نشكر المرحوم الدكتور نورم تايلور، النبات وقسم علوم التربة في جامعة كنتاكي، على إتاحة الفرصة لنا لاستخدام عينات من له المؤامرات البرسيم الأحمر لهذه الدراسة. وقد تم تمويل هذا المشروع من قبل وزارة الزراعة في الولايات المتحدة.

1. إعداد مستخلصات نباتية <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يرى كاغان وFlythe 10 لاستخراج المركبات الفينولية من نفل pratense السيرة الذاتية. Kenland. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لاستخراج المركبات الأخرى في النباتات الأخرى، والتحقق من الأدب التحليل الكيميائي النباتي لأساليب الاستخراج نبات أو المستقلب محددة (وكثير موصوفة)، أو للبحث عن بروتوكولات مثل تلك التي خرام وآخرون 7،8 الذي عزل العديد من المركبات مع واسعة مجموعة من التناقضات. </li></ol> 2. إعداد لوحات رقيقة طبقة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لوحات TLC نظيفة من خلال تطوير في واحدة أو أكثر القطبية والمذيبات محايدة، من أجل التحرك الملوثات كثف بعيدا عن منطقة النمو. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في غطاء الدخان، وإعداد ما يكفي من تنظيف المذيبات (مثل 15-100 مل من خلات الإيثيل الميثانول 2:1، ت / ت) لتغطية الجزء السفلي من الغرفة TLC النامية، فضلا عن الحافة السفلية من لوحة TLC عندما مجموعة داخل الغرفة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام تسويقيةالزجاج المتاحة cially TLC النامية غرف (الأحجام المختلفة المتاحة، مع الأغطية) أو المغطاة احباط الأكواب بيركس أو الجرار المحافظة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام مقص لقطع الألومنيوم أو (مرنة) لوحات هلام السيليكا المدعومة من البلاستيك، والتي تأتي في مختلف الأحجام (20 سم × 20 سم وأصغر)، لتناسب غرفة النامية المتاحة. (تنبيه: السيليكا يمكن أن تسبب تلفا رئويا في حالة استنشاقه العمل في غطاء الدخان، والتعامل مع لوحات TLC مع قفازات لتجنب الحصول على زيوت الجلد على السيليكا.) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إدراج لوحات في غرفة، مع قمم يتكئ على جدران الغرفة. يجب أن لا تلمس لوحات بعضها البعض. تغطية القاعة والسماح للمذيب تتحرك صعودا لوحة من قبل عمل شعري. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> عندما وصلت المذيبات الجزء العلوي من لوحات، وإزالة لوحات من غرفة وترتيب في وضع الوقوف داخل غطاء الدخان حتى يتبخر المذيب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحقق لمعرفة ما إذا كان قد هاجر الشوائب بالقرب من أعلى لوحة TLC التي كتبها تبحث عن الفرقة الصفراء تحت مرئيةالضوء، أو فرقة الفلورسنت تحت الأشعة فوق البنفسجية (UV) ضوء (انظر &quot;الجبهة النجاسة&quot; أو IF في الشكل 2B). إذا كانت الغالبية العظمى من لوحة لا يزال لديه لون مصفر، وتكرار عملية التنظيف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد إزالة لوحات TLC من الغرفة، وتجاهل المذيبات. تسمح المذيبات المتبقية لتتبخر تماما قبل استخدام الغرفة لبروتوكول 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لإزالة الرطوبة المتبقية التي يمكن أن تؤثر الهجرة من المركبات على السيليكا 16، دعم لوحات تستقيم في فرن التجفيف عند 100 درجة مئوية (10-15 دقيقة ل20 سم × 20 سم لوحة، و 5 دقائق لمدة 7 سم × 10 سم لوحات ). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا فرن تجفيف 100 درجة مئوية ليست متاحة، لوحات حرارة لفترة أطول من الوقت في درجات حرارة منخفضة (أي 40 دقيقة في 60 درجة مئوية). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد لوحات جافة، والسماح لهم يبرد إلى درجة حرارة الجو المحيط قبل التحميل. </li></ol></li></ol> 3. إعداد النامية غرف لاستخراج الفصل <oل&gt; <li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام مقص لقطع قطعة من ورق الترشيح أقل قليلا ارتفاع الغرفة، وحوالي نصف محيط الدائرة في العرض. تعمل هذه الورقة بمثابة الفتيل لرسم مذيب يصل جدار الغرفة وتشبع الغرفة مع أبخرة المذيبات، وبالتالي تحسين استنساخ فصل 1. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> في غطاء الدخان، ومزيج المذيبات (خلات الإيثيل الميثانول 4:1، ت / ت، لهذه الدراسة). صب خليط المذيبات في غرفة وتغطية. الانتظار حتى الفتيل كله هو الرطب مع المذيبات، مشيرا غرفة التشبع، لوضع لوحات في الغرفة. </li></ol> 4. التحميل والتنمية من لوحات TLC <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بخفة بمناسبة الأصل مع قلم رصاص. إذا كانت لوحة مكثف TLC لينة وتلف بسهولة، وجعل علامات على الحواف. يجب أن تكون مركبات فوق سطح المذيب النامية عندما يتم إدراج لوحات في غرفة TLC. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تذوب في المذيبات العضوية مقتطفات يكفي (في هذه الحالة، والميثانول) أن يكون لها حل المركزة بدلا من عكرالتعليق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحميل عينات والمعايير كما نطاقات ضيقة مع حقنة ميكروليتر أو بال micropipettes الشعرية، وترك الحدود 1 سم على جانبي اللوحة. السماح للعصابات لتجف (تأجيج وحة أو تحميله في غطاء الدخان يساعد). