depletion-of-ribosomal-rna-for-mosquito-gut-metagenomic-rna-seq

Depletion of Ribosomal RNA for Mosquito Gut Metagenomic RNA-seq

The mosquito gut accommodates dynamic microbial communities across different stages of the insect's life cycle. Characterization of the genetic capacity ...

New Mexico State University

&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x7275;&#x8FDE;&#x5728;&#x5929;&#x7136;&#x514D;&#x75AB;&#x4E2D;&#x7684; 18 &#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x5BB6;&#x5EAD; 242 &#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x6309;&#x868A;&#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x5E76;&#x53D1;&#x73B0;&#x6709;&#x660E;&#x663E;&#x7684;&#x591A;&#x6837;&#x5316;&#x4E0E;&#x679C;&#x8747;&#x3002;&#x514D;&#x75AB;&#x76F8;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x53C2;&#x4E0E;&#x8BC6;&#x522B;&#x3001; &#x7684;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8C03;&#x5236;&#x548C;&#x6548;&#x5E94;&#x5668;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x663E;&#x793A;&#x6807;&#x8BB0;&#x7684; orthologs &#x548C;&#x8FC7;&#x5EA6;&#x57FA;&#x56E0;&#x6269;&#x4EA7;&#xFF0C;&#x8D64;&#x5B57;&#x53EF;&#x80FD;&#x53CD;&#x6620;&#x4E86;&#x4ECE;&#x4E0D;&#x540C;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x6240;&#x9047;&#x5230;&#x7684;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6606;&#x866B;&#x7684;&#x975E;&#x5E38;&#x4E0D;&#x540C;&#x751F;&#x6D3B;&#x65B9;&#x5F0F;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x538B;&#x529B;&#x3002;&#x76F8;&#x6BD4;&#x4E4B;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x591A;&#x529F;&#x80FD;&#x6536;&#x8D39;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8F6C;&#x5BFC;&#x901A;&#x8DEF;&#x662F;&#x5927;&#x5927;&#x5B88;&#x6052;&#xFF0C;&#x5927;&#x6982;&#x662F;&#x56E0;&#x4E3A; counterselection &#x7684;&#x53D1;&#x5C55;&#x7A33;&#x5B9A;&#x3002;&#x4EE3;&#x8868;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x786E;&#x8BA4;&#x8BE5;&#x5E8F;&#x5217;&#x591A;&#x6837;&#x5316;&#x4F34;&#x968F;&#x7740;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x514D;&#x75AB;&#x6311;&#x6218;&#x7684;&#x5177;&#x4F53;&#x5BF9;&#x7B56;&#x3002;RNA &#x526A;&#x63A5;&#x4E5F;&#x53EF;&#x80FD;&#x6709;&#x52A9;&#x4E8E;&#x6269;&#x5927;&#x514D;&#x75AB;&#x6C47;&#x8F91; &#x300B;&#x3002;

&#x514D;&#x75AB;&#x76F8;&#x5173;&#x57FA;&#x56E0;&#x548C;&#x57FA;&#x56E0;&#x5BB6;&#x65CF;&#x5728;&#x5188;&#x6BD4;&#x4E9A;&#x759F;&#x868A;&#x3002;

We have identified 242 Anopheles gambiae genes from 18 gene families implicated in innate immunity and have detected marked diversification relative to Drosophila melanogaster. Immune-related gene families involved in recognition, signal modulation, and effector systems show a marked deficit of orthologs and excessive gene expansions, possibly reflecting selection pressures from different pathogens encountered in these insects' very different life-styles. In contrast, the multifunctional Toll signal transduction pathway is substantially conserved, presumably because of counterselection for developmental stability. Representative expression profiles confirm that sequence diversification is accompanied by specific responses to different immune challenges. Alternative RNA splicing may also contribute to expansion of the immune repertoire.

Immunity-related genes and gene families in Anopheles gambiae.

Nous avons identifi&#xE9; 242 g&#xE8;nes d&#x26;#39;Anopheles gambiae &#xE0; partir de 18 familles de g&#xE8;nes impliqu&#xE9;s dans l&#x26;#39;immunit&#xE9; inn&#xE9;e et ont d&#xE9;tect&#xE9; la diversification marqu&#xE9;e par rapport &#xE0; Drosophila melanogaster. Familles de g&#xE8;nes li&#xE9;es au syst&#xE8;me immunitaire impliqu&#xE9;es dans la reconnaissance, le signal de modulation, et les syst&#xE8;mes effecteurs pr&#xE9;sentent un d&#xE9;ficit marqu&#xE9; d&#x26;#39;orthologues et les expansions de g&#xE8;nes excessifs, refl&#xE9;tant peut-&#xEA;tre des pressions de s&#xE9;lection de pathog&#xE8;nes diff&#xE9;rents rencontr&#xE9;es dans ces insectes tr&#xE8;s diff&#xE9;rents des styles de vie. En revanche, la voie Toll multifonctionnel de transduction du signal est sensiblement conserv&#xE9;e, probablement en raison de contre-s&#xE9;lection pour la stabilit&#xE9; du d&#xE9;veloppement. Profils d&#x26;#39;expression repr&#xE9;sentatifs de confirmer que la diversification s&#xE9;quence est accompagn&#xE9;e par des r&#xE9;ponses sp&#xE9;cifiques &#xE0; diff&#xE9;rents d&#xE9;fis du syst&#xE8;me immunitaire. Alternative &#xE9;pissage de l&#x26;#39;ARN peuvent aussi contribuer &#xE0; l&#x26;#39;expansion du r&#xE9;pertoire immunitaire.

Li&#xE9;es &#xE0; l&#x26;#39;immunit&#xE9; des g&#xE8;nes et de familles de g&#xE8;nes chez Anopheles gambiae

Immunity-Genen und Gen-Familien in Anopheles gambiae.

Ci hanno identificato 242 Anopheles gambiae geni da 18 famiglie gene implicate nell&#39;immunit&agrave; innata e hanno rilevato marcata diversificazione rispetto melanogaster della drosofila. Famiglie immunitario-related gene coinvolte nel riconoscimento di segnale modulazione e sistemi effettori mostrano un marcato deficit di orthologs e gene eccessive espansioni, riflettendo forse pressioni di selezione da diversi agenti patogeni incontrati in stili di vita molto differenti questi insetti. Al contrario, il pathway di trasduzione di segnale di pedaggio multifunzionale &egrave; sostanzialmente conservato, presumibilmente a causa di counterselection per la stabilit&agrave; dello sviluppo. Profili di espressione rappresentativa confermano che la diversificazione sequenza &egrave; accompagnata da risposte specifiche alle diverse sfide immunitarie. Splicing alternativo RNA pu&ograve; anche contribuire all&#39;espansione del repertorio immune.

Geni correlati a immunit&agrave; e le famiglie del gene in Anopheles gambiae.

&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x81EA;&#x7136;&#x514D;&#x75AB;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;18&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x304B;&#x3089;242&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x540C;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x304A;&#x308A;&#x3001;&#x30AD;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30E7;&#x30A6;&#x30B8;&#x30E7;&#x30A6;&#x30D0;&#x30A8;&#x306E;&#x76F8;&#x5BFE;&#x591A;&#x69D8;&#x5316;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x304C;&#x691C;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3001;&#x4FE1;&#x53F7;&#x5909;&#x8ABF;&#x3001;&#x30A8;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AF;&#x30BF;&#x30FC;&#x7CFB;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x514D;&#x75AB;&#x95A2;&#x9023;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x6606;&#x866B;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x7570;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5;&#x30B9;&#x30BF;&#x30A4;&#x30EB;&#x3067;&#x906D;&#x9047;&#x3059;&#x308B;&#x69D8;&#x3005;&#x306A;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x5727;&#x3092;&#x53CD;&#x6620;&#x3057;&#x3001;&#x30AA;&#x30EB;&#x30BD;&#x30ED;&#x30B0;&#x3001;&#x904E;&#x5EA6;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5C55;&#x958B;&#x306E;&#x8457;&#x3057;&#x3044;&#x8D64;&#x5B57;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x306B;&#x3001;&#x591A;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x6709;&#x6599;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EB;&#x4F1D;&#x9054;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x306F;&#x3001;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306B;&#x767A;&#x9054;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;counterselection&#x304B;&#x3089;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x3001;&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x4EE3;&#x8868;&#x7684;&#x306A;&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306F;&#x3001;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x591A;&#x69D8;&#x5316;&#x306F;&#x3001;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x514D;&#x75AB;&#x306E;&#x8AB2;&#x984C;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x3092;&#x4F34;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x9078;&#x629E;&#x7684;RNA&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x514D;&#x75AB;&#x30EC;&#x30D1;&#x30FC;&#x30C8;&#x30EA;&#x30FC;&#x306E;&#x62E1;&#x5927;&#x306B;&#x8CA2;&#x732E;&#x3059;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3002;

