinal ridges that are present during specific stages of development, including L1, dauer, and adult stages2,9. Mutations in genes that affect cuticular collagen organization can alter cuticular structure and animal body morphology5,6,10,11. While cuticular imaging using compound microscopy with DIC optics is possible, current methods that highlight cuticular structures include fluorescent transgene expression12, antibody staining13, and electron microscopy1. Labeled wheat germ agglutinin (WGA) has also been used to visualize cuticular glycoproteins, but is limited in resolving finer cuticular structures14. Staining of cuticular surface using fluorescent dye has been observed, but never characterized in detail15. We present a method to visualize cuticle in live C. elegans using the red fluorescent lipophilic dye DiI (1,1'-dioctadecyl-3,3,3',3'-tetramethylindocarbocyanine perchlorate), which is commonly used in C. elegans to visualize environmentally exposed neurons. This optimized protocol for DiI staining is a simple, robust method for high resolution fluorescent visualization of annuli, alae, vulva, male tail, and hermaphrodite tail spike in C. elegans.

Visualization of Caenorhabditis elegans Cuticular Structures Using the Lipophilic Vital Dye DiI

We present a method to visualize cuticle in live C. elegans using the red fluorescent lipophilic dye DiI (1,1'-dioctadecyl-3,3,3',3'-tetramethylindocarbocyanine perchlorate), which is commonly used in C. elegans to visualize environmentally exposed neurons. With this optimized protocol, alae and annular cuticular structures are stained by DiI and observed using compound microscopy.

تصور انواع معينة ايليجانس</emالهياكل البشرة> استخدام الصبغة الحيوية محبة للدهون ، صلاح الغيدان

The cuticle of C. elegans is a highly resistant structure that surrounds the exterior of the animal1-4. The cuticle not only protects the animal from the ...

Do-It-Yourself Device for Recovery of Cryopreserved Samples Accidentally Dropped into Cryogenic Storage Tanks

Liquid nitrogen is colorless, odorless, extremely cold (-196 &deg;C) liquid kept under pressure. It is commonly used as a cryogenic fluid for long term storage of biological materials such as blood, cells and tissues 1,2. The cryogenic nature of liquid nitrogen, while ideal for sample preservation, can cause rapid freezing of live tissues on contact - known as 'cryogenic burn'2, which may lead to severe frostbite in persons closely involved in storage and retrieval of samples from Dewars. Additionally, as liquid nitrogen evaporates it reduces the oxygen concentration in the air and might cause asphyxia, especially in confined spaces2.
In laboratories, biological samples are often stored in cryovials or cryoboxes stacked in stainless steel racks within the Dewar tanks1. These storage racks are provided with a long shaft to prevent boxes from slipping out from the racks and into the bottom of Dewars during routine handling. All too often, however, boxes or vials with precious samples slip out and sink to the bottom of liquid nitrogen filled tank. In such cases, samples could be tediously retrieved after transferring the liquid nitrogen into a spare container or discarding it. The boxes and vials can then be relatively safely recovered from emptied Dewar. However, the cryogenic nature of liquid nitrogen and its expansion rate makes sunken sample retrieval hazardous. It is commonly recommended by Safety Offices that sample retrieval be never carried out by a single person. Another alternative is to use commercially available cool grabbers or tongs to pull out the vials3. However, limited visibility within the dark liquid filled Dewars poses a major limitation in their use.
In this article, we describe the construction of a Cryotolerant DIY retrieval device, which makes sample retrieval from Dewar containing cryogenic fluids both safe and easy.

Here we present a low cost, durable cryotolerant device for sample retrieval from Dewar tanks filled with liquid nitrogen. The ease of construction and modular design of the device makes the process of sample retrieval from cryogenic tanks safe and easy.

افعل ذلك بنفسك جهاز لاستخراج العينات Cryopreserved سقطت سهوا في صهاريج التخزين المبردة

Liquid nitrogen is colorless, odorless, extremely cold (-196 &deg;C) liquid kept under pressure. It is commonly used as a cryogenic fluid for long term ...

A Liquid Phase Affinity Capture Assay Using Magnetic Beads to Study Protein-Protein Interaction: The Poliovirus-Nanobody Example

In this article, a simple, quantitative, liquid phase affinity capture assay is presented. Provided that one protein can be tagged and another protein labeled, this method can be implemented for the investigation of protein-protein interactions. It is based on one hand on the recognition of the tagged protein by cobalt coated magnetic beads and on the other hand on the interaction between the tagged protein and a second specific protein that is labeled. First, the labeled and tagged proteins are mixed and incubated at room temperature. The magnetic beads, that recognize the tag, are added and the bound fraction of labeled protein is separated from the unbound fraction using magnets. The amount of labeled protein that is captured can be determined in an indirect way by measuring the signal of the labeled protein remained in the unbound fraction. The described liquid phase affinity assay is extremely useful when conformational conversion sensitive proteins are assayed. The development and application of the assay is demonstrated for the interaction between poliovirus and poliovirus recognizing nanobodies1. Since poliovirus is sensitive to conformational conversion2 when attached to a solid surface (unpublished results), the use of ELISA is limited and a liquid phase based system should therefore be preferred. An example of a liquid phase based system often used in polioresearch3,4 is the micro protein A-immunoprecipitation test5. Even though this test has proven its applicability, it requires an Fc-structure, which is absent in the nanobodies6,7. However, as another opportunity, these interesting and stable single-domain antibodies8 can be easily engineered with different tags. The widely used (His)6-tag shows affinity for bivalent ions such as nickel or cobalt, which can on their turn be easily coated on magnetic beads. We therefore developed this simple quantitative affinity capture assay based on cobalt coated magnetic beads. Poliovirus was labeled with 35S to enable unhindered interaction with the nanobodies and to make a quantitative detection feasible. The method is easy to perform and can be established with a low cost, which is further supported by the possibility of effectively regenerating the magnetic beads.