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كانت هناك حاجة إلى تركيز أكبر من العينة على طبق من ذهب، &quot;overspot&quot; حسب العينات التحميل مرة أخرى على العصابات المجففة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بالملقط أو ملقط، تعيين لوحة (ق) داخل غرفة TLC المشبعة. يجب أن لا تلمس لوحات الفتيل لأنها قد توفر المذيبات إلى لوحات في نقاط الاتصال، وبالتالي تغيير مسار الهجرة المجمع. تغطية القاعة والسماح لوحات تطويرها. </li></ol> 5. إعداد لوحات للالأحيائي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إزالة لوحة (ق) من خزان TLC قبل أن تصل الجبهة المذيبات الجزء العلوي من لوحة، وعلامة على ارتفاع الجبهة مذيب مع قلم رصاص. السماح لوحة جافة في الدخان غطاء محرك السيارة. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وضع أي لوحات TLC المتبقية في نفس الغرفة TLC، وهو جنرال الكتريكnerally صالحة للاستعمال لمدة يوم كامل إذا ما واصلت مغلقة. إعادة تشكيل خليط مذيب للغرفة TLC إذا كانت كمية المذيب في غرفة يقلل أبرزها. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بعد لوحات جافة، تصور العصابات تحت الضوء المرئي أو الأشعة فوق البنفسجية، وترسيم العصابات مع قلم رصاص. وغرفة عرض مع مصباح الأشعة فوق البنفسجية المحمولة غير مريحة، وخاصة إذا كان مصباح يمكن الكشف عن المركبات في كل 254 نانومتر (الموجة القصيرة الأشعة فوق البنفسجية) و 365 نانومتر (الأشعة فوق البنفسجية طويلة الموجة). ملاحظة: عند هذه النقطة أو بعد الخطوة التالية، لوحات يمكن أن تكون ملفوفة في غلاف بلاستيكي، مع تغطية احباط، وتخزينها في -20 درجة مئوية. الحد الأقصى للوقت تخزين يعتمد على الاستقرار المجمع. لأن السيليكا ليست محايدة، قد تكون بعض المركبات تتحلل بينما على لوحة TLC. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تصوير أو رسم لوحات. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخدام نظام هلام photodocumentation إذا كان أحد مجهزة للأشعة فوق البنفسجية النفقات العامة و / أو أضواء مرئية هو متاح. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا لم يكن هناك نظام photodocumentation التجارية متاحة، واصطف لوحات صورة داخل مربع مع ورقة أو قطعة قماش داكنة، وايمجموعة ال الكاميرا على ترايبود وضوء الأشعة فوق البنفسجية المحمولة فرضت لحلقة الوقوف 17. عند تصوير لوحات التي لديها أي مؤشر الفلورسنت، واستخدام عامل تصفية الضوء الأزرق خلال عدسة الكاميرا لتحسين مظهر الفرقة 17. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> للمساعدة في تشخيص العصابات، وحساب عامل الاستبقاء (R و) القيم عن طريق قياس المسافات التي تقطعها المركبة وجبهة المذيب، وتقسيم السابق من قبل (2A الشكل) الأخير. </li></ol> 6. البكتيرية الثقافة والفحص <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إعداد وتطعيم وسائل الاعلام تحت الظروف اللاهوائية. كانت الثقافة المستخدمة في هذه الحالة كلوستريديوم sticklandii سلالة ريال، والتي تم الحصول عليها من مجموعة ثقافة جيمس ب. راسل، جامعة كورنيل، إيثاكا، نيويورك. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انظر Flythe وكاغان 13 وقائمة المواد للحصول على وصف HAB سائل الإعلام. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تنمو ثقافة إلى مرحلة الأسي أو ثابتة. استخدام معقم اللاهوائية التقنيهوفاق عند العمل مع الكائنات الحية الدقيقة اللاهوائية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تطعيم ثقافة (1٪ ت / ت) في أجار المنصهر بعد درجة حرارة أجار (0.75٪ ث / ت) قد انخفض إلى أقل من 60 درجة مئوية. المزيج بلطف وجلب على الفور الى غرفة اللاهوائية (95٪ CO 2 -5٪ H 2 الغلاف الجوي للHAB سائل الإعلام) لتصب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تصب 15 ملم × 100 ملم البلاستيك أطباق بتري، والسماح ليصلب. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مع مقص، وقطع لوحة TLC في المناطق التي تحتوي على الفرقة (ق) من الفائدة. وضع العصابات وجهه لأسفل على لوحات أجار، بمناسبة العصابات على دعم لوحة لتتبع التوجه الأصلي على لوحة TLC. وضع الشريط على TLC غير المستخدمة على لوحة أجار كمجموعة تحكم. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> احتضان لوحات أجار، جنبا أجار أسفل، في غرفة اللاهوائية (24 ساعة و 39 درجة مئوية). </li></ol> 7. تصور Bioassayed آجار لوحات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> مع ملقط، إزالة العصابات من لوحات أجار أثناء وجودهم في غرفة اللاهوائية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إضافة 1٪ (ث / ت) الشركة المصرية للاتصالاتtrazolium الأحمر، الذي أعد في الماء، قطرة قطرة على أسطح لوحات أجار. تسمح اللون لتطوير لمدة 20 دقيقة على الأقل، أو حتى يتحول لوحة تحكم الحمراء تماما، قبل إزالة من غرفة اللاهوائية. وسوف تبدأ البكتيريا اللاهوائية أن تفقد صلاحية مباشرة بعد إزالة من غرفة اللاهوائية، ولكن اللون هو مستقر لأكثر من 24 ساعة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تصوير تحت الضوء المرئي. </li></ol>