&#x30CF;&#x30DE;&#x30C0;&#x30E9;&#x30AB;&#x306E;&#x514D;&#x75AB;&#x95A2;&#x9023;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3084;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;

&#xD0C0;&#xACE0; &#xB09C; &#xBA74;&#xC81C;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; 18 &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0;&#xC11C; 242 Anopheles gambiae &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558; &#xACE0; Drosophila melanogaster &#xC0C1;&#xB300;&#xC801;&#xC778; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB2E4;&#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC; &#xD588;&#xC744;. &#xBA74;&#xC5ED; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAC00;&#xC871; &#xC778;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC2E0;&#xD638; &#xBCC0;&#xC870;, &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xC774;&#xD399;&#xD130; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C; &#xD45C;&#xC2DC; orthologs &#xBC0F; &#xACFC;&#xB3C4; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xD655;&#xC7A5;&#xC73C;&#xB85C;, &#xD45C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xC801;&#xC790; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; &#xB2E4;&#xB978; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xADE0;&#xC774;&#xC774; &#xACE4;&#xCDA9;&#xC758; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB2E4;&#xB978; &#xC0DD;&#xD65C;&#xC591;&#xC2DD;&#xC5D0; &#xC788;&#xC5B4;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC120;&#xD0DD; &#xC555;&#xB825;&#xC744; &#xBC18;&#xC601;. &#xBC18;&#xBA74;, &#xB2E4;&#xAE30;&#xB2A5; &#xC804;&#xD654; &#xC2E0;&#xD638; &#xBCC0;&#xD658; &#xD1B5;&#xB85C; &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC874;, &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; counterselection &#xB54C;&#xBB38;&#xC5D0;. &#xB300;&#xD45C;&#xC801;&#xC778; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xD655;&#xC778; &#xD574;&#xB2F9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB2E4;&#xBCC0;&#xD654; &#xB2E4;&#xB978; &#xBA74;&#xC5ED;&#xB3C4; &#xC804;&#xC5D0; &#xD2B9;&#xC815; &#xC751;&#xB2F5;&#xC744; &#xB3D9;&#xBC18;. &#xB300;&#xCCB4; RNA &#xC811;&#xD569; &#xB610;&#xD55C; &#xBA74;&#xC5ED; &#xB808; &#xD37C; &#xD1A0;&#xB9AC;&#xC758; &#xD655;&#xC7A5;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xBA74;&#xC5ED; &#xAD00;&#xB828; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC640; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xAC00;&#xC871; Anopheles gambiae.

Hemos identificado 242 genes Anopheles gambiae de 18 familias de genes implicados en la inmunidad innata y la diversificaci&#xF3;n han detectado marcadas en relaci&#xF3;n con Drosophila melanogaster. Relacionadas con la inmunidad familias de genes implicados en el reconocimiento, la se&#xF1;al de modulaci&#xF3;n, y sistemas efectores muestran un marcado d&#xE9;ficit de orthologs y expansiones excesivas de genes, posiblemente debido a las presiones de selecci&#xF3;n de los diferentes pat&#xF3;genos se encuentran en estos insectos muy diferentes estilos de vida. En contraste, la se&#xF1;al multifuncional Llamada v&#xED;a de transducci&#xF3;n es sustancialmente conservadas, presumiblemente a causa de contraselecci&#xF3;n para la estabilidad de desarrollo. Perfiles representativos de expresi&#xF3;n confirmar que la diversificaci&#xF3;n de la secuencia se acompa&#xF1;a de respuestas concretas a los diferentes retos inmunes. Alternativa empalme de ARN tambi&#xE9;n puede contribuir a la expansi&#xF3;n del repertorio inmunol&#xF3;gico.

Los genes relacionados con la inmunidad y familias de genes en Anopheles gambiae

The Hyrcanus group comprises many closely related species with wide distributions in the Oriental and Palaearctic regions. The sequences of the second internal transcribed spacer (ITS2) of ribosomal DNA were determined for 12 species in China--An. crawfordi, An. hyrcanus, An. junlianensis, An. kunmingensis, An. kweiyangensis, An. lesteri, An. liangshanensis, An. peditaeniatus, An. pullus, An. sinensis, and two unknown species within the group. The length of the ITS2 ranged from 436 bp in An. hyrcanus to 469 bp in An. crawfordi, with GC contents of 44.9-46.8%. Intraspecific variation was found in three species (An. junlianensis, An. liangshanensis, and An. pullus) at the level of 0.0-0.4%, whereas interspecific differences ranged from 1.6% between An. liangshanensis and An. kunmingensis to 50.8% between An. peditaeniatus and sp. 1. The ITS2 comparisons revealed two unknown species, verified the valid species status for An. kunmingensis, and found An. pullus in China. We agree that An. anthropophagus is a junior synonym of An. lesteri. The validation of An. junlianensis awaits recognition of the molecular identity of the entity identified as An. yatsushiroensis. The ITS2 divergences were used for inferring phylogenetic relationships among 12 species in China. The estimation revealed close relationships among An. liangshanesis, An. kunmingensis, An. kweiyangensis, An. lesteri, and An. sinensis. Our study emphasizes the need for the molecular identity of the species members in integrated studies in systematics, bionomics, and population genetics for the Hyrcanus group.

The Hyrcanus group of Anopheles (Anopheles) in China (Diptera: Culicidae): species discrimination and phylogenetic relationships inferred by ribosomal DNA internal transcribed spacer 2 sequences.

Le groupe de Hyrcanus, comprend plusieurs esp&egrave;ces &eacute;troitement apparent&eacute;es avec large distribution dans les r&eacute;gions orientales et pal&eacute;arctique. Les s&eacute;quences de l&#39;espaceur interne transcrit (ITS2) deuxi&egrave;me de l&#39;ADN ribosomique ont &eacute;t&eacute; d&eacute;termin&eacute;s pour les 12 esp&egrave;ces en Chine--an crawfordi, an hyrcanus, an junlianensis, an kunmingensis, an kweiyangensis, an lesteri, an liangshanensis, an peditaeniatus, an pullus, a. sinensis et deux esp&egrave;ces inconnues au sein du groupe. La longueur de l&#39;ITS2 variait de 436 bp dans an Hyrcan &agrave; 469 PB chez a. crawfordi, avec du contenu GC de 44,9-46,8 %. Variation intrasp&eacute;cifique a &eacute;t&eacute; observ&eacute;e chez trois esp&egrave;ces (an junlianensis, an liangshanensis et an pullus) au niveau de 0,0 &agrave; 0,4 %, tandis que les diff&eacute;rences intersp&eacute;cifiques variaient de 1,6 % entre an liangshanensis et an kunmingensis &agrave; 50,8 % entre an peditaeniatus et SP 1. Les comparaisons ITS2 a r&eacute;v&eacute;l&eacute; deux esp&egrave;ces inconnues, v&eacute;rifi&eacute; le statut d&#39;esp&egrave;ce valide pour an kunmingensis et trouvent an pullus en Chine. Nous sommes d&#39;accord qu&#39;anthropophagus an est synonyme d&#39;a. lesteri. La validation des junlianensis an attend la reconnaissance de l&#39;identit&eacute; mol&eacute;culaire de l&#39;entit&eacute; identifi&eacute;e comme an yatsushiroensis. Les divergences ITS2 ont &eacute;t&eacute; utilis&eacute;s pour d&eacute;duire les relations phylog&eacute;n&eacute;tiques entre les 12 esp&egrave;ces en Chine. L&#39;estimation a r&eacute;v&eacute;l&eacute; les liens &eacute;troits entre l&#39;an liangshanesis, an kunmingensis, an kweiyangensis, an lesteri et an sinensis. Notre &eacute;tude met l&#39;accent sur la n&eacute;cessit&eacute; pour l&#39;identit&eacute; mol&eacute;culaire des membres esp&egrave;ces en &eacute;tudes int&eacute;gr&eacute;es en syst&eacute;matique, bionomie et g&eacute;n&eacute;tique des populations pour le groupe de Hyrcanus.

