قبل البدء في تثبيت SCRAP على نظام Mac OSX الأساسي ، قم بتنفيذ الأمر الذي git في الجهاز لتأكيد وجود Git. للتحقق من تثبيت Miniconda ، اكتب أي conda في الجهاز. لتثبيت Miniconda، راجع ملف تخفيض سعر إعداد النظام الأساسي على مستودع GitHub Meffert Lab للحصول على إرشادات للتثبيت على أنظمة Windows و Mac OS و Ubuntu For Mac، باستخدام Home Brew Package Manager، استخدم الأمر brew install miniconda لتثبيت Miniconda.
لتثبيت Conda ، قم بتشغيل conda init ، مع تحديد shell قيد الاستخدام ، ثم أغلق الغلاف وأعد فتحه. يعرض التثبيت الناجح البيئة الأساسية التي تم تنشيطها داخل جلسة الوحدة الطرفية. بعد ذلك ، قم بتشغيل استنساخ git المشار إليه للحصول على أحدث نسخة من شفرة مصدر SCRAP.
قم بتثبيت Mamba ، وهو حل حزم محسن ل Conda. باستخدام الأمر التالي ، قم بتثبيت جميع تبعيات SCRAP من SCRAP_environment. yml إلى بيئة كوندا الخاصة بها.
بعد ذلك ، استخدم البرنامج النصي bash المشار إليه ، الخاص بالكائن الحي الذي يتم تحليل تفاعلات SNC RNA mRNA الخاصة به من أجل SCRAP. قم بتوفير دليل المجلد المصدر SCRAP وقم بتنفيذ خطوات التثبيت باستخدام الملفات الموجودة داخل مجلدات FASTA والتعليقات التوضيحية. تأكد من اكتمال مسار الدليل وينتهي بشرطة مائلة.
ارجع إلى الجداول في الملف التمهيدي. md لاختصارات أنواع miRBase الصحيحة. للحصول على جينوم مرجعي محدث ، استخدم متصفح جينوم UCSC أو مركز بيانات جينوم NCBI.
فحص الأنواع المقابلة.التعليق التوضيحي. ملفات السرير في دليل التعليقات التوضيحية في مجلد مصدر SCRAP. إذا كانت هناك حاجة لتحليل نوع مختلف ، فقم بتوفير ملف محدد.
بعد تثبيت التبعيات و SCRAP ، استخدم البرنامج النصي المشار إليه لبدء تحليل SCRAP باستخدام بنية الأوامر المحددة. سرد المسار الكامل لنماذج الدلائل دون أي اختزال وتنسيق الدلائل عينة مع اسم المجلد المطابق لاسم العينة. أكد على أن المسار المدرج يؤدي إلى الدليل الذي يحتوي على كافة مجلدات العينة وليس إلى مجلد أو ملف عينة فردي.
بعد ذلك ، قم بإدراج المسار بالكامل إلى ملف المحول. تحقق من تطابق أسماء النماذج في ملف المحول مع أسماء المجلدات وأسماء الملفات المذكورة مسبقا. حدد نوع العينة، إما نهاية مقترنة أو نهاية واحدة، وحدد اختيار مرشحات الحمض النووي الريبي (RNA) ل pre-mRNAs و tRNAs وتنظيف الحمض النووي الريبي اختياريا.
سرد المسار بأكمله إلى الدليل المرجعي. اختصار miRBase واختصار الجينوم المرجعي.
