Unter Verwendung der synthetischen Biologie lebenden Zellen zu entwickeln, die Schnittstelle mit programmierbarer Materialien

Zusammenfassung

Dieser Beitrag stellt eine Reihe von Protokollen für die gentechnisch veränderten Zellen entwickeln und funktionalisierte Oberflächen , die synthetisch konstruierte E. coli steuern können , und programmierbare Materialoberflächen zu manipulieren.

Zusammenfassung

Wir haben einen abiotischen-biotischen Schnittstelle entwickelt, die gentechnisch veränderten Zellen erlaubt es, die Materialeigenschaften eines funktionalisierten Oberfläche zu steuern. Eine synthetisch konstruierte Stamm von E. coli Zellen und eine funktionalisierte Materialoberfläche: Dieses System wird durch die Schaffung von zwei Modulen. Innerhalb dieses Papier wir detailliert ein Protokoll für die gentechnische Veränderung von ausgewählten Verhalten in einem Stamm von E. coli unter Verwendung von molekularem Klonierungsstrategien. Einmal entwickelt, produziert dieser Stamm erhöhte Mengen an Biotin, wenn sie einer chemischen Induktors ausgesetzt. Zusätzlich wir detaillierter Protokolle zur Schaffung von zwei unterschiedlichen funktionalisierten Oberflächen, von denen jede Lage zu Zelle synthetisierte Biotin zu reagieren. Zusammengenommen stellen wir eine Methodik ein verknüpftes, abiotische-biotische System für die Erstellung, die Zellen zu steuern, Materialzusammensetzung und die Montage auf nicht lebenden Substraten entwickelt, ermöglicht.

Einleitung

Hier berichten wir über die Verfahren für eine programmierbare Substrat zu entwickeln, das von einer konstruierten Zelllinie ein chemisches Signal reagiert. ¹ Wir tun dies durch eine Biotin-Streptavidin - Schnittstelle zu schaffen, die von synthetisch engineered Escherichia coli (E. coli) Zellen erzeugt an Biotin reagiert. Zuvor programmierbare Oberflächen wurden für eine Vielzahl von Anwendungen von Toxinnachweis ² und Point-of-Care - Diagnostik ³ Verteidigung und Sicherheit entwickelt. ⁴ Während programmierbare Oberflächen können nützlich als Sensoren und Aktoren sein, können sie gemacht "intelligenter" werden , indem sie mit der Fähigkeit zur Anpassung an verschiedene Umweltprobleme ausstatten. Im Gegensatz dazu sogar einfache Mikroorganismen, wie E. coli, weisen inhärente Anpassungsfähigkeit und sind in der Lage Challenges mit ausgeklügelter und oft unerwartete Lösungen reagieren. Diese Anpassungsfähigkeit ermöglicht hat E.coli - Populationen durch ihre komplexe Gen - Netzwerke gesteuert, kosteneffektiv Ressourcen suchen, ⁵ Mehrwert-Produkte erstellen, ⁶ und sogar Strommikromaßstab Robotik. ⁷ Durch die Kopplung der adaptive Vorteile von Zellen mit der Verwendung von programmierbaren Oberflächen leben, können wir ein Smart Substrat fähig der Reaktion auf unterschiedliche Umweltbedingungen zu schaffen.

Synthetische Biologie hat sich die Forscher neue Fähigkeiten gegeben, das Verhalten von Lebewesen zu programmieren. Durch Zellen Engineering neue Gen regulatorische Netzwerke enthalten, können die Forscher Zellen entwickeln, die eine Reihe von programmierten Verhalten zeigen. ^{8, 9} Jenseits der Grundlagenforschung, diese Verhaltensweisen für Anwendungen wie Material Montage Steuern und biologisch produzierenden Mehrwert-Produkte werden können. ¹⁰ Hierin wir ausführlich , wie wir die Werkzeuge der synthetischen Biologie verwendet , um eningenieur ein E. coli - Stamm, der Biotin bei Induktion synthetisiert. Dieser Stamm wurde unter Verwendung von Restriktionsenzym-Klonierungsverfahren entwickelt ein Plasmid, pKE1-lacI-bioB zu montieren. Dieses Plasmid, wenn es in E. coli - Stamm K-12 MG1655 transformiert, ausstattet Zellen mit der Fähigkeit , erhöhte Mengen an bioB, ein essentielles Enzym für die Biotin - Synthese zu exprimieren. Wenn transformierte Zellen mit Isopropyl-β-D-1-thiogalactopyranosid (IPTG) und mit einem Biotin-Vorläufer Desthiobiotin (DTB) induziert wurden, wurden erhöhte Spiegel an Biotin hergestellt.

