昼夜生物钟是一种内在的、计时的分子机制，它允许植物在24小时周期内协调生理活动，称为昼夜节律。光周期主义是植物对暗与光周期相对长度变化的生物反应的集体术语。光照射周期称为光周期。
植物中光周期的一个例子是季节性开花。科学家认为，植物是由它们的昼夜钟与光周的变化对应的。他们使用感光光感光感受系统检测这些变化。
植物色素是一组光感受器，参与开花和其它光介质过程。植物色素系统使植物能够比较几天的暗夜持续时间。
短日（长夜）植物在连续至少几个长夜后开花。相比之下，长日（短夜）植物在连续最短的夜晚最少之后开始开花。
植物色素以两种可转换的形式存在:Pr和Pfr.Pr在白天被转换成Pfr，所以Pfr在白天更丰富。Pfr 在夜间转换为 Pr， 所以晚上有更多的 Pr 。因此，植物可以通过在黎明时测量 Pr/Pfr 比率来确定日夜周期的长度。冬季漫长的夜晚在黎明时分会降低Pfr水平，而春天的短夜在日出时会降低Pfr水平。
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