هنا، نقدم بروتوكول لاستكشاف العلامات البيولوجية وثبات البقاء على قيد الحياة من أساس سرطان الثدي على تحليل مجموعة متنوعة من قواعد البيانات التي يمكن الوصول إليها للجمهور. ويمكن لهذه الطريقة أن تحسن مصداقية الاستنتاجات وتمثيلها، وبالتالي تقدم منظوراً إعلامياً بشأن جين يثير الاهتمام. وميزة هذه الطريقة هي أنها تسمح بالتصور السريع وتفسير الدور المحتمل للجين في سرطان الثدي.
وعلاوة على ذلك، يمكن اختبار جميع النتائج التي تم الحصول عليها من خلال هذا الإجراء على الفور وتكرارها بمجرد الاستعلام عن المواقع ذات الصلة. اخترنا سرطان الثدي في الدراسة لاختبار جدوى هذه الطريقة. لأن سرطان الثدي هو مرض غير متجانس قد تختلف التشخيص والعلاج والتكهن من الأنواع الفرعية الجزيئية المختلفة لسرطان الثدي.
ولذلك من المهم بشكل خاص العثور على أداة أو قاعدة بيانات فعالة على الإنترنت مع المعلومات لتعكس الأنواع الفرعية المختلفة لسرطان الثدي. لبدء هذا الإجراء انتقل إلى واجهة ويب ONCOMINE. اكتب ID1 في مربع البحث للحصول على مستويات التعبير النسبية من ID1 الجينية في أنواع مختلفة من الأورام الخبيثة.
في قائمة عوامل التصفية الأساسية حدد نوع التحليل، ثم حدد السرطان مقابل التحليل العادي. في قائمة طرق العرض الأخرى حدد طريقة عرض ملخص الجينات.
تعيين عتبة قيمة P عند 0.01. تعيين عتبة تغيير أضعاف إلى 2. تعيين عتبة رتبة الجينات إلى الكل.
تعيين نوع البيانات إلى الكل. تحميل الأرقام. أولاً، انتقل إلى واجهة ويب عامل منجم الجينات قبل الميلاد.
في قائمة التحليل، حدد الارتباط ثم اضغط على الزر الشامل. اكتب ID1 في مربع البحث واضغط على زر الإرسال وزر بدء التحليل. لتحليل المجموعة الفرعية في عامل منجم التعبير الجيني BC، انتقل إلى واجهة عامل منجم الجينات قبل الميلاد.
في قائمة التحليل، حدد التعبير واضغط على الزر الشامل. اكتب ID1 في مربع البحث واضغط على زر الإرسال وزر بدء التحليل. انقر فوق الحالة العقدية وصور مصغرة حالة درجة سكارف بلوم ريتشاردسون لعرض الصور الكاملة.
في صور سكارف بلوم ريتشاردسون، اضغط على الزر أدناه لتصور قيم P للأرقام. ثم، تحميل الأرقام. لتحليل المجموعة الفرعية عبر الجينات على أساس التعبير النتائج لسرطان الثدي على الانترنت، انتقل إلى واجهة الويب GOBO.
اكتب ID1 لرمز الجينات ذات الاهتمام وتحميل مجموعة الجينات. تعيين نطاق البحث لتحديد معرفات الجينات/المسبار إلى رمز الجينات. تعيين الكل في تحديد الورم، وتحديد حالة العقدة والدرجة الطبقية في المعلمات متعددة المتغيرات.
تبقى العناصر الأخرى افتراضية. الآن، تقديم الاستفسار وتحميل الأرقام. للحصول على تحليل البقاء على قيد الحياة في عامل منجم التعبير الجيني BC، انتقل إلى واجهة ويب عامل منجم الجينات BC.
في قائمة التحليل، حدد التشخيص ثم اضغط على الزر الشامل. اكتب ID1 في مربع البحث واضغط على زر الإرسال ثم زر بدء التحليل. في التحليل الشامل، حدد Nm، ERm، MR في السكان ومعايير الحدث، واضغط على زر الإرسال للحصول على مزيد من المعلومات.
