肽水凝胶中免疫染色的结直肠癌衍生类器官成像，以评估自组装肽对细胞粘附的影响

首先，用落射荧光显微镜以 10 倍对染色的 SW1222 衍生的类器官样品进行成像。仅使用 Rhod 和 DAPI 通道。启动 ImageJ 软件并单击插件，然后单击宏。

然后运行以运行 ImageJ ROI 转换器。py 文件。当窗口出现时，从冒号类器官文件夹中选择第一个文件，然后单击 open。

然后选择 seg。npy 文件，然后单击 Open。接下来，在 ROI manager 窗口中按 select all 并按 measure。

现在，单击文件，然后在结果窗口中另存为以保存结果。对结肠类器官管腔文件夹中的相同图像重复图像转换。然后，加载 Origin Pro 软件，单击数据，然后单击导入文件以找到导入向导。

选择与同一图像的类器官和管腔形状属性对应的 CSV 文件。将管腔形状属性复制到菌落结果列中，以将每个管腔测量值与其相应的菌落配对。在新列中，划分管腔和菌落的区域，以产生其相应菌落的相对管腔面积。

选择与每个菌落的圆度和管腔面积相对应的列。然后，依次单击 plot、basic 2D 和 scatter。右键单击绘图窗口，然后选择 plot details。

单击 Centroid pro 选项卡，然后选择选项 Show centroid point for subset， connect to data points， 和 show ellipse。在 2D 中培养的细胞在集落圆度方面具有非常高的变化。在 Matrigel 中培养的细胞对于管腔的相对大小具有更广泛的分布。