Comparing Budding Curves, Flow Cytometry Data, and Experimental Data

ارسم المنحنيات الناشئة قبل المحاذاة باستخدام وظيفة الأداة المساعدة Python عن طريق إدخال الأمر في خلية جديدة. بعد ذلك ، ارسم منحنيات التبرعم بعد المحاذاة. باستخدام وظيفة الأداة المساعدة Python.

استخدم مقارنة الرسم البياني لخط الرسم المقدم في قارورة أدوات Python المساعدة لإجراء مقارنات الرسم البياني الخطي على إطار البيانات الأصلي أو المحاذي أو المحاذي والمحرف. عن طريق كتابة الأمر في خلية جديدة ، قم باستيراد ملف قائمة الجينات CSV أو TSV إلى دفتر الملاحظات باستخدام الأمر الموجود في خلية جديدة. بعد ذلك ، استخدم مقارنة خريطة التمثيل اللوني للوظيفة المتوفرة في ملف أدوات Python المساعدة لإجراء مقارنة خريطة حرارية على إطار البيانات المحاذي المقرف والمحاذي للطور عن طريق كتابة الأمر في خلية جديدة.

أظهرت مقارنة بين بيانات النسخ المحاذاة وغير المحاذاة أنه قبل المحاذاة ، ظهر تعبير الذروة الأول لتجارب microarray محاذيا للقمة الثانية لتجربة RNA-seq. ومع ذلك ، بعد المحاذاة ، تتم محاذاة قمم دورة الخلية الأولى لكل مجموعة بيانات بشكل مناسب. أظهرت مقارنة بيانات طور دورة الخلية عبر التجارب ذات الفترات المختلفة اختلافات زمنية مرئية في منحنيات التبرعم غير المحاذية.

في حين أن محاذاة الساعات جعلت المنحنيات الثلاثة تبدو متشابهة بشكل ملحوظ ، مما يجعل مقارنات البيانات التجريبية ممكنة ، فإن بيانات طور دورة الخلية لكل نقطة شريان حياة قابلة للمقارنة لم تكن متطابقة بين الشرطين. أظهرت مقارنة البيانات النسخية عبر التجارب ذات الفترات المختلفة أنه قبل المحاذاة ، كانت ديناميكيات النسخ ل CDC20 غير متداخلة. ولكن بعد المحاذاة ، حدثت القمم في نفس مرحلة دورة الخلية ولكن أشكال المنحنيات كانت مختلفة.

تم رسم الجينات كخرائط حرارية بنفس الترتيب لجميع الشروط الثلاثة لكل من غير المحاذاة والمحاذاة.