Name: probing the limits of egg recognition using egg rejection experiments along phenotypic gradients
Uploaded: 2018-08-22T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 34 s
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咩的资金来自伊利诺斯州大学的 HJ--香槟分校的教授。此外, 为了供资, 我们感谢人类前沿科学项目 (M.E.H. 和 T.G.) 和捷克共和国的欧洲社会基金和国家预算。1.07/2.3. 00/30.0041 (T.G.)。我们感谢海洋光学, 以覆盖出版成本。

这里描述的所有方法都已获得长岛大学 IACUC 机构动物保育和使用委员会的批准。
1. 混合丙烯酸颜料
<ol><li>
混合蛋壳的地面着色, 这是颜色, 将统一覆盖整个蛋壳表面。下面的食谱将使50克油漆, 这将填补一个小超过两个22毫升铝漆管。
	<ol>
<li>产生蓝绿色, 代表蓝绿色蛋壳 (如美国migratorius蛋壳), 使用18.24 克的钴绿松, 20.77 克钛白色6.52 克钴绿色, 2.86 克的钴绿松石和1.61 克烧焦的棕褐色。</li>
		<li>产生褐色的颜色, 代表褐色蛋壳 (例如, 鸡肉鸡鸡鸡内金蛋壳), 使用4.12 克的红氧化铁, 9.75 克的镉橙, 22.15 克的原始棕褐色光和13.97 克钛白色。</li>
		<li>产生一种米色, 代表米色蛋壳 (如鹌鹑鹌鹑), 使用10.60 克褐色鸡蛋色, 8.28 克蓝色绿色, 18.51 克钛白色, 12.61 克黄赭色。</li>
		<li>使用无混合的钛白色生成白色颜色。</li>
	</ol>
</li>
	<li>混合一个暗褐色斑点颜色代表在鹌鹑C. 粳稻的斑点, 使用8.38 克褐色鸡蛋色, 26.04 克的烧伤棕褐色, 15.59 克的火星黑色。</li>
	<li>
混合中间颜色横跨蛋壳颜色色域从蓝绿色到褐色, 通过混合蓝绿色和棕色油漆一起和改变他们的贡献相互 (例如, 蓝色绿色到褐色油漆的部分: 10:0, 9:1, 8:2, 7:3, 6:4, 5:5,4:6、3:7、2:8、1:9 和 0:10, 请参见图 1E)。
	<ol>
<li>若要生成更多中间颜色, 只需将这些中间颜色的偶数混合在一起并重复, 直到创建所需的唯一颜色数。即使是蓝绿色和褐色的混合物也会产生中性的灰色颜色, 但是这种颜色可以根据需要使用白色或米色进行调整。如果需要更精确的颜色 (例如, 特定的宿主卵), 则使用消减颜色混合模型来预测颜料的独特组合的光谱反射率, 并使用产生最低只是显著差异 (JND) 的混合物来所需的颜色 (请参见步骤 3.3–3.7)。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
存放在空的22毫升铝漆管油漆。
	<ol>
<li>把颜料放到一个塑料三明治袋里, 把一个角落的一小部分剪掉。把塑料袋的末端放进管子里, 把颜料挤进管子里, 轻轻地敲打着桌子。</li>
		<li>密封管使用的粘合剂边缘和折叠结束本身至少3–4倍。</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. 涂装实验鸡蛋模型
<ol><li>
获得实验性鸡蛋模型。
	<ol>
<li>使用三维 (以下 3D) 打印机或从分发服务器购买28, 打印模型鸡蛋。建议采用这种简单的方法, 因为它生成的鸡蛋大小一致, 形状为28。 注: 模型鸡蛋也可以从石膏, 粘土, 木材或其他物质。</li>
	</ol>
</li>
	<li>在每个鸡蛋上添加均匀的钛白色涂层, 以阻止底层的颜色。</li>
	<li>用镊子握住每个鸡蛋, 用高质量的丙烯酸颜料和干净的刷子涂上所需的颜色, 以独特的颜色来着色每个鸡蛋。</li>
	<li>在凉爽的环境中使用吹风机, 以加快每一个新绘鸡蛋的干燥过程。</li>
	<li>
使用砂纸砂下来的任何颠簸, 可能是在鸡蛋, 一旦鸡蛋完全干燥。
	<ol>
<li>重复步骤 2.3, 直到鸡蛋有一个均匀涂层的油漆没有任何肿块。鸡蛋不需要少于两件大衣。</li>
	</ol>
</li>
	<li>添加任何斑点, 以模型鸡蛋, 仔细地应用这些与画笔, 并小心飞溅的油漆与牙刷。只有一件大衣是必要的。 注意: 如果需要复制紫外线 (uv) 反射, 涂上均匀的 uv 涂料;但是, 除非允许使用这些油漆, 否则不建议您从机构、州/省和联邦允许的办公室获得许可。</li>
</ol>3. 量化颜色
<ol><li>按下电源按钮打开光谱仪。</li>
	<li>将 sd 卡插入 sd 卡插槽并通过按红色取消按钮将其链接到系统, 选择 "文件系统" 按绿色接受按钮, 通过按下菜单按钮选择 "查找 SD 卡"。然后, 按 "红色取消" 按钮两次或按 "主键" 按钮。</li>
	<li>
将光缆连接到光谱仪和光源上。
	<ol>
<li>将末端标记的 "光源" 连接到光模块, 并将末端标记的 "光谱仪" 连接到光谱仪模块。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
将探头尖端插入光纤探头的末端。 注意: 3D 打印机上可打印的示例探针提示可用作补充代码文件。此对象将需要线程处理您选择的螺钉。<ol>
<li>在样品和测量探头之间建立距离 (如5 毫米), 使信噪比最大化。使用挠性标尺确保测量距离的一致性。 注意: 精确的距离将会因每个独立光谱仪的光栅和狭缝宽度、光学宽度和光源的独特组合而异。为所有测量保持相同的距离。灵活的规则可作为补充代码文件下载。</li>
		<li>使用一个重合的正常测量角度 (90°), 除非天然宿主蛋或模型鸡蛋有光泽表面, 在这种情况下使用45°重合倾斜测量角度。用相同的角度测量所有的卵, 真实的和人工的。</li>