Biotin der Bindungs-Wechselwirkung mit Streptavidin ist einer der stärksten nicht-kovalenten Bindungen in der Natur gefunden. Als solches ist das Biotin-Streptavidin-Wechselwirkung sowohl gut charakterisiertes und hoch in der Biotechnologie eingesetzt. ¹¹ In diesem Manuskript, stellen wir zwei Strategien , um die Biotin-Streptavidin - Wechselwirkung unter Verwendung von zell hergestellt Biotin mit einer funktionalisierten Oberfläche zu erfassen und zu erkennen. Wirbeziehen sich auf diese kontrastierenden Oberflächen als "indirekte" und "direkt" Steuerungsschemata. Bei der indirekten Steuerschema, Zelle produzierte Biotin konkurriert mit Biotin, die für Streptavidin-Bindungsstellen auf einer Polystyroloberfläche konjugiert und immobilisiert wurde. Zusätzlich wird das Streptavidin mit Meerrettich-Peroxidase (HRP) konjugiert. HRP modifiziert 3, 3 ', 5, 5'-Tetramethylbenzidin (TMB), ein optisches Signal ¹² zu erzeugen , die durch Quantifizierung der spektralen Extinktion (dh, optische Dichte) bei 450 nm (OD ₄₅₀₎ überwacht werden kann. Somit erlaubt die indirekte Steuerschema Forscher durch die Überwachung der Abschwächung des OD ₄₅₀ Signalzelle produzierten Biotin zu messen.

Die direkte Steuerungsschema nutzt die Streptavidin-Biotin-Ereignis durch Streptavidin direkt auf eine Materialoberfläche zu immobilisieren und ermöglicht Zelle produzierten Biotin und biotinylierte HRP für Streptavidin-Bindungsstellen zu konkurrieren. Wiederum ist dasrelativen Mengen an zell erzeugt Biotin sind durch Messen einer OD ₄₅₀ - Signal überwacht.

Zusammengenommen sind die gentechnisch veränderten Zellen und funktionalisierten Oberflächen erlauben, die Eigenschaften eines programmierbaren Oberfläche zu steuern, indem Netzwerke in lebenden Zellen zu induzieren. Mit anderen Worten, haben wir ein System geschaffen, das gemeinsam durch die Verknüpfung dieser Systeme Vorteil der Anpassungsfähigkeit von lebenden Organismen und die Zuverlässigkeit und die Spezifikation einer engineered Materialgrenzfläche stattfindet.

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Protokoll

1. Medien und Kultur Vorbereitung

1. Bereiten Sie LB-Medium (LB) Medien von 25 g LB Pulver stock Mischen mit 1 l entionisiertem (DI) Wasser und Autoklavieren der Lösung bei 121 ° C für 20 Minuten zu sterilisieren.
   1. LB-Platten, fügen Sie 15 g Agar (1,5%) auf die LB-Medien vor der Sterilisation Zur Vorbereitung
   2. Stocklösungen von 1,000x Carbenicillin (Cb) in DI-Wasser (50 mg / ml).
   3. Wenn die Vorbereitung LB-Medien, die ein Antibiotikum zur Selektion von resistenten Trans enthält, warten Sie, bis die sterilisierten LB-Medien, die Temperatur unter 60 ° C ist, und fügen Sie dann 1 ul Antibiotikum Lager für je 1 ml LB-Medien.
2. Für M9 - Minimalmedium (Tabelle 1), bereiten getrennte Stammlösungen der folgenden: 5X M9 - Salze (56,4 g / l), 1 M MgSO _4, 1 M CaCl _2, 20% Glucose und 2% Biotin freien Casaminosäuren.
   1. In einem Autoklaven sicher Flasche, kombinieren 20 ml 5x M9-Salze, 200 &# 181; l 1 M MgSO _4, 10 & mgr; l 1 M CaCl _2, 2 ml 20% Glucose, 1 ml 2% biotinfreie Casaminosäuren und 76,8 ml DI - Wasser.
   2. Autoklaviert die in Schritt 1.2.1 bei 121 ° C hergestellten Lösung für 20 min.
3. Inkubieren alle Kulturen bei 37 ° C unter Rühren bei 400 Upm. Inkubationszeiten variieren je nach Experiment und Dehnung, aber in der Regel 8 bis 12 h dauern.

2. Erzeugung von Biotin produzierende E. coli (Plasmid pKE1-lacI-bioB)

HINWEIS: Die genetische Schaltung enthält zwei Teile: ein lacI - Repressors, angetrieben durch einen P _{L, tetO-1} - Promotor in konstitutive Expression resultierende aufgrund der Abwesenheit eines tetR - Repressorprotein, sowie ein Biotin - Expressionssystem , enthaltend die P _trc-2 Promotor durch eine starke Ribosomenbindungsstelle gefolgt (rbs) die Expression von bioB. Alle Klonierung erfolgte in einem handelsüblichen, sich schnell teilende E. coli ausgeführt strain. Das endgültige Konstrukt wurde in E. coli MG1655WT zum Testen transformiert. Primer (Tabelle 2) wurden im Handel erworben.

