وتستمد جميع أطياف الرنين المغناطيسي المستخدمة كأمثلة توضيحية من دراسة نشرت في وقت سابق 7 الذي كان مدعوما ماليا من شركة نستله.

1. استعمار الجرثومية خالية من الحيوانات وجمع العينات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة الجرثومية خالية من الحيوانات من العوازل وإيوائهم في غرفة تربية التقليدية في أقفاص مجهزة تصفية أمام الحيوانات التقليدية التي ستكون بمثابة الضوابط (الشكل 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> half مزيج من القمامة (3 أيام من العمر) التي اتخذت من قفص الرقابة التقليدية مع القمامة من الحيوانات الجرثومية خالية. دائما 1 / 3 من القمامة التقليدية القذرة في كل مرة لا بد من تجديدها من أجل الحفاظ على مستوى البكتيريا (يبقيه على الأقل لمدة 3 أيام). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جمع البول في microtube 1.5 مليلتر من خلال التعامل مع الماوس فوق الأنبوب ويساعد التبول بواسطة التدليك برفق الامعاء. المفاجئة للتجمد على الفور في النيتروجين السائل. متجر على الأقل حتى -40 درجة مئوية تحليل الرنين المغناطيسي النووي. مطلوب حد أدنى لحجم 20 ميكرولتر لاقتناء مع التحقيق الذي تجريه NMR 5 ملم ، ولكن من المستحسن استخدام 30 ميكرولتر لتحسين نوعية التنميط الأيض. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وينبغي أن الحيوانات به الموت الرحيم دون استخدام أي مخدر من أجل تجنب الخلط الرنين المغناطيسي الرنين بسبب الاستقلاب الكبدي من المركبات مخدر (على سبيل المثال ، استخدم خلع عنق الرحم يليه تأكيد الموت استنزاف) </li></ol> 2. توصية لجمع خزعة الكبد <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لا تستخدم أي منتجات تحتوي على الكحول لتفادي التلوث. تغسل الأدوات باستخدام محلول ملحي ، أو فقط. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لا خرم المرارة. في حالة تسرب الصفراء ، والأنسجة يغسل بالماء فورا أو بمحلول ملحي. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جمع خزعات الكبد (حوالي 15-50 ملغ) من الفص الأيسر كما هو موضح في الشكل 2. الخزعات لاستنساخه ، وجمع باستمرار في وسط الفص الأيسر تجنب المناطق المحيطة حيث النسيج هو أرق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> المفاجئة الخزعات تجميد في النيتروجين السائل على الفور ، وتخزينها في التحليل حتى -80 درجة مئوية الرنين المغناطيسي النووي. </li></ol> 3 1 H NMR اقتناء microvolume من البول </P&gt; <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد 0.2M العازلة الفوسفات الصوديوم في حل D2O (99.8 ٪) ، ودرجة الحموضة التي تحتوي على 7،4 1 ملم 3 -- (trimethylsilyl) حمض البروبيونيك د 4 (TSP). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 30 ميكرولتر مزيج من البول مع 30 ميكرولتر من العازلة فوسفات الصوديوم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحويل 50 ميكرولتر من محلول 1.7 ملم مختلطة في الرنين المغناطيسي النووي الأنابيب الشعرية (الشكل 3 (2)) باستخدام حقنة زجاجية 50 ميكرولتر مجهزة إبرة معدنية (OD 0.5 مم). نتوخى الحذر لتجنب الفقاعات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تناسب محول الشعرية (الشكل 3 (3)) على أعلى في عينة البول التي تحتوي على شعري ووضعه في microtube الرنين المغناطيسي 2.5 ملم لمدة 5 ملم NMR المسبار (الشكل 3 (1)). استخدام هذا المزيج من الأنابيب العادية بوصفها 5 ملم انبوب الرنين المغناطيسي النووي لاقتناء الطيفية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام استخراج قضيب (الشكل 3 (4)) لإزالة الشعيرات من 2.5 ملم بواسطة الرنين المغناطيسي النووي أنبوب الشد محول الشعرية برفق لتخلعها. </li></ol> 4 1 H NMR ماس HR خزعة من أنسجة الكبد : إعداد العينة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> MAS مكونات الدوار والأدواتموضح في الشكل 4. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إدراج خزعة (حوالي 15-50 ملغ) في الدوار الزركونيوم (الشكل 4 (1)) ، وملء ما تبقى من وحدة التخزين مع خالص O 2 D لقفل الرنين المغناطيسي النووي. كن حذرا في عدم تقديم أي فقاعات لأن هذا من شأنه أن يغير من نوعية وجودة الملئ لاحقة من الحصول على البيانات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إدراج 50 ميكرولتر هل تفلون (الشكل 4 (2)) باستخدام المسمار اسطوانية الشكل (4 (5)). فك عليه ومعايرتها باستخدام مقياس العمق على الجانب القصير (الشكل 4 (8)). في هذه الخطوة ، فمن المهم لدفع اهتمام خاص للعينة لأن جزءا من أنها يمكن أن تتسرب من خلال ثقب الفاصل. إذا كان هذا هو الحال ، ثم هدم جزء من عينة خزعة والوزن لم يعد يمكن الاعتماد عليها. وبالتالي فمن الضروري أن نبدأ مرة أخرى من بداية التحضير للعينة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع دبوس thead (الشكل 4 (3)) والمسمار برفق مع مفك البراغي (الشكل 4 (6)). تجف المياه المتبقية مع أي قطعة من نسيج الجسم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع سقف (الشكل 4 (4)) فيأعلى الدوار وإدراجه في باكر الدوار (الشكل 4 (6)). اضغط بشدة حتى الغطاء في مكانه. ينبغي ألا يكون هناك أي مساحة اليسار بين الدوار وغطاء لها. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> علامة نصف الجزء السفلي من الدوار باستخدام قلم علامة سوداء للسماح البصرية الكشف معدل زيادة ونقصان. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مكان الدوار داخل مطياف الرنين المغناطيسي النووي وبدء الغزل عند 5 كيلو هرتز. 1 الحصول على طيف الرنين المغناطيسي H باستخدام CPMG نبض تسلسل 13 وفقا لمبادئ توجيهية الصانع. