للبدء ، افتح MATLAB. افتح ملف test_parallel.mfile. في المتغير baseDir، حدد موقع مجلد تسلسلات الصور الأولية.
قم بتعيين المتغيرات numOfSlice مع العدد الإجمالي لتسلسلات الصور و numOfImage مع عدد الصور في كل تسلسل. افحص تسلسل صور المستوى الأوسط لقلب الزرد. تحديد أرقام إطارات الانقباضات الأولى والرابعة في التسلسل وتعيينها للمتغيرات systolicpoint_1st و systolicpoint_4th.
انقر فوق تشغيل لبدء إعادة بناء التصوير. قم بتنزيل حزمة 3D Cell Tracker وقم بإعداد بيئة Python. قم بتنزيل وفتح برنامج التعليقات التوضيحية ITK-SNAP.
قم بتسمية صورة القلب 3D يدويا في نقطتين زمنيتين ، واحدة أثناء البطين البعيد ، والأخرى أثناء الانقباض البطيني لإنشاء مجموعات بيانات التدريب والتحقق من الصحة. في بايثون ، قم بتشغيل برنامج التدريب على تعقب الخلايا 3D. في وظيفة وحدة التدريب ثلاثية الأبعاد ، قم بتهيئة معلمات noise_level و folder_path والنموذج لتعيين نموذج الوحدة ثلاثية الأبعاد المحدد مسبقا.
في MATLAB ، استخدم imageDimConverter. م لتحويل وإعادة تسمية مجموعة بيانات التدريب والتحقق من الصحة إلى التنسيق المناسب للتحميل. في بايثون استخدم المدرب.
load_dataset ومدرب. draw_dataset وظائف لتحميل مجموعات بيانات التدريب والتحقق من الصحة ، على التوالي. ثم قم بتشغيل الجزء الأول من برنامج تدريب 3D Cell Tracker وحدد معلمات التصوير لتجزئة الخلايا ثلاثية الأبعاد.
الآن في MATLAB ، استخدم imageDimConverter. م برنامج لتحويل وإعادة تسمية جميع الصور القلب 3D إلى الشكل المناسب ونقلها إلى مجلد البيانات. في Python ، قم بتشغيل الجزء الثاني من برنامج 3D Cell Tracker لبدء التجزئة.
بمجرد تقسيم أول صورة 3D ، قارن نتيجة التجزئة بالصورة الأولية. انقل التجزئة المصححة إلى مجلد المجلد الأول اليدوي الذي تم إنشاؤه. في Python ، قم بتشغيل الجزء الثالث من برنامج 3D Cell Tracker لتقسيم جميع الصور.
بعد ذلك ، افتح برنامج Amira وقارن مواضع الخلايا المتعقبة بصورها الأولية المقابلة للتقييم المرئي لنتائج التتبع. تحقق يدويا من صحة بيانات نتائج تتبع الخلية وحدد الخلايا ذات كثافة الصورة المتسقة عبر جميع وحدات التخزين. في برنامج 3D Slicer ، باستخدام تسميات الخلايا إلى OBJ.
IPYNB Script ، قم بإنشاء شبكة سطحية وتعيين رمز لون فريد لكل خلية. تصدير كل نموذج 3D كملف OBJ واحد مع كائنات فرعية متعددة مصحوبة بملف MTL لوصف تسمية الخلية. استيراد نماذج 3D إلى Unity ، باستخدام الرخصة التعليمية.
تطبيق البرامج النصية المخصصة التي تتكون من وظائف مكتوبة في برنامج C # على النماذج وعناصر واجهة المستخدم لتصور 4D والتحليل التفاعلي.
