Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER

As DNA sequencing technology has markedly advanced in recent years2, it has become increasingly evident that the amount of genetic variation between any ...

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing

Conventional next-generation sequencing techniques (NGS) have allowed for immense genomic characterization for over a decade. Specifically, NGS has been ...

Washington University School of Medicine

We report a targeted, cost-effective method to quantify rare single-nucleotide polymorphisms from pooled human genomic DNA using second-generation sequencing. We pooled DNA from 1,111 individuals and targeted four genes to identify rare germline variants. Our base-calling algorithm, SNPSeeker, derived from large deviation theory, detected single-nucleotide polymorphisms present at frequencies below the raw error rate of the sequencing platform.

Quantification of rare allelic variants from pooled genomic DNA.

Ceftriaxone-induced hemolytic anemia is a rare and often fatal phenomenon. We report here the case of a 6-year-old female with sickle cell disease who survived a brisk and profound hemolytic reaction, resulting in hemoglobin of 0.4 g/dL, after ceftriaxone infusion. Ongoing hemolysis was abrogated with aggressive supportive care, but the patient suffered extensive neurologic sequelae as a result of the event. Serologic testing confirmed the presence of ceftriaxone antibodies.

Severe ceftriaxone-induced hemolysis complicated by diffuse cerebral ischemia in a child with sickle cell disease.

Sporadic heart failure is thought to have a genetic component, but the contributing genetic events are poorly defined. Here, we used ultra-high-throughput resequencing of pooled DNAs to identify SNPs in 4 biologically relevant cardiac signaling genes, and then examined the association between allelic variants and incidence of sporadic heart failure in 2 large Caucasian populations. Resequencing of DNA pools, each containing DNA from approximately 100 individuals, was rapid, accurate, and highly sensitive for identifying common and rare SNPs; it also had striking advantages in time and cost efficiencies over individual resequencing using conventional Sanger methods. In 2,606 individuals examined, we identified a total of 129 separate SNPs in the 4 cardiac signaling genes, including 23 nonsynonymous SNPs that we believe to be novel. Comparison of allele frequencies between 625 Caucasian nonaffected controls and 1,117 Caucasian individuals with systolic heart failure revealed 12 SNPs in the cardiovascular heat shock protein gene HSPB7 with greater proportional representation in the systolic heart failure group; all 12 SNPs were confirmed in an independent replication study. These SNPs were found to be in tight linkage disequilibrium, likely reflecting a single genetic event, but none altered amino acid sequence. These results establish the power and applicability of pooled resequencing for comparative SNP association analysis of target subgenomes in large populations and identify an association between multiple HSPB7 polymorphisms and heart failure.

Cardiac signaling genes exhibit unexpected sequence diversity in sporadic cardiomyopathy, revealing HSPB7 polymorphisms associated with disease.

