Das Ausmaß der Chromatinverdichtung kann durch Färben von Chromatin mit spezifischen DNA-Bindungsfarbstoffen untersucht werden. Unter dem Mikroskop werden die dicht-verdichteten Regionen, die mehr Farbstoff aufnehmen, als Heterochromatin bezeichnet. Heterochromatin wird weiter in zwei Formen eingeteilt – konstitutives Heterochromatin und fakultatives Heterochromatin.
Konstitutives Heterochromatin: Es handelt sich um eine sehr kompakte Region des Chromatins, die hauptsächlich im Zentromer und Telomer konzentriert ist. Im Gegensatz zu Euchromatin ist die Aminosäure an der 9. Position im Histon-H3-Schwanz di- oder trimethyliert. Dadurch wird ein spezialisiertes Nicht-Histon-Protein namens Heterochromatin-Protein 1 (HP1) an die methylierte Stelle gelockt. Es stellt die unterdrückte Region des Chromatins dar. Die humanen Chromosomen 1,9,16 und Y-Chromosom bei männlichen Menschen enthalten einen großen Anteil an konstitutivem Heterochromatin.
Fakultatives Heterochromatin: Diese Region ist dichter als Euchromatin, aber im Gegensatz zu konstitutivem Heterochromatin ist das Lysin an der 27. Position des Histon-H3-Schwanzes di- oder trimethyliert (H3K27me3). Diese Regionen sind durch die Bindung von Polycomb-repressiven Komplexen gekennzeichnet: PRC1 und PRC2. Es wird angenommen, dass die PRC2-Domäne zuerst bindet und die Heterochromatinbildung einleitet. Die PRC2-Komplexe enthalten Histon-Deacetylasen-Enzyme, die die Transkription hemmen und eine Chromatinrepression verursachen. Darüber hinaus enthält der PRC2-Komplex auch die katalytische Domäne mehrerer Histonmethyltransferasen, die Ditrimethyllysine erzeugen. PRC 1 bindet dann an die methylierten Nukleosomen und kondensiert das Chromatin zu einer kompakten Struktur, wodurch die Transkription gehemmt wird.
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