		<li>用95% 乙醇清洗探针尖端。</li>
	</ol>
</li>
	<li>打开光源通过按下按钮三次, 选择PX 灯按绿色接受按钮, 选择安装通过按向右滚动按钮, 选择 "定时控制" 通过按向右滚动按钮, 单击向下按钮三次, 然后按 "接受" 按钮选择 "自由运行"。
	<ol>
<li>在采取任何测量之前至少要等15分钟。</li>
	</ol>
</li>
	<li>校准和配置光谱仪。为此, 请按 "主页" 按钮, 然后按 "向左滚动" 按钮选择 "工具", 通过按下菜单上的按钮选择 "手动控制", 然后按下菜单按钮选择 "获取参数".
	<ol>
<li>通过按下滚动向右键, 将 "大篷车平滑" 设置为五, 通过按下滚动向右键两次将光标移动到右边两个空格, 然后通过按下菜单按钮五次来增加 "大篷车" 设置。选择 "接受", 按绿色接受按钮一旦完成。</li>
		<li>按下菜单向下键, 将平均值设置为 10, 然后通过按下滚动按钮两次并调整十位中的值, 通过按下 "向右滚动" 按钮 o 移动到一个位置, 然后移动到右边两个位置。通过按下菜单按钮一次, 将此值降低为零。选择 "接受", 按绿色接受按钮一旦完成。</li>
		<li>按 "主页" 按钮, 通过按下菜单按钮选择反射率, 并将探针牢牢地放在白色标准上。然后按下菜单按钮来存储参考白色标准。通过按下滚动右键并通过按下菜单按钮查看反射率来存储深色标准。</li>
	</ol>
</li>
	<li>测量每个蛋壳的反射率六倍, 通过测量两次接近钝极 (鸡蛋的宽端), 两次在卵的赤道, 两次接近锋利的极点 (较窄的一端)。一定要报告是否避免了斑点。在实验性的鸡蛋和宿主的卵上进行这项研究。</li>
	<li>使用具有 0.25 nm 平滑跨度的局部加权多项式函数, 利用颜色分析软件29来平滑反射曲线中的噪声。如果颜色分数 (如亮度) 在卵子模型的区域之间没有明显的重复性 (步骤 3.7), 重绘卵子 (步骤 2.2–2.6);否则, 平均鸡蛋模型着色整个鸡蛋。</li>
	<li>决定问题的相对感光灵敏度的最合适的集合。 注: 这可能是一个一般的紫外线敏感或紫色敏感的鸟, 或一次可以选择模型相对灵敏度30,31,32。</li>
	<li>
通过将蛋壳反射率、感光灵敏度和适当的产品集成在一起, 量化每个感光细胞的量子捕捉33 , 分别为单34和双锥35、36。整个鸟类视觉光谱 (即300–700 nm) 的辐照光谱。
	<ol>
<li>使用相对量子捕获估计在禽四面体颜色空间33,37中生成坐标。确保与量子捕获不同, 这些相对量子捕获到1的总和。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
使用量子捕捉 (步骤 3.10) 估计 discriminability, 在 JND 中, 主机蛋壳颜色 (见步骤 2.6.1) 和每个外来卵子的感知颜色使用神经噪声有限视觉模型32 ,38, 39.
	<ol>
<li>使用相同的光谱仪和光源测量模型卵 (步骤 3.7), 如果可能的话, 测定主人自己的蛋壳着色。 注意: 实际或后勤方面的考虑可能使这不可能, 在这种情况下, 测量来自不同巢的寄主卵的子集, 以建立一个平均寄主蛋壳着色。</li>
		<li>使用韦伯分数为长波敏感锥 0.140。</li>
		<li>考虑到锥的相对丰度和双锥30的主要成员。 注: 如果使用的鸡蛋颜色仅在与天然蛋壳颜色相对应的梯度上, 则宿主和实验卵之间的 JND 可以乘以1或-1, 以区分两者之间的差异 (如蓝绿色或褐色), 请参阅步骤 1.1. 1–1.1. 2)。如果使用的鸡蛋颜色落在多个渐变或填充的颜色空间, 用感知均匀色度图41来总结鸡蛋之间可感知的颜色差异。这类图中的坐标描述了实验卵和宿主卵颜色之间知觉颜色差异的方向和大小, 这些都可以用于进一步的分析。</li>
	</ol>
</li>
</ol>4. 实地工作
<ol><li>确定要研究的物种。 注意: 考虑的因素包括 (但不限于) 寄主和/或寄生虫种类的丰度, 以及寄主是否掌握42或穿刺43 rejecter, 这将影响使用的鸡蛋类型 (例如, 不使用硬人工模型蛋为穿刺喷射器44)。</li>
	<li>系统地搜索研究区的巢。检查以前的嵌套记录, 可以在某些物种45中提供合理的起始位置。 注: 可见标记或标记可增加捕食46的风险;因此, 考虑使用手持式 GPS 代替。</li>
	<li>
每天使用直接或录像方法监视那些巢, 记录每个宿主卵的存在直到实验开始 (步骤 4.4);例如, 离合器完成后的某一天。 注意: 这个日常监测将持续到实验结束 (步骤 4.6)。<ol>
<li>倾听成人发出的警报, 如果他们持续超过三十年代, 就离开这个地区。当任何潜在的巢捕食者存在时, 不要靠近巢, 特别是如果它是一个视觉上的捕食者 (例如, corvid)。</li>
		<li>方法和离开不同地点的巢,即, 走过去的巢, 所以哺乳动物捕食者不能直接跟随化学线索的巢穴。 注意: 这种方法在某些生境中可能是不可行的, 即致密的芦苇床。</li>
		<li>总是尽量减少对巢和巢周围区域的物理干扰。</li>
		<li>在筑巢期间, 不要靠近鸟巢, 因为如果在产卵46之前, 许多鸟儿被扰乱, 就会弃巢。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
轻轻地加入一个实验鸡蛋到一个宿主的巢, 滑动到巢的杯子一侧。不要丢弃实验模型, 因为它会破坏宿主的卵。 注意: 随机分配治疗。<ol>
<li>记录, 如果主机的父母留在附近, 从而有机会亲眼目睹的行为, 人工寄生47。记录和统计控制变量, 指示主机是否从巢47刷新。在父母不在的时候进行鸡蛋介绍。</li>
		<li>如果系统中的寄生虫移除宿主卵, 则收集宿主卵。 注意: 在不影响卵子的宿主对实验卵22的反应中, 这可能是不必要的。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
