完整的DNA链可以在化石中找到，而科学家有时很难在实验室条件下保持RNA的完整性。 RNA和DNA之间的结构变异是其稳定性和寿命差异的基础。因为DNA是双链的，所以它本质上更稳定。 RNA的单链结构不太稳定，但也更灵活，可形成弱的内部键。此外，细胞中的大多数RNA相对较短，而DNA可长达2.5亿个核苷酸。 RNA在核糖的第二个碳上具有羟基，增加了糖 - 磷酸骨架断裂的可能性。

细胞可以利用RNA的不稳定性，调节其寿命和有效性。与不稳定的mRNAs转录本相比，更稳定的mRNAs可用于更长时间的翻译。细胞内的RNA结合蛋白（RBPs）在调节RNA稳定性中起着关键作用。RBPs可以与mRNAs的3非翻译区（UTR）中的特定序列（AUUUA）结合。有趣的是，AUUUA重复次数似乎以特定的方式吸收RBPs: 较少的重复次数吸收稳定的RBPs。几个重叠的重复导致不稳定RBPs的结合。所有的细胞都有一种叫做核糖核酸酶的酶，能分解核糖核酸。通常情况下，在细胞不再需要转录本之前，5的"帽"和多聚尾保护真核细胞的mRNA不被降解。

新兴的上转录组学研究旨在定义调节性mRNA修饰。最近，科学家发现甲基化在mRNA稳定性中起着重要作用。腺苷残基甲基化( m6A ) 似乎增加了mRNA的翻译和降解。 m6A 在应激反应、核输出和mRNA成熟中也有作用。改性尿嘧啶残基假尿苷的存在，似乎在RNA调控中也起着重要作用。