&#x8FDC;&#x7AEF;&#x631B;&#x7F29;&#x7C7B;&#x578B; &#xFF08;DA1) &#x662F;&#x5148;&#x5929;&#x6027;&#x631B;&#x7F29;&#x7684;&#x624B;&#x548C;&#x811A;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E86;&#x51E0;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x7684;&#x4E00;&#x79CD;&#x7D0A;&#x4E71;&#x3002;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x4E0E; DA1 &#x5206;&#x9694;&#x4E3A;&#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x663E;&#x6027;&#x9057;&#x4F20;&#x7684;&#x4E3B;&#x8981;&#x969C;&#x788D;&#x4E0E;&#x5B8C;&#x5168;&#x5916;&#x663E;&#x7387; 5 &#x4EE3;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x4ECE; 12 &#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x6210;&#x5458;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x7684;&#x597D;&#x5F97;&#x591A;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x6620;&#x5C04; 10 K &#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5173;&#x8054;&#x5206;&#x6790;&#x53D1;&#x73B0;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53; 12q 3.27 &#x591A;&#x70B9; LOD(max)&#x3002;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684;&#x6162;&#x98A4;&#x6410;&#x9AA8;&#x9ABC;&#x808C;&#x808C;&#x7403;&#x86CB;&#x767D;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; C1 &#xFF08;MYBPC1&#xFF09;&#xFF0C;&#x5750;&#x843D;&#x5728;&#x8054;&#x7CFB;&#x95F4;&#x9694;&#x5185;&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x9519;&#x4E49;&#x7A81;&#x53D8; (c.706T&gt;C) &#x5728;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x5BB6;&#x65CF;&#x4E2D;&#x7684;&#x75BE;&#x75C5;&#x4E0E;&#x9694;&#x79BB;&#x5E76;&#x5BFC;&#x81F4; W236R &#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66FF;&#x4EE3;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E8C;&#x6B21;&#x7684; MYBPC1 &#x9519;&#x4E49;&#x7A81;&#x53D8;&#x662F;&#x786E;&#x5B9A; (c.2566T&gt;C)(Y856H) DA1&#xFF0C;&#x53E6;&#x4E00;&#x5BB6;&#x5360; 13%(15 &#x4E24;) MYBPC1 &#x7A81;&#x53D8;&#x9891;&#x7387;&#x3002;&#x4ECE;&#x53D7;&#x5F71;&#x54CD;&#x7684;&#x75C5;&#x4EBA;&#x9AA8;&#x9ABC;&#x808C;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x6D3B;&#x68C0;&#x663E;&#x793A;&#x7C7B;&#x578B;&#x6211; (&#x6162;&#x98A4;&#x6410;) &#x7EA4;&#x7EF4;&#x8F83;&#x5C0F;&#x6BD4;&#x7C7B;&#x578B;&#x4E8C;&#x3001; &#x7EA4;&#x7EF4;&#x3002;&#x8868;&#x8FBE;&#x7EFF;&#x8272;&#x8367;&#x5149;&#x86CB;&#x767D; (GFP)-&#x5305;&#x542B; WT &#x548C; DA1 &#x7A81;&#x53D8;&#x7684;&#x5C0F;&#x9F20;&#x9AA8;&#x9ABC;&#x808C;&#x7684;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684; MYBPC1 &#x6784;&#x9020;&#x900F;&#x9732;&#x5F3A;&#x5065;&#x5FC3;&#x808C;&#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E4B;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x66F4;&#x5F25;&#x6F2B;&#x7684;&#x672C;&#x5730;&#x5316;&#xFF0C;&#x770B;&#x5230;&#x65F6;&#x8868;&#x793A;&#x975E;&#x878D;&#x5408;&#x7EFF;&#x8272;&#x8367;&#x5149;&#x86CB;&#x767D;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C; MYBPC1 &#x86CB;&#x767D;&#xFF0C;&#x5305;&#x542B;&#x76F8;&#x5E94; MYBPC3 &#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x66FF;&#x6362; E334K R326Q&#xFF09;&#xFF0C;&#x5BFC;&#x81F4;&#x80A5;&#x539A;&#x578B;&#x5FC3;&#x808C;&#x75C5;&#x4E86;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x8C03;&#x67E5;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E; MYBPC1 &#x57FA;&#x56E0;&#x8D1F;&#x8D23; DA1&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x75C5;&#x7684;&#x673A;&#x7406;&#x53EF;&#x80FD;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E8E;&#x4E00;&#x4E9B;&#x5FC3;&#x810F; MYBPC3 &#x7A81;&#x53D8;&#x5982;&#x4F55;&#x5BFC;&#x81F4;&#x80A5;&#x539A;&#x578B;&#x5FC3;&#x808C;&#x75C5;&#x3002;

&#x808C;&#x7403;&#x86CB;&#x767D;&#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; C1&#xFF1A; &#x57FA;&#x56E0;&#x4E3A;&#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x663E;&#x6027;&#x8FDC;&#x7AEF;&#x631B;&#x7F29;&#x952E;&#x5165; 1&#x3002;