1. Isolieren bioB - Gen aus E. coli - Genom durch Ganzzell - Polymerasekettenreaktion durchführt (PCR):
   1. Wachsen E. coli MG 1655WT Zellen über Nacht bei 37 ° C.
   2. In einem Röhrchen 0,2 ml PCR kombinieren 1 & mgr; l der Übernachtkultur in Schritt hergestellten 2.1.1 mit 9 ul sterilem deionisiertem Wasser.
   3. Inkubieren der Röhrchen bei 95 ° C für 5 min in einem Thermocycler und sofort das Rohr bis zu -80 ° C Gefrierschrank für 10 min übertragen, um die Zellen zu lysieren. Auf diese Weise können genomische DNA als PCR-Matrize zu dienen.
   4. Aufzutauen, die Lösung und füge (i) 2,5 & mgr; l von jedem der Primer nBioB2-f1 und nBioB2-R, (ii) 5 & mgr; l 5x DNA Polymerasepuffer, (iii) 0,25 & mgr; l DNA-Polymerase, (iv) 0,5 & mgr; l dNTP-Mix (v), und 6,75 & mgr; l DI-Wasser für eine Gesamtreaktionsvolumen von 25 & mgr; l(Tabelle 4).
   5. Schlagen Sie die Seite (dh Flick) das Rohr seinen Inhalt zu mischen. Als nächstes sofort drehe das Rohr schnell (~ 2 s) die Probe ist an der Unterseite des Rohres zu gewährleisten, nach unten.
   6. Das Röhrchen wird in einem PCR - Thermocycler und verwenden das Programm beschrieben in Tabelle 3 mit einem weiteren Schritt von 3 min bei 95 ° C zu Beginn des Protokolls.
   7. Bestätigen des erfolgreichen PCR unter Verwendung von Gel-Elektrophorese (1,0 bis 1,2% Agarose in DI-Wasser + Ethidiumbromid) in Tris-Base, Essigsäure und EDTA-Puffer (TAE). Das PCR-Produkt sollte 1.070 Basenpaare (bp) lang sein.
   8. Verwenden kommerzielle Kits den Anweisungen des Herstellers gemäß DNA-Fragmente aus Gel aus Schritt 2.1.7 extrahieren.
2. Isolieren Sie die P _trc-2 - Promotor und das lacI - Operon aus dem Plasmid pKDL071 ¹³ ( mit freundlicher Genehmigung des Labors von James Collins am MIT):
   1. Wachsen E. coli - Zellen , enthaltenddas pKDL071 Plasmid über Nacht in LB + Cb bei 37 ° C.
   2. Extrahieren der Plasmid-DNA aus den Zellen Kommerzielle Miniprep Kit nach den Anweisungen des Herstellers. Das Plasmid wird als PCR-Matrize dienen.
   3. Folgen Sie dem PCR-Protokoll aus den Schritten 2.1.4. 2.1.8. mit folgenden Änderungen:
   4. Ersetzen Sie lysierten Zellen mit dem Plasmid-Extrakt in Schritt 2.2.2.
   5. Verwenden Sie 2,5 ul von jedem der Primer 1-f und 1-r für lacI Kassette Extraktion. Alternativ können Sie 2,5 ul von jedem der Primer nBioB1-f und nBioB1-r für P _trc-2 - Extraktion.
   6. Führen Sie Gelelektrophorese (Schritt 2.1.7) die PCR - Produkte der lacI Kassette und P _trc-2 - Promotorstelle sind zu bestätigen. Sie sollen 1213 bp und 109 bp lang sind.
3. Verwenden Sie Spleißen durch überlappende Verlängerung (SOE) PCR die bioB Kassette zu bauen enthält P _trc-2, eine synthetische Ribosomen - Bindungsstelle (RBS) in Primer nBioB2-f2 und die bioB Gen. Die Thermocycler PCR - Programm ist in der Tabelle 3 gefunden.
4. Insert - Konstrukte (P _{L, tetO-1} + lacI und P _trc-2 + bioB) in das pKE1-MCS - Plasmidvektor ¹³ Rückgrat ( mit freundlicher Genehmigung des Labors von James Collins am MIT) durch den Vektor zu verdauen , und legen Sie mit Restriktionsenzymen:
   1. Extrahieren Sie Gene unter Verwendung von Restriktionsenzymen und Gelelektrophorese. Jede Reaktion enthält (i) 5 ul 10x Reaktionspuffer, (ii) 1 ul Restriktionsenzym-1, (iii) 1 ul Restriktionsenzym 2, (iv) mindestens 1 & mgr; g DNA, und (v) DI Wasser bringen um das Endvolumen auf 50 & mgr; l (Tabelle 5). Digest mit Enzymen AatII und EcoRI für die lacI Kassette und mit Enzymen HindIII und SacII für die bioB Kassette.
   2. Nachdem die Reaktionen zusammengebaut werden, vortexen sie schnell und kurz zentrifugieren (~ 2 s) vor der Inkubation für 1 h bei 37 ° C.