In this article, a simple, quantitative, liquid phase affinity capture assay is presented. It is a reliable technique based on the interaction between magnetic beads and tagged proteins (e.g. nanobodies) on one hand and the affinity between the tagged protein and a second, labeled protein (e.g. poliovirus) on the other.

تقارب المرحلة السائلة الفحص التقاطها باستخدام الخرز المغناطيسي لدراسة البروتين البروتين التفاعل: المثال فيروس شلل الأطفال، Nanobody

In this article, a simple, quantitative, liquid phase affinity capture assay is presented. Provided that one protein can be tagged and another protein ...

Metabolic Labeling and Membrane Fractionation for Comparative Proteomic Analysis of Arabidopsis thaliana Suspension Cell Cultures

Plasma membrane microdomains are features based on the physical properties of the lipid and sterol environment and have particular roles in signaling processes. Extracting sterol-enriched membrane microdomains from plant cells for proteomic analysis is a difficult task mainly due to multiple preparation steps and sources for contaminations from other cellular compartments. The plasma membrane constitutes only about 5-20% of all the membranes in a plant cell, and therefore isolation of highly purified plasma membrane fraction is challenging. A frequently used method involves aqueous two-phase partitioning in polyethylene glycol and dextran, which yields plasma membrane vesicles with a purity of 95% 1. Sterol-rich membrane microdomains within the plasma membrane are insoluble upon treatment with cold nonionic detergents at alkaline pH. This detergent-resistant membrane fraction can be separated from the bulk plasma membrane by ultracentrifugation in a sucrose gradient 2. Subsequently, proteins can be extracted from the low density band of the sucrose gradient by methanol/chloroform precipitation. Extracted protein will then be trypsin digested, desalted and finally analyzed by LC-MS/MS. Our extraction protocol for sterol-rich microdomains is optimized for the preparation of clean detergent-resistant membrane fractions from Arabidopsis thaliana cell cultures.
We use full metabolic labeling of Arabidopsis thaliana suspension cell cultures with K15NO3 as the only nitrogen source for quantitative comparative proteomic studies following biological treatment of interest 3. By mixing equal ratios of labeled and unlabeled cell cultures for joint protein extraction the influence of preparation steps on final quantitative result is kept at a minimum. Also loss of material during extraction will affect both control and treatment samples in the same way, and therefore the ratio of light and heave peptide will remain constant. In the proposed method either labeled or unlabeled cell culture undergoes a biological treatment, while the other serves as control 4.

Metabolic Labeling and Membrane Fractionation for Comparative Proteomic Analysis of Arabidopsis thaliana Suspension Cell Cultures

Here we describe a robust method for the fractionation of plant plasma membranes into detergent resistant and detergent soluble membranes based on a mixture of unlabeled and in vivo fully 15N labeled Arabidopsis thaliana cell cultures. The procedure is applied for comparative proteomic studies to understand signaling processes.

الأيضية وصفها وغشاء التقطير للالمقارن تحليل البروتين من<em&gt; نبات الأرابيدوبسيس thaliana</em&gt; الثقافات تعليق خلية

Plasma membrane microdomains are features based on the physical properties of the lipid and sterol environment and have particular roles in signaling ...

Polysome Fractionation and Analysis of Mammalian Translatomes on a Genome-wide Scale

mRNA translation plays a central role in the regulation of gene expression and represents the most energy consuming process in mammalian cells. Accordingly, dysregulation of mRNA translation is considered to play a major role in a variety of pathological states including cancer. Ribosomes also host chaperones, which facilitate folding of nascent polypeptides, thereby modulating function and stability of newly synthesized polypeptides. In addition, emerging data indicate that ribosomes serve as a platform for a repertoire of signaling molecules, which are implicated in a variety of post-translational modifications of newly synthesized polypeptides as they emerge from the ribosome, and/or components of translational machinery. Herein, a well-established method of ribosome fractionation using sucrose density gradient centrifugation is described. In conjunction with the in-house developed &#8220;anota&#8221; algorithm this method allows direct determination of differential translation of individual mRNAs on a genome-wide scale. Moreover, this versatile protocol can be used for a variety of biochemical studies aiming to dissect the function of ribosome-associated protein complexes, including those that play a central role in folding and degradation of newly synthesized polypeptides.