<ol>
	<li>Stahl, E., Ashworth, M. R. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Thin-layer chromatography. , (1969).</li><li>Marston, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thin-layer+chromatography+with+biological+detection+in+phytochemistry.">Thin-layer chromatography with biological detection in phytochemistry.</a> J. Chromatogr. A. 1218 (19), 2676-2683 .</li><li>Homans, A. L., Fuchs, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Direct+bioautography+on+thin-layer+chromatograms+as+a+method+for+detecting+fungitoxic+substances.">Direct bioautography on thin-layer chromatograms as a method for detecting fungitoxic substances.</a> J. Chromatogr. 51, 327-329 .</li><li>Lund, B. M., Lyon, G. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+inhibitors+of+Erwinia+carotovora+and+E.+herbicola+on+thin-layer+chromatograms.">Detection of inhibitors of Erwinia carotovora and E. herbicola on thin-layer chromatograms.</a> J. Chromatogr. 110, 193-196 (1975).</li><li>Betina, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bioautography+in+paper+and+thin-layer+chromatography+and+its+scope+in+the+antibiotic+field.">Bioautography in paper and thin-layer chromatography and its scope in the antibiotic field.</a> J. Chromatogr. A. 78, 41-51 (1973).</li><li>Weltzien, H. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ein+biologischer+Test+f&#252;r+fungizide+Substanzen+auf+dem+Papierchromatogramm.">Ein biologischer Test f&#252;r fungizide Substanzen auf dem Papierchromatogramm.</a> Naturwissenschaften. 45, 288-289 (1958).</li><li>Khurram, M., Khan, A. M., Hameed, A., Abbas, N., Quayum, A., Inayat, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibacterial+activities+of+Dodonaea+viscosa+using+contact+bioautography+technique.">Antibacterial activities of Dodonaea viscosa using contact bioautography technique.</a> Molecules. 14 (3), 1332-1341 (2009).</li><li>Khurram, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+anticandidal+potential+of+Quercus+baloot+Griff.+using+contact+bioautography+technique.">Evaluation of anticandidal potential of Quercus baloot Griff. using contact bioautography technique.</a> Afr. J. Pharm. Pharmacol. 5 (12), 1538-1542 (2012).</li><li>Robinson, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> The Organic Constituents of Higher Plants. , (1963).</li><li>Kagan, I. A., Flythe, M. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Factors+affecting+the+separation+and+bioactivity+of+red+clover+(Trifolium+pratense)+extracts+assayed+against+Clostridium+sticklandii,+a+ruminal+hyper+ammonia-producing+bacterium.">Factors affecting the separation and bioactivity of red clover (Trifolium pratense) extracts assayed against Clostridium sticklandii, a ruminal hyper ammonia-producing bacterium.</a> Nat. Prod. Commun. 7 (12), 1605-1608 (2012).</li><li>Mattila, P., Kumpulainen, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+free+and+total+phenolic+acids+in+plant-derived+foods+by+HPLC+with+diode-array+detection.">Determination of free and total phenolic acids in plant-derived foods by HPLC with diode-array detection.</a> J. Agric. Food Chem. 50 (13), 3660-3667 (2002).</li><li>Hamburger, M. O., Cordell, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+direct+bioautographic+TLC+assay+for+compounds+possessing+antibacterial+activity.">A direct bioautographic TLC assay for compounds possessing antibacterial activity.</a> J. Nat. Prod. 50 (1), 19-22 (1987).</li><li>Flythe, M., Kagan, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antimicrobial+effect+of+red+clover+(Trifolium+pratense)+phenolic+extract+on+the+ruminal+hyper+ammonia-producing+bacterium,+Clostridium+sticklandii.">Antimicrobial effect of red clover (Trifolium pratense) phenolic extract on the ruminal hyper ammonia-producing bacterium, Clostridium sticklandii.</a> Curr. Microbiol. 61, 125-131 .</li><li>Rahalison, L., Hamburger, M., Hostettmann, K., Monod, M., Frenk, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+bioautographic+agar+overlay+method+for+the+detection+of+antifungal+compounds+from+higher+plants.">A bioautographic agar overlay method for the detection of antifungal compounds from higher plants.</a> Phytochem. Anal. 2 (5), 199-203 (1991).</li><li>Chomnawang, M. T., Trinapakul, C., Gritsanapan, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+vitro+antigonococcal+activity+of+Coscinium+fenestratum+stem+extract.">In vitro antigonococcal activity of Coscinium fenestratum stem extract.</a> J. Ethnopharmacol. 122, 445-449 (2009).</li><li>Stahl, E., Kaldewey, H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spurenanalyse+physiologisch+aktiver,+einfacher+Indolderivate.">Spurenanalyse physiologisch aktiver, einfacher Indolderivate.</a> Hoppe-Seyler&#8217;s Z. Physiol. Chem. 323, 182-191 .</li><li>Kagan, I. A., Hammerschmidt, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+ecotype+variability+in+camalexin+production+and+reaction+to+infection+by+Alternaria+brassicicola.">Arabidopsis ecotype variability in camalexin production and reaction to infection by Alternaria brassicicola.</a> J. Chem. Ecol. 28 (11), 2121-2140 (2002).</li><li>Kline, R. M., Golab, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+technique+in+developing+thin-layer+bioautographs.">A simple technique in developing thin-layer bioautographs.</a> J. Chromatogr. 18, 409-411 (1965).</li><li>Wedge, D. E., Nagle, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+2D-TLC+bioautography+method+for+the+discovery+of+novel+antifungal+agents+to+control+plant+pathogens.">A new 2D-TLC bioautography method for the discovery of novel antifungal agents to control plant pathogens.</a> J. Nat. Prod. 63 (8), 1050-1054 (2000).</li><li>Beck, A. B., Knox, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+acylated+isoflavone+glycosides+from+subterranean+clover+and+red+clover.">The acylated isoflavone glycosides from subterranean clover and red clover.</a> Aust. J. Chem. 24 (7), 1509-1518 (1971).</li><li>Kahn, R. A., Bak, S., Svendsen, I., Halkier, B. A., M&#248;ller, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isolation+and+reconstitution+of+cytochrome+P450ox+and+in+vitro+reconstitution+of+the+entire+biosynthetic+pathway+of+the+cyanogenic+glucoside+dhurrin+from+sorghum.">Isolation and reconstitution of cytochrome P450ox and in vitro reconstitution of the entire biosynthetic pathway of the cyanogenic glucoside dhurrin from sorghum.</a> Plant Physiol. 115 (4), (1997).</li><li>Peterson, C. A., Edgington, L. V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantitative+estimation+of+the+fungicide+benomyl+using+a+bioautograph+technique.">Quantitative estimation of the fungicide benomyl using a bioautograph technique.</a> J. Agr. Food Chem. 17 (4), 898-899 (1969).</li></ol>

