许多蛋白质的生物学作用取决于它们与配体的相互作用，配体是与蛋白质上称为配体结合位点的小分子结合。配体结合位点在同源蛋白中通常是保守的，因为这些位点对蛋白质功能至关重要。

结合位点通常位于大口袋中，如果它们在蛋白质表面的位置未知，可以使用各种方法进行预测。能量方法计算分析不同氨基酸残基与配体的相互作用能，并预测结合能最低的那些是潜在的结合位点。然而，检查保守序列通常与其他方法结合使用，以进一步增强这种预测。结构保守的残基可用于区分结合位点和暴露的蛋白质表面。氨基酸 Trp、Phe 和 Met 在结合位点高度保守，在暴露的蛋白质表面的情况下没有观察到这种保守性。

各种计算工具可以使用结构、能量和保守结合位点方法的组合来预测结合位点。ConCavity 是一种可用于预测 3D 配体结合口袋和单个配体结合残基的工具。使用的算法直接将进化序列守恒估计与基于结构的预测相结合。另一种工具 MONKEY 用于识别多物种比对中保守的转录因子结合位点。它采用因子特异性和结合位点进化模型来计算推定位点保守的可能性，并为每个预测分配统计显著性。