使用一套控制巢 (被参观的巢, 被检查和被处理的蛋, 但没有实验的蛋被增加或交换) 确定自然巢遗弃率。仅当从控制巢中移除宿主卵时, 才将其从实验巢中移走 (参见步骤 4.5.1)。 注意: 这是至关重要的, 因为遗弃可能不是针对某些外国鸡蛋的反应, 但可能是对其他鸡蛋类型的反应。<ol>
<li>根据已知的或预期的样本大小和估计效果, 选择先验的控制巢数。将每个n 个巢分配为一个控制巢, 直到统计确定巢逃兵是否是对实验性卵子的宿主反应 (步骤 5.1)。 注: 如果一个主卵被移除, 取出与实验治疗相同数量的宿主卵, 将一颗卵子放在手上5秒, 然后替换它, 并在巢中保持与治疗巢相同的时间长度。如果不移除宿主卵, 将一颗卵子放在手里5秒, 然后替换它, 留在巢中, 用于实验巢的时间 (例如, 十年代)。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
重新访问巢穴, 以确定每个宿主巢 (包括控件) 的响应。在实验操作的几个小时内检查巢。 注意: 在某些物种, 拒绝可能发生在同一天的实验性寄生;因此, 在实验操作48的几个小时内检查巢是很重要的。<ol>
<li>检查巢时使用伸缩镜, 避免与巢或离合器直接接触。</li>
		<li>避免在恶劣天气 (雨, 热, 或冷) 的观察, 因为这可能增加对雏鸟和鸡蛋46的危险。</li>
		<li>执行每日检查, 直到主机对所介绍的鸡蛋作出反应或一定的时间已经过去了。 注: 按惯例, 如果卵在巢中保留5–6天, 宿主被认为是受体22;然而, 一些宿主个体甚至在49以后做出反应, 遗漏了这种反应必然会偏向卵子的排斥率估计。理想的情况是, 研究人员应该在系统中确定95% 个家庭明智的延迟的置信区间, 并以此为标准。</li>
	</ol>
</li>
</ol>5. 统计分析
<ol><li>
在一个完美的随机研究中使用费舍尔的确切测试 (即, 实验和控制巢完全散置, 从而在铺设日期, 离合器或任何其他已知影响巢遗弃的参数没有不同) 比较的数量逃兵控制 (步骤 4.5) 和治疗巢。否则, 使用一个广义线性模型 (GLM) 与潜在相关的变量 (见下文), 作为一个一般更谨慎的方法。
	<ol>
<li>如果实验巢的遗弃率明显高于控制巢, 那么代码就会把鸡蛋和废弃的卵子 "拒绝"。 注意: 根据惯例, 当主人识别出寄生蛋并将其取出或丢弃 (与整个巢) 时, 宿主已经 ' 拒绝 ' 卵子。</li>
		<li>如果遗弃率在实验和控制巢之间没有区别, 排除逃兵从分析, 因为他们不是宿主反应对寄生和代码反应作为 ' 逐出 '。 注意: 按照惯例, "弹出" 指的是卵子实际上是从巢中移除的。</li>
		<li>记录主机拒绝卵子的日期和时间。根据您在步骤5.1 上的发现进行重新编码响应变量. 1–5.1. 2。</li>
	</ol>
</li>
	<li>报告费舍尔的确切测试, 它的关联赔率比, 及其适当的置信区间。</li>
	<li>
决定将添加到预测模型中的任何有意义的变量 (例如, 步骤 5.4–5.5)。
	<ol>
<li>指定每个协的编码 (如连续、分类或序号)。</li>
		<li>代码日期作为序号天和中心日期分开在几年之内去除任何可能的混淆由于变化归因于年或季节性7,47,50,51。</li>
		<li>将参与交互的任何变量居中, 以便在模型输出中更容易地解释其较低的顺序术语。 注: 缩放变量允许直接比较研究之间的效果, 有时可以提高模型收敛性。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
利用广义线性模型 (GLM) 或广义线性混合模型 (GLMM), 用二项误差分布和 logit 链接函数预测主机响应 (弹出或拒绝 vs 接受)。 注意: GLM 或 GLMM 之间的选择取决于数据, 如果包含随机效果 (例如, 巢 ID, 年)。随机因素至少应有5的水平, 否则方差可能估计差52。<ol>
<li>报告测定系数 (通常为 R2), 以表明方差的比例是由线性模型53,54解释的。</li>
	</ol>
</li>
	<li>预测用负二项误差分布的 GLM (或如果数据不 overdispersed 的泊松误差分布) 和日志链接, 鸟对实验性寄生的反应需要多长时间。 注意: 研究人员指的是一只鸟作为 "反应潜伏期" 所需的时间长短, 这是精确到数天的报告, 因此实验当天被拒绝的卵子的潜伏期为零。模型响应变量具有太多的零 (> 50%) 使用零充气或跨栏模型55。</li>
	<li>
使用诊断工具检查模型是否满意地预测数据, 并报告模型汇总统计以量化方差模型解释的比例56 , 57. 报告测定系数 (通常为 R2), 见步骤 5.4.2.
	<ol>
<li>使用图形验证来验证负二项模型, 方法是生成分量分量图并根据拟合值绘制皮尔逊残差。 注意: 运行良好的模型不会有异常或意外模式55。</li>
		<li>使用合适的测试 (如霍斯默 Lemeshow 测试) 验证二项模型, 以及在 R 包中可用的其他诊断程序, "binomTools"58包含一整套诊断工具。</li>
	</ol>
</li>
	<li>
考虑控制一致的变量, 以便于研究之间的一致性和可比性。 注: 常见变量包括离合器尺寸22, 铺设日期59, 巢龄在操纵49, 以及主机是否被刷新从巢或不47。许多人, 尤其是早期的研究没有使用任何变量。作者应该考虑另外分析蛋类型 (或不同的梯度) 的作用,不用变量使他们的结果定量地比这些研究缺乏变量。<ol>
<li>使用信息理论的方法, 并报告的结果, 平均许多潜在的模型解释主机行为60。 注: 或者, 使用步骤明智的回归分析作为模型选择算法61。研究人员应该使用一个预定义的标准 (例如, 调整 R2, 锦葵 ' Cp, Akaike 的信息标准, 施瓦茨的 BIC, 或 p 值), 并提供完整的模型 (共同变量) 和最终缩减模型。</li>
	</ol>
</li>
</ol>