ذكر الأسماء التجارية أو المنتجات التجارية في هذه المادة هو فقط لغرض توفير معلومات محددة، ولا تعني توصية أو تأييد من قبل وزارة الزراعة الأميركية. الكتاب تعلن أي مصلحة مالية المتنافسة.

يصف هذا البروتوكول طريقة بسيطة لفصل مقتطف إلى مجموعات فرعية من المركبات ومعايرة تلك المجموعات الفرعية عن طريق الاتصال bioautography. طريقة مماثلة تماما لتلك المستخدمة من قبل 15 Chomnawang آخرون للكشف عن نواتج النبات المثبطة للبكتيريا المسببة للمرض السيلان. نوع bioautogra...

يعاير عن المركبات المضادة للميكروبات في محطات يتطلب فصل مكونات مستخلصات نباتية، وفضح الكائنات الحية الدقيقة اختبار لتلك المكونات، وتحديد ما إذا كان يتم تثبيط نمو الكائنات الحية الدقيقة من قبل أي من المركبات. فصل من ورقة أو اللوني طبقة رقيقة (TLC أو PC) هي مريحة لأن العديد من المركبات يمكن فصل على سطح مستو. ويستند الفاصل على قطبية، مع بعض المركبات ملزمة بإحكام إلى مكثف (السليلوز في حالة الكمبيوتر، ومجموعة متنوعة من الممتزات في حالة TLC) والهجرة أقل من غيرها 1. الشكل 1 يوفر مثالا على الأوضاع النسبية لل المركبات الفينولية القطبية وغير القطبية بعد الانفصال على طبق من السيليكا TLC. <img alt="الشكل 1" fo:content-width="5in" fo:src="/files/ftp_upload/51411/51411fig1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/51411/51411fig1.jpg" /> الشكل 1. وتستخدم بياني يوضح توزيع المركبات من أقطاب مختلفة بعد الانفصال على السيليكا طبقة رقيقة الكروماتوغرافي (TLC) لوحة. مركبات الفينول من البرسيم الأحمر (نفل pratense L.) كمثال. مركبات قطبية، مثل clovamide، لديها تقارب قوي لمكثف القطبية مثل السيليكا وتبقى بالقرب من المنشأ (OR)، في حين أن مركبات القطبية أقل، مثل الايسوفلافون ثلاثة قرب الجبهة المذيبات (SF)، والتقسيم بسهولة أكبر في المذيبات (التي هي أقل من السيليكا القطبية ما لم يتم تضمين الماء، والأحماض، أو القواعد) وتهاجر أبعد تصل اللوحة. بعد فصل مقتطف على لوحة TLC، يمكن أن يتعرض الكائنات الدقيقة اختبار لجميع المركبات على لوحة، وبالتالي تسريع التعرف على مكونات نشطة من مقتطف 2. إذا تعرضت ثقافة الفطرية أو البكتيرية إلى اللوني، وسوف يحدث نمو الجراثيم في كل مكان ما عدا في مناطق مع النمو المانعمركبات ذ. مناطق تثبيط ثم يمكن تصور بملاحظة التناقض بين النمو أفطوري والمناطق الخالية من النمو إذا تم تطبيقها الفطريات 3 أو عن طريق الرش مع المركبات التي تغير لونها عندما خفضت أو تحلل من قبل الخلايا الحية 4. على الرغم من أن استخدام ورقة أو رقيقة طبقة المخططات الاستشرابية لفحوصات مضادة للميكروبات تم تطبيق أول من المضادات الحيوية ومبيدات الفطريات 5 3،6، والآن في كثير من الأحيان فحص المستخلصات النباتية للمركبات المضادة للميكروبات مع هذا الأسلوب، وغالبا ما يشار إليها باسم bioautography. البروتوكولات وصف ينطبق هنا لbioautography من المخططات الاستشرابية طبقة رقيقة. ويستخدم على نطاق واسع TLC لأنه سريع نسبيا ويمكن تنفيذها على الممتزات مختلفة (مثل السيليكا، والنشا، والألومينا)، فضلا عن تقديم قرار جيد وحساسية 1. المستخلصات النباتية يمكن أن تكون على استعداد لTLC في نواح كثيرة. وتشمل الطرق الشائعة استخراج المواد النباتية في ALCمخاليط ohol المياه مثل الايثانول 80٪ 7،8، وربما مع إضافة حمض أو قاعدة 9. بعد استخراج في مثل المذيبات، والتي تحتوي على بعض الماء وربما هي الحمضية أو الأساسية، يجب أن تتركز مقتطفات بحيث يمكن تطبيقها على لوحات TLC في حجم الحد الأدنى. ويمكن تحقيق تركيز الكحول مقتطفات المياه عن طريق تقسيم مع إمتزاج الماء أو المذيبات العضوية 8 مع خليط من هذه المذيبات، مثل إيثيل الأثير، خلات الإيثيل (1:1، ت / ت) 10،11. يتم استخراج نواتج الأيض النباتية المختلفة في المذيبات العضوية المختلفة، اعتمادا على أقطاب بهم. لضمان أن يتم استخراج النباتية الأحماض العضوية أو القواعد الى المذيبات العضوية في هذه المرحلة، ودرجة الحموضة لاستخراج المياه الكحول يمكن رفع أو خفض مع حامض للذوبان في الماء أو قاعدة لتحويل التحاليل فصلها في أشكالها nondissociated، والتي هي ثم قابل للذوبان في المذيبات العضوية محايد 9. ويمكن بعد ذلك تكون المرحلة العضوية البريدvaporated تحت ضغط منخفض أو تحت النيتروجين وتعديلها لحجم المطلوب لTLC. الرقم الهيدروجيني للاستخراج من غير المرجح أن تكون قاتلة للميكروبات الأحيائي بسبب التقسيم من analytes في المذيبات محايدة، صغيرة الحجم النهائي، والتبخر للاستخراج على لوحة TLC قبل الانفصال. ويعمل كل من الفطريات والبكتيريا مثل الكائنات الحية الدقيقة في اختبار bioautography من المستخلصات النباتية 2. أبواغ الفطريات بعض، مثل المبغثرة الطيرية، تنبت على لوحات TLC (وبصرف النظر عن المناطق مع المركبات المثبطة) إذا رش على لوحات في المحلول المغذي وحضنت في بيئة رطبة لعدة أيام 3. أفطورة المظلم من C. الطيرية على مناطق noninhibitory يوفر تناقض حاد مع المناطق الحرة من النمو أفطوري. على الرغم من أن البكتيريا تم تطبيقها على طبقة رقيقة اللوني (TLC) لوحات بنفس الطريقة 4،12، وسكب البكتيريا أيضا أكثر من TLCالسطوح وحة في أجار يعلو 13،14. الخميرة، مثل المبيضات البيض، ويمكن تطبيقها في تراكب أجار وكذلك 14. بدلا من ذلك، لوحات TLC يمكن وضعها مقلوبة على أجار تلقيح مع البكتيريا أو الخميرة 10،15 8، طريقة تعرف باسم الاتصال bioautography 2. نحن تصف طريقة للاتصال bioautography للكشف عن المركبات الفينولية المضادة للميكروبات من البرسيم الأحمر (نفل pratense السيرة الذاتية. Kenland). الكائنات الحية الدقيقة الاختبار هو sticklandii كلوستريديوم، وهو فرط انتاج الأمونيا بكتيريا الكرش (HAB) واهوائي مجبر. على الرغم من أن فصل المستخدمة لا حل جميع مكونات استخراج، كانت تسهل تحديد مناطق نشاط مضادات الميكروبات، وبالتالي تضييق مجموعة من المركبات المضادة للميكروبات ممكن. بروتوكول يستخدم إجراءات موحدة لTLC 1. يصف البروتوكول أيضا بعض التقنيات اللازمة لزراعة obliاللاهوائيات بوابة لمثل هذا الفحص، واستخدام الاتصال bioautography 15 وطريقة التصور مع الملح نتروبلو، التي بقع الخلايا الحية 2،4.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="739">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Silica F254 TLC plates, aluminum-backed, 0.2 mm thickness, 20 &#215; 20 cm</td>
			<td>EMD Chemicals&#160;</td>
			<td>5554/7</td>
			<td>These plates are coated with silica that contains an indicator fluorescing at 254 nm.&#160; Compounds absorbing at that wavelength appear dark on a fluorescent green background.&#160; Alternative sources include Analtech, Selecto Scientific, Fluka.&#160; Adsorbents other than silica may be needed.&#160; Plastic-backed plates may be suitable, depending on the solvents to be used.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sharp, heavy-duty scissors&#160;</td>
			<td>any sewing supply company</td>
			<td>similar to Fiskars&#160; 175800-1002</td>
			<td>For cutting TLC plates.&#160; A paper cutter with a sharp blade can be used as well.&#160; Do not inhale silica dust.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Drying oven at 100 &#176;C (mechanical convection)</td>
			<td>Thermo Scientific</td>
			<td>PR305225M</td>
			<td>Quincy Lab, Inc, Chicago, IL (www.quincylab.com); Cascade Technical Sciences, Hillsboro, OR (www.cascadetek.com)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>TLC chamber</td>
			<td>Kimble Chase&#160;</td>
			<td>416180-0000</td>
			<td>Alternative sources:&#160; Aldrich. Pyrex beakers or preserving jars can be used for small plates (i.e. 5 &#215; 10 cm).&#160; Cover with aluminum foil (jar lids may contain material extractable by solvent vapors).</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>50-&#181;L syringe with flat needle tip</td>
			<td>Hamilton</td>
			<td>80965</td>