Distal arthrogryposis type I (DA1) is a disorder characterized by congenital contractures of the hands and feet for which few genes have been identified. Here we describe a five-generation family with DA1 segregating as an autosomal dominant disorder with complete penetrance. Genome-wide linkage analysis using Affymetrix GeneChip Mapping 10K data from 12 affected members of this family revealed a multipoint LOD(max) of 3.27 on chromosome 12q. Sequencing of the slow-twitch skeletal muscle myosin binding protein C1 (MYBPC1), located within the linkage interval, revealed a missense mutation (c.706T>C) that segregated with disease in this family and causes a W236R amino acid substitution. A second MYBPC1 missense mutation was identified (c.2566T>C)(Y856H) in another family with DA1, accounting for an MYBPC1 mutation frequency of 13% (two of 15). Skeletal muscle biopsies from affected patients showed type I (slow-twitch) fibers were smaller than type II fibers. Expression of a green fluorescent protein (GFP)-tagged MYBPC1 construct containing WT and DA1 mutations in mouse skeletal muscle revealed robust sarcomeric localization. In contrast, a more diffuse localization was seen when non-fused GFP and MYBPC1 proteins containing corresponding MYBPC3 amino acid substitutions (R326Q, E334K) that cause hypertrophic cardiomyopathy were expressed. These findings reveal that the MYBPC1 is a novel gene responsible for DA1, though the mechanism of disease may differ from how some cardiac MYBPC3 mutations cause hypertrophic cardiomyopathy.

Myosin binding protein C1: a novel gene for autosomal dominant distal arthrogryposis type 1.

Type d&#39;arthrogrypose distale (Ad1) est une affection caract&eacute;ris&eacute;e par des contractures cong&eacute;nitales des mains et des pieds pour laquelle peu de g&egrave;nes ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s. Nous d&eacute;crivons ici une famille de cinq g&eacute;n&eacute;rations avec DA1 en s&eacute;gr&eacute;gation comme une maladie autosomale dominante avec une p&eacute;n&eacute;trance compl&egrave;te. G&eacute;nome-large analyse de liaison g&eacute;n&eacute;tique &agrave; partir de donn&eacute;es Affymetrix GeneChip Mapping 10 K 12 participants touch&eacute;s de cette famille ont r&eacute;v&eacute;l&eacute; une LOD(max) multipoint de 3,27 sur le chromosome 12 q. Le s&eacute;quen&ccedil;age de la prot&eacute;ine de liaison de la myosine de muscle squelettique &agrave; contraction lente C1 (MYBPC1), situ&eacute; &agrave; l&#39;int&eacute;rieur de l&#39;intervalle de couplage, a r&eacute;v&eacute;l&eacute; une mutation faux-sens (c.706T&gt;C) distincts avec la maladie dans cette famille, qui provoque une substitution d&#39;acides amin&eacute;s W236R. Une seconde mutation faux-sens de MYBPC1 a &eacute;t&eacute; identifi&eacute;e (c.2566T&gt;C)(Y856H) dans une autre famille avec DA1, comptabilit&eacute; pour une fr&eacute;quence de mutation MYBPC1 de 13 % (deux des 15). Les biopsies de muscle squelettique de patients affect&eacute;s ont montr&eacute; de type I (&agrave; contraction lente) fibres &eacute;taient plus petites que les fibres de type II. Expression d&#39;une prot&eacute;ine fluorescente verte (GFP)-&eacute;tiquet&eacute; MYBPC1 construct contenant des mutations dans le muscle squelettique de souris WT et DA1 a r&eacute;v&eacute;l&eacute; la localisation du sarcom&egrave;re robuste. En revanche, une localisation plus diffuse a &eacute;t&eacute; observ&eacute;e quand la non-fusion GFP et MYBPC1 prot&eacute;ines contenant correspondantes MYBPC3 substitutions d&#39;acides amin&eacute;s (R326Q, E334K) qui causent une cardiomyopathie hypertrophique ont &eacute;t&eacute; exprim&eacute;es. Ces r&eacute;sultats r&eacute;v&egrave;lent que le MYBPC1 est un nouveau g&egrave;ne responsable DA1, bien que le m&eacute;canisme de la maladie peut-&ecirc;tre diff&eacute;rer de comment certaines mutations MYBPC3 cardiaques provoquent une cardiomyopathie hypertrophique.

Prot&eacute;ine de liaison de la myosine C1 : un nouveau g&egrave;ne pour autosomal arthrogrypose distale dominante de type 1.

