Um die DNA-Origami-Struktur in einem Topf selbst zusammenzusetzen, bereiten Sie zunächst eine Mischung aus 2,5 Nanomolar des kreisförmigen Gerüststrangs M13mp18 und 100 Nanomolar der 201 kurzen Oligonukleotid-Klammern in TAE-Puffer zu, die mit 15 Millimolaren Magnesiumchlorid ergänzt sind. Stellen Sie dann das Gesamtvolumen der Lösung mit Reinstwasser auf 100 Mikroliter ein. Glühen Sie die Lösung in einem Thermocycler unter Verwendung eines Temperaturgradienten.
Beginnen Sie mit dem schnellen Erhitzen auf 80 Grad Celsius und folgen Sie dem angezeigten Temperaturgradientenprogramm Schritt für Schritt. Um die Mischung von überschüssigen Klammern zu reinigen, geben Sie 100 Mikroliter der DNA-Origami-Lösung in einen Amicon-Filter mit 100 Kilodalton Molekulargewicht. Anschließend werden 400 Mikroliter Reinstwasser hinzugefügt.
Dann bei 6.000 g acht Minuten bei Raumtemperatur zentrifugieren. Entfernen Sie nach dem Zentrifugieren den Filter und drehen Sie das Röhrchen um, um das Filtrat zu entsorgen. Geben Sie 400 Mikroliter Reinstwasser wie zuvor gezeigt in den Filter und die Zentrifuge.
Zum Auffangen der gereinigten Nanostrukturlösung. Drehen Sie den Filter in einem neuen Röhrchen auf den Kopf und zentrifugieren Sie ihn zwei Minuten lang bei 1.000 g bei Raumtemperatur gemäß den Anweisungen des Herstellers. Der korrekte Zusammenbau der DNA-Origami-Gabel wurde mittels Rasterkraftmikroskopie oder AFM-Bildgebung sichergestellt.
Wie erwartet, waren die meisten Gabeln solide und hatten keine gebrochenen Arme. Die Brücke zwischen den Armen war jedoch aufgrund ihres geringen Durchmessers und ihrer hohen Flexibilität schwer abzubilden.