   3. WährendVerdau herzustellen Gelen für die Elektrophorese nach Standardprotokollen.
   4. Kombinieren Sie verdaute DNA mit Gelelektrophorese 6x Ladepuffer.
   5. Verwenden, um eine 2-log ladder Lage von gewünschten Konstrukts zu verifizieren, DNA-Fragment aus dem Gel ausgeschnitten, und kommerzielle Kits Gel Extraction Verwendung nach den Anweisungen des Herstellers DNA-Fragmente aus dem Gel zu extrahieren.
5. Quantifizierung von DNA-Spektroskopie und berechnen Volumina für 0: 1, 1: 1 und 3: 1-Molverhältnisse von Insert zu Vektor unter Verwendung der Gleichung 1:
   Gleichung 1
   In Gleichung 1, M das Verhältnis von Insert zu Vektor (0, 1, oder 3), X _i die Menge der Insert - DNA, Kp _i ist die Länge des Einsatzes in Basenpaaren ist bp _v die Länge des Vektors in Basenpaaren, und X _v ist die Menge an Vektor (50 ng).
6. Mischungs Ligierungsreaktion durch Vereinigen (i) 1 & mgr; l 10fach Ligasepuffer, (ii)1 ul T4 Ligase, (iii) 50 ng Vektor - DNA, (iv) eine Masse von Insert - DNA spezifisch für jede Reaktion und (v) DI Wasser auf 10 & mgr; l Gesamtreaktionsvolumen (Tabelle 6).
7. Inkubieren bei Raumtemperatur (RT) für 1 h.
8. Während der Ligatur Inkubation in Schritt 2.7, bereiten chemisch kompetente Zellen.
   1. Aliquot 1 ml über Nacht Kulturen in 1,5 ml Zentrifugenröhrchen.
   2. Zentrifuge bei 16.200 g für 1 min.
   3. Dekantiert den Überstand und das Pellet in 200 & mgr; l gekühltem (auf Eis) 100 mM CaCl _2. Das Pellet durch vorsichtiges Pipettieren. Nicht mit dem Vortex.
   4. Setzen Sie den Mikrozentrifugenröhrchen auf Eis für 10 min.
   5. Zentrifuge, entfernen Sie den Überstand, das Pellet in 100 ul gekühltes 100 mM CaCl _2, und legen Sie den Schlauch auf dem Eis wieder.
   6. Zentrifugieren Sie die Röhrchen ein letztes Mal und das Pellet in 50 ul gekühltes 100 mM CaCl _2.
   7. Ortdie Röhrchen auf Eis und nutzen Sie die chemisch kompetente Zellen sofort.
9. Werden 5 ul der ligierten DNA, hergestellt in den Schritten 2.6 und 2.7, in jedes Röhrchen von kompetenten Zellen, hergestellt in Schritt 2.8.
10. Man schüttelt das Rohr kurz durch die Seite fällt (dh Schnippen) die Rohre und legen Sie dann die Röhrchen auf Eis für 30 min.
11. Hitzeschock die Rohre für 45 s bei 42 ° C und geben die Rohre zu Eis für 2 min.
12. Pipette Zellen auf selektive LB-Agar + antibiotische Platten und verteilt die Zellen unter Verwendung von Glas Plattierung Perlen.
13. Inkubieren der Platten über Nacht bei 37 ° C.
14. Am nächsten Morgen holen Kolonien von Insert-positiven Platten (dh 1: 1 und 3: 1 - Platten). Pick 3 Kolonien, wenn die 0: 1 Negativkontrollplatte kein Wachstum zeigt, oder 5-8 Kolonien auszuwählen, wenn die 0: 1-Platte ein gewisses Wachstum hat. Verwenden Sie die aufgenommenen Kolonien zu impfen 5 ml LB + Antibiotikum und wachsen 8 h bei 37 ° C unter Rühren.
15. Extrahieren der Plasmid-DNA aus den Zellen unter Verwendung eines miniprep-Kit nach den Anweisungen des Herstellers. Führen Sie einen Testschnitt unter Verwendung von Restriktionsenzymen (nach dem gleichen Verfahren detailliert in Schritt 2.4.1.).
16. Identifizieren Zellen mit Konstrukten erfolgreich, indem die Länge der verdauten DNA-Fragmente mit den Ergebnissen zu vergleichen von einem korrekten Konstrukt erwartet. Kulturen Durchführung erfolgreicher Plasmidkonstrukte können durch Mischen von gleichen Teilen Kultur mit einer Lösung sterilfiltriert, 40% Glycerin (in VE-Wasser), und Einfrieren der Mischung bei -80 ° C aufbewahrt werden.
    HINWEIS: Transformationen von Plasmiden in anderen E. coli - Stämmen (dh MG1655WT) kann für die Herstellung von chemisch kompetente Zellen durch Befolgen des obigen Verfahrens durchgeführt werden.

