1 首先,在桌面上启动 Cytoscape 3.9.1 软件2 并导入包含肛门湿疹核心蛋白的 tsv 文件 3。4 单击控制面板 5 中的样式栏以优化网络节点的颜色、字体和大小。6 对于网络拓扑分析,7 使用分析网络功能。
8 要获得枢纽基因,请使用 CytoHubba 9 并建立药物成分疾病靶点网络。10 打开 Metascape 网站。11 选择文件或将基因列表粘贴到对话框中 12 然后单击提交按钮。
13 然后在输入中选择 H.sapiens 作为物种 14 和分析作为物种 15 并启用自定义分析功能。16 在富集选项中,17 选择 GO 分子功能、GO 生物过程、18 GO 细胞成分和 KEGG 通路数据库。19 选中 pick selective GO clusters, 20 并单击 enrichment analysis 按钮。
21 完成进度条后, 22 启动分析报告页面,然后单击 23 以检索扩充结果。24 打开 GEO2R 工具搜索 25 并分析 GEO 基因芯片数据库。26 打开 GEO 数据库网站。
27 然后输入关键字或 GEO 藏品 28 并点击搜索按钮。29 选择最佳匹配结果 30 并找到参考序列。31 现在在 GEO2R 工具网站上,32 在 GEO 入格框 33 中输入参考序列,然后单击设置按钮。
34 选择特应性皮炎作为实验组 35,非特应性对照作为对照组。36 单击分析按钮并等待结果出现。37 对 59 个关键靶点的 KEGG 和 GO 富集分析 38 确定了 218 个通路和 3, 000 多个生物过程,其中 39 个突出了 SDG 和肛门湿疹的重要通路。
40 对生物过程、细胞组成、41 和分子功能 42 的 GO 分析强调了 SDG 和肛门湿疹的共同目标。43 相关的生物学功能包括肽基酪氨酸 44 磷酸化和细胞间粘附的调节。