海洋光学为这篇手稿提供了页面费用。

虽然卵子排斥实验是研究育雏寄生虫-宿主共同进化66的最常见方法, 但缺乏标准化材料、技术或协议的协同努力。这对于 meta 分析尤其成问题。据我们所知, 目前还没有对宿主卵子排斥的 meta 分析控制了研究67、68中的方法学差异, 包括被认为是模仿的或非模仿的。这是一个主要的问题, 因为模仿 (按人体标准) 鸡蛋可以被主机拒绝比看似?...

育雏寄生虫产卵在其他物种的巢, 然后可以提高他们的幼仔和支付与父母照顾1,2,3相关的费用。这种欺骗行为, 以骗取宿主的寄生虫和侦查, 以检测寄生虫的一部分, 对两个行为者提供强烈的选择性压力。在一些鸟类育雏寄生的情况下, 寄主对不同的寄生卵的识别选择了模拟宿主卵的寄生虫, 这就产生了寄主和寄生虫之间的进化军备竞赛4。研究巢寄生是重要的, 因为它是一个模型系统的研究共同进化动力学和决策在野外5。鸡蛋排斥实验是研究鸟类巢寄生的最常用方法之一, 是生态学家研究6种种间相互作用的重要工具。
在卵子排斥实验过程中, 研究人员通常引入天然或模型卵, 并评估宿主在标准化时期对这些实验卵的反应。这种实验可以涉及在巢7之间交换真正的鸡蛋 (在外观上变化), 或染色或油漆真正的鸡蛋表面 (可选添加模式), 并返回他们原来的巢8, 或生成模型鸡蛋,操纵的特性, 如颜色9, 斑点10, 大小11, 和/或形状12。宿主对不同外观的鸡蛋的反应, 可以提供有价值的洞察他们所使用的信息内容, 以达到一个鸡蛋排斥决定13和只是如何不同的鸡蛋需要得到一个反应14。最优接受阈值理论15指出, 主机应平衡错误接受寄生卵子的风险 (接受错误) 或错误地删除自己的卵子 (拒绝错误), 通过检查他们自己的鸡蛋之间的差异 (或这些卵的内部模板) 和寄生蛋。因此, 一个接受阈值存在的范围之外, 主机决定刺激是太不同的容忍。当寄生风险较低时, 接受误差的风险低于寄生风险高;因此, 决策是特定于上下文的, 当感知到的风险改变14、16、17时, 就会适当地转移。
最优接受阈值理论假定宿主和寄生表型的持续变化决定宿主的基础决策。因此, 测量寄主对不同寄生虫表型的反应是必要的, 以确定宿主种群 (其自身的表型变化) 对一系列寄生形式的耐受程度。然而, 几乎所有先前的研究都依赖于分类鸡蛋颜色和 maculation 处理 (例如, 模拟/不模仿)。只有当寄主蛋壳表型没有变化, 这不是一个生物学上的实际期望, 所有的反应是直接可比的 (无论模仿程度)。否则, 一个 "模拟" 蛋模型将会有所不同, 它是如何相似的宿主鸡蛋内和人口之间, 这可能会导致混淆, 当比较调查结果18。理论表明, 宿主的决定是根据寄生蛋和他们自己的14之间的区别, 不一定是特定的寄生蛋颜色。因此, 使用单卵模型不是一个理想的方法来测试假设的主机决定阈值或歧视能力, 除非只是明显的差异 (以下 JND) 之间的鸡蛋模型类型和个人宿主鸡蛋颜色是变量的兴趣。这也适用于实验研究, 交换或添加天然蛋, 以测试主机响应的自然范围的颜色19。然而, 虽然这些研究确实允许变异的寄主和寄生虫表型, 他们是有限的自然变异发现在性状6, 特别是当使用同种卵7。
相比之下, 那些制造各种颜色的人造蛋的研究人员不受自然变异的限制 (例如, 他们可以调查对 superstimuli20的反应), 让他们去探索寄主感知6的极限。最近的研究使用了新的技术来测量宿主的反应在一个表型范围内, 通过画实验蛋设计, 以匹配和超过自然范围的变化, 蛋壳9和专色21。研究宿主对带有颜色渐变的鸡蛋的反应可以揭示潜在的认知过程, 因为理论预测, 如接受阈值15或协同进化特别是模仿4, 是基于持续的差异性状。例如, 通过使用这种方法, Dainson等。21建立了当蛋壳地面着色和斑点着色之间的色对比更高时, 美国罗宾鸫 migratorius倾向于强烈拒绝蛋。这个发现提供了宝贵的洞察力如何这个宿主处理信息, 在这种情况下通过发现, 以决定是否删除寄生蛋。通过自定义颜料混合物, 研究人员可以精确地操纵实验鸡蛋颜色和宿主卵颜色之间的相似性, 同时标准化其他混杂因素, 如斑点模式10, 蛋大小22和鸡蛋形状23。
为了鼓励进一步的复制和 metareplication24的经典和最近的卵子排斥工作, 重要的是, 科学家使用的方法, 标准化跨系统系统 (不同的寄主物种)7,22,空间 (不同的寄主人口)7,22,25,26和时间 (不同的繁殖季节)7,22,25,26 ,27, 很少做。未标准化28的方法后来被证明导致 artefactual 结果29,30。本文是一组指导研究人员试图复制这种类型的卵子排斥实验, 检查对持续变化的反应, 并强调了一些重要的方法论概念: 控制巢的重要性,先验假说, metareplication, pseudoreplication, 色谱分析。尽管在禽类寄主-寄生虫共同进化领域控制的卵子排斥实验还没有全面的协议存在。因此, 这些准则将是提高实验室间和内部重复性的宝贵资源, 因为任何假说的真正检验都在 metareplication,即在系统系统、空间和时间24中重复整个研究, 这只有在使用一致方法29、30、31时才能有意义地完成。

