自动测量 拟南芥 对 丁香假单胞 菌 pv 的气孔反应。 番茄 DC3000 感染

首先，将便携式气孔成像设备连接到配备图像采集软件的计算机。用一张纸小心地去除拟南芥植物接种丁香假单胞菌的叶子上的水滴。现在打开设备的顶盖，将叶子放在舞台上，然后关闭盖子。

使用调节螺钉调整焦距，然后单击 保存图像 在计算机上捕获图像。要对气孔孔径进行自动测量，请打开 Google Colaboratory 笔记本。单击“文件”，然后单击“将副本保存在驱动器中”以在Google云端硬盘中制作本地副本。

当新选项卡打开时，关闭原始笔记本的选项卡。按笔记本中“环境设置”部分下的“执行”按钮，可在不展开单元块的情况下导入所需的库。在目录设置部分，在 Google 云端硬盘中创建三个文件夹进行分析。

将采集的图像移动到 example_result 文件夹，按处理或样本对它们进行分类，以便生成最终图形。单击“下载训练模型”，从 Zenodo 下载训练模型的 ONNX 文件。将下载的文件放在模型目录中。

运行笔记本气孔部分的推理和测量，从单个图像量化气孔径。生成的图像具有叠加推理和example_result。CSV 文件将导出到 inference_results 目录。

执行“图形生成”部分以创建有关气孔孔径比的图形。将此图形导出到 inference_results 目录。在接种后一小时，与模拟接种的植物相比，观察到Pto接种植物的气孔孔径减小。

在感染后三小时，接种Pto的植物和模拟接种的植物的气孔孔几乎相同。气孔孔径的自动测量处理一张图像大约需要 5 秒，从而将测量时间缩短了 95%。