للبدء ، افتح قاعدة بيانات علم الأدوية وأنظمة الطب الصيني التقليدية ومنصة التحليل. أدخل التركيبة الطبية ل Jiawei Shengjiang San، أو JWSJS، وقم بتطبيق معايير الفحص. ثم باستخدام قاعدة البيانات ، استرجع الأهداف المقابلة للمكونات.
الحصول على المكونات النشطة من Bombyx batryticatus و Cicadidae Periostracum في قواعد بيانات الطب الصيني التقليدي والتركيب الكيميائي. بعد اختيار المركبات ذات أرقام الخدمة الكيميائية المجردة ، قم بتنزيل مخططات بنية 2D للمكونات النشطة من PubChem. مع SwissADME ، قم بفحص المكونات ذات الامتصاص العالي للجهاز الهضمي كتشابه دوائي كان عنصران أو أكثر نعم.
استيراد هذه إلى قاعدة البيانات للتنبؤ البروتين المستهدف. في UniProt ، قم بتعيين الحالة على أنها تمت مراجعتها والأنواع على أنها بشرية وتوحيد الأهداف. ابحث عن اعتلال الكلية السكري ، أو DN ، من خلال قواعد البيانات المختلفة واحصل على الأهداف.
بعد الجمع وإزالة التكرار. باستخدام برنامج 4.2.0 الخاص بنا ، قم بفحص الأهداف الشائعة ل JWSJS و DN لرسم مخططات Venn. قم باستيراد المكونات النشطة والأهداف المحتملة ل JWSJS إلى برنامج Cytoscape 3.8.0 لإنشاء مخطط شبكة هدف مكون الدواء الذي يصور العلاقة بين الأدوية والمكونات والأهداف والأمراض.
لتحليل الجينات المتقاطعة في منصة STRING ، اضبط الأنواع على Homo sapiens والحد الأدنى من درجة التفاعل المطلوبة إلى أكثر من 0.9 لبناء الشبكة باستخدام وضع تحليل البروتين المتعدد. باستخدام Cytoscape 3.8.0 ، قم بتحليل الشبكة طوبولوجيا وحساب مركزية التباين ، ومركزية القرب ، ومركزية الدرجة ، ومركزية المتجه الذاتي ، والطريقة المحلية القائمة على الاتصال المتوسط ، وقيم مركزية الشبكة لكل عقدة. ثم احصل على معرفات أهداف التقاطع مع orghs.eg.
حزمة ديسيبل. استخدام منشئ ملفات التعريف للمجموعة org.hs.eg. حزم DB و Enrichplot و ggplot2 ، إجراء تحليلات الإثراء.
فحص لتحليل إثراء أنطولوجيا الجينات الوظيفية على أفضل 10 نتائج بيولوجية بقيمة p مصححة أقل من 0.05 ، وحدد أفضل 30 مسارا مع أعلى إثراء لموسوعة كيوتو لتحليل الجينات والجينوم. ابحث في قاعدة بيانات PubChem للحصول على ملف SDF لهيكل 2D للمكونات الأساسية ل JWSJS. باستخدام برنامج ChemBio3D Ultra 14.0 ، قم بإنشاء وتحسين هيكله ثلاثي الأبعاد.
احفظه بتنسيق MOL2 لاستخدامه كملف يجند. ابحث عن وتنزيل تنسيق PDB لهيكل 3D للأهداف الأساسية من مختبر الأبحاث لقاعدة بيانات بنك بيانات البروتين المعلوماتية الحيوية الهيكلية. باستخدام برنامج PyMOL 2.4.0 ، قم بإزالة جزيئات الماء والروابط من بنية البروتين واحفظه كملف مستقبلات PDB.
استيراد ملف بروتين المستقبل إلى برنامج AutoDock Tools 1.5.7 للهدرجة وتحويل كل من بروتين المستقبل وليجند الجزيء الصغير إلى تنسيق PDBQT. اضبط جيبا نشطا لبروتين المستقبل مع ضبط معامل التباعد على واحد. باستخدام AutoDock Vina 1.2.0 للإرساء الجزيئي ، احسب طاقة الربط.
تصور نتائج الإرساء باستخدام برنامج PyMOL 2.3.0 و LigPlot 2.2.5. إجراء تحقيقات ديناميكية جزيئية أو MD على ثلاثة من معقدات الليجند المشتقة الواعدة ، واستخدام البيئة المائية SBC مع 0.15 مولار كلوريد الصوديوم. ابدأ مرحلة تقليل الطاقة لمدة 100 بيكو ثانية باستخدام معلمات ديزموند الافتراضية.
ضمان درجة حرارة وضغط مستقرين 26.85 درجة مئوية و 1.01325 بار عبر جميع أنظمة الإنتاج من خلال منهجية سلسلة Nose-Hoover و Martyna-Tobias-Kline. نفذ محاكاة MD لمدة 100 نانوثانية بخطوة زمنية مقدارها فيمتو ثانية ، وسجل الإحداثيات الذرية كل 100 بيكو ثانية. افتح الرسم التخطيطي لتفاعلات المحاكاة أو وحدة SID وقم بتحميل ملفات بيانات نتائج المحاكاة فيه.
بمجرد اكتمال التحليل ، اعرض النتائج وفسرها داخل واجهة وحدة SID. حقن المجموعة النموذجية مع حقن داخل الصفاق من الستربتوزوتوسين. بعد 72 ساعة، اختبر مستويات السكر في الدم من خلال أخذ عينات الدم من وريد الذيل.
مراقبة التغيرات النسيجية المرضية في كلية الفئران لتأكيد نموذج DN الناجح. ثم إعطاء الأدوية المناسبة للفأر عن طريق التزويج الفموي مرة واحدة يوميا. جمع عينات الدم من الشريان الأورطي البطني للفأر المخدر.
أخيرا ، بعد القتل الرحيم للفأر ، اجمع الكلى لإجراء التحليلات البيوكيميائية والمجهرية. أظهر تلطيخ الحمض الدوري Schiff أن مجموعة النموذج قد زادت من الأحجام الكبيبية ، والغشاء القاعدي السميك ، وزادت المصفوفة المتوسطة مقارنة بالمجموعة العادية. تم تخفيف هذه المظاهر المرضية بشكل كبير في كل مجموعة تدار المخدرات.
أشار المجهر الإلكتروني النافذ إلى أن الغشاء القاعدي الكبيبي في المجموعة النموذجية كان سميكا مقابل المجموعة العادية. تم تخفيف المظاهر المجهرية للفئران في كل مجموعة إدارة بدرجات متفاوتة مقابل المجموعة النموذجية. بالمقارنة مع المجموعة النموذجية ، كان هناك انخفاض كبير في التعبير عن p-EGFR و p-MAPK3 / 1 و BAX ، وتنظيم تعبير BCL-2 في أنسجة كلى الفئران لكل مجموعة جرعات بدرجات متفاوتة.