			<td>For loading amounts of standard or sample exceeding 5-10 &#181;L.&#160; Alternative sources are equivalent.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>micropipets</td>
			<td>Drummond</td>
			<td>2-000-001</td>
			<td>For loading small amounts of standards or samples.&#160; Alternative sources:&#160; VWR.&#160; Also, Pasteur pipets can be stretched to a thinner diameter with a butane torch.&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Filter paper (#1 grade)</td>
			<td>Whatman</td>
			<td>1001 917</td>
			<td>Serves as a chamber wick.&#160; Other grades of filter paper are OK.&#160; This size can be trimmed for the chambers holding 20 &#215; 20 cm plates.&#160;&#160;&#160;&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Beaker tongs</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>15-186</td>
			<td>For putting plates in and out of a large TLC chamber.&#160; Alternate sources: VWR&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Flat-edge forceps&#160;</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>10-275</td>
			<td>For putting plates in and out of a small chamber.&#160;&#160; Alternate sources: VWR&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Small portable UV lamp with 4-Watt or 6-Watt bulbs for short- and long-wave UV light illumination (254 and 365 nm, respectively)</td>
			<td>Ultraviolet Products&#160;</td>
			<td>95-0271-01</td>
			<td>Alternate sources: Spectronics Corporation (www.spectroline.net)</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Viewing cabinet for use with hand-held UV lamp</td>
			<td>Ultraviolet Products&#160;</td>
			<td>Chromato-Vue C-10E</td>
			<td>UV-active bands are more easily circled if plates can be set in here.&#160; Alternate sources: Spectronics Corporation.&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Photodocumentation system with overhead UV lamp and visible lamp</td>
			<td>Kodak&#160;</td>
			<td>Gel Logic 200</td>
			<td>&#160;Alternate sources: Ultraviolet Products (www.uvp.com).&#160; See protocol for homemade alternative.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Anaerobic Chamber, Type A, Vinyl</td>
			<td>Coy&#160;</td>
			<td>7150000</td>
			<td>This chamber is appropriate for anaerobic bacteria, like Clostridium sticklandii, as described. &#160;However, growth conditions must be tailored to organism used in the assay.&#160; A biosafety cabinet and other precautions should be taken if pathogenic organisms are used. Alternate sources: Anaerobe Systems, BioRad, Plas Labs, others&#160;</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Tetrazolium red</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T8877</td>
			<td>Alternate sources: MP Biomedicals, Santa Cruz Biotechnology, Alfa Aesar</td>
		</tr>
		<tr>
			<td></td>
			<td></td>
			<td></td>
			<td>Ingredients for HAB media</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxamine &#183; 2 HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9380</td>
			<td>For this and for all the other reagents in this table, alternative sources are equivalent.</td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Riboflavin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>R4500</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Thiamine HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T3902</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nicotinamide</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>N3376</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium D-Pantothenate</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C8731</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Lipoic Acid&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>T5625</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>p-Aminobenzoic acid&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>A9878</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Folic acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>F8798</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Biotin</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B4639</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cobalamine&#160;</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>C3607</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxal HCl</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P9130</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Pyridoxine</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>P5669</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EDTA</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;E6758</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Iron sulfate &#183; 7 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;F8263</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Zinc sulfate &#183; 7 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>Z0251</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Manganese chloride &#183; 4 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>M8054</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Boric acid</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>B6768</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cobalt chloride &#183; 6 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>&#160;C8661</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Copper chloride &#183; 2 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>459097</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Nickel chloride &#183; 6 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>203866</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium molybdate &#183; 2 H2O</td>
			<td>Sigma-Aldrich</td>
			<td>331058</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>&#160;Trypticase (Pancreatic digest of casein)</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>B11921</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate monobasic anhydrous</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>P284</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>sodium carbonate &#183; H2O&#160;</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>S636</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Agar</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>50841063</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Magnesium sulfate &#183; 6 H2O</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>7791-18-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Calcium chloride &#183; 2 H2O</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>BP510</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Cysteine HCl</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>19464780</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Potassium phosphate dibasic anhydrous</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>P290</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Sodium chloride</td>
			<td>Thermo Fisher</td>
			<td>BP358</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