Le groupe de Hyrcanus d&#39;Anopheles (Anopheles) en Chine (Diptera : Culicidae): discrimination d&#39;esp&egrave;ces et les relations phylog&eacute;n&eacute;tiques d&eacute;duites en ribosomique espaceur interne transcrit l&#39;ADN 2 s&eacute;quences.

Il gruppo di Ircano comprende molte specie strettamente correlate con vasta distribuzione nelle regioni orientali e Palaearctic. Le sequenze del trascritto interna secondo distanziale (ITS2) del DNA ribosomiale sono state determinate per 12 specie in Cina - e crawfordi, e Ircano, e junlianensis, e kunmingensis, e kweiyangensis, lesteri e, e liangshanensis, e peditaeniatus, e pullus, sinensis e e due specie sconosciute all&#39;interno del gruppo. La lunghezza della ITS2 variava da 436 bp in Ircano e a 469 bp in crawfordi e, con contenuto di GC di 44,9-46,8%. Variazione intraspecifica &egrave; stato trovato in tre specie (e junlianensis, e liangshanensis ed e pullus) a livello di 0,0-0,4%, mentre le differenze interspecifiche variavano da 1,6% tra e liangshanensis e kunmingensis e a 50,8% tra peditaeniatus e e SP. 1. I confronti ITS2 ha rivelato due specie sconosciute, verificato lo status di specie valida per e kunmingensis e trovano e pullus in Cina. Siamo d&#39;accordo che Antropophagus e &egrave; un sinonimo junior di lesteri e. La convalida di junlianensis e attende il riconoscimento dell&#39;identit&agrave; molecolare dell&#39;entit&agrave; identificata come yatsushiroensis e. Le divergenze ITS2 sono state utilizzate per la deduzione di relazioni filogenetiche tra le 12 specie in Cina. La stima ha rivelato stretti rapporti tra e liangshanesis, e kunmingensis, e kweiyangensis, e lesteri ed e sinensis. Il nostro studio sottolinea la necessit&agrave; per l&#39;identit&agrave; molecolare dei membri specie in studi integrati nella sistematica, bionomia e genetica di popolazione per il gruppo di Ircano.

Il gruppo di Ircano dell&#39;anofele (Anopheles) in Cina (Diptera: Culicidae): discriminazione di specie e relazioni filogenetiche dedotte da distanziale trascritto interna a DNA ribosomiale 2 sequenze.

El grupo de Hircano comprende muchas especies estrechamente relacionadas con amplia distribuci&oacute;n en las regiones Oriental y la regi&oacute;n Pale&aacute;rtica. Se determinaron las secuencias de la segunda espaciador transcrito interno (ITS2) del ADN ribosomal de 12 especies en China--y crawfordi, Hircano y, y junlianensis, y kunmingensis, y kweiyangensis, y lesteri, y liangshanensis, y peditaeniatus, y Pulo, sinensis y y dos especies desconocidas dentro del grupo. La longitud de la ITS2 vari&oacute; de 436 bp en Hircano y a 469 bp en crawfordi y, con contenido de GC de 44.9 46.8%. Se encontr&oacute; variaci&oacute;n intraespec&iacute;fica en tres especies (y junlianensis, y liangshanensis y y Pulo) nivel 0.0-0.4%, mientras que diferencias interespec&iacute;ficas oscilaron entre 1,6% entre liangshanensis y y y kunmingensis y 50,8% entre peditaeniatus y y SP 1. Las comparaciones de ITS2 revelaron dos especies desconocidas, hab&iacute;a verificado el estado de la especie v&aacute;lida para kunmingensis y y encontraron y Pulo en China. Estamos de acuerdo que anthropophagus y es sin&oacute;nimo de lesteri y junior. La validaci&oacute;n de junlianensis y espera reconocimiento de la identidad molecular de la entidad identificada como y yatsushiroensis. Las divergencias ITS2 fueron utilizadas para inferir relaciones filogen&eacute;ticas entre 12 especies en China. La estimaci&oacute;n revel&oacute; estrechas relaciones entre y liangshanesis, y kunmingensis, y kweiyangensis, y lesteri y y sinensis. Nuestro estudio hace hincapi&eacute; en la necesidad de la identidad molecular de los miembros de la especie en estudios integrados en sistem&aacute;tica, Bionom&iacute;a y gen&eacute;tica de poblaciones para el grupo de Hircano.

El grupo de Hircano de Anopheles (Anopheles) en China (Diptera: Culicidae): discriminaci&oacute;n de especies y relaciones filogen&eacute;ticas inferida por espaciador transcrito interno de la DNA ribosomal 2 secuencias.

Salivary glands are the ultimate site of development in the insect of mosquito born pathogens such as Plasmodium. Mosquito salivary glands also secrete components involved in anti-haemostatic activities and allergic reactions. We investigated the feasibility of RNAi as a tool for functional analysis of genes expressed in Anopheles gambiae salivary glands. We show that specific gene silencing in salivary glands requires the use of large amounts of dsRNA, condition that differs from those for efficient RNAi in other mosquito tissues. Using this protocol, we demonstrated the role of AgApy, which encodes an apyrase, in the probing behaviour of An. gambiae.

Gene silencing in mosquito salivary glands by RNAi.

Les glandes salivaires sont le site ultime du d&eacute;veloppement de l&#39;insecte moustique n&eacute; pathog&egrave;nes tels que Plasmodium. Moustique les glandes salivaires s&eacute;cr&egrave;tent &eacute;galement composants impliqu&eacute;s dans des activit&eacute;s anti-haemostatic et des r&eacute;actions allergiques. Nous avons &eacute;tudi&eacute; la faisabilit&eacute; de l&#39;ARNi comme un outil pour l&#39;analyse fonctionnelle des g&egrave;nes exprim&eacute;s dans les glandes salivaires Anopheles gambiae. Nous montrons que le silen&ccedil;age de g&egrave;nes sp&eacute;cifiques dans les glandes salivaires n&eacute;cessite l&#39;utilisation de grandes quantit&eacute;s de dsRNA, condition qui se distingue de celles pour RNAi efficace dans d&#39;autres tissus de moustique. Utilisant ce protocole, nous avons d&eacute;montr&eacute; le r&ocirc;le de AgApy, qui code une apyrase, dans le comportement de palpage d&#39;a. gambiae.

Gene silencing moustique des glandes salivaires par Arni.

Ghiandole salivari sono l&#39;ultimo sito di sviluppo in insetto della zanzara nato agenti patogeni come Plasmodium. Zanzara ghiandole salivari secernono anche componenti coinvolti nelle attivit&agrave; anti-haemostatic e reazioni allergiche. Abbiamo studiato la fattibilit&agrave; di RNAi come uno strumento per l&#39;analisi funzionale di geni espressi in Anopheles gambiae ghiandole salivari. Mostriamo che silenziamento genico specifico nelle ghiandole salivari richiede l&#39;utilizzo di grandi quantit&agrave; di dsRNA, condizione che differisce da quelli per RNAi efficiente in altri tessuti di zanzara. Utilizzando questo protocollo, abbiamo dimostrato il ruolo di AgApy, che codifica per un apyrase, nel comportamento dei gambiae e sondaggio.