<table><tbody><tr><td>Replicator Mini +</td><td>Makerbot</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Cobalt Turquoise Light</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28382</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Titanium White</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28489</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Cobalt Green</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28381</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Cobalt Turquoise</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28449</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Burnt Umber</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28433</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Red Iron Oxide</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28486</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Cadmium Orange</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28437</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Raw Umber Light</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28391</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Yellow Ochre</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28491</td><td></td></tr><tr><td>Professional Acrylic Paint Mars Black</td><td>Winsor &amp;amp; Newton</td><td>28460</td><td></td></tr><tr><td>Paint Brush</td><td>Utrecht</td><td>206-FB</td><td>Filbert brush</td></tr><tr><td>Paint Brush</td><td>Utrecht</td><td>206-F</td><td>Flat brush</td></tr><tr><td>Hair Dryer</td><td>Oster</td><td>202</td><td></td></tr><tr><td>Fiber optic cables</td><td>Ocean Optics Inc.</td><td>OCF-103813</td><td>1 m custom bifurcating fiber optic assembly with blue zip tube (PVDF), 3.8mm nominal OD jeacketing and 2 legs</td></tr><tr><td>Spectrometer</td><td>Ocean Optics Inc.</td><td>Jaz</td><td>Spectrometer unit with a 50 um slit width, installed with a 200-850 nm detector (DET2B-200-850), and grating option # 2.</td></tr><tr><td>Battery and SD card module for spectrometer</td><td>Ocean Optics Inc.</td><td>Jaz-B</td><td></td></tr><tr><td>Light source</td><td>Ocean Optics Inc.</td><td>Jaz-PX</td><td>A pulsed xenon light source</td></tr><tr><td>White standard</td><td>Ocean Optics Inc.</td><td>WS-1-SL</td><td>made from Spectralon</td></tr><tr><td>OHAUS Adventurer Pro Scale</td><td>OHAUS</td><td>AV114C</td><td>A precision microbalance</td></tr><tr><td>Gemini-20 portable scale</td><td>AWS</td><td>Gemini-20</td><td>A standard scale</td></tr><tr><td>Empty Aluminum Paint Tubes (22 ml)</td><td>Creative Mark</td><td>NA</td><td></td></tr><tr><td>Telescopic mirror</td><td>SE</td><td>8014TM</td><td></td></tr><tr><td>GPS</td><td>Garmin</td><td>Oregon 600</td><td></td></tr><tr><td>220-grit sandpaper</td><td>3M</td><td>21220-SBP-15</td><td>very fine sandpaper</td></tr><tr><td>400-grit sandpaper</td><td>3M</td><td>20400-SBP-5</td><td>very fine sandpaper</td></tr><tr><td>color analysis software: &amp;lsquo;pavo&amp;rsquo;, an R package</td><td>for use in, &lt;em&gt;R: A language and environment for statistical computing&lt;/em&gt;</td><td>v 1.3.1</td><td>https://cran.r-project.org/web/packages/pavo/index.html</td></tr><tr><td>UV clear transparent</td><td>Flock off!</td><td>UV-001</td><td>A transparent ultraviolet paint</td></tr><tr><td>Plastic sandwich bags</td><td>Ziploc</td><td></td><td>Regular plastic sandwich bags from Ziploc that can be purchased at the supermarket.</td></tr><tr><td>Kimwipes</td><td>Kimberly-Clark Professional</td><td>34120</td><td>11 x 21 cm kimwipes</td></tr><tr><td>Toothbrush</td><td>Colgate</td><td></td><td>Toothbrush</td></tr></tbody></table>

probing the limits of egg recognition using egg rejection experiments along phenotypic gradients