thin-layer chromatographic (tlc) separations and bioassays of plant extracts to identify antimicrobial compounds

يتكون شاشة مشترك لمصنع المركبات المضادة للميكروبات فصل المستخلصات النباتية عن طريق الورق أو اللوني طبقة رقيقة (TLC أو PC)، وفضح المخططات الاستشرابية لتعليق الميكروبية (مثل الفطريات أو البكتيريا في مرق أو أجار)، مما يتيح الوقت للميكروبات أن تنمو في بيئة رطبة، وتصور المناطق مع عدم وجود نمو الميكروبات. فعالية هذا الأسلوب الفرز، والمعروفة باسم bioautography، ويعتمد على كل من نوعية الفصل الكروماتوغرافي والرعاية التي اتخذت مع الظروف الثقافة الميكروبية. وتصف هذه الورقة البروتوكولات القياسية لTLC والاتصال bioautography مع تطبيق رواية لالأمينية البكتيريا تخمر حامض. يتم فصل استخراج على مرونة (المدعومة من الألومنيوم) لوحات السيليكا TLC، وتصور العصابات تحت الأشعة فوق البنفسجية (UV) ضوء. يتم قطع مناطق من وحضنت وجهه لأسفل على أجار تلقيح مع اختبار الكائنات الحية الدقيقة. وتصور العصابات المثبطة التي كتبها تلطيخ لوحة آغارق مع نتروبلو الحمراء. يتم تطبيق طريقة لفصل البرسيم الأحمر (نفل pratense السيرة الذاتية. Kenland) المركبات الفينولية والفرز من أجل نشاط ضد كلوستريديوم sticklandii، على إنتاج الأمونيا بكتيريا فرط (HAB) التي هي أصلية في الكرش البقري. تطبيق أساليب TLC لأنواع عديدة من المستخلصات النباتية والأنواع البكتيرية الأخرى (الهوائية أو اللاهوائية)، فضلا عن الفطريات، ويمكن أن تستخدم الكائنات اختبار إذا تم تعديل الشروط الثقافة لتناسب متطلبات نمو الأنواع.

وتظهر ممثل فصل السيليكا TLC من البرسيم الأحمر (نفل pratense السيرة الذاتية. Kenland) مقتطفات، التي تحتوي على مركبات فينولية، في الشكل 2. فصل الأحمر استخراج البرسيم في خلات الإيثيل الهكسان (9:1، ت / ت)، وأكثر من 8.5 سم، وأسفرت عن خمسة فرق، واحدة حل غير كامل من أصل (ا...

Watch this Scientific Journal Video about Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds at JoVE.com

Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

يتم وصف طرق الكروماتوغرافي طبقة رقيقة (TLC) فصل المستخلصات النباتية وbioautography الاتصال لتحديد نواتج مضادة للجراثيم. يتم تطبيق أساليب لفحص المركبات الفينولية البرسيم الأحمر تثبيط فرط إنتاج الأمونيا البكتيريا (HAB) الأصلي إلى الكرش البقري.

طبقة رقيقة الكروماتوجرافي (TLC) فصل واختبارات بيولوجية من المستخلصات النباتية لتحديد المركبات المضادة للميكروبات

A common screen for plant antimicrobial compounds consists of separating plant extracts by paper or thin-layer chromatography (PC or TLC), exposing the ...

thin-layer-chromatographic-tlc-separations-bioassays-plant-extracts

Research

Education

JoVE Core

JoVE Journal

Analytical Chemistry

Chemistry

Unit 1

Thin-layer Chromatographic (TLC) Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Principles of Chromatography

SCIENTISTS IN ACTION

67.3K Views.  United States Department of Agriculture.  يتم وصف طرق الكروماتوغرافي طبقة رقيقة (TLC) فصل المستخلصات النباتية وbioautography الاتصال لتحديد نواتج مضادة للجراثيم. يتم تطبيق أساليب لفحص المركبات الفينولية البرسيم الأحمر تثبيط فرط إنتاج الأمونيا البكتيريا (HAB) الأصلي إلى الكرش البقري. 

Video: Thin-layer Chromatographic TLC Separations and Bioassays of Plant Extracts to Identify Antimicrobial Compounds

Profiling the Triacylglyceride Contents in Bat Integumentary Lipids by Preparative Thin Layer Chromatography and MALDI-TOF Mass Spectrometry

The mammalian integument includes sebaceous glands that secrete an oily material onto the skin surface. Sebum production is part of the innate immune system that is protective against pathogenic microbes. Abnormal sebum production and chemical composition are also a clinical symptom of specific skin diseases. Sebum contains a complex mixture of lipids, including triacylglycerides, which is species-specific. The broad chemical properties exhibited by diverse lipid classes hinder the specific determination of sebum composition. Analytical techniques for lipids typically require chemical derivatizations that are labor-intensive and increase sample preparation costs. This paper describes how to extract lipids from mammalian integument, separate broad lipid classes by thin-layer chromatography, and profile the triacylglyceride contents using matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. This robust method enables a direct determination of the triacylglyceride profiles among species and individuals, and it can be readily applied to any taxonomic group of mammals.

Mammalian integument contains solvent-extractable lipids that can provide chemical compositions characteristic of individual species. This paper presents a routine method for separating broad lipid classes isolated from integumentary tissues using thin layer chromatography and determining the triacylglyceride profile by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.

التنميط محتويات Triacylglyceride في بات غلافي الدهون بواسطة التحليل اللوني طبقة رقيقة محضرة وMALDI-TOF الطيف الكتلي

The mammalian integument includes sebaceous glands that secrete an oily material onto the skin surface. Sebum production is part of the innate immune ...

Methods to Identify the NMR Resonances of the 13C-Dimethyl N-terminal Amine on Reductively Methylated Proteins

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a proven technique for protein structure and dynamic studies. To study proteins with NMR, stable magnetic isotopes are typically incorporated metabolically to improve the sensitivity and allow for sequential resonance assignment. Reductive 13C-methylation is an alternative labeling method for proteins that are not amenable to bacterial host over-expression, the most common method of isotope incorporation. Reductive 13C-methylation is a chemical reaction performed under mild conditions that modifies a protein&#39;s primary amino groups (lysine &#949;-amino groups and the N-terminal &#945;-amino group) to 13C-dimethylamino groups. The structure and function of most proteins are not altered by the modification, making it a viable alternative to metabolic labeling. Because reductive 13C-methylation adds sparse, isotopic labels, traditional methods of assigning the NMR signals are not applicable. An alternative assignment method using mass spectrometry (MS) to aid in the assignment of protein 13C-dimethylamine NMR signals has been developed. The method relies on partial and different amounts of 13C-labeling at each primary amino group. One limitation of the method arises when the protein&#39;s N-terminal residue is a lysine because the &#945;- and &#949;-dimethylamino groups of Lys1 cannot be individually measured with MS. To circumvent this limitation, two methods are described to identify the NMR resonance of the 13C-dimethylamines associated with both the N-terminal &#945;-amine and the side chain &#949;-amine. The NMR signals of the N-terminal &#945;-dimethylamine and the side chain &#949;-dimethylamine of hen egg white lysozyme, Lys1, are identified in 1H-13C heteronuclear single-quantum coherence spectra.