Silenziamento genico nelle ghiandole salivari di zanzare di RNAi.

Gl&aacute;ndulas salivales son el &uacute;ltimo sitio de desarrollo en el insecto de mosquito nacido pat&oacute;genos como Plasmodium. Las gl&aacute;ndulas salivales mosquito tambi&eacute;n secretan los componentes implicados en actividades anti-haemostatic y reacciones al&eacute;rgicas. Investigamos la viabilidad de ARNi como una herramienta para el an&aacute;lisis funcional de genes expresados en gl&aacute;ndulas salivales de Anopheles gambiae. Mostramos que el silenciamiento de genes espec&iacute;ficos en las gl&aacute;ndulas salivales requiere el uso de grandes cantidades de dsRNA, condici&oacute;n que difiere de las de ARNi eficiente en otros tejidos del mosquito. Mediante este protocolo, hemos demostrado el papel de AgApy, que codifica una apyrase, en el comportamiento de sondeo de gambiae y.

En gl&aacute;ndulas salivales de mosquito por ARNi el silenciamiento del gen.

Annotation du g&eacute;nome complet est un outil n&eacute;cessaire comme chercheurs de Anopheles gambiae sonder la biologie de ce vecteur puissant contre le paludisme.

Anopheles gambiae g&eacute;nome reannotation par l&#39;interm&eacute;diaire de synth&egrave;se d&#39;algorithmes de pr&eacute;diction ab initio et comparative g&egrave;ne.

Annotazione completa del genoma &egrave; uno strumento necessario come ricercatori di Anopheles gambiae sonda la biologia di questo vettore di malaria potente.

Anopheles gambiae genoma reannotation attraverso la sintesi di ab initio e comparativo gene prediction algoritmi.

Anotaci&oacute;n del genoma completo es una herramienta necesaria como investigadores de Anopheles gambiae sonda la biolog&iacute;a de este vector de la malaria potente.

Reannotation de genoma Anopheles gambiae a trav&eacute;s de la s&iacute;ntesis de algoritmos de predicci&oacute;n de ab initio and comparative gene.

Complete genome annotation is a necessary tool as Anopheles gambiae researchers probe the biology of this potent malaria vector.

Anopheles gambiae genome reannotation through synthesis of ab initio and comparative gene prediction algorithms.

We surveyed an Anopheles gambiae population in a West African malaria transmission zone for naturally occurring genetic loci that control mosquito infection with the human malaria parasite, Plasmodium falciparum. The strongest Plasmodium resistance loci cluster in a small region of chromosome 2L and each locus explains at least 89% of parasite-free mosquitoes in independent pedigrees. Together, the clustered loci form a genomic Plasmodium-resistance island that explains most of the genetic variation for malaria parasite infection of mosquitoes in nature. Among the candidate genes in this chromosome region, RNA interference knockdown assays confirm a role in Plasmodium resistance for Anopheles Plasmodium-responsive leucine-rich repeat 1 (APL1), encoding a leucine-rich repeat protein that is similar to molecules involved in natural pathogen resistance mechanisms in plants and mammals.

Natural malaria infection in Anopheles gambiae is regulated by a single genomic control region.

Nous avons &eacute;tudi&eacute; une population de gambiae Anopheles dans une zone de transmission de paludisme Afrique de l&#39;Ouest pour naturellement loci g&eacute;n&eacute;tiques qui contr&ocirc;lent l&#39;infection par le parasite du paludisme humain, Plasmodium falciparum moustique. Le cluster de locus r&eacute;sistance de Plasmodium plus fort dans une petite r&eacute;gion du chromosome 2L et chaque locus explique au moins 89 % des moustiques exempt de parasites dans les pedigrees ind&eacute;pendants. Les locus en cluster forment ensemble une &icirc;le de Plasmodium-r&eacute;sistance g&eacute;nomique qui explique la plus grande partie de la variation g&eacute;n&eacute;tique pour l&#39;infection de parasite du paludisme de moustiques dans la nature. Parmi les g&egrave;nes candidats dans cette r&eacute;gion chromosomique, dosages knockdown de RNA interference confirment un r&ocirc;le dans la r&eacute;sistance de Plasmodium d&#39;Anopheles Plasmodium-r&eacute;actif 1 r&eacute;p&eacute;tition leucine-rich (APL1), codant pour une prot&eacute;ine de r&eacute;p&eacute;tition leucine-rich qui ressemble aux mol&eacute;cules impliqu&eacute;es dans les m&eacute;canismes de r&eacute;sistance aux agents pathog&egrave;nes naturels dans les plantes et les mammif&egrave;res.

Infection palustre naturelle dans l&#39;Anopheles gambiae est r&eacute;glement&eacute;e par une r&eacute;gion g&eacute;nomique monocommande.

Abbiamo esaminato una popolazione Anopheles gambiae una zona di trasmissione di malaria in Africa occidentale per biofiltri loci genetici che controllano l&#39;infezione zanzara con il parassita della malaria umana, Plasmodium falciparum. Il cluster di loci di resistenza Plasmodium pi&ugrave; forte in una piccola regione del cromosoma 2L e ciascun locus spiega almeno 89% delle zanzare parassita-libero nei pedigree indipendente. I loci cluster formano, insieme, un isola di resistenza al Plasmodium genomico che spiega la maggior parte della variazione genetica per infezione parassita malaria di zanzare in natura. Tra i geni candidati in questa regione del cromosoma, dosaggi atterramento di RNA interferenza confermano un ruolo nella resistenza del Plasmodium per Anopheles Plasmodium reattivo 1 ripetizione ricchi di leucina (APL1), codifica per una proteina di ripetizione ricchi di leucina che &egrave; simile a molecole coinvolte nei meccanismi di resistenza naturale agente patogeno in piante e mammiferi.

Infezione malarica naturale in Anopheles gambiae &egrave; regolata da una regione di singolo controllo genomico.

Encuest&oacute; a una poblaci&oacute;n de Anopheles gambiae en una zona de transmisi&oacute;n de la malaria de &Aacute;frica occidental para ocurrir naturalmente loci gen&eacute;ticos que controlan la infecci&oacute;n del mosquito con el par&aacute;sito del paludismo humano, Plasmodium falciparum. El grupo m&aacute;s fuerte de loci de resistencia Plasmodium en una peque&ntilde;a regi&oacute;n del cromosoma 2L y cada locus explica por lo menos el 89% de los mosquitos libre de par&aacute;sitos en los pedigrees independientes. Los loci agrupados forman una isla gen&oacute;mica de la resistencia de Plasmodium que explica la mayor&iacute;a de la variaci&oacute;n gen&eacute;tica para la infecci&oacute;n del par&aacute;sito de la malaria de mosquitos en la naturaleza. Entre los genes del candidato en esta regi&oacute;n del cromosoma, ensayos precipitaci&oacute;n de interferencia de RNA confirman un papel en la resistencia de Plasmodium de Anopheles Plasmodium responden ricas en leucina 1 repetici&oacute;n (APL1), codificaci&oacute;n de una prote&iacute;na de repetici&oacute;n rica en leucina que es similar a las mol&eacute;culas implicadas en los mecanismos de resistencia del pat&oacute;geno natural en plantas y mam&iacute;feros.

La infecci&oacute;n por paludismo natural en Anopheles gambiae est&aacute; regulada por una regi&oacute;n gen&oacute;mica simple del control.

The Maculatus group of Anopheles mosquitoes (Diptera: Culicidae) comprises eight known species, including important malaria vectors in Southeast Asia. The sequences of the second internal transcribed spacer (ITS2) and third domain (D3) of ribosomal DNA, and cytochrome oxidase subunit II (COII) of mitochondrial DNA were obtained for five species of the group from China, as An. maculatus, An. willmori, An. pseudowillmori, An. sawadwongporni and An. dravidicus. The variation within taxon is much smaller than that between taxa. A diagnostic PCR assay for distinguishing the five members was developed based on the interspecific ITS2 variation. The phylogenetic relationships for the group were estimated on the ITS2 and D3 data. The Maculatus group appears monophyletic with An. pseudowillmori at a basal position, the Sawadwongporni subgroup and the Maculatus subgroup form sister clades. Our data concludes that An. dispar and An. greeni belong to the Maculatus subgroup, and An. willmori is not closer to either of the subgroups.