Tipo de Artrogriposis distal (DA1) es un trastorno caracterizado por contracciones cong&eacute;nitas de las manos y los pies para que pocos genes han sido identificados. Aqu&iacute; describimos una familia de cinco generaciones con DA1 segregando como un trastorno autos&oacute;mico dominante con penetrancia completa. An&aacute;lisis de ligamiento del genoma usando datos Affymetrix GeneChip Mapping 10 K de 12 miembros afectados de esta familia revel&oacute; un LOD(max) multipunto de 3.27 en el cromosoma 12q. Secuencia de la prote&iacute;na de uni&oacute;n a miosina de m&uacute;sculo esquel&eacute;tico contracci&oacute;n lenta C1 (MYBPC1), ubicada dentro del intervalo de acoplamiento, revel&oacute; una mutaci&oacute;n sin sentido (c.706T&gt;C) que separados con la enfermedad en esta familia y causa una substituci&oacute;n del amino&aacute;cido de W236R. Una segunda mutaci&oacute;n sin sentido de MYBPC1 fue identificado (c.2566T&gt;C)(Y856H) en otra familia con DA1, contabilidad para una frecuencia de mutaci&oacute;n de MYBPC1 del 13% (dos de 15). Las biopsias del m&uacute;sculo esquel&eacute;tico de pacientes afectados mostraron tipo I (lentas) fibras eran m&aacute;s peque&ntilde;as que las fibras de tipo II. Expresi&oacute;n de una prote&iacute;na fluorescente verde (GFP)-etiquetado construcci&oacute;n de MYBPC1 que contienen mutaciones WT y DA1 en m&uacute;sculo esquel&eacute;tico de rat&oacute;n revel&oacute; robusto localizaci&oacute;n sarcomeric. Por el contrario, una localizaci&oacute;n m&aacute;s difusa fue vista cuando se expresaron no fusionados con GFP y MYBPC1 prote&iacute;nas que contienen correspondiente el sustituciones de amino&aacute;cidos del MYBPC3 (R326Q, E334K) que causan cardiomiopat&iacute;a hipertr&oacute;fica. Estos resultados revelan que el MYBPC1 es un nuevo gen responsable de DA1, aunque el mecanismo de la enfermedad puede ser diferente de c&oacute;mo algunas mutaciones MYBPC3 cardiacas causan cardiomiopat&iacute;a hipertr&oacute;fica.

Prote&iacute;na de uni&oacute;n a miosina C1: un gene nuevo para Artrogriposis distal dominante autosomal tipo 1.

Distale Arthrogrypose Typ I (DA1) ist eine Erkrankung mit kongenitale Kontrakturen der H&auml;nde und F&uuml;&szlig;e f&uuml;r die paar Gene identifiziert wurden. Hier beschreiben wir eine f&uuml;nf-Generation-Familie mit DA1 Segregieren als autosomal-dominant vererbte mit vollst&auml;ndige Penetranz. Genomweiten Linkage-Analyse mit Affymetrix GeneChip-Mapping 10 K Daten aus 12 betroffenen Mitglieder dieser Familie offenbart eine Mehrpunkt-LOD(max) von 3,27 auf Chromosom 12q, distale. Sequenzierung der Skelettmuskulatur langsam zuckenden Myosin verbindliches Protein C1 (MYBPC1), befindet sich innerhalb des Intervalls Verkn&uuml;pfung offenbart eine Missense-Mutation (c.706T&gt;C), die mit Krankheit in dieser Familie ausgesondert und verursacht eine W236R Aminos&auml;ure-Substitution. Eine zweite MYBPC1 Missense-Mutation wurde identifizierten (c.2566T&gt;C)(Y856H) in einer anderen Familie mit DA1, Bilanzierung von einer MYBPC1-Mutation-Frequenz von 13 % (zwei von 15). Skelettmuskulatur Biopsien von Patienten zeigten Typ ich (slow-Twitch) Fasern waren kleiner als Typ II-Fasern. Ausdruck einer gr&uuml;n fluoreszierendes Protein (GFP)-markierte MYBPC1-Konstrukt mit WT und DA1 Mutationen in der Skelettmuskulatur Maus offenbart robuste Sarkomerproteine Lokalisierung. Im Gegensatz dazu wurde eine diffuse Lokalisierung gesehen, wenn nicht verschmolzen GFP und MYBPC1 Proteine mit entsprechende MYBPC3 Aminos&auml;ure Substitutionen (R326Q, E334K), die hypertrophen Kardiomyopathie verursachen bemessen wurden. Diese Ergebnisse zeigen, dass die MYBPC1 eine neuartige gen f&uuml;r DA1, verantwortlich ist, obwohl der Mechanismus der Krankheit von wie einige kardialen MYBPC3-Mutationen hypertrophen Kardiomyopathie verursachen unterscheiden kann.