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام الرنين α الجلوكوز في المصاوغ الكربونيلي 5.22 جزء في المليون (مزدوجة) أطياف الرنين المغناطيسي النووي لمعايرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فك الدوار ، والمضي قدما عن طريق إزالة الغطاء باستخدام مزيل قبعة (الشكل 4 (9)). فك وإزالة دبوس thead تفلون هل باستخدام المسمار اسطوانية. يغسل جيدا باستخدام الماء والمنظفات. </li></ol> 5. ممثل النتائج يمكن رصد نشاط الأمعاء الميكروبي باستخدام البولية التنميط الأيض. وهناك عدد كبير من الجراثيم البوليةوقد وصفت المشترك الأيضات التعرف عليها عن طريق الرنين المغناطيسي H 1 في الأدب 7،14-17. هذه الجراثيم المشترك الأيضات مفيدة بشكل خاص لمراقبة عملية الاستعمار لأنها توفر طريقة سريعة وموسع لتقدير النظام الإيكولوجي عندما أنشئت حديثا مستقرة. 5A يوضح الشكل بوضوح مظهر الميكروبية الأمعاء شارك في عملية الأيض أكثر من الاستعمار. هذا الرقم يدل على الشخصية التي تم الحصول عليها الأيضية البولية باتباع الإجراء الموضح في الخطوة 2 للحيوان استعمرت 20 يوما باستخدام الإجراء الموضح في الخطوة 1. لم هذا الحيوان لا تفرز أي سلفات إندوكسيل وكميات قليلة جدا من phenylacetylglycine (PAG) و ف كريسول سلفات على الدولة خالية من الجراثيم (اليوم 0 - الأزرق). كما تقدم الاستعمار ، وهذه علامات 3 من استقلاب البروتين من الأمعاء مجهريات البقعة زيادة كبيرة في التوصل الى توازن في يوم 20 (الحمراء). هذا أمر سهل ولا سيما لرصد لمجموعة من الحيوانات كما هو موضح في الشكل 5B باستخدام PAGالرنين. تم الحصول على هذا الرسم من خلال دمج المنطقة تحت الرنين أبرزت باللون الرمادي في الشكل 5A (7،40-7،43 δ) ، المقابلة لالرنين المحددة (الثلاثي) من PAG لمجموعة من 7 الحيوانات. 1 H السامية زاوية ماجيك غزل القرار (ماس HR) الرنين المغناطيسي الطيفي هو أسلوب غير المدمرة التي تتيح التملك سريعة وقابلة للتكرار لمحات الأيضية من أي نوع من الخزعة 18. في هذا البروتوكول ، واستخدمنا هذه التقنية القوية للحصول على ملف الأيض كبدي من 2 الفئران قبل (الأزرق) وبعد (الحمراء) الاستعمار (الشكل 6). ويوضح هذا الرقم جيدا من المعلومات التي يمكن استخلاصها من ماس الرنين المغناطيسي النووي القائم على ملف الأيض. يمكن أن العديد من الأحماض الأمينية وكذلك الأيضات المستمدة من عملية الأيض نشطة مثل الغلوكوز اللاكتات ، الجليكوجين والدهون الثلاثية ، (D) - 3 - البيتاهيدروكسي nicotinurate ويمكن تصور. هذه التشكيلات تحتوي أيضا على المعلومات ذات الصلة الاكسدة (أي أن الاسكوربيكإدارة البحث الجنائي ، الجلوتاثيون) ، والتمثيل الغذائي النوكليوتيدات (أي إينوزين ، يوريدين) وميثيل الأيض (أي الكولين ، ثلاثي ميثيل أمين أكسيد - N -). في هذا المثال ، فمن الواضح جدا أن الجرثومية خالية الماوس يعرض تقريبا أي الجليكوجين وكميات قليلة جدا من السكر والدهون الثلاثية كما تنطبق عليها 7. <img src="/files/ftp_upload/3642/3642fig1.jpg" alt="الشكل 1."/> الشكل 1. نظرة عامة على بروتوكول الاستعمار. إيواء الحيوانات الجرثومية خالية والتقليدية في أقفاص مجهزة الجانب المرشحات إلى جنب ، ويتم تبادل الفضلات لتسمح الاستعمار التدريجي من القناة الهضمية التقليدية مجهريات البقعة (1). ويتم رصد نشاط الأمعاء الميكروبي باستخدام 1 H NMR الأيضية التنميط القائم على (2-3). ويتم تقييم الاستقلاب الكبدي بنسبة 1 H NMR ماس الموارد البشرية القائمة على التنميط الأيضية (4-5). <img src="/files/ftp_upload/3642/3642fig2.jpg" alt="الشكل 2."/> الشكل 2. الفأر يعيشص التشريح. يتم عرض الكبد مثل الجانب المسطح من الجهاز يواجه الطاولة. الخزعات لاستنساخه ، ينصح دائما لجمع عينات من وسط الفص الأيسر كما يدل على ذلك المستطيل متقطع. <img src="/files/ftp_upload/3642/3642fig3.jpg" alt="الشكل 3."/> الشكل 3 1.7 ملم عدة NMR الشعرية للعمل مع microvolumes المهمة : 1.. : 2.5 مم microtube الرنين المغناطيسي النووي ، 2 : 1.7 مم NMR أنبوب شعري ، 3 : محول شعرية ، 4 : استخراج قضيب. <img src="/files/ftp_upload/3642/3642fig4.jpg" alt="الشكل 4."/> . الشكل 4 ماس المعدات الرئيسية الدوار : 1 : ماس الدوار ، 2 : 50 هل تفلون ميكرولتر ، 3 : Thead دبوس ، 4 : كأب ، 5 : المسمار اسطوانية ، 6 : مفك ، 7 : الدوار باكر ، 8 : قياس العمق. <img src="/files/ftp_upload/3642/3642fig5.jpg" alt="الشكل 5."/> الشكل 5. تطور التشكيلات الأيضية البولية خلال colonizatioن. <ol class="ualpha" style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وقد استمدت التكبير على المنطقة العطرية من أطياف بين 6،8-7،8 جزء في المليون حيث شارك في الأيضات الميكروبية يمكن تصور. 1 H NMR أطياف من فرد واحد في اليوم 0 (الأزرق) ، 4 (الأخضر) ، 15 (البرتقال) و 20 (الحمراء) في مرحلة ما بعد الاستعمار. المنطقة الرمادية يتوافق مع المنطقة التي كانت متكاملة لجعل الرسم التخطيطي في مفتاح باء : 1 - MeHistamine : 1 - methylhistamine ؛ إندوكسيل - S : سلفات إندوكسيل ؛ له : الحامض الأميني ؛ ف كريسول - S : ف كريسول سلفات ؛ PAG : Phenylacetylglycine. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> متوسط ​​تركيز PAG أثناء الاستعمار (ن = 7). وقد استخدم الطالب اختبار t لمقارنة الفرق في تركيز تسيران في نقاط زمنية مختلفة : : ع &lt;0.05 مقارنة مع اليوم 0 ؛ ب : ع &lt;0.01 مقارنة ب 10 يوما. </li></ol><img src="/files/ftp_upload/3642/3642fig6.jpg" alt="الشكل 6."/> الشكل 6. نموذجي 600 ميغاهرتز 1 H NMR ماس الموارد البشرية أطياف خزعات الكبد المستمدة من جرثومة الحرة (الأزرق) والسابقين الجرثومية خالية (إعادةد) الفئران. البروتونات جريئة هي المسؤولة عن الرنين التراي الرئيسية : 3 - HB : 3 - البيتاهيدروكسي ، GSH : الجلوتاثيون مخفضة ، TGS : الشحوم الثلاثية ، TMAO : ثلاثي ميثيل أمين - N - أكسيد.