Methods to Identify the NMR Resonances of the 13C-Dimethyl N-terminal Amine on Reductively Methylated Proteins

Two methods for assigning the &#945;- and &#949;-dimethylamine nuclear magnetic resonance signals of a reductively 13C-methylated N-terminal lysine are described. One method utilizes the pH-induced selectivity of the reductive methylation reaction, and the other uses aminopeptidase to selectively remove the N-terminal lysine.

Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy is a proven technique for protein structure and dynamic studies. To study proteins with NMR, stable magnetic ...

Analysis of Volatile and Oxidation Sensitive Compounds Using a Cold Inlet System and Electron Impact Mass Spectrometry

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The analysis of volatile and oxidation sensitive compounds by mass spectrometry is not easily achieved, as all state-of-the-art mass spectrometric methods require at least one sample preparation step, e.g., dissolution and dilution of the analyte (electrospray ionization), co-crystallization of the analyte with a matrix compound (matrix-assisted laser desorption/ionization), or transfer of the prepared samples into the ionization source of the mass spectrometer, to be conducted under atmospheric conditions. Here, the use of a sample inlet system is described which enables the analysis of volatile metal organyls, silanes, and phosphanes using a sector field mass spectrometer equipped with an electron impact ionization source. All sample preparation steps and the sample introduction into the ion source of the mass spectrometer take place either under air-free conditions or under vacuum, enabling the analysis of compounds highly susceptible to oxidation. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes, which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique. The principle of operation is presented in this video.

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The presented technique is especially of interest for inorganic chemists, working with metal organyls, silanes, or phosphanes which have to be handled using inert conditions, such as the Schlenk technique.

تحليل المركبات المتطايرة الحساسة والأكسدة عن طريق نظام الباردة مدخل والكترون تأثير الطيف الكتلي

This video presents a protocol for the mass spectrometrical analysis of volatile and oxidation sensitive compounds using electron impact ionization. The ...

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical (Methylation) and Physical (Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance) Techniques

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of heteroxylans. De-starched wheat endosperm cell walls were isolated as an alcohol-insoluble residue (AIR)1 and sequentially extracted with water (W-sol Fr) and 1 M KOH containing 1% NaBH4 (KOH-sol Fr) as described by Ratnayake et al. (2014)2. Two different approaches (see summary in Figure 1) are adopted. In the first, intact W-sol AXs are treated with 2AB to tag the original RE backbone chain sugar residue and then treated with an endoxylanase to generate a mixture of 2AB-labelled RE and internal region reducing oligosaccharides, respectively. In a second approach, the KOH-sol Fr is hydrolyzed with endoxylanase to first generate a mixture of oligosaccharides which are subsequently labelled with 2AB. The enzymically released ((un)tagged) oligosaccharides from both W- and KOH-sol Frs are then methylated and the detailed structural analysis of both the native and methylated oligosaccharides is performed using a combination of MALDI-TOF-MS, RP-HPLC-ESI-QTOF-MS and ESI-MSn. Endoxylanase digested KOH-sol AXs are also characterized by nuclear magnetic resonance (NMR) that also provides information on the anomeric configuration. These techniques can be applied to other classes of polysaccharides using the appropriate endo-hydrolases.

Sequencing of Plant Wall Heteroxylans Using Enzymic, Chemical Methylation and Physical Mass Spectrometry, Nuclear Magnetic Resonance Techniques

This protocol describes the specific techniques used for the structural characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of heteroxylans by tagging the RE with 2 aminobenzamide prior to enzymatic (endoxylanase) hydrolysis and then analysis of the resultant oligosaccharides using mass spectrometry (MS) and nuclear magnetic resonance (NMR).

تسلسل مصنع ستريت Heteroxylans عن طريق إنزيمي، والمواد الكيميائية (مثلأيشن) والمادية (الطيف الكتلي، الرنين المغناطيسي النووي) تقنيات

This protocol describes the specific techniques used for the characterization of reducing end (RE) and internal region glycosyl sequence(s) of ...

On-line Analysis of Nitrogen Containing Compounds in Complex Hydrocarbon Matrixes

The shift to heavy crude oils and the use of alternative fossil resources such as shale oil are a challenge for the petrochemical industry. The composition of heavy crude oils and shale oils varies substantially depending on the origin of the mixture. In particular they contain an increased amount of nitrogen containing compounds compared to the conventionally used sweet crude oils. As nitrogen compounds have an influence on the operation of thermal processes occurring in coker units and steam crackers, and as some species are considered as environmentally hazardous, a detailed analysis of the reactions involving nitrogen containing compounds under pyrolysis conditions provides valuable information. Therefore a novel method has been developed and validated with a feedstock containing a high nitrogen content, i.e., a shale oil. First, the feed was characterized offline by comprehensive two-dimensional gas chromatography (GC &#215; GC) coupled with a nitrogen chemiluminescence detector (NCD). In a second step the on-line analysis method was developed and tested on a steam cracking pilot plant by feeding pyridine dissolved in heptane. The former being a representative compound for one of the most abundant classes of compounds present in shale oil. The composition of the reactor effluent was determined via an in-house developed automated sampling system followed by immediate injection of the sample on a GC &#215; GC coupled with a time-of-flight mass spectrometer (TOF-MS), flame ionization detector (FID) and NCD. A novel method for quantitative analysis of nitrogen containing compounds using NCD and 2-chloropyridine as an internal standard has been developed and demonstrated.

A method combining comprehensive two-dimensional gas chromatography with nitrogen chemiluminescence detection has been developed and applied to on-line analysis of nitrogen containing compounds in a complex hydrocarbon matrix.

على الخط تحليل النيتروجين التي تحتوي على مركبات في مصفوفة الهيدروكربونية مجمع

The shift to heavy crude oils and the use of alternative fossil resources such as shale oil are a challenge for the petrochemical industry. The ...

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic acids containing three to six carbons), such as malate and citrate, are critical to the proper functioning of many biological systems, where they function in cellular respiration and can serve as indicators of cell health. In foods, organic acid content can have significant impact on taste, with increased SCCA levels resulting in a sour or &#34;acid&#34; taste. Because of this, methods for the rapid analysis of organic acid levels are of particular interest to the food and beverage industries. Unfortunately, however, most methods used for SCCA quantification are dependent on time-consuming protocols requiring the derivatization of samples with hazardous reagents, followed by costly chromatographic and/or mass spectrometric analyses. This method details an alternate method for the detection and quantification of organic acids from plant material and food samples using free zonal capillary electrophoresis (CZE), sometimes simply referred to as capillary electrophoresis (CE). CZE provides a cost-effective method for measuring SCCAs with a low limit of detection (0.005 mg/ml). This article details the extraction and quantification of SCCAs from plant samples. While the method provided focuses on measurement of SCCAs from coffee beans, the method provided can be applied to multiple plant-based food materials.