Myosin verbindliches Protein C1: ein neuartiges gen f&uuml;r autosomal dominante distale Arthrogrypose Typ 1.

Tipo di artrogriposi distale (DA1) &egrave; una malattia caratterizzata da contratture congenite delle mani e dei piedi per i quali sono stati identificati alcuni geni. Qui descriviamo un cinque generazioni di una famiglia con DA1 segreganti come una malattia autosomica dominante con penetranza completa. Analisi di linkage genome-wide utilizzando dati di Affymetrix GeneChip Mapping 10K da 12 membri affetti di questa famiglia ha rivelato un LOD(max) multipunto di 3,27 sul cromosoma 12q. Sequenziamento della proteina di legame della miosina di muscolo scheletrico contrazione lenta C1 (MYBPC1), situato all&#39;interno dell&#39;intervallo di linkage, ha rivelato una mutazione missenso (c.706T&gt;C) che segregato con la malattia in questa famiglia e provoca una sostituzione dell&#39;amminoacido di W236R. Una seconda mutazione missenso MYBPC1 &egrave; stato identificato (c.2566T&gt;C)(Y856H) in un&#39;altra famiglia con DA1, contabilit&agrave; per una frequenza di mutazione MYBPC1 del 13% (due di 15). Biopsie di muscolo scheletrico di pazienti affetti hanno mostrato il tipo I (slow-twitch) fibre erano pi&ugrave; piccoli di fibre di tipo II. Espressione di una proteina fluorescente verde (GFP)-tagged MYBPC1 costrutto contenente WT e DA1 mutazioni in muscolo scheletrico del mouse ha rivelato robusto localizzazione sarcomero. Al contrario, una localizzazione pi&ugrave; diffusa &egrave; stato visto quando sono stati espressi non fuse GFP e MYBPC1 proteine contenenti corrispondente MYBPC3 aminoacidiche (R326Q, E334K) che causano la cardiomiopatia ipertrofica. Questi risultati rivelano che il MYBPC1 &egrave; un romanzo gene responsabile DA1, sebbene il meccanismo della malattia possa differire da quanto alcune mutazioni MYBPC3 cardiache causano cardiomiopatia ipertrofica.

Proteina miosina C1: un romanzo gene autosomico dominante artrogriposi distale tipo 1.