بعد هذا انقر فوق الصور المصغرة منحنى كابلان ماير لتصدير الرسوم البيانية الكاملة. لتحليل البقاء على قيد الحياة في أطلس البروتين البشري، انتقل إلى واجهة الويب أطلس البروتين البشري. اكتب ID1 إلى مربع البحث وانقر فوق زر البحث.
بعد ذلك، حدد الأطلس الفرعي لعلم الأمراض. انقر فوق التسمية لسرطان الثدي وسوف تظهر صفحة مفصلة تظهر مؤامرة مبعثر البقاء على قيد الحياة التفاعلية وتحليل البقاء على قيد الحياة. تحميل هذه الأرقام.
لتحليل البقاء على قيد الحياة في كابلان ماير الراسمة البقاء على قيد الحياة، انتقل إلى كابلان ماير الراسمة واجهة ويب. في منطقة شريحة الجينات مرنا، انقر فوق بدء مخطط KM لسرطان الثدي. اكتب ID1 في شريط البحث وحدد العنصر الأخضر في قائمة المرشحين.
ثم حدد RFS كنوع البقاء وترك العناصر الأخرى في الإعدادات الافتراضية الخاصة بها. انقر رسم كابلان ماير مؤامرة وتحميل الأرقام. في هذه الدراسة، يتم تنفيذ نتيجة تمثيلية لاستخراج البيانات والتحليل التكاملي للعلامة الحيوية لسرطان الثدي باستخدام ID1، أحد أفراد عائلة المثبطات الملزمة للحمض النووي.
يتم تحليل الاختلافات في التعبير ID1 mRNA بين الورم والأنسجة الطبيعية لأول مرة باستخدام قاعدة بيانات ONCOMINE ، التي تحتوي على ما مجموعه 445 تحليلًا فريدًا. هناك فقط 5 دراسات تكشف عن مستوى التعبير مرنا من ID1 التي هي أعلى بكثير في الأنسجة العادية مما كانت عليه في أنسجة سرطان الثدي، مما يشير إلى أن هناك dysregulation تعبير ID1 في سرطان الثدي. ثم يتم استخدام عامل منجم التعبير الجيني BC لتحديد العلاقة بين تعبير الحمض النووي الريبي (MRNA) لـ ID1 والمعلمات السريرية لمرضى سرطان الثدي.
وينظر إلى مستويات مرنا من ID1 أن تكون زيادة كبيرة في مرضى سرطان الثدي دون الانبثاث العقدة الليمفاوية مقارنة مع تلك التي نقشت العقدة الليمفاوية. التحليل في GOBO يوضح أن زيادة مستويات مرنا من ID1 ترتبط بانخفاض الورم الصف. هذه النتائج تعني أن زيادة التعبير عن ID1 يرتبط بانخفاض احتمال النقيلي وانخفاض الصف المرضي في سرطان الثدي.
يشير التحليل من قاعدة بيانات مُنْتِمِر الجينات BC إلى أن مستويات الحمض النووي الريبي الريبي (MRNA) الأعلى من ID1 ترتبط ببقاء أطول بعيدة خالية من الانبثاث في مرضى سرطان الثدي. كما يشير التحليل الذي تم من أطلس البروتين البشري إلى أن مستويات البروتين المرتفعة من ID1 ترتبط بنتائج أفضل للبقاء على قيد الحياة لدى مرضى سرطان الثدي. تحليل البقاء على قيد الحياة من مخطط كابلان ماير يتسق مع هذه النتائج، ويظهر أن مستويات أعلى من الحمض النووي الريبي التعبير ID1 يتوقع أفضل البقاء على قيد الحياة خالية من تكرار في مرضى سرطان الثدي.
وسوف يتوفر المزيد والمزيد من قواعد البيانات الإلكترونية أو يمكن للباحثين الوصول إليها. قد يوفر البروتوكول طريقة فعالة للباحثين لتحديد الجينات المستهدفة المحتملة ومسار الإشارة المرتبط بها.
