للبدء ، قم بإعداد مجهر الفلورسنت للتصوير. أدخل شريحة ملطخة بالكامل مع أقسام أنسجة البقع المناعية. بمجرد تحديد الهدف ، اضغط على الزر المباشر ثم ركز على العينة.
استخدم رمز المقياس التلقائي لتقييم ما إذا كانت القنوات مشبعة بشكل كاف بالإشارة. بعد الانتهاء من إعدادات المجهر ، قم بتحميل المجهر بشرائح التحكم في اللون الفردي. ركز أسفل العينة واضغط على خيار البدء في قائمة Z-Stack لبدء إعداد Z-Stack.
ثم ركز فوق العينة واضغط على خيار النهاية. لتعويض مضان الصور ، افتح إحدى صور التحكم الفردية. راقب نوافذ التدرج الرمادي لكل قناة بحثا عن إشارة في قناة غير مناسبة.
لإزالة التسييل، أدخل الأرقام يدويا في المصفوفة، ثم اضغط على تطبيق لاختبار ما إذا كان قد تمت إزالته بشكل كاف. بعد ذلك ، قم بتجميع جميع القيم من كل عنصر تحكم في مصفوفة واحدة. ضع هذه المصفوفة على عينة ملطخة بالكامل.
قم بتشغيل برنامج ilastik وافتح ملف tiff للأنسجة. انقر فوق علامة تبويب التدريب ، ثم استخدم أداة فرشاة الرسم لتمييز الخلايا الفردية على الصور. تأكد من تسليط الضوء على الخلايا بحيث يتم تضمين الغشاء الداخلي وغشاء الخلية.
بعد ذلك ، استخدم التسمية الثانية لتمييز كل ما ليس خلايا الاهتمام. الآن قم بتشغيل البرنامج الثالث وافتح صورة IMS للأنسجة التي تحتوي على جميع بقع الفلورسنت. اختر خيار القناع فوق النوى كقناة مصدر لاكتشاف النوى.
ثم حدد الخيار المتقدم لتقسيم النوى بنقاط البذور. اضبط قيمة لقطر النواة. افحص الصورة بحثا عن خلايا متعددة مدمجة أو خلايا مفقودة.
ثم انقر فوق كائن الخلايا التي تم إنشاؤها ، متبوعا بعلامة تبويب الإنشاء ، ثم خيار تخزين المعلمات للدفعة لحفظ إعدادات الاستخدام. قم بتشغيل Anaconda ثم قم بتشغيل JupyterLab داخل Anaconda. افتح ملف الترميز التكميلي 1 ، ثم اضغط على تشغيل جميع الخلايا أو تشغيل الخلايا المحددة في قائمة التشغيل.
عند ظهور مطالبة، أدخل دليل الملف لقيم الفلورسنت المصدرة. ثم أدخل دليل الملف لأي موقع مناسب لحفظ الملفات المعالجة. قم بتشغيل القسم التالي من التعليمات البرمجية لإضافة تعليقات توضيحية إلى البيانات بأسماء كل قناة.
بمجرد إنشاء استراتيجية البوابات ، انقر بزر الماوس الأيمن على السكان في القائمة ، ثم اختر تصدير. قم بتصدير المعلمات كملف csv مع تضمين الرؤوس. قم بتشغيل JupyterLab في أناكوندا مرة أخرى.
ثم افتح البرنامج النصي في ملف الترميز التكميلي 2 وقم بتشغيل الكود. عند مطالبتك بإدخال موقع البرنامج للملف ، أدخل دليل الملفات لملفات csv المصدرة. بعد ذلك ، عند مطالبتك بإضافة موقع الإخراج ، اختر دليل ملف من اختيارك وتأكد من أن دليل الملف يتضمن اسم الملف في النهاية.
قم بتشغيل بقية التعليمات البرمجية. الآن انسخ النص في ملف txt وافتح ملف ims المقابل في البرنامج الثالث. انقر فوق كائن الخلية في الملف.
قم بالتبديل إلى علامة تبويب الإحصائيات ، ثم الصق النص في شريط البحث وابدأ البحث. سيتم الآن تسليط الضوء على جميع الخلايا ذات الاهتمام. تم فصل الأصباغ الفلورية المتداخلة طيفيا بشكل فعال في الأنسجة الملطخة بأصباغ متعددة.
فصل الأصباغ يميز بوضوح أنواع الخلايا المختلفة في الأنسجة الليمفاوية. تم استخدام التعلم الآلي المحدد من قبل المستخدم لفصل الخلايا حتى عند ضغطها معا بشكل وثيق.