Molecular identification and phylogeny of the Maculatus group of Anopheles mosquitoes (Diptera: Culicidae) based on nuclear and mitochondrial DNA sequences.

Groupe de moustiques Anopheles Maculatus (Diptera : Culicidae) comprend huit esp&egrave;ces connues, y compris les vecteurs du paludisme important en Asie du sud-est. Les s&eacute;quences de la deuxi&egrave;me espaceur interne transcrit (ITS2) et le troisi&egrave;me domaine (D3) d&#39;ADN ribosomal et la sous-unit&eacute; de la cytochrome oxydase II (COII) de l&#39;ADN mitochondrial ont &eacute;t&eacute; obtenues pour cinq esp&egrave;ces du groupe de la Chine, comme a. maculatus, an willmori, an pseudowillmori, an sawadwongporni et an dravidicus. La variation dans le taxon est beaucoup plus petite que celle entre les taxa. Un test diagnostique de la PCR pour distinguer les cinq membres a &eacute;t&eacute; d&eacute;velopp&eacute; bas&eacute; sur la variation intersp&eacute;cifique de ITS2. Les relations phylog&eacute;n&eacute;tiques pour le groupe ont &eacute;t&eacute; estim&eacute;es sur les donn&eacute;es ITS2 et D3. Le groupe Maculatus semble monophyl&eacute;tique avec an pseudowillmori &agrave; une position basale, le sous-groupe de la Sawadwongporni et la s&oelig;ur de forme du sous-groupe Maculatus clades. Nos donn&eacute;es conclut que dispar an et an greeni appartiennent au sous-groupe Maculatus, et an willmori n&#39;est pas plus proche &agrave; un des sous-groupes.

Identification mol&eacute;culaire et la phylog&eacute;nie du groupe de moustiques Anopheles Maculatus (Diptera : Culicidae) bas&eacute;e sur les s&eacute;quences d&#39;ADN nucl&eacute;aires et mitochondriales.

Il gruppo Maculatus di zanzare Anopheles (Diptera: Culicidae) comprende otto specie conosciute, tra cui vettori importanti di malaria nel sud-est asiatico. Le sequenze della seconda interna trascritto distanziale (ITS2) e terzo dominio (D3) del DNA ribosomiale e citocromo ossidasi subunit&agrave; II (COII) del DNA mitocondriale sono state ottenute per le cinque specie del gruppo dalla Cina, e maculatus, e willmori, e pseudowillmori, e sawadwongporni e e dravidicus. La variazione all&#39;interno del taxon &egrave; molto pi&ugrave; piccola rispetto a quello tra taxa. Un saggio PCR diagnostico per distinguere i cinque membri &egrave; stato sviluppato basato sulla variazione interspecifica ITS2. Le relazioni filogenetiche per il gruppo sono state stimate sui dati ITS2 e D3. Il gruppo Maculatus appare monofiletico con pseudowillmori e a una posizione basale, il sottogruppo di Sawadwongporni e la sorella di forma del sottogruppo Maculatus cladi. I nostri dati conclude dispar e ed e greeni appartengono al sottogruppo Maculatus, che willmori e non &egrave; pi&ugrave; vicino ad uno dei sottogruppi.

Identificazione molecolare e filogenesi del gruppo di zanzare Anopheles Maculatus (Diptera: Culicidae) basato sulle sequenze del DNA nucleare e mitocondriale.

El grupo Maculatus de mosquitos anofeles (Diptera: Culicidae) comprende ocho especies conocidas, incluyendo los vectores de la malaria importante en el sudeste asi&aacute;tico. Cinco especies del grupo de China, como an maculatus, y willmori, y pseudowillmori, y sawadwongporni y dravidicus y se obtuvieron las secuencias del segundo espaciador transcrito interno (ITS2) y tercer dominio (D3) de ADN ribosomal y citocromo oxidasa subunidad II (COII) del ADN mitocondrial. La variaci&oacute;n dentro de taxonom&iacute;a es mucho menor que entre taxones. Un ensayo PCR diagn&oacute;stico para distinguir a los cinco miembros fue desarrollado bas&aacute;ndose en la variaci&oacute;n interespec&iacute;fica de ITS2. Se estimaron las relaciones filogen&eacute;ticas para el grupo de datos ITS2 y D3. El grupo Maculatus aparece monofil&eacute;tico con pseudowillmori y en una posici&oacute;n basal, el subgrupo de Sawadwongporni y la hermana de forma Maculatus subgrupo clades. Nuestros datos conclusi&oacute;n que dispar y y y VERDEI pertenecen al subgrupo Maculatus, y willmori y no est&aacute; m&aacute;s cerca de cualquiera de los subgrupos.

Identificaci&oacute;n molecular y la filogenia del grupo Maculatus de mosquitos anofeles (Diptera: Culicidae) basado en secuencias de ADN nucleares y mitocondriales.

We previously identified by genetic mapping an Anopheles gambiae chromosome region with strong influence over the outcome of malaria parasite infection in nature. Candidate gene studies in the genetic interval, including functional tests using the rodent malaria parasite Plasmodium berghei, identified a novel leucine-rich repeat gene, APL1, with functional activity against P. berghei.

Anopheles gambiae APL1 is a family of variable LRR proteins required for Rel1-mediated protection from the malaria parasite, Plasmodium berghei.

Nous avons identifi&eacute; pr&eacute;c&eacute;demment en g&eacute;n&eacute;tique mappant une r&eacute;gion du chromosome Anopheles gambiae avec une forte influence sur le r&eacute;sultat de l&#39;infection de parasite du paludisme dans la nature. &Eacute;tudes de g&egrave;ne de candidat dans l&#39;intervalle g&eacute;n&eacute;tique, y compris les tests fonctionnels utilisant le paludisme rongeur parasite Plasmodium berghei, identifi&eacute; un nouveau g&egrave;ne r&eacute;p&eacute;tition leucine-rich, APL1, avec une activit&eacute; fonctionnelle contre P. berghei.

Anopheles gambiae APL1 est une famille de prot&eacute;ines LRR variables requis pour la protection induite par le Rel1 contre le parasite du paludisme, Plasmodium berghei.

Abbiamo identificato in precedenza dalla mappatura genetica una regione del cromosoma di Anopheles gambiae con forte influenza sull&#39;esito dell&#39;infezione parassita malaria in natura. Studi gene candidato nell&#39;intervallo genetico, compresi test funzionali utilizzando il roditore malaria parasite Plasmodium berghei, identificato un gene ripetizione di romanzo ricco di leucina, APL1, con attivit&agrave; funzionale contro p. berghei.

Anopheles gambiae APL1 &egrave; una famiglia di proteine LRR variabile necessaria per protezione Rel1-mediata dal parassita della malaria, Plasmodium berghei.

Previamente se identificaron mediante la asignaci&oacute;n gen&eacute;tica de una regi&oacute;n del cromosoma Anopheles gambiae con fuerte influencia sobre el resultado de la infecci&oacute;n del par&aacute;sito de la malaria en la naturaleza. Estudios de genes candidatos en el intervalo gen&eacute;tico, incluyendo pruebas funcionales con el par&aacute;sito de roedores de la malaria Plasmodium berghei, identifican un nuevo gen repetici&oacute;n ricas en leucina, APL1, con actividad funcional contra p. berghei.

Anopheles gambiae APL1 es una familia de prote&iacute;nas LRR variables necesaria para mediado de Rel1 protecci&oacute;n contra el par&aacute;sito de la malaria, Plasmodium berghei.

