物种形成是导致形成新的、不同的物种的进化过程，即生殖孤立的种群群。
物种的遗传学涉及不同的特征或隔离机制，防止基因交换，导致生殖隔离。生殖隔离可能是由于生殖障碍，在酶形成之前或之后都有影响。酶前机制防止受精发生，酶后机制降低杂交后代的生存能力或生殖能力。
例如，酶前机制在生物体的生命周期早期作用，对基因流动施加最强障碍，并防止不利的交配组合。一些交配组合产生混合个体。自然选择可以反对低健康型杂交品种的生产，从而增加两个物种之间的生殖隔离。
酶后生殖障碍可能是由于杂交体的内在不适用性。由异常倍体水平、不同的染色体排列或基因不相容导致的遗传并发症，其中等位基因不能正常工作，有助于在杂交中形成不同的遗传构成和替代发育途径。这些基因改变影响植物和动物，导致酶后分离和物种形成。
上位性或非阿利细胞基因相互作用，是一个显著的特点，有助于物种形成。基因变异的影响取决于它出现的基因背景。例如，在同一物种的成员中产生正常表型的等位基因在杂交的遗传环境中可能功能不佳。这种混合弱点也可能导致生殖隔离和物种形成。
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