在植物根提取物的 LCMS 运行后，检查 Q1 和 Q3 扫描的总离子色谱图，包括数据依赖性子离子扫描。观察具有莨菪烷生物碱样特征的丰度离子的母体质量，包括带正电的离子质量低于 500 道尔顿，通常为偶数。保留时间在 2 到 22 分钟之间，并且片段与母电荷值匹配，与莨菪烷生物碱一致。
检查母离子扫描色谱图或通道，专门用于主电荷 124，并确定哪些峰或离子在哪些保留时间下会产生该特定片段。单击逐个扫描，浏览色谱图，并查看来自数据依赖性子离子扫描的完整 MS-MS 谱图，尤其是对于低丰度物质。接下来，一起分析母离子扫描色谱图中的主电荷 122 和 140（表示二取代的莨菪烷生物碱）和主电荷 138 和 156（表示三取代的莨菪烷生物碱）。
检查中性丢失扫描色谱图或主电荷 160 和 166 的通道。确定哪些峰或离子会产生中性损失，并记录它们的保留时间。单击色谱图中的逐个扫描，并与数据依赖性的子离子扫描碎裂进行比较，特别是对于低丰度物质。
使用母离子扫描和中性丢失扫描数据的组合，由数据依赖性子离子扫描结果支持，对观察到的生物碱进行推定注释。从最小的莨菪烷质量开始，然后加上中性损失，并考虑任何剩余的质量。将生物碱注释与文献中报道的注释进行比较，以确定莨菪烷生物碱替代模式。
此外，使用市售的常见莨菪烷生物碱标准品进行确认。曼陀罗根提取物的完整 Q1 扫描色谱图显示，莨菪烷生物碱含量不同。主电荷 124、122、140、138 和 156 的特征表明存在莨菪烷生物碱。
这些莨菪烷生物碱中有许多是乙酰化、钛基化的，或者来源于酚酸或热带酸，中性丢失扫描色谱图中的信号证明了这一点。光谱数据利用能够对特定生物碱进行注释，特别是鉴定出具有主电荷 224 表观质量的化合物。该方法允许通过其碎裂模式和中性丢失来推导化合物结构，从而证实了 tigloyl 基团作为取代的存在。
对曼陀罗种子中的甲醇水提取物进行检查，产生了完整的 Q1 扫描基峰色谱图，鉴定出一种高丰度的单取代莨菪烷生物碱，可能是莨菪碱。高分辨率 MS-MS 谱图还允许从曼陀罗种子中鉴定新的生物碱。