育雏的寄生虫产卵在其他女性的巢, 让主人的父母孵化和后方他们的幼仔。研究育雏寄生虫如何操纵宿主, 以提高他们的幼仔和寄主如何检测寄生提供了重要的见解, 在共同进化生物学领域。育雏寄生虫, 如杜鹃和牛鹂, 获得了进化的优势, 因为他们不必支付养育自己的幼仔的成本。然而, 这些成本选择宿主防御的所有发展阶段的寄生虫, 包括鸡蛋, 他们的幼鸟, 和成人。抗鸡蛋实验是研究宿主防御的最常用方法。在这些实验中, 研究者将实验鸡蛋放在宿主巢中, 并监视宿主的反应方式。颜色经常纵 , 并且期望是卵子歧视的可能性和寄主和实验性蛋的不同程度是正相关的。本文从描述创建一致卵色的方法出发, 对实验结果进行分析, 以此为指导进行鸡蛋排斥实验。特别注意一种新的方法, 涉及独特的彩色鸡蛋沿颜色梯度, 有潜力探讨颜色偏差的主机识别。没有标准化, 就不可能以有意义的方式比较研究结果;在这个领域内的标准协议将允许越来越准确和可比的结果, 进一步的实验。

生成五颜六色的鸡蛋模型
自定义涂料混合物和天然卵的反射光谱如图 1A所示。在巢寄生研究中使用的颜料混合物应与光谱形状 (颜色) 和震级 (亮度) 的自然反射率测量紧密对应。如果达到这个目标, 实验鸡蛋的颜色应该被寄主视为天然的蛋色。为了评估主机识别, 应将这些反射率?...

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Probing the Limits of Egg Recognition Using Egg Rejection Experiments Along Phenotypic Gradients

基于表型梯度的鸡蛋排斥试验对鸡蛋识别极限的探讨

本议定书提供了运行卵子排斥实验的指导方针: 概述了绘制实验鸡蛋模型的方法, 以模拟天然鸟卵的颜色, 进行实地调查, 分析收集到的数据。该协议为进行类似的鸡蛋排斥实验提供了统一的方法。

Brood parasites lay their eggs in other females' nests, leaving the host parents to hatch and rear their young. Studying how brood parasites manipulate ...

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8.2K 次观看.  Long Island University-Post. 本议定书提供了运行卵子排斥实验的指导方针: 概述了绘制实验鸡蛋模型的方法, 以模拟天然鸟卵的颜色, 进行实地调查, 分析收集到的数据。该协议为进行类似的鸡蛋排斥实验提供了统一的方法。

视频: Probing the Limits of Egg Recognition Using Egg Rejection Experiments Along Phenotypic Gradients

Upright Imaging of Drosophila Egg Chambers

Drosophila melanogaster oogenesis provides an ideal context for studying varied developmental processes since the ovary is relatively simple in architecture, is well-characterized, and is amenable to genetic analysis. Each egg chamber consists of germ-line cells surrounded by a single epithelial layer of somatic follicle cells. Subsets of follicle cells undergo differentiation during specific stages to become several different cell types. Standard techniques primarily allow for a lateral view of egg chambers, and therefore a limited view of follicle cell organization and identity. The upright imaging protocol describes a mounting technique that enables a novel, vertical view of egg chambers with a standard confocal microscope. Samples are first mounted between two layers of glycerin jelly in a lateral (horizontal) position on a glass microscope slide. The jelly with encased egg chambers is then cut into blocks, transferred to a coverslip, and flipped to position egg chambers upright. Mounted egg chambers can be imaged on either an upright or an inverted confocal microscope. This technique enables the study of follicle cell specification, organization, molecular markers, and egg development with new detail and from a new perspective.

Upright Imaging of Drosophila Egg Chambers

The upright imaging method described in this protocol allows for the detailed visualization of the poles of a developing Drosophila melanogaster egg. This end-on view provides a new perspective into the arrangements and morphologies of multiple cell types in the follicular epithelium.

直立成像<em&gt;果蝇</em&gt;蛋钱伯斯

Drosophila melanogaster oogenesis provides an ideal context for studying varied developmental processes since the ovary is relatively simple in ...

科研

发育生物学

Functional Cloning Using a Xenopus Oocyte Expression System

Identification of genes responsible for embryonic induction poses a number of challenges; to name a few, secreted molecules of interest may be low in abundance, may not be secreted but tethered to the signaling cell(s), or may require the presence of binding partners or upstream regulatory molecules. Thus in a search for gene products capable of eliciting an early lens-inductive response in competent ectoderm, we utilized an expression cloning system that would allow identification of paracrine or juxtacrine factors as well as transcriptional or other regulatory proteins. Pools of mRNA were injected into Xenopus oocytes, and responding tissue placed directly on the oocytes and co-cultured. Following functional cloning of ldb1 from a neural plate stage cDNA library based on its ability to elicit the expression of the early lens placode marker foxe3 in lens-competent animal cap ectoderm, we characterized the mRNA expression pattern, and assayed developmental progression following overexpression or knockdown of ldb1. This system is suitable in a very wide variety of contexts where identification of an inducer or its upstream regulatory molecules is sought using a functional response in competent tissue.

