ابدأ بإضافة جميع مجموعات بيانات الإدخال multiomics إلى مجلد بيانات الإدخال. هنا تحتوي على بيانات من المرضى الذين يعانون من متلازمات الشريان التاجي المستقرة والمزمنة والحادة. لمعالجة البيانات مسبقا ، انقر فوق رمز المجلد ، ثم انقر نقرا مزدوجا فوق البرامج النصية والتكوينات mofa_workflow للوصول إلى مجلد التكوين.
انقر نقرا مزدوجا فوق ملف CSV لتكوين البيانات لفتحه. في عمود القيمة، أدخل المسارات إلى مجلدات بيانات الإدخال والنتائج. في عمود اسم التكوين-القيمة، حدد اسما لإضافته كملحق ملف لجميع الملفات المحفوظة.
لحفظ التغييرات، اختر ملف وحفظ ملف CSV من القائمة في الجزء العلوي. ثم ، باستخدام قائمة التنقل على الجانب الأيسر ، انقر فوق البرامج النصية للانتقال إلى مجلد البرامج النصية. انقر نقرا مزدوجا فوق 00_Configuration_Update.
IPYNB لفتح دفتر ملاحظات التهيئة. لتشغيل البرنامج النصي ، انقر فوق إعادة تشغيل Kernel و تشغيل كافة الخلايا زر في الجزء العلوي ، ثم انقر فوق إعادة التشغيل في النافذة المنبثقة. للانتقال إلى مجلد التكوينات ، انقر نقرا مزدوجا فوق التكوينات.
ثم انقر نقرا مزدوجا فوق 01_Pre_Processing_SC_Data. csv لفتح الملف. تحقق من القيم التي يتم تعبئتها تلقائيا ، وحدد ملف ملف وحفظ ملف CSV من القائمة في الجزء العلوي لحفظ التغييرات.
ثم استخدم قائمة التنقل على الجانب الأيسر وانقر على البرامج النصية للانتقال إلى مجلد البرامج النصية. انقر نقرا مزدوجا فوق 01_Prepare_Pseudobulk. IPYNB لفتح دفتر الملاحظات.
لتشغيل البرنامج النصي ، انقر فوق إعادة تشغيل Kernel و تشغيل كافة الخلايا زر في الجزء العلوي ، ثم انقر فوق إعادة التشغيل في النافذة المنبثقة. للانتقال إلى مجلد الأشكال ، انقر نقرا مزدوجا أولا فوق الأشكال ، ثم على 01_figures. افتح المؤامرة التي تم إنشاؤها حديثا ، FIG01_Amount_of_Cells نظرة عامة.
ثم افحص المخطط لتحديد مجموعات نوع الخلية التي تحتوي على عدد منخفض جدا من الخلايا لكل عينة. قم بتدوين أسماء معرفات المجموعات هذه لاستبعادها في الخطوات اللاحقة. للانتقال مرة أخرى إلى مجلد التكوين ، انقر فوق النقاط وانقر نقرا مزدوجا فوق التكوينات.
ثم افتح الملف 02_Pre_Processing_Configuration_SC.csv. أضف جميع معرفات نظام المجموعة المحددة للاستبعاد في الخطوة السابقة، مفصولة بفواصل في العمود cell_type_exclusion. لحفظ التغييرات، اختر ملف وحفظ ملف CSV من القائمة في الجزء العلوي.
الآن افتح الملف 02_Pre_Processing_Configuration. CSV ، واضبط تكوين المعالجة المسبقة لكل مجموعة بيانات مضمنة ومخزنة في مجلد إدخال البيانات. اضبط المعلمات في الأعمدة حسب الحاجة بناء على خطوات المعالجة المسبقة التي يجب تطبيقها.
احفظ التغييرات عن طريق تحديد ملف وحفظ ملف CSV. للانتقال إلى مجلد البرامج النصية ، انقر فوق البرامج النصية. افتح دفتر الملاحظات 02_Integrate_and_Normalize_Data_Sources.ipynb.
انقر فوق الزر "إعادة تشغيل Kernel" و "تشغيل كافة الخلايا" في الجزء العلوي ، ثم انقر فوق "إعادة التشغيل" في النافذة المنبثقة. بعد ذلك ، انتقل إلى مجلد 02_results الذي تم إنشاؤه. انقر فوق رمز المجلد ، ثم انقر نقرا مزدوجا فوق النتائج و 02_results.
تحقق من أنه يتضمن 02_Combined_Data الملف واسم التكوين وملف CSV المتكامل الذي يحتوي على ملف إدخال بيانات ما قبل المعالجة المدمج.
