从冷冻的哺乳动物组织中分离出单个细胞核后，使用移液器吸头小心地刺穿解离器墨盒上的圆箔。为了便于蔗糖梯度净化，从小柱中取出 900 微升细胞核悬浮液，并将其加入 500 微升蔗糖缓冲溶液或在 2 毫升管中制备的 SCS 中。通过移液充分混合，直到混合物均匀。
接下来，以一定角度握住试管，小心地将 1， 400 微升原子核悬浮液 SCS 混合物滴加到新的 500 微升 SCS 上，形成清晰可见的相分离。小心地关闭试管，并将其放回冰上，而不会干扰相分离。在预冷的离心机中以 13， 000g 的温度小心地在 4 摄氏度下旋转试管 15 分钟。
在不干扰调色板的情况下取出上清液，并小心地将调色板重悬于50微升冰冷的NSR中。将同一样品的两个调色板放入新的 1.5 毫升管中。将 900 微升冰冷的 NSR 加入到 1 毫升的总体积中，并通过移液充分混合。
用摆动桶转子离心机将样品在4摄氏度下以500g离心5分钟。除去上清液，将沉淀重悬于100微升PBS中。为了计数，在20微升PBS中稀释10微升细胞核悬浮液。
将 25 微升碘化丙啶染色溶液加入荧光计数器计数板的混合孔中。然后加入 25 微升稀释的细胞核悬浮液，通过移液充分混合。将 50 微升染色样品从混合孔转移到上样孔。
将计数板加载到细胞计数器上并开始计数。计数后，用PBS将样品稀释至所需浓度，用于单核RNA测序。使用部分自动化的细胞核分离方案，获得的细胞核质量良好，没有出现杂乱、碎屑或结块的迹象。
图中显示了代表每个样品中基因计数、UMI 计数和线粒体含量分布的小提琴图。鉴定了来自每个组织的预期细胞类型，并且所有动物都对所有簇做出了贡献，表明该方案引入的技术变异性较低。此外，每种组织类型的所有三个样本的细胞比例、UMI 计数和基因计数具有可比性。