Genetically controlled resistance of Anopheles gambiae mosquitoes to Plasmodium falciparum is a common trait in the natural population, and a cluster of natural resistance loci were mapped to the Plasmodium-Resistance Island (PRI) of the A. gambiae genome. The APL1 family of leucine-rich repeat (LRR) proteins was highlighted by candidate gene studies in the PRI, and is comprised of paralogs APL1A, APL1B and APL1C that share > or =50% amino acid identity. Here, we present a functional analysis of the joint response of APL1 family members during mosquito infection with human and rodent Plasmodium species. Only paralog APL1A protected A. gambiae against infection with the human malaria parasite P. falciparum from both the field population and in vitro culture. In contrast, only paralog APL1C protected against the rodent malaria parasites P. berghei and P. yoelii. We show that anti-P. falciparum protection is mediated by the Imd/Rel2 pathway, while protection against P. berghei infection was shown to require Toll/Rel1 signaling. Further, only the short Rel2-S isoform and not the long Rel2-F isoform of Rel2 confers protection against P. falciparum. Protection correlates with the transcriptional regulation of APL1A by Rel2-S but not Rel2-F, suggesting that the Rel2-S anti-parasite phenotype results at least in part from its transcriptional control over APL1A. These results indicate that distinct members of the APL1 gene family display a mutually exclusive protective effect against different classes of Plasmodium parasites. It appears that a gene-for-pathogen-class system orients the appropriate host defenses against distinct categories of similar pathogens. It is known that insect innate immune pathways can distinguish between grossly different microbes such as Gram-positive bacteria, Gram-negative bacteria, or fungi, but the function of the APL1 paralogs reveals that mosquito innate immunity possesses a more fine-grained capacity to distinguish between classes of closely related eukaryotic pathogens than has been previously recognized.

Fine pathogen discrimination within the APL1 gene family protects Anopheles gambiae against human and rodent malaria species.

Sous contr&ocirc;le g&eacute;n&eacute;tique r&eacute;sistance des moustiques Anopheles gambiae Plasmodium falciparum est un trait commun dans la population naturelle, et une grappe de locus de r&eacute;sistance naturelle ont &eacute;t&eacute; cartographi&eacute;s &agrave; l&#39;&icirc;le de Plasmodium-r&eacute;sistance (PRI) du g&eacute;nome a. gambiae. La famille APL1 de r&eacute;p&eacute;tition riche en leucine (LRR) prot&eacute;ines a &eacute;t&eacute; soulign&eacute;e par des &eacute;tudes de g&egrave;ne de candidat dans le PRI et se compose de paralogues, APL1A, APL1B et APL1C qui partagent &gt; ou = 50 % d&#39;acides amin&eacute;s identity. Nous pr&eacute;sentons ici une analyse fonctionnelle de la r&eacute;ponse conjointe des membres de la famille APL1 pendant l&#39;infection de moustiques avec des esp&egrave;ces de Plasmodium humaines et rongeurs. Seulement paralogue APL1A prot&eacute;g&eacute; a. gambiae contre l&#39;infection par le parasite humain contre le paludisme &agrave; P. falciparum de la population de champ et de culture in vitro. En revanche, seulement paralogue APL1C prot&eacute;g&eacute; contre le rongeurs paludisme parasites P. berghei et P. yoelii. Nous montrons qu&#39;anti-p. protection falciparum est m&eacute;di&eacute;e par la voie de l&#39;Imd/Rel2, tandis que la protection contre l&#39;infection &agrave; P. berghei a montr&eacute; d&#39;exiger des frais/Rel1 de signalisation. En outre, seulement l&#39;isoforme Rel2-s court et pas l&#39;isoforme Rel2-F long de Rel2 conf&egrave;re une protection contre P. falciparum. Protection est en corr&eacute;lation avec la r&eacute;gulation transcriptionnelle de APL1A de Rel2-S, mais pas de Rel2-F, ce qui sugg&egrave;re que le ph&eacute;notype anti-parasite Rel2-s d&eacute;coule en partie du moins son contr&ocirc;le transcriptionnel sur APL1A. Ces r&eacute;sultats indiquent que membres distincts de la famille de g&egrave;nes APL1 un effet protecteur mutuellement contre les classes diff&eacute;rentes de parasites Plasmodium. Il semble qu&#39;un syst&egrave;me de g&egrave;ne-pour-agent pathog&egrave;ne-classe oriente les d&eacute;fenses de l&#39;h&ocirc;te appropri&eacute; contre des cat&eacute;gories distinctes d&#39;agents pathog&egrave;nes similaires. Il est connu que les insectes voies immunitaires inn&eacute;es peuvent distinguer grossi&egrave;rement diff&eacute;rents microbes comme les bact&eacute;ries &agrave; Gram positif, bact&eacute;ries Gram-n&eacute;gatives ou des champignons, mais la fonction de la paralogues APL1 r&eacute;v&egrave;le que l&#39;immunit&eacute; inn&eacute;e de moustique poss&egrave;de une grain plus fine capacit&eacute; de distinguer entre classes de pathog&egrave;nes eucaryotes &eacute;troitement li&eacute;es que pr&eacute;c&eacute;demment reconnue.

Discrimination fine pathog&egrave;ne au sein de la famille de g&egrave;nes APL1 prot&egrave;ge Anopheles gambiae contre l&#39;esp&egrave;ce humaine et les rongeurs.

Geneticamente controllato la resistenza delle zanzare gambiae Anopheles di Plasmodium falciparum &egrave; un tratto comune nella popolazione naturale, e un cluster di loci di resistenza naturale sono stati mappati per la resistenza al Plasmodium isola (PRI) del genoma a. gambiae. La famiglia APL1 di proteine ricche di leucina ripetizione (LRR) &egrave; stata evidenziata da studi gene candidato nel PRI e comprende paralogs APL1A, APL1B e APL1C che condividono &amp;gt; o = 50% identit&agrave; dell&#39;amminoacido. Qui, vi presentiamo un&#39;analisi funzionale della risposta congiunta dei membri della famiglia APL1 durante l&#39;infezione zanzara con specie di Plasmodium umana e roditori. Solo paralog APL1A protetta a. gambiae contro l&#39;infezione con il parassita di malaria umana p. falciparum dalla popolazione del campo e coltura in vitro. Al contrario, solo paralog APL1C protetti contro la malaria roditori parassiti P. berghei e p. yoelii. Mostriamo che anti-P. protezione falciparum &egrave; mediata dal pathway Imd/Rel2, mentre la protezione contro l&#39;infezione da p. berghei &egrave; stato dimostrato che richiedono pedaggio/Rel1 segnalazione. Inoltre, solo l&#39;isoforma corta Rel2-S e non l&#39;isoforma lunga Rel2-F rel2 conferisce protezione contro p. falciparum. Protezione correla con la regolazione trascrizionale di APL1A da Rel2-S ma non Rel2-F, suggerendo che il fenotipo antiparassitario Rel2-S risultati almeno in parte dal suo controllo trascrizionale APL1A. Questi risultati indicano che diversi membri della famiglia genica APL1 visualizzano un reciprocamente esclusivo effetto protettivo contro le diverse classi di parassiti Plasmodium. Sembra che un sistema di gene-per-patogeno-classe orienta le difese di host appropriato contro categorie distinte di simili agenti patogeni. &Egrave; noto che insetto percorsi immunitarie innate possono distinguere grossolanamente diversi microrganismi come batteri Gram-positivi, Gram-negativi batteri o funghi, ma la funzione di paralogs la APL1 rivela che l&#39;immunit&agrave; innata zanzara possiede una grana pi&ugrave; fina capacit&agrave; di distinguere tra le classi di agenti patogeni eucarioti strettamente correlati che &egrave; stato riconosciuto in precedenza.

Agente patogeno fine discriminazione all&#39;interno della famiglia del gene APL1 protegge Anopheles gambiae contro la specie umana e roditori la malaria.