&#x9060;&#x4F4D;&#x95A2;&#x7BC0;&#x62D8;&#x7E2E;&#x307F;&#x75C7;&#x578B; (DA1&#xFF09; &#x306F;&#x3001;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x624B;&#x8DB3;&#x306E;&#x5148;&#x5929;&#x6027;&#x62D8;&#x7E2E;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#x969C;&#x5BB3;&#x3002;&#x3053;&#x3053; DA1 &#x306F;&#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x512A;&#x6027;&#x969C;&#x5BB3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x5206;&#x96E2;&#x3059;&#x308B;&#x5B8C;&#x5168;&#x306A;&#x6D78;&#x900F;&#x5EA6;&#x3092;&#x6301;&#x3064; 5 &#x4E16;&#x4EE3;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A2;&#x30D5;&#x30A3;&#x30E1;&#x30C8;&#x30EA;&#x30AF;&#x30B9;&#x306E; GeneChip &#x306E;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0; 10 K &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3053;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E; 12 &#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x89E3;&#x6790;&#x30DE;&#x30EB;&#x30C1;&#x30DD;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8; LOD(max) 3.27 &#x67D3;&#x8272;&#x4F53; 12q &#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x9045;&#x7B4B;&#x9AA8;&#x683C;&#x7B4B;&#x30DF;&#x30AA;&#x30B7;&#x30F3;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; C1 &#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; (MYBPC1)&#x3001;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B8;&#x9593;&#x9694;&#x5185;&#x306B;&#x3042;&#x308B;&#x3001;&#x30DF;&#x30B9;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x5909;&#x7570; (c.706T&gt;C) &#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x75C5;&#x3068;&#x5206;&#x96E2;&#x3057;&#x3001;W236R &#x306E;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x7F6E;&#x63DB;&#x306E;&#x539F;&#x56E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;2 &#x756A;&#x76EE;&#x306E; MYBPC1 &#x30DF;&#x30B9;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B9;&#x5909;&#x7570;&#x3060;&#x3063;&#x305F; (&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x305F; c.2566T&gt;C)(Y856H) DA1 &#x3068;&#x5225;&#x306E;&#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x4E2D;&#x3067;&#x3001;13 &#xFF05; (15 &#x306E; 2) &#x306E; MYBPC1 &#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x983B;&#x5EA6;&#x306E;&#x4F1A;&#x8A08;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x308B;&#x60A3;&#x8005;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x9AA8;&#x683C;&#x7B4B;&#x751F;&#x691C;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7; I &#xFF08;&#x9045;&#x3044;&#x53CE;&#x7E2E;&#xFF09; &#x7E4A;&#x7DAD;&#x306F;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7; II &#x7DDA;&#x7DAD;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5C0F;&#x3055;&#x304B;&#x3063;&#x305F;&#x3002;&#x7DD1;&#x8272;&#x86CD;&#x5149;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; (GFP) &#x767A;&#x73FE;-WT &#x3068; DA1 &#x5909;&#x7570;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x9AA8;&#x683C;&#x7B4B;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30BF;&#x30B0;&#x306E; MYBPC1 &#x69CB;&#x7BC9;&#x5805;&#x7262;&#x306A;&#x30B5;&#x30EB;&#x30B3;&#x30E1;&#x30A2; &#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x3088;&#x308A;&#x3073;&#x307E;&#x3093;&#x6027;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F; GFP &#x3068; MYBPC1 &#x306B;&#x3001;&#x975E;&#x878D;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3092;&#x80A5;&#x5927;&#x578B;&#x5FC3;&#x7B4B;&#x75C7;&#x539F;&#x56E0;&#x3068;&#x5BFE;&#x5FDC;&#x3059;&#x308B; MYBPC3 &#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x7F6E;&#x63DB; (R326Q, E334K) &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3068;&#x304D;&#x8868;&#x73FE;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x898B;&#x3089;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8ABF;&#x67FB;&#x7D50;&#x679C;&#x75C5;&#x6C17;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x80A5;&#x5927;&#x578B;&#x5FC3;&#x7B4B;&#x75C7;&#x306E;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x5FC3;&#x81D3; MYBPC3 &#x306E;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x304B;&#x3089;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x304C;&#x3001;MYBPC1 &#x306F; DA1 &#x306E;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x3068;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x3002;

