当遗传信息从一个生物体传递到另一个生物体时，就会发生基因转移。它通过两种机制发生:垂直基因转移和水平基因转移。当遗传信息从一代转移到下一代时，就会发生垂直基因转移，这比水平基因转移发生得更频繁。有性和无性繁殖都是垂直基因转移的形式，其中一个或多个生物体将其部分或全部基因组传递给其后代。此外，垂直基因转移发生在原核生物和真核生物物种中。

当遗传信息传递给同一代的成员时，就会发生水平基因转移，并且在原核物种中最为常见。虽然种间水平基因转移在真核生物中极为罕见，但它在原核生物中经常发生。不同物种之间的水平基因转移是原核生物遗传多样性的重要来源。

大多数原核生物物种以无性繁殖。虽然这允许更快地产生后代，但产生的后代具有有限的遗传多样性。因此，水平基因转移在将遗传多样性引入原核生物方面起着至关重要的作用。通过水平基因转移，原核生物可以与同一代中的其他生物共享其基因组的一小部分，无论是同种（同一物种）还是同种异种（不同物种）。许多科学家认为，水平基因转移和突变是原核生物遗传变异的最重要来源。因此，水平基因转移为自然选择提供了一些原材料。

一个突出的例子是抗生素耐药菌株的出现。赋予抗生素耐药性的基因可以在不同种类和菌株的细菌之间转移，从而为受体细菌提供选择性优势，例如导致淋病的淋病奈瑟菌的青霉素耐药菌株。在更大的范围内，一些估计表明，在数百万年的进化过程中，至少有 18% 的大肠杆菌基因组是通过水平基因转移获得的。