<ol>
	<li>Cani, P. D., Delzenne, N. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+microflora+as+a+target+for+energy+and+metabolic.">Gut microflora as a target for energy and metabolic.</a> Curr. Opin. Clin. Nutr. Metab. Care. 10, 729-734 (2007).</li><li>Ley, R. E., Turnbaugh, P. J., Klein, S., Gordon, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+ecology:+human+gut+microbes+associated+with+obesity.">Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity.</a> Nature. 444, 1022-1023 (2006).</li><li>Raoult, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Obesity+pandemics+and+the+modification+of+digestive+bacterial+flora.">Obesity pandemics and the modification of digestive bacterial flora.</a> Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 27, 631-634 (2008).</li><li>Turnbaugh, P. J., Backhed, F., Fulton, L., Gordon, J. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diet-induced+obesity+is+linked+to+marked+but+reversible+alterations+in+the+mouse+distal+gut+microbiome.">Diet-induced obesity is linked to marked but reversible alterations in the mouse distal gut microbiome.</a> Cell. Host. Microbe. 3, 213-223 (2008).</li><li>Balcombe, J. P., Barnard, N. D., Sandusky, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Laboratory+routines+cause+animal+stress.">Laboratory routines cause animal stress.</a> Contemp. Top. Lab. Anim. Sci. 43, 42-51 (2004).</li><li>Muyzer, G., Smalla, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Application+of+denaturing+gradient+gel+electrophoresis+(DGGE)+and+temperature+gradient+gel+electrophoresis+(TGGE)+in+microbial+ecology.">Application of denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and temperature gradient gel electrophoresis (TGGE) in microbial ecology.</a> Antonie van Leeuwenhoek. 73, 127-141 (1998).</li><li>Claus, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Colonization-induced+host-gut+microbial+metabolic+interaction.">Colonization-induced host-gut microbial metabolic interaction.</a> MBio. 2, (2011).</li><li>Waters, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+magic+angle+spinning+1H+NMR+spectroscopy+of+intact+liver+and+kidney:+optimization+of+sample+preparation+procedures+and+biochemical+stability+of+tissue+during+spectral+acquisition.">High-resolution magic angle spinning 1H NMR spectroscopy of intact liver and kidney: optimization of sample preparation procedures and biochemical stability of tissue during spectral acquisition.</a> Anal. Biochem. 282, 16-23 (2000).</li><li>Bollard, M. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+1H+and+1H-13C+magic+angle+spinning+NMR+spectroscopy+of+rat+liver.">High-resolution 1H and 1H-13C magic angle spinning NMR spectroscopy of rat liver.</a> Magnetic resonance in medicine. 44, 201-207 (2000).</li><li>Lindon, J. C., Holmes, E., Nicholson, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pattern+recognition+methods+and+applications+in+biomedical+magnetic+resonance.">Pattern recognition methods and applications in biomedical magnetic resonance.</a> Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. 39, 1-40 (2001).</li><li>Tate, A. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Distinction+between+normal+and+renal+cell+carcinoma+kidney+cortical+biopsy+samples+using+pattern+recognition+of+(1)H+magic+angle+spinning+(MAS)+NMR+spectra.">Distinction between normal and renal cell carcinoma kidney cortical biopsy samples using pattern recognition of (1)H magic angle spinning (MAS) NMR spectra.</a> NMR. Biomed. 13, 64-71 (2000).</li><li>Wang, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Topographical+variation+in+metabolic+signatures+of+human+gastrointestinal+biopsies+revealed+by+high-resolution+magic-angle+spinning+1H+NMR+spectroscopy.">Topographical variation in metabolic signatures of human gastrointestinal biopsies revealed by high-resolution magic-angle spinning 1H NMR spectroscopy.</a> Journal of Proteome Research. 6, 3944-3951 (2007).</li><li>Meiboom, S., Gill, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modified+spin-echo+method+for+measuring+nuclear+relaxation+times.">Modified spin-echo method for measuring nuclear relaxation times.</a> The review of scientific instruments. 29, 688-691 (1958).</li><li>Nicholson, J. K., Holmes, E., Wilson, I. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+microorganisms,+mammalian+metabolism+and+personalized+health+care.">Gut microorganisms, mammalian metabolism and personalized health care.</a> Nat. Rev. Microbiol. 3, 431-438 (2005).</li><li>Martin, F. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+probiotic+Lactobacillus+paracasei+treatment+on+the+host+gut+tissue+metabolic+profiles+probed+via+magic-angle-spinning+NMR+spectroscopy.">Effects of probiotic Lactobacillus paracasei treatment on the host gut tissue metabolic profiles probed via magic-angle-spinning NMR spectroscopy.</a> Journal of Proteome Research. 6, 1471-1481 (2007).</li><li>Swann, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Variation+in+Antibiotic-Induced+Microbial+Recolonization+Impacts+on+the+Host+Metabolic+Phenotypes+of+Rats.">Variation in Antibiotic-Induced Microbial Recolonization Impacts on the Host Metabolic Phenotypes of Rats.</a> J. Proteome. Res. , (2011).</li><li>Jacobs, D. M., Gaudier, E., van Duynhoven, J., Vaughan, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Non-digestible+food+ingredients,+colonic+microbiota+and+the+impact+on+gut+health+and+immunity:+a+role+for+metabolomics.">Non-digestible food ingredients, colonic microbiota and the impact on gut health and immunity: a role for metabolomics.</a> Curr. Drug. Metab. 10, 41-54 (2009).</li><li>Beckonert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-resolution+magic-angle-spinning+NMR+spectroscopy+for+metabolic+profiling+of+intact+tissues.">High-resolution magic-angle-spinning NMR spectroscopy for metabolic profiling of intact tissues.