بعد إجراء الكيمياء الهيستولوجية المناعية على أنسجة FFPE ، قم بتصوير الأقسام باستخدام جهاز تصوير علم الأمراض الرقمي. قم بتشغيل البرنامج لإجراء فك الخلط الطيفي للصور المشروحة. حدد ملف ، ثم انقر فوق فتح الصورة ، واختر ملفات QPTIFF لتحميل الصور إلى البرنامج.
اسمح للطوابع التي تم وضع علامة عليها كمشاريع مستنيرة بتحميلها في المشروع. قم بتحميل ملفات QPTIFF المعدة لتعويض التألق الذاتي. حدد التألق الذاتي على أداة الصورة لرسم خط على الصورة من الشريحة غير الملوثة عبر هياكل التألق الذاتي مثل كريات الدم الحمراء والكولاجين للتعويض عن التألق الذاتي.
ثم انتقل إلى قسم تحرير العلامات والألوان. قم بتعيين أسماء العلامات التي تطابق فلوروفور أوبال ، واضبط إعدادات اللون على خيارك المفضل. حدد إعداد الكل الموجود في الزاوية اليسرى السفلية من الواجهة لبدء فك خلط الفلوروفور.
افحص جميع الصور للتحقق من رؤية جميع الإشارات والانتهاء بنجاح من عملية فك الخلط. حدد رمز مقلة العين لإيقاف تشغيله وعلى جميع العلامات واحدة تلو الأخرى للتحقق من الجودة. انتقل الآن إلى علامة التبويب تصدير وأنشئ دليل تصدير فارغا جديدا بالنقر فوق الزر "استعراض" الموجود أسفل دليل التصدير.
حدد الصورة المركبة والصور المكونة TIFF متعددة الصور ضمن علامة التبويب الصور المراد تصديرها. انتقل إلى علامة التبويب تحليل الدفعات الموجودة عموديا على اليسار لمعالجة الشرائح على دفعات وحدد إنشاء أدلة منفصلة لكل عنصر ضمن خيارات التصدير. لإضافة شرائح للتحليل ، حدد ملفات QPTIFF ضمن الزر "إضافة شرائح" وقم بتحميلها في تحليل الدفعات.
حدد تشغيل لبدء المعالجة المجمعة للشرائح. قم بإنشاء مجلد جديد يحتوي فقط على ملفات المكونات من فك الخلط الطيفي ، مما يضمن بقاء بنية المجلد الهرمية سليمة. قم بتشغيل برنامج عارض الشرائح بالكامل.
انقر فوق إنشاء مشروع على الجانب الأيمن وقم بإنشاء مجلد فارغ جديد أو تحديده باسم مناسب. ثم انقر فوق أتمتة واختر إظهار محرر البرامج النصية. انسخ البرنامج النصي الموجود والصقه وقم بتعديل الموقع لتوجيهه نحو المجلد الذي يحتوي على كافة ملفات مكونات الشرائح.
حدد تشغيل لبدء عملية شرائح الخياطة المجمعة، ثم اسمح لها بالإكمال. الآن انقل ملفات OME TIFF التي تم إنشاؤها مؤخرا إلى مشروع QuPath واحفظها كمشروع جديد. عند ظهور نافذة جديدة، حدد تعيين نوع الصورة على أنه مضان، ثم انقر على الزر استيراد.
انتقل إلى القائمة الموجودة على اليسار ، وحدد عينة من القائمة وانقر نقرا مزدوجا لفتح العينة المختارة. اضبط كثافة القنوات بالنقر فوق رمز التباين لتحسين الرؤية. حدد جميع القنوات واختر إعادة التعيين.
تأكد من إيقاف تشغيل التألق الذاتي. لرسم منطقة اهتمام أو عائد استثمار للورم، انقر فوق رمز التباين مرة أخرى ثم حدد إظهار التدرج الرمادي. بعد ذلك ، حدد قناة علامة الورم واضبط شدتها للحصول على رؤية مثالية.
انقر فوق أداة الفرشاة لرسم عائد استثمار حول الورم. انقر فوق أداة واحدة واضبط عائد الاستثمار أثناء الضغط على مفتاح alt لتنعيم عائد الاستثمار من الخارج. عند الانتهاء ، ادمج أي أجزاء منفصلة من الورم في نفس عائد الاستثمار.
انقر بزر الماوس الأيمن فوق التعليق التوضيحي لعائد الاستثمار في القائمة الموجودة على اليسار ، وحدد تعيين الخصائص ، وأدخل اسما مناسبا. على سبيل المثال ، الورم. قم بتوسيع عائد الاستثمار للهامش الغازي من منطقة الورم عن طريق تحديد الكائنات ، ثم التعليقات التوضيحية ، متبوعة بتوسيع التعليقات التوضيحية.
اختر الحجم المطلوب لنصف قطر التمدد. حدد إزالة الداخلية وتقييدها بالوالد. انقر على أيقونة التباين ، وحدد قناة التألق الذاتي واضبط الكثافة للحصول على رؤية مثالية.
انقر فوق العصا واضبط عائد الاستثمار أثناء الضغط على مفتاح alt لتنعيم عائد الاستثمار من الخارج وإزالة أي خلفية لا ينبغي أن تكون جزءا من عائد الاستثمار هذا. انقر بزر الماوس الأيمن فوق التعليق التوضيحي في القائمة على اليمين. ثم حدد تعيين الخصائص لتعيين اسم مناسب، مثل الهامش الغازي أو المراسلة الفورية لعائد الاستثمار.
إذا رغبت في ذلك ، قم بتغيير لونه. لتصدير التعليقات التوضيحية، انتقل إلى خيار الملف، وانقر فوق بيانات الكائن، وتصدير بتنسيق GeoJSON، وحدد تصدير كافة الكائنات. تابع التحديد الافتراضي عند التصدير كمجموعة معالم، واحفظه في موقع مفضل.
