酶需要额外的成分才能发挥正常功能有两类这样的分子:辅因子和辅酶。辅因子是金属离子，辅酶是非蛋白质有机分子。这两种类型的辅助分子都可以与酶紧密结合或仅在底物结合时结合。

辅助因子存在于约30%的成熟蛋白质中。它们在折叠时经常被并入酶中，并参与酶的催化活性。镁是人体300多种酶（包括DNA聚合酶）的必需辅因子。在这种情况下，镁离子有助于在DNA骨架上形成磷酸二酯键。铁、铜、钴和锰是其它常见的辅因子。

许多维生素都是辅酶，因为它们是非蛋白，是酶的有机辅助分子。例如，生物素和维生素B是一种重要的维生素B，它在各种酶中起重要作用，它将二氧化碳从一个分子转移到另一个分子。生物素、维生素A和其它维生素必须在我们的饮食中摄取，因为它们不能由人类细胞制造。