Ribosomes play a central role in protein synthesis. Polyribosome (polysome) fractionation by sucrose density gradient centrifugation allows direct determination of translation efficiencies of individual mRNAs on a genome-wide scale. In addition, this method can be used for biochemical analysis of ribosome- and polysome-associated factors such as chaperones and signaling molecules.

Polysome تجزئة وتحليل الثدييات Translatomes على مقياس الجينوم على نطاق

mRNA translation plays a central role in the regulation of gene expression and represents the most energy consuming process in mammalian cells. ...

Studying the Protein Quality Control System of D. discoideum Using Temperature-controlled Live Cell Imaging

The complex lifestyle of the social amoebae Dictyostelium discoideum makes it a valuable model for the study of various biological processes. Recently, we showed that D. discoideum is remarkably resilient to protein aggregation and can be used to gain insights into the cellular protein quality control system. However, the use of D. discoideum as a model system poses several challenges to microscopy-based experimental approaches, such as the high motility of the cells and their susceptibility to photo-toxicity. The latter proves to be especially challenging when studying protein homeostasis, as the phototoxic effects can induce a cellular stress response and thus alter to behavior of the protein quality control system. 
Temperature increase is a commonly used way to induce cellular stress. Here, we describe a temperature-controllable imaging protocol, which allows observing temperature-induced perturbations in D. discoideum. Moreover, when applied at normal growth temperature, this imaging protocol can also noticeably reduce photo-toxicity, thus allowing imaging with higher intensities. This can be particularly useful when imaging proteins with very low expression levels. Moreover, the high mobility of the cells often requires the acquisition of multiple fields of view to follow individual cells, and the number of fields needs to be balanced against the desired time interval and exposure time.

Studying the Protein Quality Control System of D. discoideum Using Temperature-controlled Live Cell Imaging

The social amoebae Dictyostelium discoideum has recently been established as a system to study protein misfolding and proteostasis. Here, we describe a new imaging-based methodology to study temperature-induced protein aggregation and the cellular stress response in D. discoideum.

دراسة نظام لمراقبة الجودة من البروتين<em&gt; D. discoideum</em&gt; عن طريق درجة الحرارة التي تسيطر التصوير الخلية الحية

The complex lifestyle of the social amoebae Dictyostelium discoideum makes it a valuable model for the study of various biological processes. Recently, we ...

Subcellular Fractionation for ERK Activation Upon Mitochondrial-derived Peptide Treatment

Mitochondrial-derived peptides (MDPs) are a new class of peptides that are encoded by small open reading frames within other known genes of the mitochondrial genome. MDPs have a wide variety of biological effects such as protecting neurons from apoptosis, improving metabolic markers, and protecting cells from chemotherapy. Humanin was the first MDP to be discovered and is the most studied peptide among the MDP family. The membrane receptors and downstream signaling pathways of humanin have been carefully characterized. Additional MDPs such as MOTS-c and SHLP1-6 have been more recently discovered and the signaling mechanisms have yet to be elucidated. Here we describe a cell culture based method to determine the function of these peptides. In particular, cell fractionation techniques in combination with western blotting allow for the quantitative determination of activation and translocation of important signaling molecule. While there are other methods of cell fractionation, the one described here is an easy and straightforward method. These methods can be used to further elucidate the mechanism of action of these peptides and other therapeutic agents.

This protocol describes how to stimulate cells with mitochondrial-derived peptides and assess the signaling cascade and localization of phospho-proteins.

تجزئة سوبسيلولار للتنشيط إيرك عند معاملة الببتيد المستمدة من الميتوكوندريا

Mitochondrial-derived peptides (MDPs) are a new class of peptides that are encoded by small open reading frames within other known genes of the ...

Graphene Enclosure of Chemically Fixed Mammalian Cells for Liquid-Phase Electron Microscopy

A protocol is described for investigating the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) in the intact plasma membrane of breast cancer cells using scanning transmission electron microscopy (STEM). Cells of the mammalian breast cancer cell line SKBR3 were grown on silicon microchips with silicon nitride (SiN) windows. Cells were chemically fixed, and HER2 proteins were labeled with quantum dot nanoparticles (QDs), using a two-step biotin-streptavidin binding protocol. The cells were coated with multilayer graphene to maintain a hydrated state, and to protect them from electron beam damage during STEM. To examine the stability of the samples under electron beam irradiation, a dose series experiment was performed. Graphene-coated and non-coated samples were compared. Beam induced damage, in the form of bright artifacts, appeared for some non-coated samples at increased electron dose D, while no artifacts appeared on coated samples.

Presented here is a protocol for labeling membrane proteins in mammalian cells and coating the sample with graphene for liquid-phase scanning transmission electron microscopy. The stability of the samples against the damage caused by radiation can also studied with this protocol.

حاوية الجرافين من خلايا الثدييات الثابتة كيميائياً للمجهر الإلكتروني للمرحلة السائلة

A protocol is described for investigating the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) in the intact plasma membrane of breast cancer cells using ...