3. Zellcharakterisierung: Wachstumskurve und Dosis-Wirkungs

1. Wachsen entwickelt Stämme über Nacht in LB-Medium mit einem geeigneten Antibiotikum.
2. Für Wachstumskurven, bereiten 50 ml minimal M9 - Medium mit und ohne IPTG (von 0,5 M stock) und / oder DTB (von 500 ug / ml Stamm) wie folgt:
   1. Bereiten 0 ng / mL DTB (0 ul Stamm) / 0 mM IPTG (0 ul Stamm).
   2. Bereiten Sie 200 ng / mL DTB (200 ul Stamm) / 0 mM IPTG (0 ul Stamm).
   3. Bereiten 0 ng / mL DTB (0 ul Stamm) / 0,5 mM IPTG (50 & mgr; l Lager).
   4. Bereiten Sie 200 ng / mL DTB (200 ul Stamm) / 0,5 mM IPTG (50 & mgr; l Lager).
   5. Beimpfen mit Übernachtkultur bei 1: 100 in den Medien oben angegeben.
   6. In einer 96-Well-Platte, aliquoten 200 ul der Kultur, in dreifacher Ausfertigung, in jede Vertiefung.
   7. Messung der OD ₆₀₀ alle 5 min über 24 h unter kontinuierlichem Schütteln und Inkubation bei 37 ° C in Plattenlesegerät.
3. Für Dosis - Wirkungs - Studien, ersetzen Sie das bioB Gen in pKE1-lacI-bioB mit mCherry (ein rot fluoreszierendes Protein) für die Echtzeit optische Quantifizierung.
4. Hinzufügen Mengen von IPTG Variation im Bereich von 0,1 mM bis 5 mM Expression zu induzierenin LB-Medien.
5. Impfen mit Nacht-Kultur in einer Verdünnung von 1: 100.
6. Messen Sie Fluoreszenz alle 30 Minuten für 15 h.

4. Induzierende Biotin Produktion von gentechnisch veränderten Zellen und Supernatant Vorbereitung

1. Wachsen pKE1-lacI-bioB in den E. coli MG1655 Stamm über Nacht in LB - Medien.
2. Ergänzung M9 Medium mit DTB Bereich von 30 bis 200 ng / mL.
3. Mit 0,5 mM IPTG Biotinsynthese zu induzieren.
4. Impfen ergänzt, Biotin freie minimal M9-Medium mit Nacht-Kultur bei 1: 100 Verdünnung.
5. Nach 24 h des Wachstums, der Überstand Zentrifugenzellen und sammeln das Biotin-angereichert ist.
6. Messen Sie Biotin angereicherte Überstand mit der indirekten Kontrolle und der direkten Kontrolle funktionalisierten Oberflächen. Verwenden Sie den Überstand anstelle des Biotins Probe in Schritten 5.23 und 6.12, respectively.

