首先，取用顺铂、金属偶联抗体和插层铱溶液染色的骨骼肌细胞，并通过离心沉淀细胞。去除上清液后，向涡旋细胞中加入 1 毫升 CSM。通过离心沉淀细胞并在 1 mL CAS 缓冲液中洗涤。
离心后，将上清液吸出约 200 μL。向涡旋样品中加入 1 mL CAS 缓冲液，分装 5 μL 用于细胞计数。离心细胞并将上清液吸出至 50 μL 后，将细胞重悬于 CAS 缓冲液中至终浓度为 100 万个细胞/mL，并添加校准珠以达到 0.1 倍的最终浓度。
将样品加载到质谱细胞仪中，以每秒 400 至 500 个细胞的流速收集数据，并在收集后对数据进行归一化。如有必要，将每个样品的单个流式细胞术标准品或 FCS 文件连接到一个文件中。通过设门铱嵌入剂阳性事件来识别单细胞。
选择对顺铂阴性的事件，以设门活细胞。对感兴趣的群体设门并量化干细胞和祖细胞的相对比例。要执行高维分析，请导出感兴趣的总体并使用聚类算法。
对于 X 偏移分析，请下载 Vortex 软件包和 Java 64 位。将导出的细胞群上传到本地数据库并定义聚类参数。要可视化 X-shift 集群内细胞群之间的空间关系，请执行力导向布局。
CyTOF 分析确定了四个群体、干细胞和祖细胞群 1 到 3 的序列。祖细胞群 P1 和 P2 对应于越来越成熟的祖细胞。P3 先前已被鉴定，但由于其丰度低而未表征。
使用 CD9 和 CD104 通过轴向点图分析损伤后的干细胞和祖细胞动力学。在第 3 天观察到干细胞群的显着增加，表明扩增。碘脱氧尿嘧啶掺入增加（表明细胞增殖）和 MyoD 表达增加（如彩色叠加所示）支持了这一点。
鉴定出以高水平 CD98 、 CD44 、 MyoD 和碘脱氧尿嘧啶为特征的活化干细胞，强调它们在损伤后第 3 天的高增殖和活化状态。