Gen&eacute;ticamente controlada la resistencia de los mosquitos Anopheles gambiae a Plasmodium falciparum es un rasgo com&uacute;n en las poblaciones naturales, y un conjunto de lugares geom&eacute;tricos de la natural resistencia fueron asignados a la isla de resistencia de Plasmodium (PRI) del genoma de a. gambiae. La familia APL1 de prote&iacute;nas ricas en leucina repetici&oacute;n (LRR) se destac&oacute; por los estudios de genes candidatos en el PRI y se compone de paralogs APL1A, APL1B y APL1C que comparten &gt; o = 50% del amino&aacute;cido identidad. Aqu&iacute;, presentamos un an&aacute;lisis funcional de la respuesta conjunta de miembros de la familia APL1 durante la infecci&oacute;n del mosquito con especies de Plasmodium humanas y roedores. S&oacute;lo paralog APL1A hab&iacute;a protegido a. gambiae contra la infecci&oacute;n con el par&aacute;sito de la malaria humana por p. falciparum de la poblaci&oacute;n del campo y el cultivo in vitro. Por el contrario, s&oacute;lo paralog APL1C protegido contra la malaria Roedores par&aacute;sitos P. berghei y p. yoelii. Mostramos anti-P. protecci&oacute;n de falciparum es mediada por la v&iacute;a del Imd/Rel2, mientras que la protecci&oacute;n contra la infecci&oacute;n por p. berghei mostr&oacute; exigir peaje/Rel1 se&ntilde;alizaci&oacute;n. Adem&aacute;s, s&oacute;lo la isoforma Rel2-S corta y no la isoforma larga de Rel2-F de Rel2 confiere protecci&oacute;n contra p. falciparum. Protecci&oacute;n se correlaciona con la regulaci&oacute;n transcripcional de APL1A por Rel2-S pero no Rel2-F, lo que sugiere que el fenotipo de antiparasitario Rel2-S resulta por lo menos en parte de su control transcripcional sobre APL1A. Estos resultados indican que distintos miembros de la familia de genes de APL1 Mostrar un efecto protector excluyente contra diferentes clases de par&aacute;sitos Plasmodium. Parece que un sistema de clase gene para pat&oacute;geno orienta las defensas de host apropiado respecto a las distintas categor&iacute;as de pat&oacute;genos similares. Se sabe que insectos v&iacute;as inmunes innatas pueden distinguir entre manifiestamente diferentes microbios como bacterias grampositivas, gramnegativas u hongos, pero la funci&oacute;n de la paralogs de APL1 revela que inmunidad innata mosquito posee una capacidad de grano m&aacute;s fina para distinguir entre las clases de pat&oacute;genos eucariotas estrechamente relacionados que ha sido reconocido previamente.

Pat&oacute;geno fina discriminaci&oacute;n dentro de la familia de gene APL1 protege Anopheles gambiae contra especies de humanos y roedores de la malaria.

Anopheles sinensis is a competent malaria vector in China. An understanding of vector population structure is important to the vector-based malaria control programs. However, there is no adequate data of A. sinensis population genetics available yet.

Population structure of the malaria vector Anopheles sinensis (Diptera: Culicidae) in China: two gene pools inferred by microsatellites.

Anopheles sinensis est un vecteur du paludisme comp&eacute;tente en Chine. Une compr&eacute;hension de la structure de la population de vector est importante pour les programmes de contr&ocirc;le vectoriel de paludisme. Cependant, il n&#39;existe aucuns donn&eacute;es suffisantes de g&eacute;n&eacute;tique des populations a. sinensis encore.

Structure de la population du vecteur du paludisme Anopheles sinensis (Diptera : Culicidae) en Chine : deux pools g&eacute;n&eacute;tiques d&eacute;duits de microsatellites.

Anopheles sinensis &egrave; un vettore di malaria competenti in Cina. La comprensione della struttura della popolazione vettoriale &egrave; importante per i programmi di controllo basati su vettori di malaria. Tuttavia, non non c&#39;&egrave; nessun dati adeguati di genetica di popolazione a. sinensis ancora disponibile.

Struttura della popolazione del vettore la malaria Anopheles sinensis (Diptera: Culicidae) in Cina: due piscine di gene dedotte dai microsatelliti.

Anopheles sinensis es un vector de la malaria competente en China. Una comprensi&oacute;n de la estructura de la poblaci&oacute;n de vectores es importante para los programas de control de la malaria basado en vectores. Sin embargo, no hay adecuadas datos de gen&eacute;tica de la poblaci&oacute;n de a. sinensis disponible todav&iacute;a.

Estructura de la poblaci&oacute;n del vector de la malaria Anopheles sinensis (Diptera: Culicidae) en China: dos piscinas de gene inferidas por microsat&eacute;lites.

The mosquito gut represents an ecosystem that accommodates a complex, intimately associated microbiome. It is increasingly clear that the gut microbiome influences a wide variety of host traits, such as fitness and immunity. Understanding the microbial community structure and its dynamics across mosquito life is a prerequisite for comprehending the symbiotic relationship between the mosquito and its gut microbial residents. Here we characterized gut bacterial communities across larvae, pupae and adults of Anopheles gambiae reared in semi-natural habitats in Kenya by pyrosequencing bacterial 16S rRNA fragments. Immatures and adults showed distinctive gut community structures. Photosynthetic Cyanobacteria were predominant in the larval and pupal guts while Proteobacteria and Bacteroidetes dominated the adult guts, with core taxa of Enterobacteriaceae and Flavobacteriaceae. At the adult stage, diet regime (sugar meal and blood meal) significantly affects the microbial structure. Intriguingly, blood meals drastically reduced the community diversity and favored enteric bacteria. Comparative genomic analysis revealed that the enriched enteric bacteria possess large genetic redox capacity of coping with oxidative and nitrosative stresses that are associated with the catabolism of blood meal, suggesting a beneficial role in maintaining gut redox homeostasis. Interestingly, gut community structure was similar in the adult stage between the field and laboratory mosquitoes, indicating that mosquito gut is a selective eco-environment for its microbiome. This comprehensive gut metatgenomic profile suggests a concerted symbiotic genetic association between gut inhabitants and host.

Dynamic gut microbiome across life history of the malaria mosquito Anopheles gambiae in Kenya.

L&#39;intestin du moustique repr&eacute;sente un &eacute;cosyst&egrave;me qui abrite un microbiome complex, intimement li&eacute;. Il est de plus en plus &eacute;vident que le microbiome intestinale influence une grande vari&eacute;t&eacute; de traits de l&#39;h&ocirc;te, tels que la remise en forme et l&#39;immunit&eacute;. Comprendre la structure de la communaut&eacute; microbienne et sa dynamique &agrave; travers la vie de moustique est une condition pr&eacute;alable pour comprendre la relation symbiotique entre le moustique et ses r&eacute;sidents microbienne de l&#39;intestin. Ici nous avons caract&eacute;ris&eacute; l&#39;intestin des communaut&eacute;s bact&eacute;riennes dans les larves, les nymphes et les adultes d&#39;Anopheles gambiae &eacute;lev&eacute;es dans des habitats semi-naturels au Kenya par pyrosequencing bact&eacute;rienne 16 s rRNA fragments. Immatures et les adultes ont montr&eacute; des structures communautaires gut distinctif. Cyanobact&eacute;ries photosynth&eacute;tiques sont pr&eacute;dominants dans les larves et les nymphes tripes tout en prot&eacute;obact&eacute;ries et Bacteroidetes domin&eacute; les tripes adultes, avec les taxons de base des Enterobacteriaceae et Flavobacteriaceae. Au stade adulte, r&eacute;gime r&eacute;gime alimentaire (repas de sucre et la farine de sang) affecte de mani&egrave;re significative la structure microbienne. Curieusement, repas de sang a consid&eacute;rablement r&eacute;duit la diversit&eacute; des communaut&eacute;s et des ent&eacute;robact&eacute;ries favoris&eacute;es. Analyse g&eacute;nomique comparative a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que les bact&eacute;ries ent&eacute;riques enrichis poss&egrave;dent capacit&eacute; grand r&eacute;dox g&eacute;n&eacute;tique de coping with oxydatif et contraintes nitrosative qui sont associ&eacute;s avec le catabolisme de la farine de sang, ce qui sugg&egrave;re un r&ocirc;le b&eacute;n&eacute;fique dans le maintien de l&#39;hom&eacute;ostasie redox gut. Fait int&eacute;ressant, structure tube digestif de la Communaut&eacute; &eacute;tait similaire chez les adultes entre les moustiques de terrain et en laboratoire, indiquant que l&#39;intestin du moustique est eco-milieu s&eacute;lectif pour ses microbiome. Le profil de ce tube digestif complet metatgenomic sugg&egrave;re une association g&eacute;n&eacute;tique symbiotique concert&eacute;e entre les habitants de l&#39;intestin et de la foule.