5. Indirekte Steuerschema Funktionalisierte Oberflächenvorbereitung

1. bereiten Sie the folgende Lösungen.
   1. Bereiten einer SMCC-Lösung bestehend aus 20 mg / ml Succinimidyl trans-4- (maleimidylmethyl) cyclohexan-1-carboxylat (SMCC) in Dimethylsulfoxid (DMSO).
   2. Bereiten einer SPDP-Lösung bestehend aus 20 mg / mL von Succinimidyl 3- (2-pyridyldithio) propionat (SPDP) in DMSO.
   3. Es werden 20 mg / ml LC-LC-Biotin in DMSO.
   4. Herstellung von 10 mg / ml Meerrettich-Peroxidase (HRP) in phosphatgepufferter Salzlösung (PBS).
   5. Herstellung von 10 mg / ml Streptavidin (SA) in PBS.
   6. Herstellung von 10 mg / ml Rinderserumalbumin (BSA) in PBS.
   7. Bereiten 100 mM Dithiothreitol (DTT) in DI-Wasser.
   8. Bereiten Sie 5 mM ethylenediaminetetaacetic (EDTA) in PBS.
   9. Bereiten Sie 0,5% Casein in PBS.
   10. Es werden 20% Tween 80 Lager in DI-Wasser.
   11. Bereiten 0,05% Tween 80 (von 20% Lager) in PBS.
   12. Vorbereitung 50 mM Natriumacetat in DI Wasser.
   13. Bereiten Sie 1% TMB in DMSO.
   14. Vorbereitung 3% H ₂ O ₂ in DI-Wasser.
   15. Bereiten Sie 2 MH ₂ SO ₄ in DI - _Wasser.
2. In 1,4 ul der SPDP Lösung auf 20 & mgr; l SA-Lösung.
3. Inkubieren der Lösung von 5,2 1,5 h bei RT, in Aluminiumfolie eingewickelt Lichteinwirkung zu vermeiden. Dieser Schritt erlaubt es dem SPDP Vernetzer SA über eine Aminogruppe zu binden, um einen pyridyldithio aktivierte SA bilden.
4. Fügen 2,4 ul der DDT-Lösung zu der Lösung aus Schritt 5.3 und Inkubation für 1 h bei RT. Dies ermöglicht eine Pyridin-2-thion-Spaltung, was zu einem Sulfhydryl-aktivierte SA.
5. 7.5 ul SMCC-Lösung zu 72 & mgr; l HRP-Lösung und Inkubation für 1,5 h bei RT in Aluminiumfolie eingewickelt Lichteinwirkung zu vermeiden. Dies führt zu einem Maleimid-aktivierte HRP durch eine Aminogruppe gebunden ist.
6. Mischen Sie 17 & mgr; l LC-LC-Biotin-Lösung mit 200 ul BSA-Lösung und Inkubation für 1,5 h bei RT in Aluminiumfolie eingewickelt Lichteinwirkung zu vermeiden. Dieser Schritt ermöglicht Biotin-Konjugat to BSA über eine Amidbindung.
7. Übertragen Sie die Lösungen aus den Schritten 5.4, 5.5 und 5.6 Zentrifugalkonzentratoren innerhalb Spin Rohre zu trennen.
8. Für Rohre SA-SPDP enthält, aus Schritt 5.4, Zentrifuge bei 10.000 × g, bis das Rohrvolumen erreicht 100 & mgr; l oder 16 min. Füllen Sie das Zentrifugenröhrchen bis 500 & mgr; l mit PBS-EDTA.
   1. Wiederholen Sie Schritt 5.8 fünfmal. Lagern Sie die Lager bei 4 ° C.
9. Für Röhrchen mit HRP-SMCC, aus Schritt 5.5, Zentrifuge bei 10.000 × g , bis das Volumen 25 & mgr; l oder 16 min erreicht. Füllen Sie das Zentrifugenröhrchen bis 500 & mgr; l mit PBS.
   1. Wiederholen Sie Schritt 5.9 fünfmal. Lagern Sie die Lager bei 4 ° C.
10. Für Röhrchen , die BSA-Biotin, aus Schritt 5.6, Zentrifuge bei 10.000 × g , bis das Volumen 100 & mgr; l oder 12 min erreicht. Füllen Sie das Zentrifugenröhrchen bis 500 & mgr; l mit PBS.
    1. Wiederholen Sie Schritt 5.10 viermal.
    2. Zentrifuge bei 10.000 xg bis das Volumen erreicht 100 uloder für 12 min. Füge 100 & mgr; l PBS in das Röhrchen. Lagern Sie die Lager bei 4 ° C.
11. In 25 ul der 10 mg / ml HRP - Lösung mit 25 & mgr; l von 10 mg / ml Lösung SA und lagern bei 4 ° C über Nacht. Dies bewirkt , dass die SA mit dem HRP über eine Thioetherbindung konjugiert zu werden.
    1. Bereiten Sie eine 1: 4 Arbeitslösung mit der über Nacht Lösung und Store in 4 ° C Kühlschrank. Store verbleibende Lösung bei -20 ° C.
12. Bereiten Sie zwei Lösungen, bestehend aus BSA-Biotin (oder BSA) in PBS, durch Zugabe von 10 & mgr; l BSA-Biotin-Lager (oder 10 & mgr; l BSA-Stamm) bis 490 & mgr; l PBS.
13. Füge 100 & mgr; l der Lösung von Schritt 5.12 in jede Vertiefung einer 96-Well-Polystyrol-Platte.
14. Inkubieren der Platte bei 37 ° C für 1 h, in Folie verpackt.
15. Waschen Sie die Vertiefungen der Platte mit 0,05% Tween 80.
    1. Mit 200 & mgr; l 0,05% PBS-Tween 80 in die Vertiefungen. Inkubieren für 2 min bei RT. Die Flüssigkeit.
    2. Wiederholen Sie Schritt 5.15.1 dreimal.
16. Mit 200 & mgr; l der 0,5% igen Casein-Lösung zu jeder der Vertiefungen in der Platte mit 96 Vertiefungen.
17. Inkubieren der Platte bei 37 ° C für 1 h.
18. Wiederholen Sie Schritt 5.15 Vertiefungen dreimal zu waschen.
19. Bereiten Sie eine Lösung, die durch Mischen von 12 ml 0,5% Casein-Lösung mit 7,5 ul von 0,05% Tween 80.
20. Verdünnen Sie die SA-HRP Lager 1: 10.000, die Lösung in Schritt 5.19 vorbereitet werden.
21. Hinzuzufügen 80 ul der Lösung, hergestellt in Schritt 5.20 an jede Vertiefung einer 96-Well-Platte.
22. Geben Sie 20 & mgr; l der hergestellten Biotin Probe in jede Vertiefung der Polystyrol-Platte. Der Überstand, hergestellt in 4,6 kann als Biotin Probe in diesem Schritt verwendet werden.
23. Inkubieren der Platte bei 37 ° C für 1 h. Dieser Schritt ermöglicht eine wettbewerbsfähige zwischen freien Biotinbindung und BSA-Biotin für SA-HRP-Bindungsstellen zu immobilisieren.
24. Wiederholen Sie Schritt 5.15 Vertiefungen dreimal zu waschen.
25. Mischungs 50 mM Natriumacetat-Lösung, 1% TMB-Lösung,und 3% H ₂ O ₂ -Lösung bei einem 1000: 10: 1 - Verhältnis (20 ml Gesamtvolumen).
26. Mit 200 & mgr; l der Lösung von Schritt 5.25 in jede Vertiefung und damit mit einer Folie für 15 min bei RT, abgedeckt zu sitzen.
27. Zugabe von 50 & mgr; l von 2 MH ₂ SO ₄ zu jeder Vertiefung , die Reaktion zu stoppen. Messen OD ₄₅₀ einen Plattenleser.

