Ici, nous présentons un protocole pour explorer le biomarqueur et le prédicteur de survie du cancer du sein sur la base de l’analyse d’une variété de bases de données accessibles au public. Cette méthode peut améliorer la crédibilité et la représentativité des conclusions, offrant ainsi une perspective informative sur un gène d’intérêt. L’avantage de cette méthode est qu’elle permet la visualisation et l’interprétation rapides du rôle potentiel d’un gène dans le cancer du sein.
En outre, tous les résultats obtenus grâce à cette procédure peuvent être immédiatement testés et répétés en interrogeant simplement les sites Web correspondants. Nous avons choisi le cancer du sein dans l’étude pour tester la faisabilité de cette méthode. Parce que le cancer du sein est une maladie hétérogène, le diagnostic, le traitement et le pronostic de différents sous-types moléculaires de cancer du sein peuvent varier.
Par conséquent, il est particulièrement important de trouver un outil ou une base de données en ligne efficace avec des informations qui reflètent les sous-types disparates du cancer du sein. Pour commencer cette procédure, rendez-vous sur l’interface web ONCOMINE. Tapez ID1 dans la boîte de recherche pour obtenir les niveaux d’expression relatifs du gène ID1 dans divers types de malignités.
Dans le menu des filtres primaires sélectionnez le type d’analyse, puis sélectionnez Cancer vs Analyse normale. Dans les autres vues, sélectionnez la vue de résumé génétique.
Fixez le seuil de valeur P à 0,01. Définissez le seuil de changement de pli à 2. Fixez le seuil de rang génétique à Tous.
Définissez le type de données à Tous. Téléchargez les chiffres. Tout d’abord, allez à l’interface Web BC Gene-Expression Miner.
Dans le menu d’analyse, sélectionnez corrélation puis appuyez sur le bouton exhaustif. Tapez ID1 dans la zone de recherche et appuyez sur le bouton soumettre et le bouton d’analyse de démarrage. Pour l’analyse de sous-groupes dans le miner d’expression génétique de la Colombie-Britannique, rendez-vous à l’interface BC Gene-Expression Miner.
Dans le menu d’analyse, sélectionnez l’expression et appuyez sur le bouton exhaustif. Tapez ID1 dans la zone de recherche et appuyez sur le bouton soumettre et le bouton d’analyse de démarrage. Cliquez sur le statut nodal et les vignettes de grade Scarff Bloom Richardson pour afficher des images complètes.
Dans les images de Scarff Bloom Richardson, appuyez sur le bouton ci-dessous pour visualiser les valeurs P des figures. Ensuite, téléchargez les chiffres. Pour l’analyse de sous-groupes via Outcome for Breast Cancer Online basé sur l’expression des gènes, rendez-vous sur l’interface web GOBO.
Tapez ID1 pour le symbole génétique d’intérêt et téléchargez l’ensemble de gènes. Définissez la plage de recherche pour définir les identificateurs de gènes/sondes sur le symbole génétique. Réglez le tout dans la sélection de tumeur, et sélectionnez l’état de nœud et le grade stratifié dans les paramètres multivariés.
Les autres éléments restent par défaut. Maintenant, soumettez l’enquête et téléchargez les chiffres. Pour une analyse de survie dans le miner d’expression génétique de la Colombie-Britannique, rendez-vous à l’interface Web de BC Gene-Expression Miner.
Dans le menu d’analyse, sélectionnez pronostique, puis appuyez sur le bouton exhaustif. Tapez ID1 dans la boîte de recherche et appuyez sur le bouton soumettre, puis le bouton d’analyse de démarrage. Dans l’analyse pronostique exhaustive, sélectionnez Nm, ERm, MR dans la population et les critères d’événement, et appuyez sur le bouton soumettre pour obtenir plus d’informations.
Après ce clic, cliquez sur les vignettes courbes Kaplan-Meier pour exporter les graphiques complets. Pour l’analyse de survie dans l’Atlas des protéines humaines, rendez-vous à l’interface Web de l’Atlas des protéines humaines. Tapez ID1 dans la zone de recherche et cliquez sur le bouton de recherche.
Ensuite, sélectionnez le sous-atlas de pathologie. Cliquez sur l’étiquette pour le cancer du sein et une page détaillée apparaîtra montrant une parcelle interactive de dispersion de survie et une analyse de survie. Téléchargez ces chiffres.
Pour l’analyse de survie dans le Kaplan-Meier Plotter Survival, rendez-vous à l’interface Web Kaplan-Meier Plotter. Dans la zone des puces génétiques de l’ARNm, cliquez sur démarrer km traceur pour le cancer du sein. Tapez ID1 dans la barre de recherche et sélectionnez l’élément vert dans le menu candidat.
Ensuite, sélectionnez RFS comme type de survie et laissez les autres éléments à leurs paramètres par défaut. Cliquez sur dessiner kaplan-meier parcelle et télécharger les chiffres. Dans cette étude, un résultat représentatif pour l’exploration de données et l’analyse intégrative d’un biomarqueur du cancer du sein est effectué à l’aide d’ID1, l’un des membres de la famille liant l’ADN de l’inhibiteur.
Les différences d’expression de l’ARNm ID1 entre la tumeur et les tissus normaux sont d’abord analysées à l’aide de la base de données ONCOMINE, qui contient un total de 445 analyses uniques. Il y a seulement 5 études révélant un niveau d’expression d’ARNm d’ID1 qui est sensiblement plus haut dans les tissus normaux que dans les tissus de cancer du sein, qui indique qu’il y a une dysrégulation d’expression d’ID1 dans le cancer du sein. Le bc Gene-Expression Miner est ensuite utilisé pour identifier la corrélation entre l’expression de l’ARNm d’ID1 et les paramètres clinicopathologiques des patientes atteintes d’un cancer du sein.
Les niveaux d’ARNm d’ID1 sont vus pour être sensiblement augmentés dans les patients de cancer du sein sans métastase de ganglion lymphatique comparé à ceux avec la métastase de ganglion lymphatique. L’analyse dans GOBO démontre que les niveaux accrus d’ARNm d’ID1 sont corrélés à la qualité inférieure de tumeur. Ces résultats impliquent que l’expression accrue d’ID1 est liée au potentiel métastatique inférieur et au grade pathologique inférieur dans le cancer du sein.
L’analyse de la base de données BC Gene-Expression Miner indique que des niveaux plus élevés d’ARNm d’ID1 sont corrélés à une survie plus éloignée sans métastase chez les patientes atteintes d’un cancer du sein. L’analyse de l’Atlas des protéines humaines suggère également que des niveaux élevés de protéines d’ID1 sont associés à de meilleurs résultats de survie chez les patientes atteintes d’un cancer du sein. L’analyse de survie du Traceur Kaplan-Meier est compatible avec ces résultats, et montre que des niveaux plus élevés d’ARNm d’expression ID1 prédit une meilleure survie sans récidive chez les patientes atteintes d’un cancer du sein.
De plus en plus de bases de données en ligne seront disponibles ou accessibles aux chercheurs. Le protocole pourrait fournir une méthode efficace pour les chercheurs afin d’identifier les gènes cibles potentiels et la voie de signalisation associée.