</a> Nat. Protoc. 5, 1019-1032 (2010).</li><li>Hooper, L. V., Sansonetti, P., Zychlinsky, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Methods in microbiology. 31, 559-589 (2002).</li><li>Rahija, R. J., Fox, J. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ch.+7.">Ch. 7.</a> The mouse in biomedical research. , 217-234 (2007).</li><li>Goodwin, B. L., Ruthven, C. R., Sandler, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gut+flora+and+the+origin+of+some+urinary+aromatic+phenolic+compounds.">Gut flora and the origin of some urinary aromatic phenolic compounds.</a> Biochemical Pharmacology. 47, 2294-2297 (1994).</li><li>Koopman, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term='Normalization'+of+germfree+mice+after+direct+and+indirect+contact+with+mice+having+a+'normal'+intestinal+microflora.">'Normalization' of germfree mice after direct and indirect contact with mice having a 'normal' intestinal microflora.</a> Lab Anim. 20, 286-290 (1986).</li><li>Nishikata, N., Shikata, N., Kimura, Y., Noguchi, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dietary+lipid-dependent+regulation+of+de+novo+lipogenesis+and+lipid+partitioning+by+ketogenic+essential+amino+acids+in+mice.">Dietary lipid-dependent regulation of de novo lipogenesis and lipid partitioning by ketogenic essential amino acids in mice.</a> Nutrition and Diabetes. 1, 1-12 (2011).</li><li>Spagou, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+GC-MS+metabolic+profiling+study+of+plasma+samples+from+mice+on+low-+and+high-fat+diets.">A GC-MS metabolic profiling study of plasma samples from mice on low- and high-fat diets.</a> J. Chromatogr. B. Analyt. Technol. Biomed. Life. Sci. 879, 1467-1475 (2011).</li><li>Sanchez-Patan, F., Monagas, M., Moreno-Arribas, M. V., Bartolome, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+microbial+phenolic+acids+in+human+faeces+by+UPLC-ESI-TQ+MS.">Determination of microbial phenolic acids in human faeces by UPLC-ESI-TQ MS.</a> J. Agric. Food. Chem. 59, 2241-2247 (2011).</li><li>Roux, A., Lison, D., Junot, C., Heilier, J. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Applications+of+liquid+chromatography+coupled+to+mass+spectrometry-based+metabolomics+in+clinical+chemistry+and+toxicology:+A+review.">Applications of liquid chromatography coupled to mass spectrometry-based metabolomics in clinical chemistry and toxicology: A review.</a> Clin. Biochem. 44, 119-135 (2011).</li><li>Ryan, D., Robards, K., Prenzler, P. D., Kendall, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recent+and+potential+developments+in+the+analysis+of+urine:+a+review.">Recent and potential developments in the analysis of urine: a review.</a> Anal. Chim. Acta. 684, 8-20 (2011).</li><li>Nagayama, K., Wuthrich, K., Bachmann, P., Ernst, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+J-resolved+1H+n.m.r.+spectroscopy+for+studies+of+biological+macromolecules.">Two-dimensional J-resolved 1H n.m.r. spectroscopy for studies of biological macromolecules.</a> Biochem. Biophys. Res. Commun. 78, 99-105 (1977).</li><li>Aue, W. P., Bartholdi, E., Ernst, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Two-dimensional+spectroscopy.+Application+to+nuclear+magnetic+resonance.">Two-dimensional spectroscopy. Application to nuclear magnetic resonance.</a> J. Chem. Phys. 64, 2229-2246 (1975).</li><li>Bodenhausen, G., Ruben, D. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Natural+abundance+15N+NMR+by+enhanced+heteronuclear+spectroscopy.">Natural abundance 15N NMR by enhanced heteronuclear spectroscopy.</a> Chemical. Physics. Letters. 69, 185-189 (1980).</li><li>Fan, T. W. -. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolite+profiling+by+one-+and+two-dimensional+NMR+analysis+of+complex+mixtures.">Metabolite profiling by one- and two-dimensional NMR analysis of complex mixtures.</a> Progress in nuclear magnetic resonance spectroscopy. 28, 161-219 (1996).</li><li>Fan, T., Lane, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure-based+profiling+of+metabolites+and+isotopomers+by+NMR.">Structure-based profiling of metabolites and isotopomers by NMR.</a> Progress in Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy. 52, 48-48 (2008).</li><li>Fonville, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolution+of+partial+least+squares+models+and+related+chemometric+approaches+in+metabonomics+and+metabolic+phenotyping.">The evolution of partial least squares models and related chemometric approaches in metabonomics and metabolic phenotyping.</a> Journal of Chemometrics. 24, 636-649 (2010).</li><li>Merrifield, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+metabolic+system-wide+characterisation+of+the+pig:+a+model+for+human+physiology.">A metabolic system-wide characterisation of the pig: a model for human physiology.</a> Mol. Biosyst. , (2011).</li><li>Tugnoli, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+characterization+of+human+gastric+mucosa+by+HR-MAS+magnetic+resonance+spectroscopy.">Molecular characterization of human gastric mucosa by HR-MAS magnetic resonance spectroscopy.</a> International Journal of Molecular Medicine. 14, 1065-1071 (2004).</li><li>Sitter, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparison+of+HR+MAS+MR+spectroscopic+profiles+of+breast+cancer+tissue+with+clinical+parameters.">Comparison of HR MAS MR spectroscopic profiles of breast cancer tissue with clinical parameters.</a> NMR Biomed. 19, 30-40 (2006).</li><li>Beckonert, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metabolic+profiling,+metabolomic+and+metabonomic+procedures+for+NMR+spectroscopy+of+urine,+plasma,+serum+and+tissue+extracts.">Metabolic profiling, metabolomic and metabonomic procedures for NMR spectroscopy of urine, plasma, serum and tissue extracts.</a> Nat. Protoc. 2, 2692-2703 (2007).</li></ol>