6. Direct Control Scheme Funktionalisierte Oberflächenvorbereitung

1. Bereiten Sie die folgenden Lösungen.
   1. Es werden 20 mg / ml LC-LC-Biotin in DMSO.
   2. Herstellung von 10 mg / ml HRP in PBS.
   3. Bereiten 0,17 ug / ml SA in PBS.
   4. Bereiten Sie 0,5% Casein in PBS.
   5. Es werden 20% Tween 80 Lager in DI-Wasser.
   6. Bereiten 0,05% Tween 80 (von 20% Lager) in PBS.
   7. Vorbereitung 50 mM Natriumacetat in DI Wasser.
   8. Bereiten Sie 1% TMB in DMSO.
   9. Bereiten Sie 3% H ₂ O ₂ in DI - Wasser.
   10. Bereiten Sie 2 MH ₂ SO ₄ in DI - _Wasser.
2. 7.5 ul LC-LC-Biotin bis 72 & mgr; l HRP und Inkubation bei 1,5 h bei RT, in Aluminiumfolie eingewickelt Lichteinwirkung zu vermeiden. Dieser Schritt bewirkt, dass Biotin-Konjugats an HRP über eine Amidbindung.
3. Transfer der Lösung aus Schritt 6.2 zu einer Zentrifugalkonzentrator innerhalb eines Spinnschachtes
   1. Zentrifugieren Sie die Lösung bei 10.000 × g, bis das Volumen erreicht 100 & mgr; l oder 12 min. Füllen Sie das Zentrifugenröhrchen bis 500 & mgr; l mit PBS und wiederholen Sie die Zentrifugation und PBS zusätzlich viermal. Lagern Sie die Lager bei 4 ° C.
4. Fügen Sie die 100 & mgr; l der SA-Lösung von 6.1.3 zu jeder Vertiefung in einer 96-Well Polystyrolplatte.
5. Inkubieren der Platte bei 37 ° C für 1 h, in Folie verpackt.
6. Waschen Sie die Vertiefungen der Platte mit 0,05% Tween 80.
   1. Mit 200 & mgr; l 0,05% Tween 80 in die Vertiefungen. Inkubieren für 2 min bei RT. Die Flüssigkeit.
   2. Wiederholen 6.6.1 dreimal.
7. Mit 200 & mgr; l der 0,5% igen Casein-Lösung zu jeder der Vertiefungen in der Platte mit 96 Vertiefungen.
8. Inkubieren der Platte bei 37 ° C für 1 h.
9. Wiederholen Sie Schritt 6.6 dreimal die Brunnen zu waschen.
10. Verdünnen Sie die Biotin-HRP Lager 1: 10.000, die Lösung in Schritt 6.3 vorbereitet werden.
11. Hinzuzufügen 80 ul der Lösung, hergestellt in Schritt 6.10 an jede Vertiefung einer 96-Well-Platte.
12. Geben Sie 20 & mgr; l der hergestellten Biotin Probe in jede Vertiefung der Polystyrol-Platte. Der Überstand, hergestellt in 4,6 kann als Biotin Probe in diesem Schritt verwendet werden.
13. Inkubieren der Platte bei 37 ° C für 1 h. Dieser Schritt ermöglicht eine wettbewerbsfähige zwischen freiem Biotin und Biotin-HRP für immobilisiert SA-Bindungsstellen zu binden.
14. Wiederholen Sie Schritt 6.6 Vertiefungen dreimal zu waschen.
15. Mischungs 50 mM Natriumacetat - Lösung, 1% TMB - Lösung und 3% H ₂ O ₂ -Lösung bei einem 1000: 10: 1 - Verhältnis (20 ml Gesamtvolumen).
16. Mit 200 & mgr; l der Lösung von Schritt 6.15 in jede Vertiefung und mit Folie für 15 min bei RT, abgedeckt inkubiert.
17. In 50 & mgr; l von 2 MH ₂ SO ₄ -Lösung zu jeder Vertiefung die Reaktion zu stoppen. Messen OD ₄₅₀ einen Plattenleser.