Functional Cloning Using a Xenopus Oocyte Expression System

We describe a Xenopus oocyte and animal cap system for the expression cloning of genes capable of inducing a response in competent ectoderm, and discuss techniques for the subsequent analysis of such genes. This system is useful in the functional identification of a wide range of gene products.

功能性克隆使用<em&gt;爪</em&gt;卵母细胞表达系统

Identification of genes responsible for embryonic induction poses a number of challenges; to name a few, secreted molecules of interest may be low in ...

Windowing Chicken Eggs for Developmental Studies

The study of development has been greatly aided by the use of the chick embryo as an experimental model.  The ease of accessibility of the embryo has allowed for experiments to map cell fates using several approaches, including chick quail chimeras and focal dye labeling.  In addition, it allows for molecular perturbations of several types, including placement of protein-coated beads and introduction of plasmid DNA using in ovo electroporation.  These experiments have yielded important data on the development of the central and peripheral nervous systems.  For many of these studies, it is necessary to open the eggshell and reclose it without perturbing the embryo's growth.  The embryo can be examined at successive developmental stages by re-opening the eggshell.  While there are several excellent methods for opening chicken eggs, in this article we demonstrate one method that has been optimized for long survival times.  In this method, the egg rests on its side and a small window is cut in the shell.  After the experimental procedure, the shell is used to cover the egg for the duration of its development.  Clear plastic tape overlying the eggshell protects the embryo and helps retain hydration during the remainder of the incubation period.  This method has been used beginning at two days of incubation and has allowed survival through mature embryonic ages.

The ease of accessibility of the embryo has allowed for experiments to map cell fates using several approaches, including chick quail chimeras and focal dye labeling. In this article we demonstrate one egg preparation method that has been optimized for long survival times.

发育研究的窗口鸡蛋

The study of development has been greatly aided by the use of the chick embryo as an experimental model.  The ease of accessibility of the embryo has ...

生物学

Identification of Critical Conditions for Immunostaining in the Pea Aphid Embryos: Increasing Tissue Permeability and Decreasing Background Staining

The pea aphid Acyrthosiphon pisum, with a sequenced genome and abundant phenotypic plasticity, has become an emerging model for genomic and developmental studies. Like other aphids, A. pisum propagate rapidly via parthenogenetic viviparous reproduction, where the embryos develop within egg chambers in an assembly-line fashion in the ovariole. Previously we have established a robust platform of whole-mount in situ hybridization allowing detection of mRNA expression in the aphid embryos. For analyzing the expression of protein, though, established protocols for immunostaining the ovarioles of asexual viviparous aphids did not produce satisfactory results. Here we report conditions optimized for increasing tissue permeability and decreasing background staining, both of which were problems when applying established approaches. Optimizations include: (1) incubation of proteinase K (1 &#181;g/ml, 10 min), which was found essential for antibody penetration in mid- and late-stage aphid embryos; (2) replacement of normal goat serum/bovine serum albumin with a blocking reagent supplied by a Digoxigenin (DIG)-based buffer set and (3) application of methanol rather hydrogen peroxide (H2O2) for bleaching endogenous peroxidase; which significantly reduced the background staining in the aphid tissues. These critical conditions optimized for immunostaining will allow effective detection of gene products in the embryos of A. pisum and other aphids.

A protocol of whole-mount immunostaining on aphid embryos is presented, in which critical conditions for decreasing background staining and increasing tissue permeability are addressed. These conditions are specifically developed for effective detection of protein expression in the embryonic tissues of aphids.

临界条件在免疫染色豌豆蚜虫胚胎鉴定:增加组织通透性和降低背景染色

The pea aphid Acyrthosiphon pisum, with a sequenced genome and abundant phenotypic plasticity, has become an emerging model for genomic and developmental ...

Injecting Gryllus bimaculatus Eggs

Altering gene function in a developing organism is central to different kinds of experiments. While tremendously powerful genetic tools have been developed in traditional model systems, it is difficult to manipulate genes or messenger RNA (mRNA) in most other organisms. At the same time, evolutionary and comparative approaches rely on an exploration of gene function in many different species, necessitating the development and adaptation of techniques for manipulating expression outside currently genetically tractable species. This protocol describes a method for injecting reagents into cricket eggs to assay the effects of a given manipulation on embryonic or larval development. Instructions for how to collect and inject eggs with beveled needles are described. This relatively straightforward technique is flexible and potentially adaptable to other insects. One can gather and inject dozens of eggs in a single experiment, and survival rates for buffer-only injections improve with practice and can be as high as 80%. This technique will support several types of experimental approaches including injection of pharmacological agents, in vitro capped mRNA to express genes of interest, double-stranded RNA (dsRNA) to achieve RNA interference, use of clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) in concert with CRISPR-associated protein 9 (Cas9) reagents for genomic modification, and transposable elements to generate transient or stable transgenic lines.

Injecting Gryllus bimaculatus Eggs

Here we present a protocol to inject cricket eggs, a technique which serves as a foundational method in many experiments in the cricket, including, but not limited to, RNA interference and genomic manipulation.

注射格里鲁斯双形蛋

Altering gene function in a developing organism is central to different kinds of experiments. While tremendously powerful genetic tools have been ...