ليس لدينا شيء في الكشف عنها.

في هذا البروتوكول ، وصفنا إجراء الاستعمار التدريجي في بيئة مفتوحة لمزيد من التحقيق أثر مجهريات البقعة الأمعاء على الاستقلاب الكبدي المقررة بنسبة 1 H NMR التنميط HR MAS من الخزعة سليمة. وقد وصفت وسائل مختلفة من الاستعمار في الأدب. الأساليب الأكثر شيوعا لاستعمار الحي...

جدول محدد الكواشف والمعدات : <table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> اسم الكاشف </th><th> شركة </th><th> فهرس العدد </th><th> تعليقات </th></tr><tr><td> 2.5 ملم microtube </td><td> عصر جديد </td><td> NE-H5/2.5-V-Br </td><td></td></tr><tr><td> 1.7 ملم الأنابيب الشعرية </td><td> سيغما الدريخ </td><td> NORS175001 </td><td></td></tr><tr><td> محول الشعرية </td><td> عصر جديد </td><td> NE-325-5/1.7 </td><td></td></tr><tr><td> استخراج قضيب </td><td> عصر جديد </td><td> NE - 341-5 </td><td></td></tr><tr><td> HR - MAS BL4 الدوار مع 50 ميكرولتر هل كروية عدة تفلون </td><td> بروكر </td><td> HZ07213 </td><td></td></tr><tr><td> طقم أداة لإدراج 50 ميكرولتر </td><td> بروكر </td><td> B2950 </td><td></td></tr><tr><td> ثالثا مقدما 600ميغاهرتز الرنين المغناطيسي النووي </td><td> بروكر </td><td></td><td></td></tr><tr><td> 1 H NMR HR ماس التحقيق الصلبة </td><td> بروكر </td><td></td><td></td></tr><tr><td> أكسيد الديوتيريوم 99.9 ٪ </td><td> سيغما الدريخ </td><td> 530867 - 1L </td><td></td></tr><tr><td> 3 -- (trimethylsilyl) البروبيونيك حمض د 4 (TSP) </td><td> سيغما الدريخ </td><td> 269913 </td><td></td></tr></tbody></table>

assessing hepatic metabolic changes during progressive colonization of germ-free mouse by 1h nmr spectroscopy

فمن المعروف أن البكتيريا الأمعاء تساهم بشكل كبير في التوازن المضيفة ، وتوفير مجموعة من المزايا مثل حماية المناعي وتوليف الفيتامين. وهم يزودون أيضا المضيف مع كمية كبيرة من المواد الغذائية ، مما يجعل هذا النظام البيئي جهازا الأيض الأساسية. في سياق تزايد الأدلة على العلاقة بين النباتات الأمعاء ومتلازمة الأيض ، وفهم التفاعل الأيضي بين المضيف ومجهريات البقعة في الأمعاء أصبح يشكل تحديا هاما للبيولوجيا الحديثة. 1-4 الاستعمار (كما يشار إلى عملية التطبيع) يعين إنشاء الكائنات الحية الدقيقة في الحيوانات الجرثومية خالية من السابق. في حين أنه هو عملية طبيعية تحدث عند الولادة ، كما انها تستخدم في الحيوانات الجرثومية خالية من الكبار للسيطرة على النظام الإيكولوجي الأمعاء الزهرية وكذلك تحديد تأثيرها على عملية الأيض المضيف. إجراء مشترك للسيطرة على عملية الاستعمار هو استخدام الأسلوب بالتزقيم مع singlه أو خليط من الكائنات الحية الدقيقة. نتائج هذا الأسلوب في استعمار سريعة جدا ، ويقدم سيئات يجري مرهقة للغاية 5. ولذلك فمن المفيد للحد من التوتر والحصول على عملية أبطأ الاستعمار تدريجيا لمراقبة تأثير إنشاء البكتيرية على استقلاب المضيف. في هذا المخطوط ، وصفنا إجراء لتقييم وتعديل الاستقلاب الكبدي أثناء عملية استعمار تدريجية باستخدام التنميط الأيضية غير مدمرة التقنية. نقترح لرصد الأمعاء الميكروبي الاستعمار من خلال تقييم النشاط الميكروبي الأيض القناة الهضمية التي تعكسها وإفراز البول من الجراثيم التي شاركت في الأيضات التنميط 1 H NMR الأيضية مقرا لها. وهذا يسمح تقديرا لاستقرار النشاط الميكروبي وراء إنشاء القناة الهضمية المستقرة للأمعاء النظام الإيكولوجي الميكروبية المقررة عادة من خلال رصد البكتيريا البرازية التي DGGE (تغيير طبيعة التدرج الكهربائي للهلام). 6الاستعمار تجري في بيئة مفتوحة وغير التقليدية بمبادرة من القمامة القذرة المتسخة من الحيوانات التقليدية ، والتي ستكون بمثابة الضوابط. القوارض يجري الحيوانات آكل البراز ، وهذا يضمن وجود الاستعمار متجانسة كما هو موضح سابقا. 7 يقاس كبدي التنميط الأيضية مباشرة من خزعة الكبد سليمة باستخدام 1 H ماجيك عالية الدقة زاوية غزل الرنين المغناطيسي الطيفي. هذه التقنية نصف الكمية يقدم وسيلة سريعة لتقييم ودون الإضرار بنية الخلية ، والأيضات الرئيسية مثل الدهون الثلاثية والجلوكوز والجليكوجين من أجل مزيد من تقدير التفاعل المعقد بين عملية الاستيطان والاستقلاب الكبدي 70-10. ويمكن أيضا هذه الطريقة يمكن تطبيقها على أي نوع من الأنسجة خزعة 11،12.

Watch this Scientific Journal Video about Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy at JoVE.com

Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy

ووصف الإجراء الاستعمار التدريجي لمواصلة تقييم تأثيره على المضيف الاستقلاب الكبدي. ويتم رصد الاستعمار غير جراحية من خلال تقييم إفراز البول من الجراثيم التي شاركت في الأيضات الرنين المغناطيسي النووي القائم على التنميط الأيضية في حين يتم تقييم استقلاب كبدي بواسطة عالي الدقة ماجيك غزل زاوية (ماس HR) الرنين المغناطيسي النووي التنميط من الخزعة سليمة.

تقييم التغيرات الأيضية الكبدي خلال الاستعمار التدريجي الماوس مجانا من جرثومة 1 H NMR الطيفي

It is well known that gut bacteria contribute significantly to the host homeostasis, providing a range of benefits such as immune protection and vitamin ...

assessing-hepatic-metabolic-changes-during-progressive-colonization

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy

13.0K Views.  The University of Reading. ووصف الإجراء الاستعمار التدريجي لمواصلة تقييم تأثيره على المضيف الاستقلاب الكبدي. ويتم رصد الاستعمار غير جراحية من خلال تقييم إفراز البول من الجراثيم التي شاركت في الأيضات الرنين المغناطيسي النووي القائم على التنميط الأيضية في حين يتم تقييم استقلاب كبدي بواس?...