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Ergebnisse

Repräsentative Ergebnisse sind in den beigefügten fünf Figuren dargestellt. Zunächst stellen wir die Klonprozess grafisch (Abbildung 1) , so dass der Leser visuell die entscheidenden Schritte für die Erstellung der synthetisch konstruierte E. coli - Stamm folgen kann. Um die Populationsdynamik der Zellen zu kennzeichnen, stellen wir eine Wachstumskurve (Figur 2) erzeugt , indem die optische Dichte bei 600 nm (OD ₆₀₀₎ der Populati...

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Diskussion

Wir haben für die Anbindung entwickelt lebenden Zellen mit einem funktionalisierten Materialoberfläche eine neue Strategie vorgestellt. Dies wurde durch die Entwicklung einer Zelllinie erreicht der Lage, erhöhte Konzentrationen von Biotin zu synthetisieren, wenn sie mit IPTG induziert. Die erhöhten Mengen an Biotin kann dann verwendet werden, um die funktionalisierte Oberfläche zu modifizieren. Die Protokolle detailliert , wie die E. coli - Zelllinie zu entwickeln und , wie zwei verschiedene funktionalisie...

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Materialien

Name	Company	Catalog Number	Comments
LB Broth, Miller	Fisher Scientific	12-795-027
Agar	Fisher Scientific	BP9744500
Carbenicillin	Fisher Scientific	BP26481
M9, Minimimal Salts, 5x	Sigma-Aldrich	M6030
Casamino Acids	Fisher Scientific	BP1424-100
Magnesium Sulfate, Anhydrous	Fisher Scientific	M65-500
Calcium Chloride, Dihydrate	Fisher Scientific	C79-500
Dextrose (D-Glucose), Anhydrous	Fisher Scientific	D16-1
NEB Turbo Cell Line	New England Biolabs	C2984l
Oligonucleotide Primers	Thermo Fisher Scientific	N/A	25N synthesis, DSL purification
Q5 High-Fidelity Polymerase	New England Biolabs	M0491S
Q5 Reaction Buffer	New England Biolabs	B9027S
dNTP Solution Mix	New England Biolabs	N0447S
Agarose	Bioexpress	E-3120-125
Ethidium Bromide, 1%	Fisher Scientific	BP1302-10
Gel Extraction Kits	Epoch Biolabs	2260250
GenCatch Plasmid DNA Miniprep Kit	Epoch Biolabs	2160250
AatII	New England Biolabs	R0117S
SacII	New England Biolabs	R0157S
HindIII-HF	New England Biolabs	R3104S
EcoRI-HF	New England Biolabs	R3101S
Cutsmart Buffer	New England Biolabs	B7204S
T4 DNA Ligase	New England Biolabs	M0202S
T4 DNA Ligase Reaction Buffer	New England Biolabs	B0202S
ColiRolle Glass Plating Beads	EMD Millipore	7101-3
Glycerol	Fisher Scientific	BP229-1
Isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside (IPTG)	Fisher Scientific	BP1755-10
NHS-Desthiobiotin (DTB)	Thermo Fisher Scientific	16129
Succinimidyl Trans-4-(maleimidylmethyl) Cyclohexane-1-Carboxylate (SMCC)	Thermo Fisher Scientific	S1534
Dimethyl Sulfoxide (DMSO)	Fisher Scientific	BP231-100
Succinimidyl 3-(2-pyridyldithio) Propionate (SPDP)	Thermo Fisher Scientific	S1531
NHS-LC-LC-biotin	Thermo Fisher Scientific	21343
Horseradish Peroxidase (HRP)	Thermo Fisher Scientific	31490
Phosphate Buffered Saline (PBS), 10x Solution	Fisher Scientific	BP399500
Streptavidin (SA)	Thermo Fisher Scientific	21145
Bovine Serum Albumin (BSA)	Fisher Scientific	BP1600-100
Dithiothreitol (DTT)	Fisher Scientific	BP172-5
Ethylenediaminetetaacetic acid (EDTA)	Fisher Scientific	S311-500
Tween 80	Fisher Scientific	T164-500
Hydrogen Peroxide	Fisher Scientific	H325-4
3, 3', 5, 5'-tetramethylbenzidine (TMB)	Fisher Scientific	AC229280050
Vivaspin 500 Centrifugal Concentrators	Viva Products	VS0192
Sodium Acetate, Anhydrous	Fisher Scientific	BP333-500
96-Well Polystyrene Plates	Thermo Fisher Scientific	266120