该协议涉及如何调整经验潜力方法，以解决原型染料敏感太阳能电池系统的结构和振动特性的合理预测。这一点很重要，因为计算成本方法的降低惊人，有可能采用各种采样方法。要执行分子动态仿真，请打开DL_POLY模拟软件文件，并使用 Lopez 等人经过验证的力场。
通过经验电位放松室温离子液体配置。然后使用松井-阿卡奥吉力场，包括泰坦尼亚在放松过程中的移动性，以模型阿纳塔塞。若要执行结合梯度最小化相对终止梯度为 0.0001 的几何优化，请在字段文件中指定 15 皮秒的优化，在 NVT 组合中，时间停止时间为 300 Kelvin。
要运行DL_POLY终端上，请输入DL_POLY。X.In，为 NVT 指定 Nose-Hoover，并选择每飞秒打印一次位置速度轨迹。对于 Anatase 表面，请确保它沿 x 和 y 实验室轴周期性地投射到室温离子液体上，形成一对平行表面，其 x 轴为 21 个焦虑，y 轴为 21 个焦虑。
确保具有明确溶剂的染料敏感太阳能电池系统由827个原子组成。对于在气穴的情况下，系统中应该有347个原子。在伦纳德-琼斯参数的字段文件中，应用 Lorentz-Berthelot 组合规则，输入伦纳德-琼斯半径的算术均值和伦纳德-琼斯井深的几何均值，用于非粘结交互选项卡下字段文件底部的经验力字段。
要处理远程静电，请使用非粘结截止长度为 10 个焦虑的 Ewald 方法应用 Ewald 方法，并在控制文件中将 Ewald 方法的实际空间衰减参数设置为每非粘结截止长度约 3.14。然后选择 Ewald 波向量的数量，以确保 Ewald 评估中对控制文件中负五乘值的 1 倍 10 的相对容差。使用 REVCON 文件重命名为配置执行一系列潜在能量评估，直到输出中的系统压力收敛到几分之内，以选择非粘结截止长度。
从历史文件中，单独使用 Python 硅藻速度。py 在终端中提取每个步骤的单个 x、y 和 z 速度。要计算速度自动关联函数，请使用 vacf151005。
py 并classical_dye_autocore。嘘到终端。将计算所有硅藻的速度自动相关函数。
要从分子动力学中计算光谱，请使用染料原子速度自动相关函数的质量加权的 Fourier 变换，请使用 Python MWPS。py 并run_all_4。sh 在终端。
将计算质量加权功率光谱。要评估室温离子液体中部分变化集，以便英制潜在基分子动态模拟，以便随时相互比较，请准备一个文献费用表，然后在此表中输入 DL-POLY 的字段文件格式。要计算 Mulliken 室温离子液体电荷，平均超过 ab-initio 分子动力学轨迹的四个点，重新规范化并准备文献电荷表，并输入表到 DL-POLY 的字段文件格式。
要执行 EHT 分析，平均超过分子操作环境软件包中实现的 ab-initio 分子动力学轨迹的四个点。重新规范化并准备文献费用表，然后将字段输入 DL-POLY 的字段文件格式。在这里，显示了分子动力学15皮秒后四个不同部分电荷集的代表性结合图案。
对于所展示的文献推导电荷，可以观察到与表面质子的突出的氢键相互作用。然而，三个ab-initio分子动力学派生电荷集不具有如此强烈的库洛比性相互作用与表面质子。事实上，与从 ab-iitio 分子动力学中通过各种方式采样的部分电荷相比，文献中部分电荷的幅度较小，因此，相对于较大幅度的部分室温离子液体电荷，电荷屏蔽程度较小。
有趣的是，Mulliken衍生电荷集显示了染料的某种持续扭结，在甲酸酶表面具有突出的氢键，与桥接氧原子结合。更好的质量电荷适合从 ab-initio 分子动力学导致更现实的 N719 结合图案，符合基于 PEV 的出生-奥本海默分子动力学具有格里姆-D3 分散。质量加权 ab-initio 分子动力学速度自动相关函数光谱结果显示了 300 至 400 厘米区域的光谱峰聚类。
经典光谱中存在的主要山峰为文献派生电荷为600厘米和800厘米，Mulliken电荷为525厘米和800厘米，EHT电荷为675厘米、810厘米和900厘米，赫希费尔德电荷为650厘米、800厘米和900厘米。请务必检查 Titania 几何体的所有方向的初始结构。为了优化，可以使用力场来评估振动光谱的实证电位，如分子动力学预测的那样。
a-initio分子动力学是一种有效和有前途的策略。分子动力学的使用在模拟中可能也很重要，使染料敏感太阳能电池原型