Microbiome gut dynamique &agrave; travers l&#39;histoire de vie de la paludisme moustique Anopheles gambiae au Kenya.

L&#39;intestino della zanzara rappresenta un ecosistema che ospita un complesso, intimamente associato microbioma. &Egrave; sempre pi&ugrave; chiaro che il microbioma intestinale influenza un&#39;ampia variet&agrave; di tratti di host, come il fitness e l&#39;immunit&agrave;. Comprendere la struttura della comunit&agrave; microbica e la sua dinamica attraverso la vita di zanzara &egrave; un requisito indispensabile per comprendere il rapporto simbiotico tra la zanzara e suoi residenti microbica intestinale. Qui abbiamo caratterizzato gut comunit&agrave; batteriche attraverso le larve, pupe e adulti di Anopheles gambiae allevate in habitat seminaturali in Kenya da pyrosequencing batterici 16S rRNA frammenti. Immaturi e adulti ha mostrato strutture comunitarie caratteristico budello. Cianobatteri fotosintetici erano predominanti nella pancia mentre Proteobacteria e paludose e Bacteroidetes dominato il coraggio degli adulti, con taxa di nucleo di Enterobacteriaceae e Flavobacteriaceae. Allo stadio adulto, regime di dieta (farina zucchero e farine di sangue) incide in misura significativa la struttura microbica. Curiosamente, i pasti di sangue ridotto drasticamente la diversit&agrave; della Comunit&agrave; e batteri enterici favorite. Analisi genomica comparativa ha rivelato che i batteri enterici arricchiti possiedono capacit&agrave; grande genetica redox di fronteggiare ossidativo e A&beta; sottolinea che &egrave; associati con il catabolismo del pasto di sangue, suggerendo un ruolo benefico nel mantenimento dell&#39;omeostasi redox di budello. &Egrave; interessante notare, gut comunit&agrave; struttura era simile nella fase adulta tra le zanzare campo e in laboratorio, che indica che l&#39;intestino della zanzara &egrave; un eco-ambiente selettivo per il microbioma. Questo profilo metatgenomic gut completa suggerisce una concertata associazione simbiotica genetica tra gli abitanti di budello e host.

Dinamica intestinale microbioma in tutta la storia della vita della malaria zanzara Anopheles gambiae in Kenya.

El intestino del mosquito representa un ecosistema que alberga un microbioma complejo, &iacute;ntimamente asociado. Es cada vez m&aacute;s claro que el microbioma intestinal influye en una amplia variedad de rasgos de host, como fitness y la inmunidad. Entender la estructura de la comunidad microbiana y su din&aacute;mica a trav&eacute;s de la vida del mosquito es un prerrequisito para comprender la relaci&oacute;n simbi&oacute;tica entre el mosquito y sus residentes microbiana del intestino. Aqu&iacute; caracterizamos gut comunidades bacterianas de larvas, pupas y adultos de Anopheles gambiae criadas en h&aacute;bitats seminaturales en Kenia por Pirosecuenciaci&oacute;n bacteriano 16S rRNA fragmentos. Inmaduros y adultos demostraron las estructuras comunitarias de tripa distintivo. Cianobacterias fotosint&eacute;ticas eran predominantes en las entra&ntilde;as de larvas y pupas mientras proteobacterias y Bacteroidetes hab&iacute;a dominado las agallas para adultos, con taxa de n&uacute;cleo de Enterobacteriaceae y Flavobacteriaceae. En la etapa adulta, r&eacute;gimen de dieta (comida de az&uacute;car y harina de sangre) afecta significativamente la estructura microbiana. Curiosamente, comidas de sangre reduce dr&aacute;sticamente la diversidad de la comunidad y bacterias ent&eacute;ricas favorecidas. An&aacute;lisis gen&oacute;mico comparativo revelaron que las bacterias ent&eacute;ricas enriquecidas poseen capacidad redox gen&eacute;tica grande de sobrellevar oxidativo y nitrosativo subraya que se asocian con el catabolismo de la harina de sangre, lo que sugiere un papel beneficioso en el mantenimiento de la homeostasis redox de tripa. Curiosamente, estructura de la comunidad de tripa era similar en la etapa adulta entre los mosquitos de campo y laboratorio, indicando que el intestino del mosquito es un selectivo respetuosos del medio ambiente para su microbioma. Este perfil de metatgenomic de tripa integral sugiere una asociaci&oacute;n gen&eacute;tica simbi&oacute;tica concertada entre habitantes de la tripa y el receptor.

Microbioma intestinal din&aacute;mico a trav&eacute;s de la historia de la vida de la malaria mosquito Anopheles gambiae en Kenia.

A Pseudomonas sp. bacterium was isolated from the midguts of Anopheles gambiae mosquitoes. Here we present the annotated Pseudomonas sp. draft genome sequence as a contribution to the efforts of characterization of the mosquito gut microbiome.

Draft genome sequence of Pseudomonas sp. strain Ag1, isolated from the midgut of the malaria mosquito Anopheles gambiae.

Bact&eacute;rie Pseudomonas sp., a &eacute;t&eacute; isol&eacute;e de l&#39;intestin moyen des moustiques Anopheles gambiae. Nous pr&eacute;sentons ici annot&eacute; Pseudomonas sp. projet s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome comme une contribution aux efforts de caract&eacute;risation de la moustique gut microbiome.

Le projet de s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome de la souche Pseudomonas sp Ag1, isol&eacute;es de l&#39;intestin moyen de la paludisme moustique Anopheles gambiae.

Un batterio di Pseudomonas sp., &egrave; stato isolato dall&#39;intestino medio delle zanzare di Anopheles gambiae. Qui vi presentiamo l&#39;annotata Pseudomonas sp. bozza sequenza del genoma come un contributo agli sforzi di caratterizzazione del microbioma di intestino zanzara.

Progetto di sequenza del genoma del ceppo di Pseudomonas sp. Ag1, isolato dall&#39;intestino della malaria zanzara Anopheles gambiae.

An isolate of Enterobacter sp. was obtained from the microbial community within the gut of the Anopheles gambiae mosquito, a major malaria vector in Africa. This genome was sequenced and annotated. The genome sequences will facilitate subsequent efforts to characterize the mosquito gut microbiome.

Draft genome sequences of Enterobacter sp. isolate Ag1 from the midgut of the malaria mosquito Anopheles gambiae.

Un isolat de Enterobacter SP a &eacute;t&eacute; obtenu de la communaut&eacute; microbienne dans l&#39;intestin de l&#39;anoph&egrave;le gambiae, un vecteur majeur contre le paludisme en Afrique. Ce g&eacute;nome a &eacute;t&eacute; s&eacute;quenc&eacute; et annot&eacute;. Les s&eacute;quences du g&eacute;nome facilitera les efforts subs&eacute;quents pour caract&eacute;riser le microbiome de tube digestif du moustique.

Projet des s&eacute;quences de g&eacute;nomes d&#39;Enterobacter SP. isolent Ag1 de l&#39;intestin moyen de la paludisme moustique Anopheles gambiae.

Isolate di Enterobacter SP &egrave; stata ottenuta da parte della comunit&agrave; microbica all&#39;interno del budello della zanzara Anopheles gambiae, un vettore importante malaria in Africa. Questo genoma &egrave; stato sequenziato e annotato. Le sequenze di genoma faciliter&agrave; i successivi sforzi di caratterizzare il microbioma intestinale zanzara.

Jiannong Xu

Department of Biology

New Mexico State University

Depletion of Ribosomal RNA for Mosquito Gut Metagenomic RNA-seq