High Throughput Assay to Examine Egg-Laying Preferences of Individual Drosophila melanogaster

Recently, egg-laying preference of Drosophila has emerged as a genetically tractable model to study the neural basis of simple decision-making processes. When selecting sites to deposit their eggs, female flies are capable of ranking the relative attractiveness of their options and choosing the &#34;greater of two goods.&#34; However, most egg-laying preference assays are not practical if one wants to take a systematic genetic screening approach to search for the circuit basis underlying this simple decision-making process, as they are population-based and laborious to set up. To increase the throughput of studying of egg-laying preferences of single females, we developed custom chambers that each can simultaneously assay egg-laying preferences of up to thirty individual flies as well as a protocol that ensures each female has a high egg-laying rate (so that their preference is readily discernable and more convincing). Our approach is simple to execute and produces very consistent results. Additionally, these chambers can be equipped with different attachments to allow video recording the egg-laying animals and to deliver light for optogenetics studies. This article provides the blueprints for fabricating these chambers and the procedure for preparing the flies to be assayed in these chambers.

High Throughput Assay to Examine Egg-Laying Preferences of Individual Drosophila melanogaster

This protocol describes a high throughput assay for testing egg-laying preferences of Drosophila melanogaster at single-animal resolution. This assay provides a simple, efficient, and scalable platform to identify genes and circuit components that control a simple decision-making process.

高通量检测，以检查个体产蛋首<em&gt;果蝇</em

Recently, egg-laying preference of Drosophila has emerged as a genetically tractable model to study the neural basis of simple decision-making processes. ...

神经科学

A Temperature Gradient Assay to Determine Thermal Preferences of Drosophila Larvae

Many animals, including the fruit fly, Drosophila melanogaster, are capable of discriminating minute differences in&#160;environmental temperature, which enables them to seek out their preferred thermal landscape. To define the temperature preferences of larvae over a defined linear range, we developed an assay using a temperature gradient. To establish a single-directional gradient, two aluminum blocks are connected to independent water baths, each of which controls the temperature of individual blocks. The two blocks set the lower and upper limits of the gradient. The temperature gradient is established by placing an agarose-coated aluminum plate over the two water-controlled blocks so that the plate spans the distance between them. The ends of the aluminum plate that is set on the top of the water blocks defines the minimum and maximum temperatures, and the regions in-between the two blocks form a linear temperature gradient. The gradient assay can be applied to&#160;larvae of different ages and can be used to identify mutants that exhibit phenotypes, such as those with mutations affecting genes encoding TRP channels and opsins, which are required for temperature discrimination.

A Temperature Gradient Assay to Determine Thermal Preferences of Drosophila Larvae

Here, we present a protocol to determine the preferred environmental temperature of Drosophila larvae using a continuous thermal gradient.

温度梯度法测定果蝇幼虫的热偏好

Many animals, including the fruit fly, Drosophila melanogaster, are capable of discriminating minute differences in&#160;environmental temperature, which ...

Drosophila Egg Collection and Dechorionation: A Method to Remove the Outermost Egg Layer

Source: Koyle, M. L., et al. <a href="https://www.jove.com/video/54219/" target="_blank">Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions</a>. J. Vis. Exp. (2016).
The Drosophila embryo is surrounded by protective outer membranes. To gain access to the embryo, the chorion&#8211;the outermost of the membranes&#8211;is often removed. This video describes a commonly used method of dechorionation using sodium hypochlorite. The example protocol demonstrates the procedure while employing sterile techniques necessary for axenic or gnotobiotic animal rearing.

果蝇鸡蛋收集和去绒毛膜:一种去除最外层鸡蛋层的方法

Source: Koyle, M. L., et al. Rearing the Fruit Fly Drosophila melanogaster Under Axenic and Gnotobiotic Conditions. J. Vis. Exp. (2016).
The Drosophila ...

JoVE Encyclopedia of Experiments

黑腹果蝇（果蝇）

胚胎

Mating and Egg Staging: A Method to Generate Embryos and Sort Them by Developmental Stage

Source: Hostelley T.L., et al. <a href="https://www.jove.com/v/56187/" target="_blank">Sample Preparation and Analysis of RNASeq-based Gene Expression Data from Zebrafish</a>. J. Vis. Exp. (2017)
The article describes a protocol to generate zebrafish embryos through natural mating and sorting their developmental stages. The protocol is used further for analysis of pancreatic &#946;-cells by using transgenic fishes.

交配和卵子分期:一种生成胚胎并按发育阶段对胚胎进行分类的方法

Source: Hostelley T.L., et al. Sample Preparation and Analysis of RNASeq-based Gene Expression Data from Zebrafish. J. Vis. Exp. (2017)
The article ...

蓝斑马（斑马鱼）

Egg Laying Assay: A Method to Quantify the Egg-Laying Behavior of C. elegans

Source: Lee, S. Y. and Kang, K. <a href="https://www.jove.com/video/60419/measuring-effects-bacteria-chemicals-on-intestinal-permeability">Measuring the Effect of Chemicals on the Growth and Reproduction of&#160;Caenorhabditis elegans</a>.&#160;J. Vis. Exp. (2017).
C. elegans egg-laying behavior can provide important information in developmental, reproductive, and anatomical studies.&#160; This video introduces the important steps of an egg laying assay and shows a sample experiment in which a drug is tested for reproductive toxicity.

产卵测定:一种量化秀丽隐杆线虫产卵行为的方法

Source: Lee, S. Y. and Kang, K. Measuring the Effect of Chemicals on the Growth and Reproduction of&#160;Caenorhabditis elegans.&#160;J. Vis. Exp. 
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基于表型梯度的鸡蛋排斥试验对鸡蛋识别极限的探讨

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