بعد إنشاء إحداثيات النظام لمحاكاة الديناميات الجزيئية ، قم بإنشاء برنامج نصي للإرسال لتقليل نظام الإحداثيات المبني وتخفيفه. استخدم الأوامر المدرجة حتى تعليق إنتاج علامة التصنيف في ملف README المتوفر في الإخراج من CHARMM-GUI إلى البرنامج النصي للإرسال. أرسل البرنامج النصي للاسترخاء وتأكد من إنتاج جميع ملفات الإخراج من خطواته قبل التقدم إلى تشغيل الإنتاج.
عند الانتهاء ، تحقق من وجود ملفات الإخراج بامتدادات مختلفة تم إنشاؤها من GROMACS أثناء تشغيل الاسترخاء المكون من ست خطوات. لإجراء المقارنة المعيارية ، قم بإنشاء مسارات قصيرة بطول واحد إلى اثنين نانوثانية وتقدير التكلفة الحسابية باستخدام أعداد مختلفة من عقد الحوسبة. قارن الأداء بالنانوثانية في اليوم لأعداد مختلفة من عقد الحوسبة لتحديد الموارد المثلى للتشغيل.
اختر عدد العقد التي تؤدي إلى مستوى أداء يتراوح بين 75 إلى 80٪ من الحد الأقصى. ضغط ملفات المسار الخام المشار إليها كملفات trr في GROMACS عن طريق تغيير تنسيق الملف إلى ملفات xtc أو تخطي الإطارات لتقليل حجم الملف لتسهيل النقل الفعال إلى المحطة المحلية للتصور والتحليل. تصور المسار الكامل قبل إجراء أي تحليل لتحديد الجزيئات أو الذرات ذات الأهمية وتحديد جزء المسار المخصص للتوصيف.
ثم حدد المساحة لكل سلسلة زمنية دهنية لمحاكاة الغشاء فقط وحدد جزء المسار. كشف تحليل بنية الغشاء عن وجود اختلاف كبير في السمك بين النموذجين للشبكة الإندوبلازمية ، مما يشير إلى وجود علاقة عكسية بين المساحة لكل دهون وسمك الغشاء. أظهرت معلمات ترتيب الديوتيريوم لكل نوع من أنواع الدهون أنه لا يوجد فرق يذكر بين ترتيب ذيول الدهون بين النماذج باستثناء DPPE ، مما يدل على زيادة طفيفة لذيل SN1 في نموذج PI.
تكوين الدهون ونماذج الغشاء يعدل التفاعلات مع الجزيئات الأخرى. على سبيل المثال ، أظهرت عمليات المحاكاة باستخدام نسب مختلفة من دهون PC و PS أن التفاعلات الكهروستاتيكية تدفع الارتباط الأولي ل D112 ، وهو كاتيون غير متمركز للدهون إلى الدهون الأنيونية والتفاعلات الكارهة للماء تسحب الجزيء إلى قلب الغشاء.