Using Capillary Electrophoresis to Quantify Organic Acids from Plant Tissue: A Test Case Examining Coffea arabica Seeds

This article presents a method for the detection and quantification of organic acids from plant material using free zonal capillary electrophoresis. An example of the potential application of this method, determining the effects of a secondary fermentation on organic acid levels in coffee seeds, is provided.

باستخدام شعري الكهربائي لقياس الأحماض العضوية من الأنسجة النباتية: حالة اختبار فحص<em&gt; كافيا ارابيكا</em&gt; بذور

Carboxylic acids are organic acids containing one or more terminal carboxyl (COOH) functional groups. Short chain carboxylic acids (SCCAs; carboxylic ...

Raman and IR Spectroelectrochemical Methods as Tools to Analyze Conjugated Organic Compounds

In the presented work, two spectroelectrochemical techniques are discussed as tools for the analysis of the structural changes occurring in the molecule on the vibrational level of energy. Raman and IR spectroelectrochemistry can be used for advanced characterization of the structural changes in the organic electroactive compounds. Here, the step-by-step analysis by means of Raman and IR spectroelectrochemistry is shown. Raman and IR spectroelectrochemical techniques provide complementary information about structural changes occurring during an electrochemical process, i.e. allows for the investigation of redox processes and their products. The examples of IR and Raman spectroelectrochemical analysis are presented, in which the products of the redox reactions, both in solution and solid state, are identified.

A protocol of step-by-step Raman and IR spectroelectrochemical analysis is presented.

رامان وأساليب سبيكترويليكتروكهيميكال الأشعة تحت الحمراء كأدوات لتحليل المركبات العضوية مترافق

In the presented work, two spectroelectrochemical techniques are discussed as tools for the analysis of the structural changes occurring in the molecule ...

Using Cyclic Voltammetry, UV-Vis-NIR, and EPR Spectroelectrochemistry to Analyze Organic Compounds

Cyclic voltammetry (CV) is a technique used in the analysis of organic compounds. When this technique is combined with electron paramagnetic resonance (EPR) or ultraviolet-visible and near-infrared (UV-Vis-NIR) spectroscopies, we obtain useful information such as electron affinity, ionization potential, band-gap energies, the type of charge carriers, and degradation information that can be used to synthesize stable organic electronic devices. In this study, we present electrochemical and spectroelectrochemical methods to analyze the processes occurring in active layers of an organic device as well as the generated charge carriers.

In this article, we describe electrochemical, electron paramagnetic resonance, and ultraviolet-visible and near-infrared spectroelectrochemical methods to analyze organic compounds for application in organic electronics.

استخدام فولتاميتري دوري، والأشعة فوق البنفسجية-Vis-قوائم الجرد الوطنية، والجيش الشعبي الثوري سبيكترويليكتروكهيميستري لتحليل المركبات العضوية

Cyclic voltammetry (CV) is a technique used in the analysis of organic compounds. When this technique is combined with electron paramagnetic resonance ...

Electrophoretic Crystallization of Ultrathin High-performance Metal-organic Framework Membranes

We report the synthesis of thin, highly intergrown, polycrystalline metal-organic framework (MOF) membranes on a wide range of unmodified porous and non-porous supports (polymer, ceramic, metal, carbon, and graphene). We developed a novel crystallization technique, which is termed the ENACT approach: the electrophoretic nuclei assembly for the crystallization of highly intergrown thin films (ENACT). This approach allows for a high density of heterogeneous nucleation of MOFs on a chosen substrate via the electrophoretic deposition (EPD) directly from the precursor sol. The growth of well-packed MOF nuclei leads to a highly intergrown polycrystalline MOF film. We show that this simple approach can be used for the synthesis of thin, intergrown zeolite imidazole framework (ZIF)-7 and ZIF-8 films. The resulting 500 nm-thick ZIF-8 membranes show a considerably high H2 permeance (8.3 x 10-6 mol m-2 s-1 Pa-1) and ideal gas selectivities (7.3 for H2/CO2, 15.5 for H2/N2, 16.2 for H2/CH4, and 2655 for H2/C3H8). An attractive performance for C3H6/C3H8 separation is also achieved (a C3H6 permeance of 9.9 x 10-8 mol m-2 s-1 Pa-1 and a C3H6/C3H8 ideal selectivity of 31.6 at 25 &#176;C). Overall, the ENACT process, owing to its simplicity, can be extended to synthesize intergrown thin films of a wide range of nanoporous crystalline materials.

A simple, reproducible, and versatile approach for the synthesis of intergrown, polycrystalline metal-organic framework membranes on a wide range of unmodified porous and non-porous supports is presented.

تبلور الغرواني الكهربي الأغشية سامسونج إطار المعادن العضوية عالية الأداء

We report the synthesis of thin, highly intergrown, polycrystalline metal-organic framework (MOF) membranes on a wide range of unmodified porous and ...

Design, Synthesis, and Photochemical Properties of Clickable Caged Compounds

Caged compounds enable the photo-mediated manipulation of the cell physiology with high spatiotemporal resolution. However, the limited structural diversity of currently available caging groups and the difficulties in synthetic modification without sacrificing their photolysis efficiencies are obstacles to expanding the repertoire of caged compounds for live cell applications. As the chemical modification of coumarin-type photo-caging groups is a promising approach for the preparation of caged compounds with diverse physical and chemical properties, we report a method for the synthesis of clickable caged compounds that can be modified easily with various functional units via the copper(I)-catalyzed Huisgen cyclization. The modular platform molecule contains a (6-bromo-7-hydroxycoumarin-4-yl)methyl (Bhc) group as a photo-caging group, which exhibits a high photolysis efficiency compared to those of the conventional 2-nitrobenzyls. General procedures for the preparation of clickable caged compounds containing amines, alcohols, and carboxylates are presented. Additional properties such as the water solubility and cell targeting ability can be readily incorporated into clickable caged compounds. Furthermore, the physical and photochemical properties, including the photolysis quantum yield, were measured and were found to be superior to those of the corresponding Bhc caged compounds. The described protocol could therefore be considered a potential solution for the lack of structural diversity in the available caged compounds.

A protocol for the synthesis and measurement of the photochemical properties of modular caged compounds with clickable moieties is presented.