Video: Assessing Hepatic Metabolic Changes During Progressive Colonization of Germ-free Mouse by 1H NMR Spectroscopy

Quantification of Fungal Colonization, Sporogenesis, and Production of Mycotoxins Using Kernel Bioassays

The rotting of grains by seed-infecting fungi poses one of the greatest economic challenges to cereal production worldwide, not to mention serious risks to human and animal health. Among cereal production, maize is arguably the most affected crop, due to pathogen-induced losses in grain integrity and mycotoxin seed contamination. The two most prevalent and problematic mycotoxins for maize growers and food and feed processors are aflatoxin and fumonisin, produced by Aspergillus flavus and Fusarium verticillioides, respectively.
Recent studies in molecular plant-pathogen interactions have demonstrated promise in understanding specific mechanisms associated with plant responses to fungal infection and mycotoxin contamination1,2,3,4,5,6. Because many labs are using kernel assays to study plant-pathogen interactions, there is a need for a standardized method for quantifying different biological parameters, so results from different laboratories can be cross-interpreted. For a robust and reproducible means for quantitative analyses on seeds, we have developed in-lab kernel assays and subsequent methods to quantify fungal growth, biomass, and mycotoxin contamination. Four sterilized maize kernels are inoculated in glass vials with a fungal suspension (106) and incubated for a predetermined period. Sample vials are then selected for enumeration of conidia by hemocytometer, ergosterol-based biomass analysis by high performance liquid chromatography (HPLC), aflatoxin quantification using an AflaTest fluorometer method, and fumonisin quantification by HPLC.

The devastation of cereal crops by seed-infecting fungi has prompted numerous research efforts to better understand plant-pathogen interactions. To study seed-fungal interactions in a laboratory setting, we developed a robust method for the quantification of fungal reproduction, biomass, and mycotoxin contamination using kernel bioassays.

الكمي للاستعمار الفطرية، تولد الأبواغ، وإنتاج السموم الفطرية عن طريق اختبارات بيولوجية على النواة

The rotting of grains by seed-infecting fungi poses one of the greatest economic challenges to cereal production worldwide, not to mention serious risks ...

Colonization of Euprymna scolopes Squid by Vibrio fischeri

Specific bacteria are found in association with animal tissue1-5. Such host-bacterial associations (symbioses) can be detrimental (pathogenic), have no fitness consequence (commensal), or be beneficial (mutualistic). While much attention has been given to pathogenic interactions, little is known about the processes that dictate the reproducible acquisition of beneficial/commensal bacteria from the environment. The light-organ mutualism between the marine Gram-negative bacterium V. fischeri and the Hawaiian bobtail squid, E. scolopes, represents a highly specific interaction in which one host (E. scolopes) establishes a symbiotic relationship with only one bacterial species (V. fischeri) throughout the course of its lifetime6,7. Bioluminescence produced by V. fischeri during this interaction provides an anti-predatory benefit to E. scolopes during nocturnal activities8,9, while the nutrient-rich host tissue provides V. fischeri with a protected niche10. During each host generation, this relationship is recapitulated, thus representing a predictable process that can be assessed in detail at various stages of symbiotic development. In the laboratory, the juvenile squid hatch aposymbiotically (uncolonized), and, if collected within the first 30-60 minutes and transferred to symbiont-free water, cannot be colonized except by the experimental inoculum6. This interaction thus provides a useful model system in which to assess the individual steps that lead to specific acquisition of a symbiotic microbe from the environment11,12.
Here we describe a method to assess the degree of colonization that occurs when newly hatched aposymbiotic E. scolopes are exposed to (artificial) seawater containing V. fischeri. This simple assay describes inoculation, natural infection, and recovery of the bacterial symbiont from the nascent light organ of E. scolopes. Care is taken to provide a consistent environment for the animals during symbiotic development, especially with regard to water quality and light cues. Methods to characterize the symbiotic population described include (1) measurement of bacterially-derived bioluminescence, and (2) direct colony counting of recovered symbionts.

Colonization of Euprymna scolopes Squid by Vibrio fischeri

The method outlines the procedure by which the Hawaiian bobtail squid, Euprymna scolopes and its bacterial symbiont, Vibrio fischeri, are raised separately and then introduced to allow for specific colonization of the squid light organ by the bacteria. Colonization detection by bacterially-derived luminescence and by direct colony counting are described.

استعمار Euprymna scolopes الحبار بواسطة الضمة fischeri</em

Specific bacteria are found in association with animal tissue1-5. Such host-bacterial associations (symbioses) can be detrimental (pathogenic), have no ...

Detection of MicroRNAs in Microglia by Real-time PCR in Normal CNS and During Neuroinflammation

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many diseases associated with neuroinflammation such as multiple sclerosis (MS)2. Microglia in a normal CNS express macrophage marker CD11b and exhibit a resting phenotype by expressing low levels of activation markers such as CD45. During pathological events in the CNS, microglia become activated as determined by upregulation of CD45 and other markers3. The factors that affect microglia phenotype and functions in the CNS are not well studied. MicroRNAs (miRNAs) are a growing family of conserved molecules (~22 nucleotides long) that are involved in many normal physiological processes such as cell growth and differentiation4 and pathologies such as inflammation5. MiRNAs downregulate the expression of certain target genes by binding complementary sequences of their mRNAs and play an important role in the activation of innate immune cells including macrophages6 and microglia7. In order to investigate miRNA-mediated pathways that define the microglial phenotype, biological function, and to distinguish microglia from other types of macrophages, it is important to quantitatively assess the expression of particular microRNAs in distinct subsets of CNS-resident microglia. Common methods for measuring the expression of miRNAs in the CNS include quantitative PCR from whole neuronal tissue and in situ hybridization. However, quantitative PCR from whole tissue homogenate does not allow the assessment of the expression of miRNA in microglia, which represent only 5-15% of the cells of neuronal tissue. Hybridization in situ allows the assessment of the expression of microRNA in specific cell types in the tissue sections, but this method is not entirely quantitative. In this report we describe a quantitative and sensitive method for the detection of miRNA by real-time PCR in microglia isolated from normal CNS or during neuroinflammation using experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE), a mouse model for MS. The described method will be useful to measure the level of expression of microRNAs in microglia in normal CNS or during neuroinflammation associated with various pathologies including MS, stroke, traumatic injury, Alzheimer's disease and brain tumors.

Microglia are resident macrophages that provide the first line of defense and immune surveillance of the central nervous system. MicroRNAs are regulatory molecules that play an important role in many physiological processes including activation and differentiation of macrophages. In this article, we describe the method for measurement of microRNAs in microglia.

الكشف عن MicroRNAs في الخلايا الدبقية الصغيرة من قبل في الوقت الحقيقي PCR في الجهاز العصبي المركزي للمعلمين وأثناء Neuroinflammation

Microglia are cells of the myeloid lineage that reside in the central nervous system (CNS)1. These cells play an important role in pathologies of many ...

