首先，将棘阿米巴菌株置于明场显微镜下。以 4 倍放大倍率观察变形虫，其中背景呈现浅灰色，变形虫为深色。调整显微镜的照明和焦距，以确保变形虫显示为纯色黑眼圈。
然后配置成像软件以定期记录，图像之间最大间隔为 30 秒，以便准确跟踪。跟踪多天的变形虫，在 5 天内每 12 小时以 1 小时的分段记录。如果显微镜和软件允许，使用 XY 坐标在单个会话中记录多个孔或流通池位置。
如有必要，将来自单个孔或流通池的多个切片拼接在一起，以获得 4 倍放大倍率的扩展视图。在成像软件中打开显微镜文件。现在可以看到 bio 格式的 import options （导入选项） 对话框。
在对话框中，启用 stack viewing，将 view with 设置为 select hyperstack。然后选中 Memory management 下的 use virtual stack in 并将 color mode 设置为 default。现在打开 bio 格式系列选项并选择所需的系列。
然后按 OK。导航到图像，然后选择 duplicate（复制），通过仅选择一个 C 通道和一个 Z 通道来仅复制单个井的图像。专门处理复制的图像以进行进一步操作。单击图像，然后单击类型和 8 位以转换图像。
然后选择 处理 后跟 减去背景.将滚动球设置为 10。选中 light background 选项并选择 sliding paraboloid 。
现在导航到 进程 后跟 增强的对比度。对于单个滋养体，将饱和像素设置调整为 0.1%，或对于细胞组和聚集体，将饱和像素设置调整为 0.3%。依次单击 image、adjust 和 threshold，默认值大于 black 和 white。
这将打开二进制进程设置。选择 default 并检查 binary mask 的黑色背景。积极调整阈值以最大限度地减少背景噪声，同时确保每个变形虫部分可见。
如果软件反转了颜色以使背景为白色而变形虫为黑色，请转到编辑并单击反转以将其切换到带有白色变形虫的黑色背景。现在依次单击 process，然后是 binary 和 close 以连接细胞外膜中的微小间隙。通过单击 process （进程）、binary （二进制文件） 和 fill holes （填充孔） 来填充任何剩余的孔。
然后使用形状绘制工具并按 edit（编辑），然后按 fill（填充）以删除任何非变形虫伪影。如有必要，请再次反转图像以完成二进制表示。要记录每个变形虫的大小，请单击 analyze，然后单击 analyze particles。
然后将大小设置为 10 无穷大，将 0 到 1 之间的圆度设置为 1，并将 show 设置为无。选中 only display results and summarize 选项以获取没有其他视觉对象的分析。将结果保存为 CSV 文件，然后单击文件，然后单击 另存为 和 TIFF 以 TIFF 格式保存图像。
根据需要编辑名称。
