تشغيل وزارة الخارجية لاستكشاف البيانات غير الخاضعة للإشراف لمجموعات البيانات المعقدة متعددة الأوميكس

ابدأ ببيانات الإدخال المعالجة والمنسقة، والتي تحتوي على خمسة أعمدة، ومعرف العينة، والنوع، ومجموعة البيانات، والمتغير، والقيمة. سيتم استخدام هذه البيانات في نموذج وزارة الخارجية. ثم انتقل إلى Jupyter Lab وانقر على رمز المجلد.

انقر نقرا مزدوجا فوق سير عمل MOFA ، متبوعا بالبرامج النصية والتكوينات. افتح الملف 03_MOFA_Configuration.csv. أدخل عدد العوامل المراد تقديرها في نموذج MOFA، واضبط القيم في الملف لتحديد ما إذا كان يجب تطبيق الانتظار والقياس أم لا.

حدد ملف واحفظ ملف CSV من القائمة في الأعلى لحفظ التغييرات. باستخدام قائمة التنقل على الجانب الأيسر ، انتقل إلى مجلد البرامج النصية بالنقر فوق البرامج النصية. ثم افتح دفتر الملاحظات 03_Run_MOFAipynb.

انقر فوق الزر "إعادة تشغيل Kernel" وقم بتشغيل جميع الخلايا في الجزء العلوي لتشغيل البرنامج النصي ، ثم انقر فوق "إعادة التشغيل" في النافذة المنبثقة. للانتقال إلى مجلد 03_figures ، انقر نقرا مزدوجا فوق الأشكال ثم 03_figures. افتح المؤامرة التي تم إنشاؤها Figure03_Overview_Variance_Decomposition اسم نتيجة MOFA ، وافحص نتيجة النموذج.

انتقل إلى قائمة التنقل على الجانب الأيسر. انقر فوق رمز المجلد ، ثم انقر نقرا مزدوجا فوق بيانات الإدخال للانتقال إلى مجلد بيانات الإدخال. سحب وإسقاط المعدة.

CSV يحتوي على جميع البيانات الوصفية للعينات المراد تحليلها بالاقتران مع ملف العوامل التي تم إنشاؤها في مجلد بيانات الإدخال. انقر فوق رمز المجلد. ثم ، انقر نقرا مزدوجا فوق mofa_workflow ، متبوعا بالبرامج النصية والتكوينات للانتقال مرة أخرى إلى مجلد التكوينات.

افتح الملف 04_Factor_Analysis_csv. في عمود المتغيرات العددية، أضف أسماء جميع الأعمدة الرقمية في نموذج ملف CSV للبيانات الوصفية المعد والذي سيتم التحقيق فيه فيما يتعلق بعوامل MOFA مفصولة بفواصل. في عمود المتغيرات المشتركة الفئوية ، أضف أسماء جميع الأعمدة الفئوية في ملف CSV للبيانات الوصفية النموذجية المعدة والتي سيتم التحقيق فيها فيما يتعلق بعوامل MOFA ، مفصولة بفواصل.

احفظ التغييرات عن طريق تحديد ملف وحفظ ملف CSV من القائمة في الأعلى. بعد ذلك ، انقر فوق البرامج النصية للانتقال إلى مجلد البرامج النصية. انقر نقرا مزدوجا فوق 04_Downstream_Factor_Analysis_ipynb دفتر الملاحظات لفتحه.

لتشغيل البرنامج النصي ، انقر فوق إعادة تشغيل Kernel وقم بتشغيل جميع المبيعات زر في الأعلى ، ثم انقر فوق إعادة التشغيل في النافذة المنبثقة. استخدم قائمة التنقل الموجودة على اليسار للانتقال إلى مجلد 04_figures بالنقر المزدوج على الأشكال ، ثم 04_figures. لفتح المؤامرات التي تم إنشاؤها ، انقر نقرا مزدوجا عليها وتحقق من عوامل الأنماط والجمعيات المثيرة للاهتمام.