Characterization of Inflammatory Responses During Intranasal Colonization with Streptococcus pneumoniae

Nasopharyngeal colonization by Streptococcus pneumoniae is a prerequisite to invasion to the lungs or bloodstream1. This organism is capable of colonizing the mucosal surface of the nasopharynx, where it can reside, multiply and eventually overcome host defences to invade to other tissues of the host. Establishment of an infection in the normally lower respiratory tract results in pneumonia. Alternatively, the bacteria can disseminate into the bloodstream causing bacteraemia, which is associated with high mortality rates2, or else lead directly to the development of pneumococcal meningitis. Understanding the kinetics of, and immune responses to, nasopharyngeal colonization is an important aspect of S. pneumoniae infection models.
Our mouse model of intranasal colonization is adapted from human models3 and has been used by multiple research groups in the study of host-pathogen responses in the nasopharynx4-7. In the first part of the model, we use a clinical isolate of S. pneumoniae to establish a self-limiting bacterial colonization that is similar to carriage events in human adults. The procedure detailed herein involves preparation of a bacterial inoculum, followed by the establishment of a colonization event through delivery of the inoculum via an intranasal route of administration. Resident macrophages are the predominant cell type in the nasopharynx during the steady state. Typically, there are few lymphocytes present in uninfected mice8, however mucosal colonization will lead to low- to high-grade inflammation (depending on the virulence of the bacterial species and strain) that will result in an immune response and the subsequent recruitment of host immune cells. These cells can be isolated by a lavage of the tracheal contents through the nares, and correlated to the density of colonization bacteria to better understand the kinetics of the infection.

Characterization of Inflammatory Responses During Intranasal Colonization with Streptococcus pneumoniae

Colonization of the murine nasopharynx with Streptococcus pneumoniae and the subsequent extraction of adherent or recruited cells is described. This technique involves flushing the nasopharynx and collection of the fluid through the nares and is adaptable for various readouts, including differential cell quantification and analysis of mRNA expression in situ.

توصيف الاستجابات الالتهابية خلال الاستعمار داخل الشرج مع الالتهاب الرئوي العقدي

Nasopharyngeal colonization by Streptococcus pneumoniae is a prerequisite to invasion to the lungs or bloodstream1. This organism is capable of colonizing ...

Assessing Anti-fungal Activity of Isolated Alveolar Macrophages by Confocal Microscopy

The lung is an interface where host cells are routinely exposed to microbes and microbial products. Alveolar macrophages are the first-line phagocytic cells that encounter inhaled fungi and other microbes. Macrophages and other immune cells recognize Aspergillus motifs by pathogen recognition receptors and initiate downstream inflammatory responses. The phagocyte NADPH oxidase generates reactive oxygen intermediates (ROIs) and is critical for host defense. Although NADPH oxidase is critical for neutrophil-mediated host defense1-3, the importance of NADPH oxidase in macrophages is not well defined. The goal of this study was to delineate the specific role of NADPH oxidase in macrophages in mediating host defense against A. fumigatus. We found that NADPH oxidase in alveolar macrophages controls the growth of phagocytosed A. fumigatus spores4. Here, we describe a method for assessing the ability of mouse alveolar macrophages (AMs) to control the growth of phagocytosed Aspergillus spores (conidia). Alveolar macrophages are stained in vivo and ten days later isolated from mice by bronchoalveolar lavage (BAL). Macrophages are plated onto glass coverslips, then seeded with green fluorescent protein (GFP)-expressing A. fumigatus spores. At specified times, cells are fixed and the number of intact macrophages with phagocytosed spores is assessed by confocal microscopy.

A method to evaluate the ability of isolated mouse alveolar macrophages to control the growth of phagocytosed Aspergillus spores by confocal microscopy.

تقييم نشاط مضاد للفطريات المعزولة من السنخية الضامة التي كتبها متحد البؤر المجهري

The lung is an interface where host cells are routinely exposed to microbes and microbial products. Alveolar macrophages are the first-line phagocytic ...

Assessing Bacterial Invasion of Cardiac Cells in Culture and Heart Colonization in Infected Mice Using Listeria monocytogenes

Listeria monocytogenes is a Gram-positive facultative intracellular pathogen that is capable of causing serious invasive infections in immunocompromised patients, the elderly, and pregnant women. The most common manifestations of listeriosis in humans include meningitis, encephalitis, and fetal abortion. A significant but much less documented sequelae of invasive L. monocytogenes infection involves the heart. The death rate from cardiac illness can be up to 35% despite treatment, however very little is known regarding L. monocytogenes colonization of cardiac tissue and its resultant pathologies. In addition, it has recently become apparent that subpopulations of L. monocytogenes have an enhanced capacity to invade and grow within cardiac tissue. This protocol describes in detail in vitro and in vivo methods that can be used for assessing cardiotropism of L. monocytogenes isolates. Methods are presented for the infection of H9c2 rat cardiac myoblasts in tissue culture as well as for the determination of bacterial colonization of the hearts of infected mice. These methods are useful not only for identifying strains with the potential to colonize cardiac tissue in infected animals, but may also facilitate the identification of bacterial gene products that serve to enhance cardiac cell invasion and/or drive changes in heart pathology. These methods also provide for the direct comparison of cardiotropism between multiple L. monocytogenes strains.

Assessing Bacterial Invasion of Cardiac Cells in Culture and Heart Colonization in Infected Mice Using Listeria monocytogenes

Listeria monocytogenes causes fetal infections in pregnant women and meningitis in susceptible populations. Subpopulations of bacteria can colonize cardiac tissue, causing myocarditis in patients and laboratory animals. Here we present a protocol that describes how to assess L. monocytogenes cardiac cell invasion in vitro and cardiac colonization in infected animals.

تقييم الغزو البكتيري لخلايا القلب في الثقافة والاستعمار القلب في الفئران المصابة باستخدام monocytogenes الليستيريا

Listeria monocytogenes is a Gram-positive facultative intracellular pathogen that is capable of causing serious invasive infections in immunocompromised ...

Selective Harvesting of Marginating-hepatic Leukocytes

Marginating-hepatic (MH) leukocytes (leukocytes adhering to the sinusoids of the liver), were shown to exhibit unique composition and characteristics compared to leukocytes of other immune compartments. Specifically, evidence suggests a distinct pro- and anti-inflammatory profile of the MH-leukocyte population and higher cytotoxicity of liver-specific NK cells (namely, pit cells) compared to circulating or splenic immunocytes in both mice and rats. The method presented herein enables selective harvesting of MH leukocytes by forced perfusion of the liver in mice and rats. In contrast to other methods used to extract liver-leukocytes, including tissue grinding and biological degradation, this method exclusively yields leukocytes from the liver sinusoids, uncontaminated by cells from other liver compartments. In addition, the perfusion technique better preserves the integrity and the physiological milieu of MH leukocytes, sparing known physiological responses to tissue processing. As many circulating malignant cells and infected cells are detained while passing through the liver sinusoids, physically interacting with endothelial cells and resident leukocytes, the unique MH leukocyte population is strategically located to interact, identify, and react towards aberrant circulating cells. Thus, selective harvesting of MH-leukocytes and their study under various conditions may advance our understanding of the biological and clinical significance of MH leukocytes, specifically with respect to circulating aberrant cells and liver-related diseases and cancer metastases.

