首先,转到 ROC 绘图仪,然后单击 ROC 卵巢癌绘图仪。在基因符号框中插入 TMOD3。在响应框中,选择 6 个月时的无复发生存期。
在治疗框中,选择 Platin。然后点击 计算 获取结果。转到 TargetScan 并在 Enter a human gene symbol (输入人类基因符号) 框中插入 TMOD3。
然后去看 cBIOPortal。现在选择 Ovarian 浆液性囊腺癌,TCGA Nature 2011 数据集。在 Enter Genes(输入基因)框中插入 TMOD3 和 miRNA 符号。
单击 Submit Query 以获取 TMOD3 与 TCGA 卵巢癌数据集中 miRNAs 的相关性数据。之后,通过以下方式可视化结果下一步,转到 LinkedOmics 并选择 TCGA OV 样本队列。然后在 Select Search Dataset 框中选择 Clinical 。
在 Select Search Dataset Attribute 框中选择 Platinum_status。接下来,在 Select Target Dataset 框中选择 miRNA 测序。在 Select Statistical Method 中选择 T-test,然后单击 Submit Query 以获取结果。
与未治疗的患者相比,高度敏感的卵巢癌患者铂类化疗后 TMOD3 表达显著降低。与铂敏感患者相比,铂类耐药卵巢癌患者的 TMOD3 表达显著升高,ROC 曲线显示 TMOD3 作为确定铂类耐药的标志物。鉴定出 21 个靶向 TMOD3 的 microRNA,其中大多数与卵巢癌中的顺铂耐药相关,其中 hsa-miR-133a-3p 与 TMOD3 表达呈显著负相关,在顺铂耐药癌症中低表达。