&#x30DF;&#x30AA;&#x30B7;&#x30F3;&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; C1: &#x5E38;&#x67D3;&#x8272;&#x4F53;&#x512A;&#x6027;&#x9060;&#x4F4D;&#x95A2;&#x7BC0;&#x62D8;&#x7E2E;&#x307F;&#x75C7;&#x306E;&#x65B0;&#x898F;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306F;&#x3001;1 &#x3092;&#x5165;&#x529B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC6D0;&#xC2EC; arthrogryposis &#xC720;&#xD615; I (DA1)&#xC740; &#xC7A5;&#xC560;&#xC758; &#xC190;&#xACFC; &#xBC1C;&#xC744; &#xBA87; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB41C; &#xC120; &#xCC9C; &#xC131; contractures&#xC774; &#xD2B9;&#xC9D5;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; DA1 autosomal &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; &#xC7A5;&#xC560;&#xB85C;&#xC640; &#xC644;&#xC804; &#xD55C; penetrance segregating&#xC640; 5 &#xC138;&#xB300; &#xC81C;&#xD488;&#xAD70;&#xC744; &#xC124;&#xBA85; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; 12 &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C; Affymetrix GeneChip 10k &#xB9E4;&#xD551; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xC5F0;&#xACC4; &#xBD84;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; 12q 3.27&#xC758; &#xBA40;&#xD2F0; &#xD3EC;&#xC778;&#xD2B8; LOD(max) &#xBC1D;&#xD614;&#xB2E4;. &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB290;&#xB9B0; &#xD2B8; &#xC704;&#xCE58; &#xACE8;&#xACA9; &#xADFC;&#xC721; myosin &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; c 1&#xC758; (MYBPC1) &#xC5F0;&#xACB0; &#xAC04;&#xACA9; &#xB0B4;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294;&#xC774; &#xAC00;&#xC871;&#xC758; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC28;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; W236R &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xB300;&#xCCB4; &#xD558;&#xB294; missense &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; (c.706T&gt;C)&#xB97C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB450; &#xBC88;&#xC9F8; MYBPC1 missense &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; (c.2566T&gt;C)(Y856H) DA1, &#xB2E4;&#xB978; &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0; 13% (2 / 15)&#xC758; MYBPC1 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xBE48;&#xB3C4; &#xCC28;&#xC9C0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1B;&#xB294; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACE8;&#xACA9; &#xADFC;&#xC721; biopsies &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4; &#xC720;&#xD615; I (&#xB290;&#xB9B0; &#xD2B8;) &#xC12C;&#xC720; &#xC720;&#xD615; II &#xC12C;&#xC720; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xC791;&#xC544; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB179;&#xC0C9; &#xD615;&#xAD11; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (GFP)&#xC758; &#xD45C;&#xD604;-WT &#xBC0F; DA1 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xACE8;&#xACA9; &#xADFC;&#xC721;&#xC5D0; &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xD0DC;&#xADF8; MYBPC1 &#xAD6C;&#xC131; &#xACF5;&#xAC1C; &#xAC15;&#xB825;&#xD55C; sarcomeric &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654;. &#xBC18;&#xBA74;, &#xB354; &#xD655;&#xC0B0; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654; &#xBE44; &#xC735;&#xD569; GFP&#xC640; MYBPC1 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xD574;&#xB2F9; MYBPC3 &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xB97C; &#xD568;&#xC720;&#xD55C; &#xC0B0; &#xC131; &#xB300;&#xCCB4; (R326Q, E334K) hypertrophic &#xC2EC;&#xC7A5; &#xADFC;&#xC721; &#xBCD1; &#xC99D;&#xC744; &#xC77C;&#xC73C;&#xD0AC; &#xB54C; &#xD45C;&#xD604; &#xD588;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4; MYBPC1 &#xC18C;&#xC124; &#xC720;&#xC804;&#xC790; DA1&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC45;&#xC784;&#xC740; &#xC9C8;&#xBCD1;&#xC758; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xC77C;&#xBD80; &#xC2EC;&#xC7A5; MYBPC3 &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC6D0;&#xC778; hypertrophic &#xC2EC;&#xC7A5; &#xADFC;&#xC721; &#xBCD1; &#xC99D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xB97C; &#xC218; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC;.

Myosin &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; C1: &#xC0C1; &#xC5FC;&#xC0C9;&#xCCB4; &#xC9C0;&#xBC30;&#xC801;&#xC778; &#xC6D0;&#xC2EC; arthrogryposis&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC720;&#xC804;&#xC790; 1&#xC744; &#xC785;&#xB825; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Todd E. Druley

Center for Genome Sciences and Systems Biology,
Department of Genetics,
Department of Pediatrics,
Division of Hematology and Oncology,
Center for Genome Sciences and Systems Biology, Department of Genetics,
Department of Pediatrics, Division of Hematology and Oncology

Washington University School of Medicine

Detection of Rare Genomic Variants from Pooled Sequencing Using SPLINTER

Rare Event Detection Using Error-corrected DNA and RNA Sequencing