Marginating-hepatic leukocytes exhibit unique characteristics and distinct immunological functions compared to other leukocyte populations. Here we describe a method for selective harvesting of this specific hepatic cell population, through forced perfusion of the liver of rats or mice. Marginating-hepatic leukocytes seem critical in determining susceptibility to hepatic-related diseases and metastases.

حصاد الانتقائي للMarginating-الكبدية الكريات البيضاء

Marginating-hepatic (MH) leukocytes (leukocytes adhering to the sinusoids of the liver), were shown to exhibit unique composition and characteristics ...

A Murine Model of Group B Streptococcus Vaginal Colonization

Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus, GBS), is a Gram-positive, asymptomatic colonizer of the human gastrointestinal tract and vaginal tract of 10 - 30% of adults. In immune-compromised individuals, including neonates, pregnant women, and the elderly, GBS may switch to an invasive pathogen causing sepsis, arthritis, pneumonia, and meningitis. Because GBS is a leading bacterial pathogen of neonates, current prophylaxis is comprised of late gestation screening for GBS vaginal colonization and subsequent peripartum antibiotic treatment of GBS-positive mothers. Heavy GBS vaginal burden is a risk factor for both neonatal disease and colonization. Unfortunately, little is known about the host and bacterial factors that promote or permit GBS vaginal colonization. This protocol describes a technique for establishing persistent GBS vaginal colonization using a single &#946;-estradiol pre-treatment and daily sampling to determine bacterial load. It further details methods to administer additional therapies or reagents of interest and to collect vaginal lavage fluid and reproductive tract tissues. This mouse model will further the understanding of the GBS-host interaction within the vaginal environment, which will lead to potential therapeutic targets to control maternal vaginal colonization during pregnancy and to prevent transmission to the vulnerable newborn. It will also be of interest to increase our understanding of general bacterial-host interactions in the female vaginal tract.

A Murine Model of Group B Streptococcus Vaginal Colonization

The purpose of this protocol is to imitate human group B Streptococcus (GBS) vaginal colonization in a murine model. This method may be used to investigate host immune responses and bacterial factors contributing to GBS vaginal persistence, as well as to test therapeutic strategies.

نموذج الفئران من المجموعة الثانية<em&gt; العقدية</em&gt; المهبلية الاستعمار

Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus, GBS), is a Gram-positive, asymptomatic colonizer of the human gastrointestinal tract and vaginal tract of ...

Molecular Diffusion in Plasma Membranes of Primary Lymphocytes Measured by Fluorescence Correlation Spectroscopy

Fluorescence correlation spectroscopy (FCS) is a powerful technique for studying the diffusion of molecules within biological membranes with high spatial and temporal resolution. FCS can quantify the molecular concentration and diffusion coefficient of fluorescently labeled molecules in the cell membrane. This technique has the ability to explore the molecular diffusion characteristics of molecules in the plasma membrane of immune cells in steady state (i.e., without processes affecting the result during the actual measurement time). FCS is suitable for studying the diffusion of proteins that are expressed at levels typical for most endogenous proteins. Here, a straightforward and robust method to determine the diffusion rate of cell membrane proteins on primary lymphocytes is demonstrated. An effective way to perform measurements on antibody-stained live cells and commonly occurring observations after acquisition are described. The recent advancements in the development of photo-stable fluorescent dyes can be utilized by conjugating the antibodies of interest to appropriate dyes that do not bleach extensively during the measurements. Additionally, this allows for the detection of slowly diffusing entities, which is a common feature of proteins expressed in cell membranes. The analysis procedure to extract molecular concentration and diffusion parameters from the generated autocorrelation curves is highlighted. In summary, a basic protocol for FCS measurements is provided; it can be followed by immunologists with an understanding of confocal microscopy but with no other previous experience of techniques for measuring dynamic parameters, such as molecular diffusion rates.

A method to measure protein diffusion in membranes of primary immune cells using fluorescence correlation spectroscopy (FCS) is described. In this paper, the use of antibodies for fluorescent labeling is illustrated.

إنتشار الجزيئي في أغشية البلازما الخلايا اللمفاوية الابتدائية تقاس الإسفار الارتباط الطيفي

Fluorescence correlation spectroscopy (FCS) is a powerful technique for studying the diffusion of molecules within biological membranes with high spatial ...

Detection of Enterohemorrhagic Escherichia Coli Colonization in Murine Host by Non-invasive In Vivo Bioluminescence System

Enterohemorrhagic E. coli (EHEC) O157:H7, which is a foodborne pathogen that causesdiarrhea, hemorrhagic colitis (HS), and hemolytic uremic syndrome (HUS), colonize to the intestinal tract of humans. To study the detailed mechanism of EHEC colonization in vivo, it is essential to have animal models to monitor and quantify EHEC colonization. We demonstrate here a mouse-EHEC colonization model by transforming the bioluminescent expressing plasmid to EHEC to monitor and quantify EHEC colonization in living hosts. Animals inoculated with bioluminescence-labeled EHEC show intense bioluminescent signals in mice by detection with a non-invasive in vivo imaging system. After 1 and 2 days post infection, bioluminescent signals could still be detected in infected animals, which suggests that EHEC colonize in hosts for at least 2 days. We also demonstrate that these bioluminescent EHEC locate to mouse intestine, specifically in the cecum and colon, from ex vivo images. This mouse-EHEC colonization model may serve as a tool to advance the current knowledge of the EHEC colonization mechanism.

Detection of Enterohemorrhagic Escherichia Coli Colonization in Murine Host by Non-invasive In Vivo Bioluminescence System

A detailed protocol of a mouse model for enterohemorrhagic E. coli (EHEC) colonization by using bioluminescence-labeled bacteria is presented. The detection of these bioluminescent bacteria by a non-invasive in vivo imaging system in live animals can advance our current understanding of EHEC colonization.

الكشف عن استعمار الإشريكيّة القولونية Enterohemorrhagic موريني واستضافة بنظام الإضاءة الحيوية غير الغازية في فيفو

Enterohemorrhagic E. coli (EHEC) O157:H7, which is a foodborne pathogen that causesdiarrhea, hemorrhagic colitis (HS), and hemolytic uremic syndrome ...